genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.216.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70305015--70305087	4	16.8	4	77	19	51	73	0	1	24	0.90
70309076--70309209	41	3.2	40	80	12	139	37	22	15	24	1.93
70312322--70312365	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
70325917--70325958	15	2.7	15	92	3	66	57	14	11	16	1.66
70328716--70328897	49	3.7	49	86	2	265	29	25	18	26	1.98
70328697--70328895	100	2.0	100	92	0	335	29	25	19	26	1.98
70336895--70336943	10	4.9	10	85	9	73	69	2	8	20	1.24
70337216--70337281	31	2.1	31	100	0	132	42	9	9	39	1.68
70340803--70340851	10	4.8	10	85	11	55	63	4	0	32	1.13
70341978--70342041	31	2.1	31	87	0	92	26	23	14	35	1.93
70342246--70342397	24	6.4	24	90	3	236	28	21	21	29	1.98
70342246--70342398	71	2.1	71	92	1	252	28	20	21	29	1.98
70342246--70342397	47	3.2	48	88	5	229	28	21	21	29	1.98
70342455--70342511	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
70342443--70342513	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
70342448--70342502	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
70342550--70342596	24	2.0	24	91	0	76	25	14	25	34	1.94
70351236--70351394	49	3.3	49	93	3	277	35	6	28	28	1.83
70351236--70351631	47	8.6	47	80	10	424	33	8	29	28	1.86
70351361--70351428	34	2.0	34	100	0	136	32	11	32	23	1.91
70351312--70351477	83	2.0	83	93	0	287	33	9	30	27	1.88
70351236--70351571	179	1.9	177	93	1	573	34	7	28	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70351277--70351631	130	2.6	129	82	8	390	33	8	29	28	1.86
70353856--70354255	40	10.1	40	89	3	583	24	22	27	25	2.00
70356753--70356911	49	3.3	49	91	3	268	35	6	28	28	1.83
70356753--70357148	47	8.6	47	81	10	451	33	8	29	28	1.86
70356878--70356945	34	2.0	34	100	0	136	32	11	32	23	1.91
70356829--70356994	83	2.0	83	96	0	305	33	9	29	27	1.88
70356753--70357088	179	1.9	177	94	1	591	34	8	28	28	1.86
70359103--70359166	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
70359373--70359501	24	5.4	24	89	2	188	27	20	20	31	1.98
70359547--70359597	20	2.5	20	96	0	93	33	21	9	35	1.86
70359634--70359681	25	2.0	24	83	4	60	27	16	25	31	1.97
70367852--70367879	13	2.2	13	100	0	56	35	7	7	50	1.57
70392504--70392725	39	5.7	40	91	5	348	27	28	21	22	1.99
70399964--70400134	93	1.8	93	92	2	290	28	28	21	21	1.98
70399959--70400131	46	3.7	46	80	11	201	29	27	20	21	1.98
70402651--70402728	15	5.2	15	75	6	77	12	19	15	52	1.74
70405124--70405299	46	3.8	46	74	12	180	22	19	28	29	1.98
70405120--70405291	93	1.8	93	91	0	281	22	19	29	28	1.98
70407744--70407879	68	2.0	68	100	0	272	29	4	20	45	1.70
70412744--70412917	45	3.9	45	76	1	152	40	14	24	20	1.90
70419825--70420009	79	2.3	81	84	7	236	25	27	22	24	2.00
70419825--70420009	40	4.7	40	83	7	234	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70427711--70427895	79	2.3	81	83	7	227	25	27	22	24	2.00
70427711--70427895	40	4.7	40	82	7	225	25	27	22	24	2.00
70441935--70442010	38	2.0	38	100	0	152	44	23	5	26	1.74
70459974--70460089	57	2.0	57	100	0	232	31	25	10	31	1.89
70462402--70462489	3	29.3	3	72	22	62	32	1	0	65	1.00
70462324--70462489	57	2.8	59	71	15	141	32	3	1	63	1.17
70462449--70462498	24	2.1	24	81	7	57	34	2	2	62	1.18
70474367--70475213	44	19.4	44	84	1	1051	30	14	27	27	1.95
70476673--70476728	27	2.2	25	87	6	76	32	1	0	66	1.03
70476671--70476727	29	2.0	28	82	3	69	33	1	0	64	1.04
70476795--70476910	36	3.5	32	74	18	105	34	2	0	62	1.15
70476810--70476912	29	3.3	31	78	20	99	35	1	0	62	1.07
70476853--70476903	17	3.0	17	74	5	50	31	0	0	68	0.90
70476858--70476912	7	8.0	7	80	11	60	32	0	0	67	0.91
70477269--70477329	26	2.3	26	80	13	70	27	3	14	54	1.56
70481534--70481613	23	3.5	22	70	8	61	71	6	5	17	1.25
70481539--70481609	23	3.0	24	72	4	72	71	5	5	16	1.24
70481935--70481986	17	2.9	17	82	5	59	59	0	5	34	1.21
70481933--70481999	24	2.9	24	72	22	63	59	0	5	34	1.22
70481934--70482004	19	3.9	18	80	7	81	61	0	5	32	1.19
70482946--70483619	44	15.3	44	84	2	789	27	24	15	32	1.95
70492333--70492411	38	2.1	38	100	0	158	12	34	10	43	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70495343--70495417	22	3.3	21	71	14	60	72	4	5	18	1.20
70495739--70495803	24	2.9	24	70	22	61	60	0	6	33	1.22
70495738--70495808	17	4.1	17	81	3	70	61	0	5	32	1.19
70495736--70495832	17	5.7	17	73	12	58	61	2	4	31	1.26
70497408--70498095	44	15.6	44	84	2	826	28	26	14	30	1.95
70511344--70511386	12	3.6	12	74	0	50	62	0	4	32	1.15
70511344--70511421	31	2.5	30	82	10	86	62	0	5	32	1.17
70511376--70511421	19	2.4	19	82	7	58	65	0	4	30	1.12
70512773--70513372	44	13.6	44	84	1	772	27	26	15	30	1.95
70524231--70524276	19	2.4	19	82	7	58	65	0	4	30	1.12
70525832--70526696	44	19.7	44	86	2	1128	27	26	15	30	1.96
70531992--70532017	13	2.0	13	100	0	52	23	53	15	7	1.67
70538425--70538504	23	3.5	22	72	13	63	72	6	3	17	1.20
70538855--70538900	19	2.4	19	82	7	58	63	2	4	30	1.26
70545600--70545722	22	5.3	22	62	27	58	32	13	29	25	1.93
70545584--70545768	47	3.9	47	91	0	289	33	11	28	26	1.92
70545973--70546085	37	3.1	37	96	0	199	22	19	30	27	1.98
70547361--70547778	40	10.5	40	92	1	680	23	23	28	24	1.99
70547954--70548003	25	2.0	25	84	7	66	30	12	32	26	1.92
70551860--70552044	47	3.9	47	88	0	271	33	12	27	27	1.92
70552249--70552361	37	3.1	37	96	0	199	22	19	30	27	1.98
70558585--70558638	27	2.0	27	85	3	74	35	20	22	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70558639--70558784	27	5.4	27	85	0	202	24	20	19	35	1.95
70566200--70566344	27	5.4	27	83	2	166	26	22	17	33	1.96
70569619--70569896	50	5.5	50	77	3	254	34	25	15	24	1.95
70569616--70569896	150	1.9	152	87	3	424	34	25	15	24	1.95
70571868--70571945	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
70571898--70572224	173	1.9	174	93	0	566	30	14	24	31	1.94
70580023--70580100	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
70580053--70580378	172	1.9	174	93	1	566	30	14	24	31	1.94
70585308--70585867	138	4.1	138	87	1	784	40	9	6	43	1.63
70590989--70591139	29	5.1	30	73	11	132	41	15	23	19	1.89
70590968--70591225	89	2.9	88	86	2	338	41	14	23	20	1.89
70597773--70597891	29	4.1	30	78	9	115	26	32	13	26	1.94
70602267--70602313	24	2.0	24	100	0	94	34	38	12	14	1.85
70602324--70602401	29	2.8	28	88	7	113	26	32	16	24	1.96
70602358--70602413	29	1.9	30	85	7	80	28	30	14	26	1.95
70602326--70602434	58	1.9	57	82	1	137	27	30	15	26	1.96
70602624--70602663	16	2.5	16	87	0	53	15	22	17	45	1.85
70606784--70606904	47	2.6	47	90	0	188	38	12	23	25	1.90
70606878--70607030	54	2.8	55	82	3	184	34	16	24	24	1.95
70606892--70607080	55	3.5	53	80	5	182	34	18	24	22	1.96
70612272--70612348	36	2.2	36	95	2	138	48	7	22	22	1.76
70612854--70612901	15	3.1	14	77	13	51	29	6	10	54	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70613221--70613379	55	3.0	53	76	14	155	38	15	21	23	1.92
70613215--70613422	53	3.9	54	75	4	177	38	16	22	23	1.93
70615223--70615287	27	2.4	27	82	2	78	40	21	20	18	1.92
70615408--70615510	27	3.8	27	74	12	95	27	21	18	33	1.96
70615490--70615604	27	4.3	27	78	3	117	32	10	20	37	1.86
70615805--70615844	18	2.2	19	86	8	57	17	40	27	15	1.89
70619950--70619999	18	2.7	19	81	9	68	44	10	20	26	1.82
70620338--70620433	27	3.6	27	78	2	97	43	21	11	22	1.85
70620425--70620540	27	4.3	26	86	6	133	19	18	18	42	1.90
70620425--70620540	54	2.1	54	87	0	160	19	18	18	42	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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