genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.45.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13495623--13495662	21	1.9	21	85	10	55	52	7	5	35	1.51
13498225--13498285	6	9.8	6	94	1	68	59	0	24	16	1.37
13498224--13498287	12	5.2	12	86	5	83	60	0	23	15	1.34
13498225--13498287	18	3.4	18	84	4	81	60	0	23	15	1.35
13510681--13510754	25	3.0	25	89	0	112	39	17	5	37	1.73
13510693--13510754	12	4.9	13	71	15	58	40	16	6	37	1.74
13510760--13510814	28	2.0	27	82	3	65	54	9	9	27	1.62
13520342--13520377	8	4.5	8	92	0	63	44	22	22	11	1.84
13520890--13520927	20	1.9	20	100	0	76	34	13	21	31	1.91
13520978--13521050	23	3.1	23	94	3	128	28	20	20	30	1.98
13520977--13521057	24	3.4	24	93	5	137	29	19	22	28	1.98
13521265--13521328	31	2.1	31	90	0	101	39	15	21	23	1.92
13523634--13523718	42	2.0	42	97	0	161	22	17	48	11	1.80
13531380--13531431	6	8.2	6	81	10	59	78	3	0	17	0.89
13535843--13535896	23	2.4	23	96	3	101	40	24	3	31	1.72
13536879--13536904	9	2.9	9	100	0	52	46	0	19	34	1.50
13540500--13540530	16	1.9	16	93	0	53	41	0	3	54	1.16
13540610--13540640	12	2.6	12	94	0	53	74	0	25	0	0.82
13543861--13543917	16	3.6	16	79	9	62	19	29	3	47	1.66
13545875--13545999	46	2.7	45	81	6	142	21	27	20	31	1.98
13551996--13552030	17	2.1	17	100	0	70	34	22	11	31	1.90
13553698--13553794	46	2.1	46	98	0	185	36	21	13	28	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13557199--13557338	60	2.3	61	88	1	210	37	14	2	46	1.56
13557213--13557307	30	3.2	30	69	11	86	38	12	3	45	1.58
13558163--13558200	15	2.4	17	82	13	53	26	0	0	73	0.83
13563954--13563979	13	2.0	13	100	0	52	15	23	38	23	1.92
13573949--13574263	157	2.0	157	98	0	612	37	21	11	30	1.88
13575365--13575477	46	2.5	46	91	2	176	33	23	6	37	1.80
13575641--13575804	43	3.8	42	76	9	152	32	26	17	23	1.96
13585000--13585092	18	5.2	18	85	0	132	29	23	15	32	1.95
13589997--13590028	8	4.2	8	84	15	50	40	0	0	59	0.97
13592085--13592133	24	2.1	22	81	7	53	34	2	4	59	1.28
13592665--13592708	19	2.3	19	88	0	61	43	47	0	9	1.35
13593362--13593409	24	2.0	24	100	0	96	25	20	8	45	1.79
13596035--13596059	8	3.1	8	100	0	50	52	0	0	48	1.00
13598876--13598929	27	2.0	27	92	7	92	37	18	5	38	1.74
13601672--13601705	11	3.0	12	87	12	54	32	0	0	67	0.91
13608173--13608363	64	3.0	63	92	0	301	30	15	15	38	1.89
13608421--13609581	180	6.5	180	86	3	1524	30	18	23	27	1.97
13618479--13618511	14	2.3	15	94	5	59	36	0	6	57	1.23
13623283--13623388	42	2.5	42	86	8	153	28	23	11	36	1.89
13627509--13627552	22	2.0	22	90	0	70	29	2	0	68	1.02
13630706--13630757	20	2.6	20	90	0	68	21	26	34	17	1.95
13631413--13631464	25	1.9	28	81	14	65	21	5	0	73	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13633126--13633218	6	15.5	6	82	6	91	16	5	3	75	1.12
13633126--13633256	12	10.9	11	71	12	66	17	6	3	72	1.20
13650003--13650059	28	2.0	28	89	0	87	49	7	15	28	1.71
13655100--13655140	20	2.0	20	100	0	82	51	4	14	29	1.63
13658622--13658688	33	2.0	33	100	0	134	20	17	8	52	1.72
13661502--13661577	37	2.1	37	100	0	152	50	17	13	19	1.78
13665211--13665307	46	2.1	46	90	0	158	42	17	12	27	1.85
13665552--13665590	19	2.1	19	85	9	53	38	7	0	53	1.30
13670177--13670216	20	2.0	20	85	0	53	42	20	7	30	1.79
13684808--13684911	51	2.0	51	96	0	190	34	14	24	26	1.94
13690587--13690631	15	3.2	15	75	18	60	60	4	0	35	1.17
13690578--13690639	27	2.3	27	91	2	99	64	3	1	30	1.19
13695528--13695567	20	2.0	20	100	0	80	45	10	15	30	1.78
13698113--13698204	46	2.0	46	91	4	150	33	14	16	35	1.88
13699943--13699996	3	18.3	3	78	17	60	62	0	3	33	1.12
13700205--13700239	15	2.3	16	85	14	56	62	0	5	31	1.18
13700581--13700642	17	3.5	17	75	6	61	56	6	6	30	1.50
13701664--13701715	21	2.6	20	76	17	54	76	0	7	15	0.99
13701663--13701712	18	2.9	17	85	8	57	76	0	10	14	1.03
13703488--13703533	21	2.2	21	88	0	65	36	21	15	26	1.93
13704475--13704556	19	4.5	19	71	11	64	7	18	4	69	1.30
13704697--13704737	21	1.9	22	90	5	66	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13704696--13704757	29	2.1	31	82	11	76	58	1	0	40	1.08
13705176--13705205	15	1.9	16	93	6	53	36	0	6	56	1.26
13705233--13705299	22	3.0	21	80	12	71	37	0	11	50	1.39
13716414--13716492	37	2.1	37	86	4	115	36	24	8	30	1.86
13716433--13716984	104	5.3	104	80	3	504	32	20	13	33	1.92
13716433--13716992	207	2.7	207	80	6	553	32	20	13	33	1.92
13718424--13718696	46	5.9	46	93	0	413	21	23	13	40	1.89
13720746--13720793	11	4.2	11	79	10	60	64	0	0	35	0.94
13720740--13720795	24	2.3	24	87	3	76	60	1	0	37	1.07
13727889--13727919	8	3.9	8	100	0	62	12	12	9	64	1.50
13732630--13732793	42	3.7	42	83	8	186	28	26	15	29	1.96
13732700--13732882	49	3.8	48	84	5	194	30	26	14	28	1.95
13732715--13732882	47	3.6	46	85	3	192	29	27	16	27	1.97
13732674--13732882	95	2.3	94	81	8	225	29	26	15	28	1.96
13732905--13732991	31	2.8	31	85	3	113	24	27	20	27	1.99
13732967--13733092	50	2.5	50	97	0	234	26	24	14	34	1.94
13739932--13739966	17	2.1	17	89	5	54	14	28	0	57	1.38
13742877--13742908	16	2.0	16	100	0	64	12	12	25	50	1.75
13743022--13743240	45	4.9	45	91	0	330	39	15	19	25	1.91
13743022--13743240	90	2.4	90	92	0	375	39	15	19	25	1.91
13746072--13746097	11	2.4	11	100	0	52	38	11	15	34	1.83
13751376--13751410	18	2.0	18	88	5	54	37	14	25	22	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13758227--13758265	11	3.5	11	83	13	53	12	2	2	82	0.89
13758227--13758274	22	2.2	22	85	7	62	14	6	2	77	1.06
13758324--13758364	18	2.2	19	83	12	50	26	4	4	63	1.35
13762523--13762561	5	8.0	5	88	5	62	38	0	0	61	0.96
13765593--13765656	22	2.8	23	80	4	76	32	20	28	18	1.96
13770032--13770071	5	8.4	5	88	5	57	15	2	0	82	0.77
13774490--13774530	5	8.4	5	89	5	66	17	2	0	80	0.82
13774494--13774530	14	2.5	15	91	4	58	16	2	0	81	0.81
13775024--13775151	44	2.9	44	86	1	175	43	14	21	21	1.87
13778218--13778277	22	2.6	22	82	10	59	21	5	3	70	1.22
13788322--13788378	30	1.9	30	85	7	80	26	33	29	10	1.90
13788434--13788458	13	1.9	13	100	0	50	24	32	36	8	1.84
13789499--13789603	52	2.0	52	96	0	192	39	14	8	38	1.77
13789864--13789918	27	2.0	27	100	0	110	40	18	3	38	1.68
13790228--13790279	25	2.1	25	88	0	77	40	15	5	38	1.71
13797061--13797247	40	4.7	40	95	0	313	24	20	28	26	1.99
13797038--13797247	80	2.6	80	90	2	325	23	20	28	26	1.99
13799781--13800176	46	9.0	46	84	10	486	22	23	15	37	1.93
13800007--13800166	38	4.0	38	83	12	212	23	24	18	33	1.96
13799960--13800176	84	2.6	84	95	0	389	24	24	16	34	1.95
13802290--13802337	11	4.2	11	79	10	51	62	2	0	35	1.07
13803790--13803872	29	2.9	29	81	13	91	9	10	4	74	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13803864--13803905	19	2.2	19	83	8	50	23	2	0	73	0.94
13803932--13803978	21	2.1	23	92	7	80	40	0	2	57	1.11
13803930--13804012	35	2.4	33	84	13	114	39	0	1	59	1.05
13803990--13804014	13	1.9	13	100	0	50	40	0	0	60	0.97
13803939--13804027	20	4.7	20	75	18	84	41	0	1	57	1.06
13804079--13804150	33	2.1	34	82	7	85	29	1	6	62	1.30
13804187--13804241	12	4.0	13	75	25	51	50	1	0	47	1.11
13804230--13804268	18	2.0	20	90	9	64	61	0	0	38	0.96
13804297--13804351	24	2.3	25	75	15	62	60	0	0	40	0.97
13804314--13804346	14	2.3	15	94	5	59	57	0	0	42	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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