genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.103.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32991323--32991510	50	3.8	49	85	2	234	27	19	24	28	1.99
32994530--32994637	55	2.0	55	87	3	155	19	23	35	22	1.96
33001008--33001034	13	2.1	13	100	0	54	29	14	18	37	1.91
33005635--33005690	30	1.9	29	82	13	71	44	5	21	28	1.74
33005633--33005696	28	2.2	30	75	10	71	42	4	21	31	1.74
33005677--33005783	54	2.0	54	100	0	214	38	1	18	41	1.62
33014234--33014458	40	5.6	40	88	6	321	23	23	28	24	1.99
33014234--33014458	83	2.8	81	88	6	341	23	23	28	24	1.99
33024856--33024988	50	2.8	49	75	7	130	36	24	15	23	1.94
33034833--33034882	25	2.0	25	100	0	100	72	4	4	20	1.18
33035918--33035987	29	2.4	29	85	2	88	28	31	12	27	1.93
33037342--33037389	16	3.0	16	75	0	51	20	6	22	50	1.71
33039767--33039843	29	2.7	29	83	0	109	28	25	15	29	1.96
33040961--33041138	38	4.6	38	83	5	189	28	23	23	24	1.99
33052589--33052779	38	4.9	39	82	3	199	31	26	20	21	1.98
33052601--33052779	76	2.3	79	82	6	222	29	25	21	22	1.99
33057710--33057772	24	2.7	23	77	2	63	19	25	20	34	1.96
33057710--33057799	23	3.9	22	76	13	65	22	24	17	35	1.95
33081430--33081563	48	2.8	49	88	1	198	38	26	14	20	1.91
33081437--33081563	49	2.6	48	89	1	191	37	27	14	20	1.91
33083512--33083636	41	3.0	41	86	0	169	28	29	19	22	1.98
33083874--33083939	27	2.4	27	84	0	78	33	15	18	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33083894--33084216	27	12.0	27	77	8	212	31	8	17	41	1.81
33083877--33084191	54	5.8	54	76	4	285	30	8	18	42	1.80
33083894--33084191	107	2.8	108	81	6	327	31	8	17	42	1.80
33084205--33084282	28	2.9	27	84	3	102	29	24	15	30	1.95
33088715--33089002	93	3.1	93	91	1	454	37	13	4	45	1.62
33092961--33093194	55	4.4	53	78	9	203	35	16	25	22	1.94
33098576--33098627	24	2.2	24	82	6	61	19	3	25	51	1.63
33104697--33104775	15	5.3	15	75	6	70	11	15	18	54	1.70
33124312--33124430	27	4.4	27	85	0	139	36	18	20	25	1.95
33131841--33131959	27	4.4	27	82	0	139	35	18	21	24	1.96
33132609--33132660	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
33134580--33134622	20	2.2	20	83	8	52	32	13	4	48	1.63
33141723--33141775	14	3.9	13	80	7	61	16	9	1	71	1.21
33144739--33144795	20	2.8	20	91	0	96	45	0	28	26	1.54
33147121--33147530	46	8.7	46	74	10	203	27	19	29	23	1.98
33147303--33147530	48	4.7	48	71	14	148	27	18	28	25	1.98
33149830--33149873	22	2.0	22	86	8	63	27	0	18	54	1.44
33155242--33155397	43	3.7	41	79	7	152	35	25	14	24	1.93
33159870--33160013	46	3.1	46	72	14	134	28	28	20	22	1.99
33162163--33162300	49	2.8	49	84	3	170	25	18	28	28	1.98
33162155--33162301	50	3.0	50	83	4	181	24	17	29	29	1.97
33165299--33165360	29	2.2	28	88	11	92	9	11	16	62	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33165304--33165363	14	4.1	15	76	21	65	10	13	13	63	1.52
33167498--33167632	49	2.7	50	79	5	157	27	20	24	27	1.99
33167493--33167625	51	2.7	50	80	4	153	27	20	25	27	1.99
33173007--33173045	20	2.0	20	85	5	53	17	38	25	17	1.92
33174204--33174237	12	2.8	12	86	0	50	32	41	0	26	1.56
33178840--33178977	43	3.2	43	73	6	136	36	23	14	26	1.93
33194359--33194583	46	4.8	49	76	10	211	26	20	30	23	1.98
33202385--33202422	19	2.0	19	100	0	76	31	26	15	26	1.96
33207135--33207358	47	4.8	45	72	14	132	27	19	30	22	1.98
33207138--33207358	94	2.4	94	81	6	252	27	19	30	22	1.98
33211808--33211872	29	2.2	29	97	2	121	44	3	10	41	1.55
33215503--33215562	27	2.2	28	90	3	95	31	28	8	31	1.86
33215668--33215755	25	3.2	27	82	14	110	19	25	23	31	1.98
33215678--33215766	25	3.2	28	81	10	94	21	26	20	31	1.98
33216819--33216852	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
33223326--33223387	28	2.2	28	85	5	81	30	24	8	37	1.84
33223523--33223581	27	2.1	29	87	6	86	20	25	23	30	1.98
33223529--33223592	29	2.3	28	83	5	76	23	26	18	31	1.98
33233245--33233415	46	3.7	44	76	13	141	25	18	30	25	1.98
33237674--33237712	19	2.1	19	90	9	62	30	2	20	46	1.64
33238290--33238395	42	2.5	43	82	1	133	25	19	26	28	1.99
33238257--33238402	43	3.4	42	78	8	145	23	18	27	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33240291--33240361	35	2.0	35	97	0	133	38	9	2	49	1.51
33251511--33251537	14	1.9	14	100	0	54	37	11	14	37	1.82
33254266--33254585	159	2.0	161	98	1	617	36	17	22	23	1.95
33256994--33257045	26	2.0	26	100	0	104	46	7	7	38	1.61
33257714--33257764	17	2.7	20	79	14	63	64	1	5	27	1.27
33257962--33258032	28	2.5	28	71	15	65	36	2	1	59	1.21
33258000--33258063	19	3.4	19	82	2	76	34	4	1	59	1.28
33258087--33258256	83	2.0	85	83	6	213	37	6	18	37	1.77
33261979--33262022	23	1.9	23	100	0	88	22	22	9	45	1.80
33262127--33262176	24	2.1	23	88	3	73	52	0	2	46	1.12
33262215--33262263	20	2.7	18	77	22	57	51	4	2	42	1.32
33263878--33263908	16	1.9	16	93	0	53	70	9	9	9	1.33
33266559--33266629	29	2.5	29	83	2	90	32	25	11	30	1.91
33266845--33266881	16	2.3	16	95	0	65	8	24	18	48	1.75
33270416--33270493	38	2.1	38	87	0	111	24	16	15	43	1.86
33272846--33272917	36	2.0	36	97	0	135	22	23	11	43	1.85
33275006--33275053	20	2.4	20	100	0	96	8	27	39	25	1.84
33275716--33275740	13	1.9	13	100	0	50	88	0	12	0	0.53
33285378--33285480	54	1.9	54	87	0	152	23	21	34	20	1.96
33285396--33285498	54	1.9	54	86	4	145	23	21	34	20	1.96
33287932--33287986	28	1.9	29	85	3	76	18	41	23	16	1.89
33304508--33304646	58	2.4	58	81	4	165	43	1	2	51	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33307475--33307741	46	5.7	46	78	10	206	25	17	31	25	1.97
33310299--33310424	53	2.4	53	86	2	182	36	11	23	28	1.90
33310540--33310643	29	3.6	29	70	12	79	30	14	25	28	1.95
33310549--33310659	57	1.9	57	83	0	141	31	15	25	27	1.95
33310637--33310700	30	2.2	29	83	8	78	26	10	26	35	1.90
33316281--33316477	27	7.3	27	82	4	218	28	15	19	36	1.92
33316293--33316481	81	2.3	81	88	1	281	28	14	19	37	1.91
33318215--33318397	40	4.6	40	82	6	187	24	20	27	28	1.99
33318268--33318434	79	2.1	79	81	6	187	24	19	28	27	1.99
33318295--33318444	40	3.8	39	80	7	117	24	21	28	25	1.99
33322163--33322273	27	4.1	27	84	1	134	17	22	21	38	1.93
33324656--33324728	36	2.0	36	97	0	137	19	24	21	34	1.96
33324890--33325138	43	5.8	43	82	1	250	30	27	17	24	1.97
33324892--33325138	85	2.9	86	79	1	246	30	27	17	24	1.97
33325809--33327184	23	60.4	23	72	11	850	39	22	4	33	1.74
33325976--33326892	206	4.5	206	85	6	792	39	22	4	34	1.74
33325830--33327184	160	8.5	159	79	8	894	39	22	4	33	1.74
33328377--33328497	41	3.0	41	79	7	129	28	23	16	31	1.96
33328926--33329009	14	6.0	14	69	14	66	52	26	1	20	1.54
33328936--33329017	28	2.9	27	77	16	78	52	26	1	19	1.54
33329798--33329934	41	3.3	41	78	4	150	24	24	13	37	1.92
33333856--33333925	10	6.9	10	73	3	59	21	25	14	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33336401--33336507	11	9.6	11	68	24	57	45	2	1	49	1.27
33336460--33336506	17	2.7	18	90	6	71	48	2	0	48	1.13
33339014--33339076	18	3.4	18	72	10	56	39	23	12	23	1.89
33343068--33343238	93	1.8	94	85	8	242	26	16	31	25	1.96
33343075--33343239	46	3.5	44	80	13	172	26	16	31	25	1.96
33343073--33343295	93	2.4	94	78	11	215	26	17	30	25	1.98
33345786--33345833	10	4.6	10	80	10	51	35	2	2	60	1.20
33345786--33345835	22	2.4	20	86	6	64	36	2	4	58	1.29
33347667--33347706	20	2.0	20	100	0	80	20	20	0	60	1.37
33348521--33348571	25	2.1	24	82	10	59	54	0	25	19	1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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