genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22776284--22776394	55	2.0	55	100	0	222	32	12	23	31	1.92
22778123--22778227	53	2.0	53	82	0	129	20	23	18	38	1.93
22783448--22783491	19	2.3	19	84	0	52	18	6	4	70	1.27
22784095--22784562	232	2.0	232	92	0	774	34	17	15	32	1.91
22786541--22786587	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
22794653--22794692	21	1.9	21	100	0	80	22	25	5	47	1.71
22809290--22809558	54	5.0	54	85	3	326	22	23	15	37	1.93
22809283--22809558	108	2.6	108	85	2	360	22	23	15	38	1.92
22810258--22810315	30	1.9	30	89	0	89	34	18	6	39	1.78
22816667--22816707	21	2.0	21	85	4	57	26	0	19	53	1.45
22821659--22821692	5	6.8	5	86	0	50	20	2	0	76	0.92
22821863--22821920	14	3.9	14	74	14	53	32	1	3	62	1.22
22831800--22831850	20	2.6	20	81	9	61	33	0	5	60	1.21
22834854--22835029	39	4.5	39	91	0	280	45	19	3	31	1.67
22835110--22835165	16	3.5	16	90	0	76	30	7	3	58	1.42
22837650--22837726	31	2.5	31	93	0	118	55	11	3	28	1.53
22837896--22837956	30	2.0	30	100	0	122	45	18	9	26	1.80
22844982--22845049	34	2.0	34	82	0	82	41	26	7	25	1.81
22846202--22846471	39	6.9	40	85	4	345	48	17	2	31	1.61
22846193--22846471	78	3.6	78	89	0	409	48	17	2	31	1.61
22849492--22849691	101	2.0	101	83	3	251	19	25	25	30	1.98
22852815--22853030	46	4.7	44	79	11	193	29	19	29	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22854182--22854265	22	3.9	22	88	1	125	11	35	27	25	1.91
22857175--22857205	16	1.9	16	93	0	53	70	0	0	29	0.87
22857996--22858025	15	2.0	15	93	0	51	50	6	6	36	1.55
22860536--22860651	41	2.7	43	80	4	137	31	28	16	23	1.96
22860536--22860665	43	3.1	42	75	11	122	33	27	16	23	1.95
22861540--22861594	25	2.2	26	78	15	62	41	10	0	47	1.39
22871802--22871853	14	3.6	13	78	19	50	40	7	0	51	1.30
22873609--22873741	40	3.3	39	74	9	108	32	27	12	27	1.93
22882746--22882919	45	3.9	45	83	6	187	26	27	21	24	2.00
22887323--22887500	40	4.5	40	91	2	270	25	27	23	23	2.00
22895552--22895729	40	4.5	40	91	2	270	25	27	23	23	2.00
22899479--22899773	47	6.3	47	92	1	475	33	8	30	27	1.87
22907765--22907855	46	2.0	46	82	0	110	26	29	8	35	1.87
22907872--22907947	22	3.3	22	66	28	59	25	28	11	34	1.91
22907834--22908113	47	6.0	47	94	0	436	26	29	10	33	1.90
22907988--22908065	25	3.2	25	64	29	69	29	29	10	30	1.90
22907919--22908040	22	5.3	22	63	27	65	25	29	13	31	1.93
22913936--22914362	48	8.9	48	79	4	407	26	16	29	27	1.97
22913923--22914329	144	2.8	144	82	1	458	26	16	29	28	1.97
22916221--22916484	93	2.8	93	94	0	456	29	28	19	22	1.98
22916212--22916480	46	5.8	46	76	13	282	29	28	19	22	1.98
22921159--22921263	53	2.0	53	86	0	147	19	24	19	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22927634--22927734	48	2.1	48	96	0	184	33	23	9	32	1.88
22938037--22938088	26	2.0	26	100	0	104	26	3	19	50	1.65
22939498--22939611	39	2.9	39	79	5	149	27	28	21	23	1.99
22945498--22946361	48	18.2	48	78	4	865	26	17	28	27	1.98
22945511--22946361	192	4.5	193	84	5	1047	26	17	28	27	1.98
22949865--22949923	15	3.6	15	71	20	55	37	11	8	42	1.72
22956410--22956463	21	2.7	21	88	5	76	62	5	0	31	1.18
22960112--22960188	33	2.3	33	100	0	154	6	42	10	40	1.65
22975424--22975548	43	2.9	43	85	7	130	35	26	13	24	1.93
22983774--22983806	15	2.1	16	88	5	50	3	6	9	81	0.95
23000736--23000804	34	2.0	34	100	0	138	34	23	8	33	1.85
23002005--23002159	61	2.6	57	81	10	172	55	2	0	41	1.18
23002133--23002182	24	2.1	23	85	10	66	62	2	0	36	1.07
23003547--23003655	37	2.9	37	95	0	191	26	31	19	22	1.98
23003860--23004051	47	4.1	47	91	1	289	26	29	11	32	1.92
23003951--23004026	22	3.3	22	67	22	66	25	30	13	31	1.93
23008691--23008878	49	3.8	49	86	1	241	27	18	26	28	1.98
23018551--23018587	18	2.0	19	89	5	58	70	0	2	27	1.01
23020940--23020981	21	2.0	20	82	13	50	52	9	7	30	1.61
23021515--23021557	23	1.9	23	86	13	63	39	27	0	32	1.57
23023369--23023395	13	2.1	13	100	0	54	33	7	22	37	1.82
23025543--23025670	28	4.5	28	85	6	159	32	25	12	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23025542--23025670	57	2.3	57	84	2	170	32	26	12	28	1.92
23030209--23030315	28	3.8	28	87	7	153	33	25	12	28	1.92
23032762--23032940	78	2.3	79	80	4	193	28	26	21	22	1.99
23032832--23032940	40	2.7	41	90	4	168	29	26	22	22	1.99
23040802--23040971	40	4.3	39	83	5	200	28	27	20	23	1.99
23045114--23045194	42	1.9	42	92	0	135	23	33	23	19	1.97
23049865--23049916	25	2.1	25	100	0	104	26	40	7	25	1.82
23055152--23055212	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
23060411--23061191	390	2.0	390	99	0	1535	23	17	29	29	1.97
23061243--23061568	27	12.1	27	84	3	379	38	20	17	23	1.93
23061246--23061569	81	4.0	81	86	4	422	38	19	17	24	1.93
23061246--23061567	54	6.0	54	88	0	439	38	19	17	24	1.93
23061771--23061840	25	2.8	25	91	0	104	27	24	22	25	2.00
23064858--23064909	23	2.3	23	89	0	77	51	21	13	13	1.74
23071437--23071479	17	2.5	17	88	0	50	27	11	34	25	1.91
23078023--23078076	27	2.1	27	86	6	76	14	14	22	48	1.81
23078312--23078425	29	4.0	29	86	6	144	28	28	14	27	1.96
23078636--23078678	16	2.7	16	88	0	59	6	16	20	55	1.64
23083614--23083649	16	2.2	17	90	5	56	16	5	25	52	1.65
23091983--23092154	93	1.8	94	91	1	283	27	30	21	20	1.98
23091975--23092151	46	3.8	46	78	10	189	28	29	20	20	1.98
23092027--23092170	46	3.1	45	74	21	129	28	29	20	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23094483--23094530	15	3.2	15	80	11	62	58	14	14	12	1.64
23094474--23094530	30	2.0	28	89	6	87	57	15	15	10	1.64
23097441--23097611	93	1.8	93	94	0	306	27	29	21	21	1.98
23097433--23097608	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
23101716--23101938	40	5.6	39	85	6	272	24	21	27	25	1.99
23101716--23101938	78	2.8	78	86	4	279	24	21	27	25	1.99
23101716--23101971	79	3.2	78	83	7	234	25	21	27	25	1.99
23113623--23113827	27	7.6	27	85	4	252	26	15	28	29	1.96
23117275--23117492	40	5.5	40	85	4	266	22	23	27	25	2.00
23120088--23120241	84	1.8	84	84	5	213	27	19	27	25	1.99
23120085--23120241	43	3.7	42	77	6	165	26	19	27	26	1.99
23132931--23133038	26	4.2	26	93	0	189	36	26	5	31	1.80
23137099--23137271	43	4.0	43	79	5	179	25	16	24	33	1.96
23137330--23137371	20	2.1	20	95	0	75	50	11	9	28	1.70
23139861--23139913	25	2.1	25	100	0	106	22	7	32	37	1.82
23152143--23152209	34	2.0	34	85	11	93	23	25	22	28	1.99
23155805--23155883	40	2.0	40	97	0	149	29	24	24	22	1.99
23155807--23155958	39	3.8	39	84	3	153	27	24	25	22	2.00
23157602--23157772	27	6.3	27	85	2	236	36	19	18	25	1.95
23157602--23157801	27	7.4	27	84	1	231	35	20	19	25	1.95
23157602--23157801	81	2.5	81	87	1	285	35	20	19	25	1.95
23159971--23160021	25	2.0	25	100	0	102	27	15	29	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23161217--23161336	45	2.7	45	94	0	204	22	15	31	30	1.94
23169034--23169105	34	2.1	34	89	2	110	29	18	22	30	1.97
23178475--23178651	39	4.5	39	84	9	177	24	22	28	25	1.99
23189451--23189495	19	2.4	18	82	7	54	15	6	0	77	0.96
23189464--23189503	19	2.1	19	86	9	55	17	2	0	80	0.83
23233450--23233621	93	1.8	93	94	0	308	27	28	21	22	1.99
23233445--23233617	46	3.7	46	79	10	208	28	27	21	22	1.99
23234042--23234102	30	2.0	30	90	0	95	31	24	8	36	1.85
23237179--23237266	27	3.3	26	88	3	113	40	18	18	22	1.91
23237259--23237446	27	7.0	27	80	7	213	26	14	20	38	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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