genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.202.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63477201--63478091	150	5.8	148	80	10	822	31	17	18	32	1.94
63477201--63477882	222	3.1	221	86	5	944	31	17	18	32	1.94
63477805--63477975	92	1.8	93	86	3	247	26	21	20	31	1.98
63477731--63478034	168	1.8	166	85	4	432	29	19	21	30	1.97
63477897--63478088	76	2.5	76	84	5	233	30	17	19	32	1.95
63478237--63478295	30	2.0	30	86	6	84	22	8	27	42	1.82
63477899--63478507	251	2.5	250	80	6	618	28	15	19	36	1.92
63479170--63479223	18	3.3	18	66	28	57	22	48	7	22	1.75
63479160--63479225	30	2.2	30	91	0	114	25	50	6	18	1.70
63479664--63479715	24	2.2	23	83	10	61	36	3	0	59	1.16
63479741--63479818	2	41.5	2	75	16	69	41	2	1	55	1.22
63479732--63479768	15	2.5	15	90	0	56	43	2	2	51	1.30
63479741--63479856	54	2.2	53	82	13	141	37	3	3	56	1.33
63479827--63479866	21	1.9	21	89	0	62	30	2	7	60	1.38
63479747--63479896	25	6.0	25	69	18	73	34	4	4	56	1.41
63480047--63480081	16	2.3	15	90	5	52	31	2	2	62	1.24
63481515--63481577	15	3.9	15	73	20	56	66	0	31	1	1.01
63484849--63485018	40	4.2	40	84	3	225	25	24	28	21	1.99
63492943--63493152	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
63499324--63499365	22	2.0	21	90	4	66	33	0	7	59	1.25
63499396--63499451	15	3.9	15	74	6	53	25	5	1	67	1.21
63499138--63500043	146	6.1	145	78	12	907	29	7	6	56	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63499140--63500044	300	3.1	293	86	8	1153	29	7	6	56	1.53
63499723--63499757	17	2.1	17	89	5	54	20	2	0	77	0.90
63499836--63499870	17	1.9	19	88	11	56	17	5	5	71	1.25
63499850--63499909	30	2.1	28	84	12	77	23	5	3	68	1.24
63500132--63500190	30	1.9	31	93	3	102	27	5	0	67	1.11
63500629--63500683	14	3.7	14	76	9	56	0	34	0	65	0.93
63500744--63500782	8	4.9	8	90	0	60	0	46	2	51	1.14
63500895--63500959	27	2.4	27	100	0	130	15	38	29	16	1.90
63500997--63501022	10	2.6	10	100	0	52	11	11	26	50	1.73
63503641--63503682	3	14.0	3	94	0	75	33	0	30	35	1.58
63504964--63505009	22	2.1	22	95	0	83	21	8	6	63	1.46
63512201--63512383	39	4.6	39	87	0	240	22	30	22	24	1.99
63520860--63521042	39	4.6	39	87	0	240	22	30	22	24	1.99
63522315--63522360	22	2.1	22	95	0	83	21	8	6	63	1.46
63529548--63529730	39	4.6	39	87	0	240	22	30	22	24	1.99
63536983--63537165	39	4.6	39	87	0	240	22	30	22	24	1.99
63551956--63552038	29	2.9	29	96	0	157	30	13	28	27	1.94
63560042--63560123	28	2.9	29	92	3	148	30	13	28	28	1.94
63562924--63563052	47	2.7	47	85	6	161	22	30	20	27	1.98
63580717--63580754	20	1.9	20	88	0	58	31	0	5	63	1.17
63588700--63588769	27	2.5	28	88	2	106	27	15	27	30	1.96
63594423--63594506	31	2.7	31	94	1	143	26	25	17	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63594530--63594621	42	2.2	42	88	0	130	34	19	14	31	1.91
63594767--63594937	26	6.8	26	88	6	246	26	23	22	26	2.00
63594759--63594937	74	2.4	74	85	7	240	26	22	21	28	1.99
63594767--63594937	48	3.4	49	89	8	240	26	23	22	26	2.00
63594987--63595073	20	4.3	20	92	2	140	31	18	10	40	1.84
63595874--63596341	27	17.3	27	77	6	239	32	9	21	36	1.86
63595876--63596460	81	7.2	80	71	8	256	32	9	21	37	1.85
63596265--63596379	54	2.1	54	78	0	122	32	5	24	38	1.78
63596393--63596454	28	2.3	27	85	2	88	30	9	19	40	1.84
63595897--63596454	27	20.6	28	73	10	108	32	9	21	37	1.85
63596458--63596534	27	2.9	27	76	7	75	28	6	24	40	1.80
63600484--63600584	28	3.5	29	82	4	96	29	13	26	29	1.94
63604648--63604814	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
63609068--63609420	22	15.0	24	61	25	87	32	12	28	26	1.92
63608726--63609441	47	15.2	47	97	0	1261	33	12	28	25	1.93
63609465--63609637	46	3.8	46	93	0	283	34	9	32	24	1.87
63619232--63619530	49	6.2	48	93	1	460	33	8	29	28	1.87
63634852--63634982	67	2.0	67	100	0	262	36	28	13	21	1.92
63638082--63638201	43	2.8	43	82	6	129	30	22	16	30	1.96
63646824--63646862	16	2.4	16	86	0	60	53	23	15	7	1.67
63647081--63647194	29	4.0	29	88	1	158	25	15	30	28	1.96
63648296--63648343	19	2.5	19	79	0	51	31	6	18	43	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63651200--63651257	30	1.9	30	100	0	116	20	20	13	44	1.85
63651773--63651816	22	2.0	22	86	0	61	36	0	4	59	1.18
63661863--63661999	23	5.8	23	76	14	111	32	20	23	23	1.98
63661901--63661999	45	2.2	46	83	7	121	35	21	24	19	1.96
63665840--63665947	39	2.8	39	97	0	198	26	25	28	19	1.99
63671417--63671939	40	13.1	40	96	0	902	25	25	22	26	2.00
63674198--63674224	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
63674239--63674369	65	2.0	64	98	1	253	24	30	10	34	1.89
63674250--63674352	32	3.2	32	66	17	95	25	29	9	35	1.88
63674353--63674568	47	4.6	47	95	0	369	26	31	12	30	1.92
63674353--63674594	94	2.5	94	89	2	376	27	30	11	30	1.92
63678823--63678860	12	3.2	12	96	0	67	23	0	31	44	1.54
63679233--63679262	14	2.1	15	93	6	53	46	0	10	43	1.37
63680976--63681083	39	2.8	39	97	0	198	26	25	28	19	1.99
63686308--63686393	37	2.3	36	92	7	138	26	33	19	19	1.96
63686467--63686717	49	5.1	49	98	0	466	30	26	9	33	1.87
63689606--63689757	40	3.8	40	76	4	135	24	25	23	26	2.00
63690501--63690732	40	5.8	40	94	0	383	25	28	20	25	1.99
63692559--63692644	37	2.3	36	92	7	138	26	33	19	19	1.96
63692715--63692958	49	5.1	49	91	6	412	30	26	8	34	1.87
63692715--63692936	91	2.4	93	92	5	358	30	27	8	33	1.87
63702423--63702638	46	4.6	46	82	6	224	23	31	18	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63702409--63702638	92	2.5	93	83	9	272	23	30	18	27	1.97
63704135--63704198	29	2.2	29	85	0	83	25	32	17	25	1.96
63705374--63705429	24	2.3	24	84	9	69	7	16	1	75	1.11
63713268--63713324	23	2.4	25	85	5	73	7	17	1	73	1.14
63717904--63718043	42	3.4	41	84	3	165	30	20	20	27	1.98
63717906--63718072	84	2.0	83	80	1	190	31	19	20	28	1.97
63719953--63720118	40	4.2	40	81	3	176	24	27	21	25	1.99
63719969--63720080	39	2.8	38	85	4	134	25	29	22	23	1.99
63719969--63720118	79	1.9	78	83	6	196	24	28	22	26	1.99
63720939--63720984	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
63727934--63728100	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
63727934--63728100	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
63728925--63728970	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
63733858--63734069	40	5.3	40	81	2	203	24	25	22	26	2.00
63733858--63734069	80	2.7	80	81	2	239	24	25	22	26	2.00
63739149--63739197	17	3.1	17	75	19	52	38	0	24	36	1.56
63740855--63740894	19	2.1	19	90	0	62	40	12	12	35	1.81
63743068--63743251	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
63743108--63743296	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
63747890--63748128	49	4.8	49	84	3	316	29	26	17	26	1.98
63748382--63748435	27	2.0	27	85	0	72	38	12	7	40	1.72
63754253--63754306	27	2.0	27	85	0	72	38	12	7	40	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63762238--63762289	20	2.6	20	87	0	77	13	30	32	23	1.93
63763150--63763413	46	5.7	46	88	0	350	20	23	13	42	1.87
63763150--63763510	46	7.9	45	85	2	195	20	22	14	42	1.89
63763387--63763527	45	3.1	44	85	4	176	22	19	18	39	1.93
63763520--63763675	33	4.7	33	73	9	111	22	26	20	30	1.98
63765481--63765552	30	2.4	29	81	4	81	26	19	5	48	1.70
63765167--63766290	568	2.0	567	89	4	1739	33	18	5	42	1.74
63766975--63767090	41	2.8	42	74	11	98	26	26	16	30	1.97
63769762--63769872	55	2.0	55	98	0	213	36	14	14	35	1.87
63787232--63787388	38	4.1	38	81	4	156	23	21	22	33	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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