genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20067185--20067236	16	3.2	16	84	10	63	65	3	30	0	1.10
20067936--20068061	63	2.0	63	92	0	207	29	23	23	23	1.99
20080421--20080452	9	3.6	9	95	0	55	9	18	0	71	1.12
20092605--20092669	32	2.1	30	88	5	94	58	13	3	24	1.50
20094503--20094684	40	4.6	40	93	3	289	25	26	23	24	2.00
20098442--20098530	43	2.1	43	97	0	169	40	7	13	38	1.74
20098785--20098992	46	4.5	46	81	6	231	26	20	29	23	1.99
20098926--20099052	47	2.7	48	81	6	145	32	19	25	22	1.98
20098790--20099047	140	1.8	140	81	4	324	29	19	27	23	1.98
20106117--20106173	30	1.9	30	92	0	96	28	12	26	33	1.92
20106513--20106731	94	2.3	93	84	10	270	27	21	28	21	1.99
20106515--20106730	46	4.6	45	78	14	190	27	21	28	21	1.99
20106515--20106780	140	1.9	141	80	8	310	27	21	27	23	1.99
20107918--20107957	21	2.0	21	85	5	55	15	35	25	25	1.94
20111597--20111642	23	2.0	23	95	0	83	21	26	10	41	1.86
20125002--20125031	15	2.0	15	93	0	51	13	10	13	63	1.52
20126737--20126762	9	2.9	9	100	0	52	11	0	23	65	1.25
20127069--20127126	30	1.9	30	82	6	73	37	13	17	31	1.89
20131225--20131268	8	5.6	8	79	15	56	50	0	4	45	1.22
20139578--20139640	29	2.2	28	83	8	74	73	7	14	4	1.23
20141366--20141546	64	2.8	64	91	2	294	29	16	14	38	1.89
20141614--20141698	44	1.9	45	87	2	127	31	18	22	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20141775--20142194	177	2.4	178	86	3	517	31	18	24	25	1.97
20142253--20142348	43	2.2	45	81	3	115	30	13	27	29	1.94
20141928--20142517	323	1.8	323	89	1	930	30	17	25	25	1.97
20142197--20142955	177	4.3	177	86	1	961	30	16	24	27	1.97
20142604--20142702	44	2.2	45	80	10	114	29	15	25	30	1.95
20147431--20147478	24	2.0	24	95	0	87	27	16	25	31	1.97
20147923--20147972	25	2.0	25	84	0	64	38	14	10	38	1.79
20158167--20158196	3	10.0	3	92	0	51	70	0	30	0	0.88
20158893--20158960	16	4.2	16	90	0	91	38	2	27	30	1.72
20158942--20159035	44	2.1	46	84	4	120	36	5	23	35	1.78
20159104--20159154	26	2.0	26	88	3	77	41	0	7	50	1.31
20159246--20159315	13	5.7	13	77	17	78	50	0	0	50	1.00
20159232--20159316	23	3.7	22	80	12	73	49	1	0	49	1.08
20159247--20159333	36	2.5	36	92	3	142	49	0	0	50	1.00
20159271--20159333	20	3.3	20	70	17	71	49	0	0	50	1.00
20159457--20159592	58	2.3	58	82	5	177	52	2	1	42	1.25
20173389--20173619	41	5.6	41	90	1	277	32	26	14	26	1.94
20173389--20173616	123	1.9	123	84	3	307	33	26	14	26	1.94
20178601--20178632	13	2.3	15	89	10	50	21	34	6	37	1.79
20181033--20181143	41	2.7	41	93	4	181	37	24	11	26	1.89
20182801--20182859	29	2.0	29	96	0	109	22	10	5	62	1.46
20195445--20195477	17	1.9	18	88	11	52	42	9	0	48	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20202867--20202905	19	2.1	19	100	0	78	23	10	35	30	1.88
20203230--20203261	16	2.0	16	93	0	55	59	0	6	34	1.23
20203237--20203275	19	2.0	20	85	5	53	53	0	2	43	1.14
20209661--20209726	32	2.1	32	100	0	132	15	18	13	53	1.74
20213291--20213336	23	2.0	23	100	0	92	52	17	4	26	1.63
20219340--20219377	20	1.9	20	94	0	67	50	0	2	47	1.15
20224020--20224238	80	2.8	79	91	5	338	26	22	27	24	2.00
20224020--20224205	40	4.7	40	91	4	315	24	22	27	24	2.00
20236589--20236667	37	2.1	37	88	0	113	26	31	17	24	1.97
20236786--20237448	47	13.9	47	95	2	1123	29	29	8	31	1.87
20236786--20237448	191	3.5	190	96	1	1181	29	29	8	31	1.87
20236788--20237448	238	2.8	238	94	2	1136	29	29	8	31	1.87
20246515--20246643	46	2.8	46	88	4	181	20	20	27	31	1.97
20249123--20249298	46	3.8	46	79	14	209	20	20	29	29	1.98
20249120--20249291	93	1.8	93	95	2	310	20	20	29	28	1.98
20255943--20256120	80	2.2	80	93	3	297	25	23	27	24	2.00
20255939--20256087	40	3.7	40	98	0	289	24	22	27	24	2.00
20260202--20260261	19	3.1	19	71	22	52	18	1	23	56	1.50
20269696--20270917	613	2.0	604	91	2	1989	32	13	21	32	1.92
20271507--20271538	15	2.1	15	100	0	64	18	12	31	37	1.88
20274112--20274786	337	2.0	337	100	0	1350	30	8	24	36	1.85
20279320--20279352	16	2.1	16	94	0	57	54	6	15	24	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20279806--20279877	21	3.4	21	84	0	90	22	34	6	36	1.81
20279801--20279860	18	3.2	18	83	7	57	20	35	6	38	1.79
20287825--20287857	13	2.6	13	95	4	59	30	0	15	54	1.41
20288257--20288314	29	2.0	29	100	0	116	20	27	13	37	1.91
20310349--20310413	30	2.3	27	82	17	80	36	0	4	58	1.19
20312042--20312096	23	2.4	24	80	20	64	70	1	3	23	1.12
20315590--20315929	41	8.3	41	90	0	527	22	28	20	29	1.98
20315596--20315929	82	4.1	82	100	0	668	22	28	20	29	1.98
20316141--20316177	19	1.9	19	94	0	65	45	18	0	35	1.50
20322477--20322816	41	8.3	41	90	0	527	22	28	20	29	1.98
20322483--20322816	82	4.1	82	100	0	668	22	28	20	29	1.98
20323028--20323064	19	1.9	19	94	0	65	45	18	0	35	1.50
20328557--20328619	33	1.9	33	96	0	117	38	11	12	38	1.79
20333561--20333815	55	4.8	54	76	11	226	37	16	24	21	1.94
20339884--20341221	180	7.5	180	85	3	1636	28	23	17	31	1.97
20340657--20341119	93	5.2	86	63	17	208	28	23	16	31	1.96
20344917--20345560	47	13.6	47	93	1	1072	29	29	8	33	1.87
20344917--20345560	190	3.4	189	94	0	1085	29	29	8	33	1.87
20347053--20347077	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
20349364--20349652	119	2.4	120	91	2	456	26	27	21	24	1.99
20349368--20349665	159	1.9	159	88	1	454	26	27	21	24	1.99
20349364--20349652	40	7.2	40	93	2	456	26	27	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20351121--20351810	47	14.6	47	94	1	1175	28	29	8	32	1.87
20353301--20353325	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
20375030--20375166	55	2.5	55	77	8	136	35	18	24	21	1.95
20376263--20376338	29	2.6	29	89	0	116	19	22	25	32	1.97
20376322--20376400	31	2.5	31	95	0	140	29	26	16	27	1.97
20376424--20376515	42	2.2	42	92	0	148	34	21	14	29	1.93
20376663--20376730	24	2.8	24	93	2	109	23	25	29	22	1.99
20377631--20377686	27	2.1	26	83	9	69	37	12	14	35	1.84
20377715--20377791	27	2.9	27	75	11	77	29	9	20	40	1.83
20377823--20377914	27	3.4	27	80	5	114	39	8	25	27	1.85
20377813--20377937	54	2.3	53	77	11	128	36	10	23	30	1.88
20385576--20385606	16	1.9	16	93	0	53	35	22	12	29	1.91
20386029--20386059	13	2.3	14	94	5	55	61	0	0	38	0.96
20386508--20386544	16	2.2	17	86	13	51	32	0	5	62	1.18
20389781--20389925	40	3.6	40	84	4	184	25	24	26	24	2.00
20396945--20396997	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
20398482--20398565	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
20402256--20402866	305	2.0	305	99	0	1204	28	11	20	40	1.87
20405424--20405456	11	2.8	12	81	9	50	0	6	12	81	0.85
20413063--20413127	28	2.3	28	89	0	103	40	9	21	29	1.84
20413200--20413460	39	6.7	39	91	2	391	18	21	30	30	1.96
20416086--20416126	19	2.2	19	86	0	55	75	7	0	17	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20416574--20416675	28	3.6	28	85	4	125	30	20	26	22	1.98
20416787--20416845	28	2.1	28	90	0	91	33	8	22	35	1.84
20421114--20421160	23	2.0	23	100	0	94	25	12	25	36	1.92
20423995--20424035	19	2.2	19	86	0	55	75	7	0	17	1.02
20424494--20424584	28	3.2	28	85	4	121	31	23	23	21	1.98
20424690--20424754	28	2.3	28	92	5	105	30	7	26	35	1.84
20430436--20430500	28	2.3	28	89	0	103	36	9	24	29	1.86
20430573--20430795	39	5.7	39	89	1	313	18	21	29	30	1.97
20432454--20432496	22	2.0	22	100	0	86	46	20	0	32	1.51
20434028--20434063	18	2.1	18	89	5	56	50	0	16	33	1.46

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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