genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25701451--25701569	48	2.5	48	84	6	147	36	14	21	27	1.92
25701451--25701552	45	2.2	45	86	8	134	36	13	23	26	1.92
25705740--25705858	48	2.5	48	83	4	145	35	15	22	26	1.94
25705740--25705877	48	3.0	45	79	7	132	34	15	24	26	1.95
25706662--25706755	44	2.1	45	92	7	158	42	9	11	36	1.74
25708695--25708840	41	3.6	41	87	7	208	28	21	21	28	1.99
25716006--25716103	33	2.9	33	84	7	108	36	22	10	30	1.87
25716318--25716473	41	3.8	41	89	6	235	28	22	20	28	1.98
25716956--25717008	24	2.3	22	81	15	63	32	15	0	52	1.42
25721756--25721786	16	1.9	16	93	0	53	77	0	0	22	0.77
25722390--25722446	25	2.4	23	78	18	64	63	8	0	28	1.24
25722631--25722698	32	2.1	32	97	0	127	72	11	4	11	1.27
25723493--25723568	32	2.4	32	77	2	82	47	14	7	30	1.73
25732258--25732326	30	2.3	30	92	0	111	20	36	24	18	1.95
25733810--25733931	51	2.4	51	81	8	133	28	28	15	27	1.96
25734878--25734905	9	3.1	9	100	0	56	35	21	0	42	1.53
25741056--25741113	30	1.9	30	96	0	107	32	8	25	32	1.86
25741448--25741808	94	3.9	94	76	12	343	28	20	28	22	1.99
25741451--25741799	47	7.5	46	72	13	214	29	20	28	22	1.98
25743339--25743385	21	2.3	20	73	20	53	31	2	23	42	1.66
25745939--25746089	40	3.7	40	87	3	196	32	27	16	23	1.96
25755839--25755964	40	3.0	42	86	6	177	31	24	15	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25755841--25755985	40	3.6	40	86	3	175	32	24	16	26	1.96
25763016--25763040	12	2.1	12	100	0	50	0	32	36	32	1.58
25764333--25764449	25	4.7	25	81	4	137	26	20	22	30	1.98
25768223--25768247	11	2.3	11	100	0	50	84	0	16	0	0.63
25775714--25775800	33	2.6	33	87	3	113	24	24	21	29	1.99
25775952--25776051	27	3.7	26	77	9	94	32	24	25	19	1.98
25776188--25776278	27	3.4	27	75	3	85	29	19	14	36	1.91
25776258--25776370	27	4.2	27	80	4	138	33	8	19	38	1.83
25776257--25776363	54	2.0	54	88	3	162	34	9	16	39	1.81
25776819--25776858	17	2.2	17	86	8	53	22	50	22	5	1.68
25781720--25781757	20	2.0	20	89	5	60	18	15	34	31	1.92
25795602--25795687	42	2.0	42	97	0	163	31	13	16	38	1.88
25797377--25797535	43	3.7	42	74	7	142	25	16	26	32	1.96
25798626--25798689	28	2.3	28	97	0	119	45	20	9	25	1.80
25802248--25802307	18	3.4	17	73	13	59	48	0	28	23	1.51
25808267--25808336	34	2.1	34	88	0	104	27	17	21	34	1.95
25815584--25815642	20	3.0	19	78	7	64	55	5	3	35	1.38
25822192--25822229	10	3.9	10	79	6	51	31	7	10	50	1.66
25822191--25822228	20	1.9	20	89	10	60	34	5	10	50	1.59
25825914--25826065	59	2.7	57	78	12	161	50	4	2	42	1.37
25839891--25839972	43	1.9	43	84	0	110	30	28	15	25	1.96
25842251--25842307	30	1.9	30	82	13	73	38	31	3	26	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25844574--25844618	20	2.2	20	84	0	54	46	4	13	35	1.63
25851623--25851692	28	2.6	27	86	2	86	28	20	28	22	1.98
25851568--25851719	55	2.8	53	81	4	178	28	16	28	26	1.97
25851569--25851724	27	5.7	27	78	6	145	27	16	28	27	1.97
25860001--25860229	76	2.9	78	85	7	297	24	20	29	26	1.99
25860003--25860229	40	5.8	40	83	7	279	24	20	29	25	1.99
25860003--25860249	116	2.1	118	88	5	369	23	20	28	27	1.99
25870881--25870944	31	2.1	31	90	0	101	21	23	15	39	1.92
25871152--25871257	24	4.4	24	90	9	171	27	21	19	31	1.98
25871159--25871256	47	2.1	47	94	5	171	28	20	20	30	1.98
25871315--25871371	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
25871311--25871373	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
25871410--25871457	25	1.9	25	86	0	69	27	14	22	35	1.93
25885000--25885029	12	2.5	12	94	0	51	76	3	0	20	0.92
25885869--25885987	29	4.2	28	81	8	134	27	30	13	28	1.94
25895644--25895699	19	2.9	19	71	10	51	37	1	14	46	1.55
25899462--25899771	47	6.6	47	93	1	503	32	8	30	29	1.86
25899890--25899968	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
25921380--25921422	17	2.4	18	76	7	52	51	0	4	44	1.22
25935874--25935947	29	2.6	29	84	4	87	25	31	14	28	1.95
25940792--25940841	21	2.3	20	80	12	55	20	6	0	74	1.03
25941645--25941691	21	2.2	21	88	0	67	76	2	4	17	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25949579--25949709	54	2.4	54	87	2	183	32	27	15	24	1.95
25956823--25956969	40	3.7	40	83	5	120	25	27	21	25	2.00
25956869--25957049	80	2.3	80	83	9	219	27	27	20	23	1.99
25956866--25957049	40	4.6	40	81	7	196	28	27	20	23	1.99
25964636--25964742	40	2.7	40	84	5	119	25	27	20	27	1.99
25964679--25964809	40	3.3	39	84	4	172	29	26	19	24	1.99
25986053--25986098	23	2.0	23	95	0	83	28	13	28	30	1.94
25991805--25991897	33	2.8	33	82	6	125	19	11	47	21	1.81
25991805--25991929	66	1.9	66	83	0	160	20	13	44	21	1.85
25991881--25991964	33	2.5	33	80	0	114	26	17	35	20	1.95
25994905--25994930	10	2.6	10	100	0	52	0	19	0	80	0.71
25994995--25995035	19	2.2	18	91	4	64	0	36	0	63	0.95
25994995--25995040	19	2.8	16	87	12	58	0	39	0	60	0.97
25995147--25995204	27	2.1	27	83	0	71	15	37	25	20	1.92
26022389--26022445	30	1.9	30	88	0	87	35	8	10	45	1.70
26022704--26022737	17	1.9	18	88	5	52	50	5	5	38	1.51
26022877--26022925	25	2.0	25	88	8	73	32	2	2	63	1.17
26028728--26028796	29	2.4	29	95	0	129	52	11	2	33	1.53
26028748--26028795	17	3.1	17	66	27	52	54	10	4	31	1.53
26028876--26028933	22	2.7	22	81	5	66	60	3	3	32	1.30
26030786--26030970	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
26030787--26030970	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26030839--26031003	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
26037780--26038166	48	8.0	49	90	5	612	30	27	8	33	1.86
26037780--26038176	97	4.1	96	90	5	610	30	27	8	32	1.86
26037780--26038166	145	2.7	146	93	2	658	30	27	8	33	1.86
26047878--26047957	26	3.0	27	80	9	83	40	16	8	35	1.79
26047910--26047983	26	2.8	26	85	4	87	40	17	9	32	1.82
26047980--26048178	78	2.5	79	83	4	242	27	23	9	40	1.84
26047980--26048165	27	7.1	27	77	10	170	26	23	8	41	1.83
26047987--26048185	27	7.6	27	74	12	121	28	21	9	41	1.83
26048178--26048310	27	4.9	27	69	14	83	41	17	7	33	1.77
26048349--26048426	27	2.9	27	77	11	88	37	21	20	20	1.95
26049635--26049704	20	3.5	20	88	1	106	35	11	21	31	1.89
26049649--26049699	9	5.0	11	72	18	56	37	13	19	29	1.90
26049751--26049942	24	8.0	24	86	8	234	27	20	23	28	1.99
26050130--26050190	29	2.1	30	84	6	81	40	14	19	24	1.89
26055382--26055465	1	84.0	1	83	0	96	90	7	0	2	0.53
26055370--26055466	49	2.0	49	89	6	151	86	8	0	5	0.70
26061574--26061660	23	3.9	21	80	18	95	28	21	25	24	1.99
26061710--26061779	20	3.5	20	74	16	58	30	18	11	40	1.86
26063333--26063395	28	2.2	28	83	10	76	44	11	14	30	1.79
26063479--26063540	28	2.2	30	88	8	94	37	8	30	24	1.84
26063461--26063537	28	2.7	26	81	15	82	38	6	25	28	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26063537--26063611	27	2.8	27	83	4	80	32	9	17	41	1.81
26063546--26063634	27	3.3	26	75	7	81	32	8	16	41	1.80
26067172--26067264	44	2.1	44	86	4	125	30	23	17	29	1.97
26069323--26069423	40	2.6	39	77	3	103	28	20	26	23	1.99
26072224--26072316	44	2.1	44	86	4	125	29	17	23	30	1.97
26075898--26075997	27	3.7	28	78	9	91	41	19	9	31	1.82
26075979--26076250	81	3.4	81	78	2	267	32	21	7	38	1.82
26075996--26076204	27	7.8	27	85	4	235	28	21	8	41	1.83
26076190--26076326	27	5.0	27	70	11	100	43	17	6	32	1.75
26076371--26076448	27	2.9	27	77	11	88	37	21	20	20	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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