genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1319196--1319222	2	13.5	2	100	0	54	51	48	0	0	1.00
1327804--1327980	50	3.5	50	87	2	248	35	15	21	27	1.94
1327958--1328135	31	5.7	31	89	0	257	28	19	26	26	1.99
1335543--1335600	17	3.5	17	71	20	59	34	5	3	56	1.38
1335545--1335615	33	2.2	33	94	0	124	38	4	2	54	1.34
1360038--1360135	49	2.0	49	87	0	142	25	24	26	23	2.00
1360808--1360889	42	2.0	42	82	4	103	37	23	1	37	1.63
1362588--1362632	20	2.1	22	88	8	67	62	4	0	33	1.15
1368715--1368766	27	2.0	27	85	7	72	63	5	0	30	1.18
1368744--1368795	22	2.4	22	84	9	63	71	9	0	19	1.13
1368748--1368795	21	2.3	20	82	10	53	72	10	0	16	1.10
1369596--1369759	76	2.1	77	89	2	249	42	26	7	24	1.80
1369816--1369949	42	3.2	42	87	2	180	13	30	11	44	1.80
1377641--1377821	18	9.4	18	71	15	130	35	25	27	12	1.91
1377643--1377821	39	4.6	39	95	0	304	35	25	27	11	1.91
1380893--1380963	22	3.1	23	76	13	67	46	2	2	47	1.31
1381117--1381144	14	2.0	14	100	0	56	57	7	0	35	1.26
1381301--1381345	16	2.9	16	83	6	58	8	2	6	82	0.93
1382080--1382122	20	2.2	19	91	4	68	60	4	0	34	1.17
1387801--1387965	76	2.1	78	89	3	253	41	26	7	24	1.82
1388022--1388155	42	3.2	42	87	2	180	13	31	10	44	1.77
1388487--1388539	24	2.2	24	100	0	106	13	18	16	50	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1399332--1399406	38	1.9	39	91	2	125	34	12	10	42	1.77
1405480--1405504	13	1.9	13	100	0	50	12	0	0	88	0.53
1406643--1409740	624	4.9	626	94	1	5328	33	16	19	30	1.94
1417841--1417895	21	2.6	21	94	0	92	12	20	14	52	1.73
1420597--1420767	47	3.6	47	80	4	166	30	26	16	25	1.97
1427301--1427521	24	9.2	24	72	21	187	28	31	10	30	1.90
1427332--1427363	4	8.0	4	100	0	64	25	50	0	25	1.50
1427400--1427427	4	7.0	4	100	0	56	25	50	0	25	1.50
1427301--1427487	64	2.8	68	87	9	283	27	33	9	29	1.89
1427376--1427452	40	1.9	40	97	0	145	27	36	7	28	1.85
1427412--1427503	28	3.1	28	90	6	139	27	31	10	30	1.91
1427341--1427521	64	3.0	58	83	12	213	28	31	9	30	1.89
1432109--1432190	40	2.0	40	100	0	164	47	0	9	42	1.36
1437103--1437160	24	2.4	24	83	11	66	36	0	0	63	0.94
1437103--1437164	22	2.6	22	82	17	72	37	0	0	62	0.95
1437387--1437455	3	22.7	3	82	8	77	65	0	34	0	0.93
1440137--1440185	12	4.1	12	81	0	62	24	34	38	2	1.67
1443765--1443805	17	2.4	17	87	0	55	2	26	0	70	0.99
1444367--1444425	23	2.5	22	84	10	73	64	0	0	35	0.94
1447417--1447458	16	2.6	16	76	23	52	40	0	0	59	0.97
1452400--1452433	2	16.5	2	93	6	59	50	2	0	47	1.16
1454897--1455052	42	3.7	42	77	16	169	30	26	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1462213--1462368	42	3.7	42	77	16	169	30	26	18	24	1.98
1468166--1468233	26	2.6	27	92	4	120	29	7	26	36	1.83
1471110--1471150	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
1474464--1474792	129	2.6	128	89	2	480	34	20	17	27	1.95
1476677--1476734	26	2.2	26	93	0	98	34	5	24	36	1.78
1482729--1482757	15	1.9	15	100	0	58	41	0	44	13	1.44
1485064--1485123	8	7.5	8	85	7	68	65	3	1	30	1.19
1485363--1485488	23	5.5	23	67	20	59	57	3	3	35	1.33
1485271--1485488	25	9.0	25	69	17	88	56	4	5	33	1.43
1485759--1485791	16	2.1	16	100	0	66	36	33	6	24	1.80
1485976--1486090	30	3.8	30	90	2	178	20	3	49	26	1.65
1486836--1486885	14	3.6	14	81	7	57	64	4	12	20	1.43
1486865--1487184	74	4.3	74	83	8	398	35	20	17	26	1.95
1486865--1487184	152	2.1	147	86	6	437	35	20	17	26	1.95
1487130--1487237	54	2.0	55	88	1	164	37	19	13	28	1.90
1487052--1487441	128	3.0	128	83	7	484	34	20	16	28	1.94
1487316--1487734	73	5.5	75	75	13	404	32	21	16	29	1.96
1487502--1487529	14	2.0	14	100	0	56	57	7	21	14	1.61
1487421--1487605	89	2.1	88	83	7	239	37	18	17	25	1.93
1487352--1487969	164	3.9	154	75	17	574	32	21	17	28	1.96
1487316--1487969	237	2.8	237	94	0	1148	32	21	17	28	1.96
1487659--1487824	91	1.8	89	88	7	255	33	20	18	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1487754--1488039	143	2.0	147	87	4	420	32	20	17	28	1.96
1487787--1488039	73	3.5	73	91	2	404	31	20	17	30	1.96
1496334--1496388	12	5.0	12	72	20	57	41	7	25	25	1.81
1496330--1496361	16	1.9	17	93	6	57	40	6	28	25	1.79
1496354--1496399	19	2.4	19	100	0	92	43	8	21	26	1.81
1496363--1496402	11	3.9	11	81	18	59	42	10	20	27	1.83
1498175--1498223	25	2.0	25	87	0	71	48	6	8	36	1.58
1498178--1498366	23	7.8	23	69	17	73	55	4	5	34	1.45
1498259--1498387	23	5.5	23	67	15	59	57	3	3	35	1.33
1498228--1498306	29	2.7	29	82	5	79	58	3	5	32	1.38
1498169--1498387	46	4.5	47	71	15	144	55	4	5	34	1.42
1498658--1498690	16	2.1	16	100	0	66	36	33	6	24	1.80
1498899--1498959	30	2.0	30	93	0	104	22	3	49	24	1.65
1500134--1500185	24	2.2	24	86	6	70	40	5	5	48	1.51
1502047--1502114	28	2.4	28	90	0	100	25	16	29	29	1.96
1504246--1504281	18	1.9	19	94	5	65	16	5	27	50	1.68
1504415--1504473	29	2.0	29	90	0	91	22	10	33	33	1.87
1504558--1504609	24	2.2	24	89	0	77	36	5	7	50	1.55
1504575--1504621	24	2.0	24	87	8	69	38	6	10	44	1.65
1505167--1505369	110	1.9	109	95	1	370	41	18	16	22	1.90
1507324--1507361	19	1.9	19	89	5	58	26	7	10	55	1.61
1521539--1521567	4	7.2	4	100	0	58	27	0	48	24	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1533415--1533463	18	2.7	18	77	22	66	34	0	0	65	0.93
1533416--1533461	16	2.5	19	83	16	62	32	0	0	67	0.91
1539177--1539206	15	1.9	16	93	6	53	13	3	0	83	0.77
1539860--1539908	22	2.1	23	82	14	57	34	8	2	55	1.41
1540052--1540115	3	20.7	3	77	6	56	29	1	4	64	1.23
1540353--1540410	22	2.5	22	80	5	62	34	13	1	50	1.52
1540817--1540894	30	2.5	31	83	12	88	35	3	6	53	1.45
1540821--1540894	32	2.2	32	83	9	87	36	4	5	54	1.43
1540800--1540894	34	2.7	35	76	15	99	37	3	6	52	1.43
1546297--1546367	31	2.2	33	82	7	85	49	7	2	40	1.45
1553294--1553319	5	5.2	5	100	0	52	38	0	0	61	0.96
1555966--1555993	3	9.3	3	100	0	56	0	32	0	67	0.91
1559494--1559543	16	3.1	16	72	16	57	12	8	30	50	1.68
1559459--1559543	32	2.6	32	85	9	102	15	11	24	48	1.78
1559494--1559540	17	2.9	16	73	17	51	12	8	27	51	1.69
1561209--1561251	22	1.9	23	90	4	70	62	4	2	30	1.28
1561537--1561602	34	2.0	34	94	5	118	43	10	15	30	1.80
1572402--1572433	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
1572528--1572775	50	4.8	51	85	5	297	26	24	29	20	1.99
1572528--1572776	99	2.4	103	87	7	355	26	24	28	20	1.99
1572527--1572776	105	2.4	99	83	13	310	26	24	28	20	1.99
1579727--1579784	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1579996--1580027	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
1580122--1580363	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
1580122--1580371	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
1592923--1592950	13	2.2	13	100	0	56	57	14	14	14	1.66
1599216--1599247	2	16.5	2	93	6	57	53	0	0	46	1.00
1602172--1602215	20	2.2	20	96	4	81	25	22	9	43	1.82
1603353--1603455	30	3.4	30	94	0	170	20	48	4	26	1.69
1603952--1604031	3	26.3	3	72	20	53	30	3	1	65	1.18
1603943--1604031	9	9.4	9	72	16	56	28	3	1	67	1.14
1603941--1603992	15	3.6	14	76	7	50	23	1	0	75	0.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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