genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.234.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76651948--76651972	13	1.9	13	100	0	50	72	0	0	28	0.86
76657678--76657763	28	3.1	29	80	5	88	27	13	27	30	1.95
76657676--76657750	28	2.7	28	83	4	89	26	14	28	30	1.95
76657676--76657785	55	2.0	56	82	7	134	27	14	30	28	1.95
76659344--76659628	49	5.9	49	92	2	456	29	29	8	32	1.87
76662532--76662573	21	2.0	20	82	13	50	30	28	19	21	1.97
76671129--76671193	28	2.3	29	86	2	96	29	32	13	24	1.94
76690237--76690357	42	2.8	43	81	8	133	24	19	23	32	1.97
76693428--76693507	32	2.7	27	74	18	70	32	26	20	21	1.97
76693467--76693519	27	2.0	27	85	7	72	33	26	22	16	1.96
76693668--76693710	22	2.0	22	95	0	77	30	25	27	16	1.97
76697666--76697824	28	5.6	28	70	11	85	27	30	15	27	1.96
76697697--76697826	57	2.3	58	82	5	167	26	30	15	28	1.96
76699402--76699804	212	1.9	210	85	3	549	33	10	19	36	1.87
76700886--76701152	46	5.8	46	74	11	258	21	19	29	29	1.98
76700882--76701146	93	2.8	93	94	0	458	21	20	30	28	1.98
76706489--76706661	47	3.7	47	77	13	212	23	20	29	27	1.99
76706544--76706715	46	3.7	45	78	10	204	21	20	29	28	1.98
76706493--76706707	93	2.3	93	95	0	385	22	20	29	27	1.99
76713907--76714068	86	1.9	85	85	8	222	24	19	22	33	1.97
76713894--76714068	43	4.1	42	77	11	158	25	18	23	32	1.97
76746038--76746348	152	2.0	154	88	5	461	37	14	14	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76748604--76748686	44	1.9	43	85	2	112	18	9	2	69	1.26
76748679--76748724	5	9.2	5	85	9	51	21	4	0	73	1.00
76748685--76748731	15	3.3	14	82	11	51	25	2	0	72	0.96
76748818--76748853	13	2.8	14	88	12	51	41	0	0	58	0.98
76748926--76748997	22	3.1	22	72	16	65	40	0	2	56	1.13
76748968--76749088	20	5.7	20	65	21	66	39	0	0	58	1.09
76749036--76749102	22	3.1	22	77	14	77	44	0	0	55	0.99
76748773--76749066	33	8.9	32	71	18	176	39	1	3	55	1.25
76749032--76749103	20	3.6	20	83	14	87	44	0	0	55	0.99
76749213--76749256	23	2.0	22	86	4	61	52	0	0	47	1.00
76749259--76749300	21	2.0	21	90	9	68	57	4	0	38	1.20
76749229--76749320	33	2.7	36	83	6	120	56	3	0	40	1.15
76749266--76749367	23	4.6	23	81	13	108	52	2	0	44	1.16
76749287--76749378	44	2.1	44	86	11	127	54	2	0	43	1.12
76750620--76750654	17	2.1	17	88	0	52	40	17	2	40	1.64
76751385--76751416	13	2.5	13	95	5	57	25	15	0	59	1.36
76751840--76751877	16	2.3	17	86	4	51	13	7	7	71	1.31
76758651--76758686	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
76758638--76758678	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
76758842--76758926	21	4.0	21	76	4	80	38	23	21	16	1.92
76778798--76778944	42	3.3	42	83	8	170	29	27	13	29	1.94
76778864--76779034	47	3.6	48	83	7	199	30	27	14	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76778825--76779034	47	4.6	46	80	8	196	30	27	14	28	1.95
76779056--76779204	31	4.8	31	89	0	217	27	26	18	26	1.98
76779180--76779306	50	2.5	50	87	3	175	26	22	14	36	1.93
76788407--76788523	29	4.1	29	89	1	173	28	27	16	28	1.97
76788724--76788760	16	2.3	16	90	0	56	8	21	16	54	1.68
76788718--76788763	24	2.0	23	87	12	67	8	23	17	50	1.74
76790602--76790637	11	3.3	11	100	0	72	36	11	19	33	1.87
76791969--76792139	60	2.8	59	77	11	152	26	25	19	28	1.99
76791991--76792103	28	3.9	28	73	18	88	26	26	19	27	1.99
76792003--76792139	60	2.3	60	85	8	172	25	25	20	28	1.99
76793698--76793761	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
76793968--76794095	24	5.4	24	90	4	206	28	21	20	28	1.98
76793975--76794094	23	5.1	23	91	3	195	30	20	20	28	1.98
76793975--76794096	47	2.6	47	96	0	217	29	20	21	28	1.98
76794151--76794211	20	3.0	20	95	0	113	32	19	11	36	1.88
76794153--76794209	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
76794248--76794295	25	2.0	24	83	4	60	25	18	25	31	1.98
76796653--76796828	56	3.1	56	98	0	334	46	8	22	22	1.79
76798035--76798076	21	2.0	21	95	0	75	23	26	33	16	1.96
76797948--76798156	100	2.1	103	82	6	257	25	22	28	23	1.99
76798058--76798202	40	3.7	40	88	2	204	24	21	27	26	1.99
76798065--76798235	80	2.2	79	83	6	204	26	19	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76804000--76804174	56	3.1	56	97	1	334	45	9	22	22	1.81
76805303--76805527	40	5.7	40	85	5	287	24	22	27	25	2.00
76805303--76805560	119	2.2	119	81	6	283	25	21	27	25	2.00
76812571--76812701	20	6.5	21	70	11	96	29	22	33	14	1.93
76812574--76812706	40	3.3	39	79	8	108	30	21	33	15	1.93
76812673--76812799	40	3.2	40	79	4	132	30	16	31	21	1.95
76813358--76813396	17	2.3	17	86	8	53	41	20	0	38	1.53
76814137--76814281	54	2.7	55	90	3	215	40	20	20	19	1.91
76814194--76814422	95	2.4	95	85	1	307	37	23	21	17	1.93
76824718--76824898	40	4.6	40	90	2	260	22	28	23	25	1.99
76833832--76833898	33	2.0	33	100	0	134	31	20	20	26	1.98
76834005--76834071	33	2.0	33	100	0	134	34	5	26	32	1.81
76836673--76836781	43	2.5	44	78	8	125	30	13	26	29	1.94
76858642--76858715	34	2.2	34	92	0	121	33	28	10	27	1.90
76858770--76858834	27	2.4	27	92	0	103	21	26	13	38	1.91
76858898--76859102	31	6.5	31	83	2	232	28	28	14	28	1.95
76858897--76859102	93	2.2	93	84	3	261	29	28	14	28	1.95
76859104--76859207	33	3.2	33	84	5	131	26	22	13	37	1.91
76859184--76859264	33	2.5	32	79	16	87	19	20	13	45	1.84
76860878--76860930	11	4.7	11	75	13	54	64	3	0	32	1.12
76860878--76860943	34	2.0	33	82	8	82	59	4	0	36	1.18
76862962--76863112	6	24.3	6	69	20	89	48	14	17	19	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76862946--76863112	31	5.4	31	84	5	196	49	14	16	19	1.80
76863044--76863101	19	3.4	19	65	30	58	46	17	17	18	1.84
76863249--76863322	27	2.8	27	89	2	105	36	21	24	17	1.95
76863481--76863545	22	3.0	21	73	13	60	35	23	21	20	1.96
76864000--76864348	27	12.9	27	84	2	441	27	19	17	35	1.94
76864042--76864411	54	6.9	52	81	9	261	28	16	18	37	1.92
76864341--76864456	27	4.3	28	79	6	105	27	7	22	42	1.81
76864368--76864480	54	2.1	54	85	3	147	30	7	21	41	1.79
76864406--76864480	27	2.8	27	72	0	69	32	6	18	42	1.76
76864406--76864616	54	3.9	54	82	0	161	37	7	20	34	1.80
76864459--76864630	27	6.4	27	86	0	218	41	6	20	31	1.79
76864459--76864630	81	2.1	81	90	0	254	41	6	20	31	1.79
76864640--76864815	27	6.6	27	80	7	180	28	10	20	40	1.85
76864640--76864789	53	2.8	54	80	5	187	28	10	20	41	1.84
76864640--76864815	80	2.2	81	83	5	230	28	10	20	40	1.85
76866305--76866472	43	3.9	42	75	8	135	26	16	23	33	1.96
76866357--76866448	42	2.2	42	86	2	121	30	17	20	31	1.96
76870543--76870636	43	2.2	43	78	0	98	27	14	25	31	1.95
76881503--76881563	17	3.5	17	67	10	52	26	3	22	47	1.67
76881508--76881610	34	3.0	34	94	0	179	22	6	24	46	1.76
76887832--76887864	17	1.9	17	100	0	66	33	24	0	42	1.55
76891083--76891349	48	5.6	49	85	6	314	27	29	17	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76891083--76891350	96	2.8	97	87	4	373	27	29	17	25	1.97
76891083--76891350	144	1.9	144	87	3	396	27	29	17	25	1.97
76893989--76894050	15	4.1	15	85	0	79	56	17	14	11	1.67
76893991--76894049	30	2.0	30	93	0	100	54	18	15	11	1.71
76894045--76894096	25	2.0	27	82	14	65	53	17	9	19	1.70
76897915--76898039	47	2.7	44	77	14	110	27	20	28	24	1.99
76908024--76908124	47	2.1	48	85	8	136	26	29	16	26	1.97
76909075--76909141	24	2.8	24	83	2	89	38	19	23	17	1.93
76919957--76920133	27	6.5	27	77	6	110	27	15	28	29	1.96
76919958--76920113	54	2.9	54	78	8	165	26	15	28	28	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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