genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.201.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   

This is table  201  of  318  ( 38146 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63039867--63039929	20	3.2	20	93	0	108	38	12	17	31	1.87
63039984--63040149	24	7.0	24	87	4	230	29	23	21	25	1.99
63039984--63040150	47	3.5	47	86	4	221	29	23	20	25	1.99
63039984--63040149	71	2.3	71	89	3	244	29	23	21	25	1.99
63040342--63040405	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
63044173--63044204	16	1.9	17	93	6	57	37	21	0	40	1.54
63047218--63047364	40	3.7	39	76	7	136	27	24	25	22	2.00
63047256--63047385	40	3.2	40	78	2	145	24	23	26	24	2.00
63047218--63047385	80	2.1	79	81	6	196	26	23	26	23	2.00
63055215--63055323	38	2.8	39	84	8	141	22	24	29	22	1.99
63058933--63059083	40	3.8	40	79	6	155	26	23	27	22	2.00
63058970--63059099	40	3.2	40	81	2	163	23	23	28	24	2.00
63066991--63067120	40	3.2	40	81	2	163	23	23	28	24	2.00
63074534--63074598	32	2.0	32	100	0	130	43	18	15	23	1.88
63092812--63092845	17	1.9	18	88	5	52	50	5	5	38	1.51
63093393--63093458	25	2.6	26	80	7	73	33	3	3	60	1.27
63103534--63103643	43	2.6	42	82	5	141	30	17	24	28	1.97
63106500--63106588	40	2.2	40	93	0	160	22	17	30	29	1.97
63117048--63117141	27	3.5	27	83	0	116	25	21	18	35	1.95
63123721--63123780	27	2.3	26	82	2	66	35	18	23	23	1.96
63125716--63125837	40	3.0	40	81	7	149	23	22	27	26	1.99
63127297--63127392	28	3.5	27	88	2	131	31	28	14	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63135268--63135364	26	3.5	26	83	9	113	31	27	14	25	1.95
63135268--63135364	29	3.5	27	86	6	124	31	27	14	25	1.95
63137002--63137080	40	2.0	40	92	0	131	25	22	26	25	2.00
63145155--63145346	40	4.8	40	85	2	278	24	22	27	26	2.00
63146727--63146777	27	1.9	26	84	4	66	29	21	27	21	1.99
63147427--63147484	27	2.1	27	90	0	89	27	22	17	32	1.96
63156178--63156210	2	17.5	2	87	12	52	48	0	0	51	1.00
63157557--63157718	38	4.3	38	84	0	216	22	20	24	32	1.98
63160495--63160662	26	6.6	26	69	16	93	31	23	14	29	1.95
63160497--63160704	50	4.1	50	81	3	204	31	24	13	29	1.94
63160497--63160704	25	8.2	25	73	12	131	31	24	13	29	1.94
63162366--63162547	40	4.6	40	87	4	210	28	26	20	23	1.99
63174496--63174623	43	3.0	43	71	8	118	23	16	25	34	1.95
63176625--63176659	16	2.2	16	94	0	61	31	5	40	22	1.78
63180580--63180756	40	4.4	40	80	5	180	25	24	25	23	2.00
63180580--63180796	79	2.7	80	82	3	224	26	23	25	23	2.00
63180630--63180782	40	3.8	40	79	8	132	26	25	25	22	2.00
63187802--63187949	40	3.7	40	80	8	165	25	22	26	26	2.00
63187803--63188021	80	2.7	81	78	4	203	27	22	24	24	2.00
63205362--63205498	13	10.3	13	70	17	86	46	2	16	34	1.60
63205328--63205500	40	4.3	40	89	0	247	46	3	16	33	1.63
63211752--63211935	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63211792--63211980	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
63221224--63221316	29	3.2	29	92	1	143	31	16	27	24	1.96
63221224--63221329	29	3.7	29	86	6	135	28	16	31	24	1.96
63229064--63229221	29	5.6	28	77	10	126	24	16	34	24	1.95
63229064--63229143	26	3.0	26	90	5	115	27	15	32	25	1.95
63229064--63229222	55	2.8	57	77	8	157	24	16	34	24	1.95
63237994--63238094	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
63243906--63243936	8	3.8	8	95	4	53	61	0	12	25	1.32
63244553--63244609	18	3.1	18	75	12	53	24	42	0	33	1.55
63245914--63245979	28	2.4	27	80	14	80	36	22	18	22	1.95
63254020--63254128	28	3.9	28	87	1	157	34	20	23	21	1.96
63255839--63256018	40	4.5	40	77	7	143	25	23	25	25	2.00
63255874--63256032	80	2.0	80	80	7	180	28	23	25	23	2.00
63262694--63262873	40	4.5	40	78	3	157	27	24	23	24	2.00
63262695--63262873	80	2.2	81	81	4	202	27	24	24	24	2.00
63269941--63270162	40	5.6	40	90	1	322	29	26	20	23	1.99
63273420--63273574	42	3.7	42	81	8	181	30	25	14	29	1.94
63274141--63274179	20	2.0	20	85	10	53	53	20	2	23	1.57
63286857--63286907	27	1.9	26	84	4	66	19	27	17	35	1.94
63286951--63286978	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
63287177--63287207	8	3.9	8	100	0	62	12	22	38	25	1.90
63290398--63290459	30	2.1	30	100	0	124	24	29	22	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63304848--63304906	30	2.0	30	93	0	100	30	8	8	52	1.61
63305672--63305809	55	2.5	54	81	3	152	23	23	18	33	1.97
63305795--63305916	47	2.6	47	86	0	172	25	26	13	34	1.93
63305931--63306052	45	2.6	47	75	12	126	22	23	18	36	1.95
63311147--63311186	17	2.4	17	87	12	64	85	0	12	2	0.71
63312535--63312739	40	5.2	40	88	2	281	23	20	28	27	1.99
63320632--63320831	40	5.0	40	85	4	253	23	20	29	27	1.98
63320628--63320831	80	2.5	80	88	1	311	23	20	28	27	1.99
63323744--63323940	55	3.6	54	78	4	209	19	24	19	36	1.95
63323920--63324040	47	2.6	47	91	0	197	25	24	13	36	1.92
63334532--63334618	24	3.6	24	96	0	165	21	17	25	35	1.95
63334532--63334640	48	2.3	48	91	3	175	24	17	23	33	1.96
63334532--63334640	24	4.5	24	90	2	157	24	17	23	33	1.96
63341413--63341470	25	2.3	25	100	0	116	36	8	25	29	1.86
63342025--63342125	43	2.3	43	91	0	157	25	32	24	16	1.96
63349303--63349443	48	2.9	48	86	4	194	29	22	8	39	1.84
63350715--63350767	27	2.0	27	88	3	81	41	20	9	28	1.83
63355607--63355645	17	2.4	16	87	12	53	38	10	0	51	1.36
63367576--63367763	40	4.7	40	91	3	299	24	26	23	25	2.00
63367543--63367763	119	1.9	119	87	5	331	23	26	23	26	2.00
63371743--63371915	46	3.8	45	77	13	172	23	20	26	30	1.98
63371740--63371910	93	1.8	93	89	0	270	22	20	27	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63380283--63380316	16	2.2	15	89	5	50	44	0	0	55	0.99
63380956--63380998	17	2.4	18	84	3	52	34	2	2	60	1.22
63386124--63386162	21	2.0	20	85	10	53	30	0	20	48	1.50
63386268--63386504	48	4.9	48	78	1	267	28	17	29	24	1.98
63386271--63386502	96	2.4	97	86	4	308	28	18	29	24	1.98
63392749--63392797	23	2.1	23	96	0	89	24	0	24	51	1.49
63396728--63396787	30	2.0	30	86	0	84	40	8	23	28	1.83
63413763--63413804	21	2.0	21	81	9	50	33	14	0	52	1.42
63413815--63413876	30	2.1	30	96	0	115	30	29	6	33	1.83
63416150--63416458	104	3.0	104	88	0	447	28	21	15	34	1.94
63416440--63416868	214	2.0	214	96	0	786	30	25	15	29	1.96
63417870--63418044	46	3.8	46	75	6	174	23	21	27	27	1.99
63420981--63421030	15	3.4	15	86	2	66	12	16	12	60	1.60
63426755--63427073	95	3.3	95	83	3	354	25	18	28	27	1.98
63426755--63427073	48	6.6	48	84	1	370	25	18	28	27	1.98
63426755--63427085	143	2.3	144	81	2	414	26	18	28	27	1.98
63428708--63428777	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
63438559--63438631	15	4.9	15	81	5	85	56	13	15	15	1.68
63448772--63448893	46	2.6	47	84	5	147	26	22	14	36	1.93
63453345--63453383	20	1.9	21	84	5	53	38	17	0	43	1.50
63456952--63456979	14	2.0	14	100	0	56	35	57	0	7	1.26
63457977--63458005	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63458227--63458266	21	1.9	21	85	10	55	22	7	0	70	1.12
63460931--63461044	18	7.4	17	63	31	51	24	47	6	21	1.74
63460921--63461049	30	4.3	30	92	0	204	26	48	5	19	1.70
63461603--63461681	2	40.5	2	75	14	67	40	3	1	54	1.26
63461593--63461752	25	6.7	25	75	11	111	35	6	4	53	1.46
63461547--63461796	25	10.9	22	67	19	95	34	6	4	54	1.45
63461738--63461796	23	2.8	20	72	16	57	32	6	5	55	1.48
63461908--63461945	8	4.8	8	84	12	51	31	5	0	63	1.17
63467411--63467603	40	4.8	40	84	0	206	26	22	25	24	2.00
63477201--63477878	72	9.1	73	85	6	794	31	16	18	32	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318