genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.119.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38262794--38262839	19	2.4	19	85	7	58	80	2	4	13	0.95
38263790--38263887	6	16.0	6	69	12	65	72	2	20	5	1.14
38263790--38263886	12	7.9	12	75	16	74	72	2	20	5	1.15
38263905--38263944	18	2.3	18	82	4	55	65	5	20	10	1.42
38263905--38263954	17	2.9	17	77	8	57	62	4	24	10	1.44
38263891--38263986	36	2.8	34	79	14	92	56	4	26	13	1.55
38263912--38263986	16	4.6	16	72	26	52	56	2	29	12	1.49
38265219--38265257	20	1.9	21	89	5	62	23	28	12	35	1.91
38265647--38265672	13	2.0	13	100	0	52	46	0	7	46	1.31
38278218--38279049	459	1.8	457	89	2	1312	24	15	17	42	1.88
38279235--38279383	78	1.9	78	88	2	228	38	25	18	16	1.92
38287571--38287607	19	1.9	19	89	10	58	70	2	24	2	1.14
38287531--38287617	32	2.8	32	75	21	80	72	1	21	4	1.09
38288681--38288730	13	3.8	13	86	5	66	20	0	2	78	0.86
38288679--38288735	23	2.5	22	78	18	64	21	0	1	77	0.86
38288694--38288732	6	6.3	6	91	5	60	17	0	2	79	0.84
38289138--38289177	20	2.0	20	100	0	80	30	30	10	30	1.90
38291063--38291309	49	5.0	50	84	2	309	24	18	28	28	1.98
38291168--38291251	28	3.2	28	64	25	74	25	16	29	28	1.97
38299189--38299285	30	3.2	30	75	2	97	28	14	27	28	1.95
38302014--38302061	14	3.4	14	85	0	60	18	31	6	43	1.75
38303334--38303378	6	8.2	6	79	18	53	2	17	0	80	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38303323--38303389	21	3.1	21	85	8	73	2	16	2	77	1.01
38303321--38303389	15	4.3	15	74	18	52	2	17	2	76	1.03
38312272--38312313	22	1.9	22	100	0	84	30	33	4	30	1.78
38312771--38312809	19	1.9	19	85	10	51	82	2	5	10	0.93
38321487--38321536	20	2.5	20	100	0	100	22	38	10	30	1.86
38324583--38324644	10	5.9	10	74	10	52	33	32	3	30	1.74
38324583--38324645	21	3.0	21	88	2	90	33	33	3	30	1.74
38326870--38326966	30	3.2	30	70	2	79	29	13	26	29	1.94
38328272--38328299	9	3.1	9	100	0	56	10	42	0	46	1.38
38331440--38331490	20	2.6	19	84	9	66	21	0	1	76	0.88
38331453--38331492	6	6.3	6	91	5	53	20	0	2	77	0.88
38333326--38333367	20	2.2	19	86	4	57	33	0	4	61	1.17
38335577--38335641	20	3.3	19	73	16	51	38	16	21	23	1.93
38339204--38339251	15	3.3	15	73	5	53	29	0	27	43	1.55
38339198--38339241	14	3.1	14	74	6	52	27	0	34	38	1.57
38339198--38339257	29	2.1	29	93	0	102	28	0	30	41	1.56
38340233--38340277	14	3.3	14	78	6	56	48	15	0	35	1.45
38350964--38351005	11	3.7	12	81	9	52	14	7	4	73	1.21
38351228--38351275	15	3.3	15	73	5	53	29	0	27	43	1.55
38351222--38351265	14	3.1	14	74	6	52	27	0	34	38	1.57
38351222--38351281	29	2.1	29	93	0	102	28	0	30	41	1.56
38352256--38352300	14	3.3	14	78	6	56	48	15	0	35	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38353685--38353864	100	1.8	100	90	2	290	30	23	17	28	1.97
38353675--38353869	49	3.9	49	73	7	169	29	23	17	28	1.97
38360209--38360303	30	3.2	31	73	5	97	27	28	15	28	1.96
38364326--38364482	44	3.7	42	74	12	149	30	25	21	22	1.99
38364326--38364496	43	4.0	43	76	8	143	31	25	19	22	1.98
38369194--38369245	27	1.9	27	84	0	68	63	1	26	7	1.32
38369221--38369263	18	2.6	16	81	7	50	58	0	30	11	1.34
38383158--38383254	30	3.2	30	76	2	106	27	16	27	27	1.97
38384552--38384612	30	2.0	30	87	0	86	31	22	8	37	1.84
38387739--38387774	18	1.9	18	88	5	54	52	0	8	38	1.32
38389837--38389920	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
38389789--38389979	50	3.8	51	83	3	208	25	19	26	28	1.99
38406724--38406787	31	2.1	31	100	0	128	18	23	12	45	1.84
38407639--38407806	46	3.6	46	71	10	153	23	20	26	29	1.99
38407635--38407807	93	1.9	93	88	0	265	23	20	27	28	1.99
38410543--38410639	30	3.2	30	71	11	83	26	15	29	27	1.96
38411806--38411853	15	3.3	15	73	5	53	31	0	25	43	1.55
38411800--38411858	29	2.0	29	90	0	91	30	0	27	42	1.56
38412554--38412598	14	3.3	14	84	6	65	48	13	0	37	1.42
38412610--38412679	22	3.3	22	64	28	60	38	15	11	34	1.84
38412581--38412686	42	2.5	42	98	1	203	40	14	12	33	1.83
38417271--38417321	21	2.4	21	75	18	52	31	25	7	35	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38418183--38418230	15	3.3	15	73	5	53	31	0	25	43	1.55
38418177--38418236	29	2.1	29	90	0	93	30	0	28	41	1.56
38418931--38418975	14	3.3	13	81	6	54	46	13	2	37	1.55
38418958--38419063	42	2.5	42	96	1	194	40	15	12	32	1.84
38422031--38422083	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
38428141--38428180	21	2.0	20	85	14	55	30	22	12	35	1.91
38432034--38432116	30	2.7	30	81	9	89	13	21	1	63	1.35
38432067--38432122	18	3.1	18	76	5	51	7	19	3	69	1.27
38432092--38432116	12	2.1	12	100	0	50	8	16	0	76	1.02
38432119--38432149	12	2.6	12	100	0	62	25	16	12	45	1.83
38432197--38432253	5	11.0	5	75	20	55	3	17	1	77	1.00
38432197--38432253	16	3.7	14	82	15	60	3	17	1	77	1.00
38432195--38432264	20	3.3	20	73	18	63	4	18	1	75	1.04
38433183--38433226	12	3.5	13	81	12	56	15	6	6	70	1.31
38433182--38433232	25	2.0	27	88	7	79	15	5	9	68	1.36
38434980--38435062	30	2.8	30	70	7	87	26	16	28	27	1.97
38435409--38435456	15	3.3	15	73	5	53	29	0	27	43	1.55
38435405--38435462	29	2.0	29	93	0	98	27	0	29	43	1.55
38441328--38441534	53	3.8	53	72	8	177	20	24	16	39	1.92
38443285--38443431	27	5.4	27	85	4	181	38	22	21	17	1.93
38443285--38443450	27	6.1	27	77	7	131	37	24	21	17	1.94
38443285--38443450	54	3.1	54	85	3	219	37	24	21	17	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38445066--38445199	26	5.2	26	90	1	209	36	23	5	34	1.78
38445066--38445199	52	2.6	52	95	2	236	36	23	5	34	1.78
38449079--38449118	19	2.0	22	85	14	59	32	47	2	17	1.61
38449180--38449518	27	12.1	28	76	12	290	36	21	23	17	1.95
38449180--38449499	173	1.8	173	99	0	631	37	21	23	17	1.94
38451140--38451275	26	5.2	26	94	0	236	36	25	5	33	1.78
38464713--38464776	32	2.0	32	96	0	119	32	18	7	40	1.80
38465644--38465720	38	2.0	38	100	0	154	45	5	20	28	1.73
38467465--38467521	28	2.0	28	82	0	69	24	12	33	29	1.92
38467836--38468228	27	14.7	27	81	7	392	39	20	9	30	1.84
38467836--38468228	54	7.3	54	83	3	436	39	20	9	30	1.84
38467836--38468228	106	3.7	106	85	3	475	39	20	9	30	1.84
38467835--38468228	81	4.9	81	84	5	437	39	20	9	30	1.85
38468192--38468273	27	3.0	27	83	0	101	41	17	14	26	1.88
38474428--38474526	39	2.5	39	88	0	135	47	20	2	30	1.61
38475100--38475147	7	6.6	7	81	9	60	47	33	0	18	1.49
38475101--38475147	15	3.1	15	84	9	60	48	34	0	17	1.47
38475100--38475147	22	2.2	22	92	7	80	47	33	0	18	1.49
38476207--38476246	19	2.0	22	85	14	59	27	5	22	45	1.73
38476899--38476974	27	2.8	28	86	6	102	27	17	17	38	1.91
38479000--38479056	23	2.4	24	94	5	98	49	5	14	31	1.65
38482328--38482535	40	5.2	40	90	1	303	25	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38489137--38489209	27	2.7	27	87	6	94	26	15	19	39	1.90
38494054--38494101	25	1.9	25	82	0	60	33	22	16	27	1.96
38494121--38494154	17	1.9	18	88	5	52	32	5	23	38	1.79
38494150--38494204	11	5.4	11	70	16	55	34	12	20	32	1.90
38494138--38494204	20	3.3	20	91	0	107	32	11	20	34	1.90
38494254--38494423	24	7.1	24	91	2	272	30	19	20	30	1.97
38494254--38494423	49	3.6	48	92	3	272	30	19	20	30	1.97
38494254--38494423	73	2.4	71	91	3	270	30	19	20	30	1.97
38501627--38501674	25	1.9	25	86	0	69	35	22	14	27	1.93
38501711--38501775	20	3.2	20	93	0	112	32	12	23	32	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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