genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
645896--645953	8	7.6	8	75	11	59	5	0	50	44	1.24
646990--647019	11	2.7	11	94	0	51	63	0	33	3	1.11
651248--651339	48	1.9	47	93	2	157	34	10	11	42	1.77
651379--651403	4	6.2	4	100	0	50	48	0	0	52	1.00
651590--651672	42	2.0	42	92	0	139	27	10	15	45	1.80
654027--654063	12	3.1	12	88	0	56	27	16	45	10	1.80
655129--655198	19	3.2	23	62	25	60	42	18	4	34	1.70
655127--655213	43	2.0	44	95	2	158	48	18	3	29	1.64
655829--655931	33	3.1	32	83	6	134	43	5	12	37	1.67
672038--672072	13	2.7	13	95	0	61	31	2	0	65	1.07
672034--672074	16	2.8	15	78	14	50	31	2	0	65	1.05
672130--672199	31	2.4	29	80	15	74	30	7	1	61	1.31
672702--672760	29	2.0	29	90	0	91	23	8	8	59	1.54
680056--680089	16	2.1	17	88	5	52	70	0	0	29	0.87
680876--680941	33	2.0	33	100	0	132	33	30	18	18	1.94
681782--681829	22	2.2	22	96	0	87	47	2	10	39	1.49
682724--682846	42	2.9	42	84	4	167	17	34	26	21	1.95
682888--682962	38	2.0	38	89	5	116	9	34	26	29	1.88
682621--683062	142	3.1	143	81	5	534	19	30	24	25	1.98
694092--694167	30	2.4	32	89	10	113	26	17	9	47	1.77
700351--700414	31	2.1	31	87	0	92	45	14	9	31	1.76
701234--701266	18	1.9	18	88	11	52	42	0	0	57	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
701883--701932	24	2.1	24	100	0	100	24	0	22	54	1.45
701883--701941	24	2.5	24	91	5	86	23	0	20	55	1.43
705640--705679	21	1.9	22	90	10	66	67	10	0	22	1.20
705690--705724	18	1.9	18	88	11	54	65	2	0	31	1.07
710736--710801	29	2.2	30	86	2	89	42	18	6	33	1.75
711450--711479	15	1.9	16	93	6	53	46	46	0	6	1.29
712674--712719	12	3.6	12	78	16	56	34	0	0	65	0.93
725504--725802	43	6.9	44	76	10	215	31	19	21	27	1.98
725330--725759	87	4.9	87	67	15	233	30	19	22	27	1.98
725282--725789	174	2.9	173	88	2	707	30	19	21	28	1.98
725383--725656	87	3.2	85	69	13	243	29	18	21	29	1.97
725331--725827	43	11.4	44	71	10	213	30	19	21	28	1.97
726158--726187	15	1.9	16	93	6	53	46	46	0	6	1.29
727370--727430	27	2.3	26	78	10	70	37	3	0	59	1.14
727385--727430	12	3.6	12	78	16	56	34	0	0	65	0.93
728834--728898	34	1.9	34	90	6	105	24	15	13	46	1.82
731287--731357	34	2.1	34	97	0	133	33	21	21	23	1.97
731412--731454	15	2.9	15	92	0	59	20	4	39	34	1.74
732037--732152	40	3.0	39	91	2	171	46	2	19	31	1.64
735218--735256	16	2.5	16	88	12	55	15	2	23	58	1.49
735526--735569	17	2.7	16	82	6	52	36	9	4	50	1.55
736679--736970	161	1.8	162	84	3	401	40	24	14	21	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
749031--749064	15	2.2	16	89	5	52	32	11	8	47	1.71
753705--753743	20	2.0	20	85	10	53	35	15	0	48	1.45
762767--762802	18	2.0	18	94	0	63	25	52	0	22	1.47
763079--763211	57	2.3	56	82	12	148	26	4	5	63	1.34
763189--763225	19	2.0	18	94	5	65	32	0	0	67	0.91
763189--763246	11	5.1	12	72	16	52	37	0	1	60	1.07
763197--763227	14	2.2	14	94	0	53	32	0	0	67	0.91
763422--763472	21	2.4	21	83	0	57	25	9	7	56	1.58
763688--763931	126	1.9	126	92	0	407	30	17	13	38	1.89
767432--767476	21	2.1	21	91	0	72	37	22	24	15	1.93
769993--770071	40	2.0	41	82	7	99	77	1	18	2	0.96
769994--770066	13	5.7	12	74	15	65	76	1	19	2	0.98
770028--770071	17	2.5	18	79	17	56	77	2	20	0	0.88
770027--770076	24	2.1	24	85	7	66	76	4	20	0	0.95
771334--771427	44	2.1	44	84	3	118	32	21	20	25	1.97
771418--772262	133	6.3	134	90	1	1209	29	20	22	27	1.99
772475--772538	29	2.2	29	86	5	94	31	51	1	15	1.53
772504--772578	37	2.0	37	100	0	150	29	54	0	16	1.42
772520--772592	18	4.0	18	71	16	69	27	56	0	16	1.41
772872--772996	57	2.2	56	80	13	134	27	4	5	62	1.38
772977--773012	7	4.9	8	83	16	51	36	0	0	63	0.94
772978--773012	14	2.4	14	95	4	61	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
777056--777088	13	2.5	13	95	0	57	15	18	6	60	1.54
777114--777180	35	1.9	35	100	0	134	34	19	5	40	1.76
784675--784705	15	2.1	15	93	0	53	25	3	0	70	1.02
787834--787881	23	2.1	23	96	0	87	37	16	6	39	1.74
791027--791071	20	2.2	20	84	7	56	55	2	0	42	1.12
798163--798213	21	2.3	23	83	12	72	49	0	1	49	1.12
819308--819388	40	2.0	40	100	0	162	24	13	14	46	1.81
819951--819987	16	2.2	18	85	9	51	72	0	16	10	1.10
824845--824870	11	2.4	11	100	0	52	80	0	0	19	0.71
826349--826389	22	1.9	21	85	14	57	26	0	19	53	1.45
826534--826559	12	2.2	12	100	0	52	46	0	15	38	1.46
827080--827111	11	2.8	12	90	9	57	43	0	12	43	1.42
861546--861572	8	3.4	8	100	0	54	33	0	0	66	0.92
863917--863952	10	3.7	10	92	7	65	27	0	0	72	0.85
865108--865335	72	3.2	71	92	3	377	31	20	12	36	1.89
869019--869043	12	2.1	12	100	0	50	48	0	0	52	1.00
877617--877661	22	2.0	22	91	0	72	48	15	2	33	1.57
879384--879434	22	2.3	22	89	0	75	49	15	1	33	1.56
883288--883368	42	1.9	42	87	9	121	37	7	13	41	1.73
885536--885583	19	2.6	19	83	3	62	35	2	12	50	1.52
889469--889516	19	2.6	19	86	3	71	35	2	14	47	1.56
889538--889619	42	2.0	42	92	0	137	29	7	15	47	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
901933--901971	18	2.2	18	95	0	69	12	23	28	35	1.91
917496--917603	55	2.0	55	82	10	132	25	4	12	57	1.54
919975--920015	19	2.2	18	86	8	55	58	0	4	36	1.20
920160--920191	17	1.9	16	93	6	55	87	3	0	9	0.64
920938--920993	26	2.2	26	96	3	105	35	7	7	50	1.57
921223--921456	119	2.0	119	84	3	310	39	8	10	41	1.71
925162--925214	17	3.6	14	80	19	56	62	0	1	35	1.06
929466--929496	14	2.1	15	94	5	55	22	0	0	77	0.77
930092--930135	19	2.4	19	85	7	56	20	11	2	65	1.35
931234--931267	14	2.4	14	90	0	50	38	2	0	58	1.13
940094--940136	18	2.4	18	92	7	70	55	0	0	44	0.99
942496--942558	19	3.2	20	76	19	60	38	1	3	57	1.24
942554--942642	27	3.3	26	76	19	83	38	3	2	56	1.29
942563--942664	53	1.9	51	83	16	129	36	1	1	59	1.20
947191--947232	21	2.0	20	86	4	57	38	0	2	59	1.10
948085--948117	4	8.2	4	93	0	57	24	3	27	45	1.68
948236--948270	4	8.8	4	100	0	70	25	0	22	51	1.48
951564--951617	27	2.0	27	100	0	108	18	14	11	55	1.68
952250--952284	18	2.1	18	89	10	56	34	14	5	45	1.68
957838--957892	26	2.1	26	86	0	74	34	1	1	61	1.17
957847--957882	18	1.9	19	88	5	56	33	0	2	63	1.08
958449--958480	16	2.0	16	100	0	64	43	12	18	25	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
960276--960369	30	3.1	30	95	1	161	26	25	6	41	1.79
960286--960363	15	5.2	15	70	11	70	26	23	7	42	1.81
962907--963000	30	3.1	30	95	1	161	26	25	6	41	1.79
962904--962994	15	6.1	15	71	11	71	28	24	6	40	1.80
976523--976589	18	3.7	18	85	0	89	34	8	17	38	1.82
992911--992951	18	2.2	19	87	12	59	2	12	12	73	1.20
993547--993586	21	1.9	21	85	10	55	32	0	5	62	1.17
998169--998790	120	5.2	120	98	1	1142	43	2	5	47	1.40
998169--998790	239	2.6	240	96	1	1142	43	2	5	47	1.40
998498--998532	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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