genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.51.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14414494--14414623	63	2.0	64	88	4	192	50	6	16	26	1.68
14427601--14427873	27	9.8	27	79	9	190	28	21	8	41	1.82
14427601--14427873	54	4.9	54	76	10	235	28	21	8	41	1.82
14427705--14427785	38	2.2	37	84	2	99	23	29	7	39	1.82
14427648--14427830	91	2.0	92	85	1	251	26	23	8	41	1.83
14427853--14428075	27	8.2	28	76	11	128	41	19	7	31	1.79
14427742--14427901	81	2.0	81	83	0	203	32	18	7	41	1.79
14427853--14428019	54	3.1	52	77	6	149	41	20	6	30	1.78
14427745--14428000	81	3.2	80	76	6	187	36	20	7	35	1.81
14427877--14427992	27	4.3	26	84	9	137	42	22	6	29	1.77
14428133--14428224	27	3.5	26	89	3	130	33	19	26	20	1.96
14429374--14429421	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
14429460--14429516	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
14429458--14429520	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
14429574--14429716	24	6.0	24	88	7	211	29	20	21	27	1.98
14429906--14429967	31	2.1	30	87	6	90	37	14	24	24	1.93
14432784--14432931	27	5.5	27	88	0	163	26	24	8	40	1.84
14432784--14433056	54	4.9	54	75	11	228	28	21	8	41	1.82
14432926--14433056	27	4.9	27	83	2	158	30	17	7	44	1.77
14432833--14433012	92	2.0	91	83	1	225	26	22	8	42	1.81
14432889--14432969	38	2.1	38	83	0	99	24	29	6	39	1.80
14432926--14433056	53	2.5	53	83	5	158	30	17	7	44	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14433036--14433181	27	5.4	27	80	8	140	40	19	8	31	1.81
14433036--14433260	27	8.3	25	76	14	107	40	19	8	31	1.82
14433309--14433409	27	3.7	26	80	10	105	31	21	23	22	1.98
14434652--14434708	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
14434650--14434712	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
14434766--14434910	24	6.0	24	88	10	215	30	20	21	27	1.98
14435103--14435166	31	2.1	31	84	0	83	37	14	23	25	1.92
14437134--14437298	43	3.8	43	71	9	138	32	24	16	25	1.96
14439356--14439417	30	2.1	30	96	0	115	41	9	14	33	1.79
14441134--14441682	271	2.0	271	98	0	1073	33	14	19	32	1.93
14443225--14443286	27	2.3	27	88	0	88	41	20	17	19	1.90
14443242--14443434	27	7.1	27	77	4	158	40	19	12	26	1.88
14443242--14443434	54	3.6	53	78	5	181	40	19	12	26	1.88
14443245--14443434	81	2.3	81	82	5	240	41	18	13	26	1.88
14443425--14443556	53	2.5	54	87	2	185	21	18	19	40	1.92
14443425--14443563	27	5.2	27	83	1	163	21	17	20	40	1.92
14449359--14449405	22	2.1	22	84	0	58	25	19	14	40	1.90
14455608--14455683	24	3.0	25	83	12	100	39	14	21	25	1.91
14455608--14455695	28	3.3	27	87	6	110	37	13	22	26	1.91
14455719--14455968	51	4.9	51	91	1	394	30	14	24	31	1.94
14466532--14466661	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
14466532--14466695	40	4.1	40	78	4	145	21	28	25	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14472006--14472106	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
14473813--14473976	40	4.1	40	77	6	161	24	20	28	26	1.99
14485379--14485628	40	6.2	40	91	1	385	22	28	24	25	1.99
14493552--14493801	40	6.2	40	91	1	385	22	28	24	25	1.99
14499936--14500111	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
14499933--14500104	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
14507507--14507635	46	2.8	46	95	0	222	19	21	29	29	1.98
14512365--14512404	21	1.9	21	89	0	62	17	42	22	17	1.89
14514881--14514940	19	3.0	20	80	7	61	38	21	8	31	1.83
14515978--14516002	11	2.3	11	100	0	50	28	0	12	60	1.32
14518711--14518881	25	7.1	23	85	8	225	29	22	19	28	1.98
14518928--14519038	20	5.6	20	94	0	195	32	20	11	35	1.89
14519075--14519122	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
14520281--14520345	27	2.4	27	82	5	78	21	24	18	35	1.96
14520489--14520628	54	2.6	54	79	4	165	31	7	21	39	1.82
14520376--14520682	27	11.3	27	76	6	147	33	8	19	37	1.83
14520580--14520740	54	3.0	54	83	3	146	39	8	21	31	1.82
14520605--14520815	27	7.9	27	84	7	227	39	8	23	29	1.83
14520607--14520815	81	2.6	81	85	4	264	39	8	23	29	1.83
14520607--14520815	54	3.9	54	84	7	266	39	8	23	29	1.83
14520821--14520910	27	3.3	26	83	6	108	32	10	17	40	1.83
14520821--14520925	27	3.9	27	79	9	90	34	9	17	39	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14527342--14527399	16	3.4	16	86	9	71	67	0	8	24	1.18
14527391--14527429	14	2.6	15	84	8	53	66	0	5	28	1.12
14527422--14527453	17	1.9	16	93	6	55	62	9	6	21	1.47
14527344--14527460	63	1.9	59	81	13	139	64	2	7	25	1.33
14531950--14531982	2	16.5	2	93	0	57	48	0	0	51	1.00
14532149--14532179	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
14533300--14533508	43	4.9	43	92	0	312	26	21	30	22	1.98
14533444--14533537	41	2.2	42	78	14	104	30	19	27	22	1.98
14533313--14533589	43	6.6	41	83	4	177	27	19	29	23	1.98
14538679--14538768	27	3.3	28	81	6	105	38	18	10	32	1.84
14538679--14538785	54	2.0	54	83	7	137	37	20	10	31	1.86
14538703--14538778	27	2.8	26	76	7	80	38	19	10	31	1.86
14538681--14538797	54	2.2	53	80	10	130	37	21	11	29	1.88
14538774--14539200	27	15.8	27	85	4	470	27	23	7	40	1.82
14538774--14539183	81	5.1	81	88	3	531	27	23	7	41	1.82
14539192--14539354	27	6.0	27	72	14	102	42	18	7	31	1.78
14539408--14539472	27	2.4	27	84	5	87	35	20	24	20	1.96
14540719--14540776	20	2.9	20	92	0	98	34	12	20	32	1.90
14540828--14540970	24	6.0	24	91	4	209	28	22	22	26	1.99
14540828--14540970	47	3.0	47	90	5	207	28	22	22	26	1.99
14540828--14540971	71	2.0	72	89	4	220	29	22	22	26	1.99
14541161--14541255	31	3.1	31	98	0	181	38	15	22	23	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14543839--14543967	42	3.0	45	82	13	162	24	20	29	24	1.99
14543880--14544018	43	3.3	43	89	2	208	24	19	30	25	1.98
14543839--14544018	85	2.1	86	83	5	222	24	20	30	25	1.99
14543839--14544018	43	4.2	42	85	5	202	24	20	30	25	1.99
14543880--14544044	85	1.9	85	82	4	208	26	18	30	23	1.98
14547218--14547287	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
14555649--14555708	25	2.4	25	85	0	66	18	31	21	28	1.97
14555664--14555727	25	2.6	25	89	0	92	17	31	20	31	1.95
14555801--14555853	25	2.1	25	85	0	70	20	22	18	37	1.94
14555812--14555889	25	3.1	25	79	5	77	24	24	20	30	1.98
14558805--14558908	52	2.0	52	94	0	181	22	17	29	30	1.96
14562844--14562872	13	2.1	14	93	6	51	27	0	13	58	1.36
14564711--14564813	29	3.6	29	89	0	152	25	32	15	27	1.96
14564682--14564813	58	2.3	58	81	0	156	25	33	15	25	1.95
14579298--14579346	24	2.0	25	84	11	66	40	0	0	59	0.98
14579313--14579366	18	2.9	18	83	2	72	38	1	0	59	1.08
14579453--14579575	10	12.0	10	73	20	69	39	0	0	59	1.09
14579452--14579503	21	2.5	20	81	9	59	42	0	1	55	1.10
14579478--14579575	39	2.4	39	81	14	110	38	1	0	60	1.04
14579518--14579582	18	3.5	18	74	13	60	36	0	0	63	0.95
14579532--14579618	30	3.0	28	80	11	79	28	3	2	65	1.21
14579561--14579626	30	2.2	30	84	10	82	27	4	3	65	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14579969--14580016	19	2.4	22	83	16	68	66	4	0	29	1.10
14580064--14580113	23	2.2	22	80	16	57	46	4	2	48	1.32
14587885--14587940	22	2.5	22	80	11	60	26	10	10	51	1.69
14589723--14589786	27	2.4	26	84	2	83	37	3	3	56	1.31
14592887--14592948	20	3.1	20	79	9	72	35	0	3	61	1.12
14592898--14592963	20	3.2	20	75	16	55	39	1	4	54	1.30
14596691--14596731	19	2.2	19	100	0	82	36	34	19	9	1.85
14598019--14598127	58	1.9	57	83	5	139	33	22	16	27	1.96
14601242--14601284	19	2.3	20	80	15	56	23	41	23	11	1.87
14601237--14601284	19	2.7	18	78	18	55	20	41	27	10	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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