genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.228.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   

This is table  228  of  325  ( 38900 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74656806--74657791	220	4.5	220	92	0	1542	27	21	18	32	1.96
74657265--74657444	87	2.0	89	83	6	224	26	21	18	33	1.96
74665817--74665848	14	2.1	16	88	11	50	40	12	25	21	1.88
74681881--74682050	48	3.5	47	81	3	196	28	24	17	29	1.97
74683789--74683848	30	2.0	30	100	0	120	30	3	20	46	1.66
74687141--74687212	31	2.3	32	88	4	103	36	5	8	50	1.56
74687922--74687954	9	3.7	9	91	0	57	24	12	24	39	1.89
74687920--74687954	18	1.9	18	100	0	70	28	11	22	37	1.89
74692830--74692866	2	18.5	2	100	0	74	51	0	48	0	1.00
74695041--74695074	15	2.3	15	94	0	59	17	8	32	41	1.80
74700657--74700830	46	3.8	45	76	13	192	28	29	20	21	1.98
74700664--74700834	93	1.8	93	92	0	288	28	29	21	21	1.98
74709493--74709590	34	2.9	34	84	3	126	25	22	22	29	1.99
74709580--74709635	18	3.1	18	70	10	51	41	19	19	19	1.91
74709956--74710093	27	5.1	28	84	5	151	23	15	19	40	1.90
74730760--74730801	12	3.5	12	100	0	84	30	26	16	26	1.97
74737483--74737511	14	2.0	15	93	6	51	62	17	6	13	1.52
74743917--74743954	20	2.0	20	89	5	60	39	2	13	44	1.57
74744121--74744160	17	2.3	18	86	4	55	52	0	5	42	1.23
74745061--74745108	20	2.4	20	96	0	87	29	14	27	29	1.95
74749232--74749508	48	5.8	48	79	3	299	24	29	17	28	1.98
74749238--74749508	96	2.8	96	84	2	339	25	29	17	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74753666--74754205	47	11.3	47	95	1	927	29	29	8	32	1.87
74753666--74754205	96	5.7	94	94	3	927	29	29	8	32	1.87
74754090--74754305	116	1.8	117	97	2	407	31	26	8	33	1.86
74754186--74754227	20	2.1	20	95	0	75	38	19	9	33	1.84
74754139--74754276	69	2.0	67	95	2	249	32	25	8	33	1.86
74754206--74754305	49	2.0	49	96	0	182	32	27	8	33	1.86
74757565--74757610	24	1.9	24	86	8	67	60	4	4	30	1.35
74758702--74758798	47	2.1	47	86	0	131	32	15	2	49	1.56
74765490--74765704	47	4.6	47	79	10	201	24	28	18	28	1.98
74765486--74765704	93	2.3	93	79	10	232	24	28	18	28	1.98
74766989--74767013	13	1.9	13	100	0	50	20	16	24	40	1.91
74775463--74775580	60	2.0	60	91	0	191	51	12	0	34	1.46
74775751--74775803	14	4.0	14	76	14	58	0	32	0	67	0.91
74776124--74776174	24	2.1	25	82	7	61	66	1	0	31	1.03
74778462--74778515	20	2.6	20	80	13	56	57	0	0	42	0.98
74778547--74778585	18	2.2	18	90	0	60	58	2	0	38	1.12
74795566--74795851	43	6.7	43	87	3	342	27	18	25	28	1.98
74795560--74795851	129	2.3	129	84	1	379	27	18	25	29	1.98
74802727--74802818	46	2.0	46	91	0	148	32	23	18	25	1.97
74803290--74803508	46	4.7	47	78	11	204	23	28	19	27	1.98
74803339--74803508	94	1.8	91	85	7	234	24	27	19	28	1.98
74804880--74804935	19	2.9	19	80	19	64	58	0	0	41	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74806190--74806363	88	1.9	88	81	3	204	24	18	17	39	1.92
74808854--74809024	92	1.8	93	91	1	281	28	18	30	22	1.98
74808853--74809068	48	4.6	48	77	8	174	27	18	30	23	1.97
74813692--74813846	28	5.5	28	75	9	118	24	28	19	27	1.98
74813692--74813822	56	2.3	57	83	6	151	25	29	18	27	1.98
74813692--74813852	57	2.8	57	80	8	175	24	27	18	29	1.98
74813691--74813852	85	1.9	84	85	6	220	24	27	18	29	1.98
74821219--74821336	28	4.2	28	76	12	107	24	25	21	28	1.99
74821214--74821342	57	2.3	58	81	10	151	24	25	20	29	1.99
74832014--74832086	3	24.3	3	97	0	137	1	31	0	67	1.00
74832104--74832163	28	2.1	29	90	6	95	20	6	18	55	1.65
74834063--74834120	30	1.9	30	92	0	98	31	12	27	29	1.92
74834106--74834209	52	2.0	52	98	0	199	30	5	20	43	1.75
74834511--74834779	47	5.7	46	75	11	208	28	18	29	23	1.97
74834511--74834820	141	2.2	141	84	8	400	28	18	29	23	1.98
74835116--74835150	11	3.2	11	95	0	61	0	34	0	65	0.93
74835725--74835769	19	2.4	19	76	0	54	22	33	35	8	1.85
74837852--74837935	32	2.6	32	81	5	107	27	2	19	51	1.59
74846031--74846130	40	2.5	39	75	16	96	40	12	10	38	1.76
74850438--74850482	19	2.3	20	88	3	65	37	6	17	37	1.76
74854063--74854127	31	2.1	31	85	0	85	26	27	15	30	1.96
74854408--74854446	17	2.2	18	90	4	62	41	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74854575--74854626	20	2.5	22	72	18	56	59	1	36	1	1.19
74854742--74854790	24	2.2	22	82	10	55	20	0	6	73	1.04
74855206--74855351	48	3.1	48	65	23	121	28	0	15	55	1.41
74855076--74855368	91	3.0	101	81	12	365	29	0	13	56	1.41
74855347--74855384	16	2.3	16	95	4	67	36	0	7	55	1.29
74855513--74855558	19	2.4	21	79	13	55	30	0	4	65	1.12
74856435--74856463	13	2.2	13	100	0	58	6	34	41	17	1.76
74858251--74858285	10	3.3	10	85	14	52	0	22	0	77	0.78
74858251--74858328	12	6.8	11	69	22	54	1	25	3	69	1.13
74858341--74858378	8	4.8	8	83	9	51	39	2	0	57	1.12
74861882--74861907	12	2.2	12	100	0	52	26	42	15	15	1.87
74864230--74864278	26	2.0	26	88	8	75	61	10	0	28	1.29
74864390--74864438	22	2.3	20	83	13	62	0	34	0	65	0.93
74869359--74869422	32	2.0	32	96	0	119	29	6	17	46	1.72
74869663--74869693	13	2.3	14	94	5	55	12	16	19	51	1.76
74872179--74872228	22	2.3	22	82	6	57	38	2	10	50	1.48
74877298--74877357	18	3.4	17	73	13	59	50	0	26	23	1.50
74877696--74877732	18	2.1	18	89	0	56	27	13	13	45	1.81
74882043--74882075	17	1.9	17	100	0	66	45	6	6	42	1.53
74904051--74904166	42	2.8	41	79	10	128	31	21	14	32	1.93
74906194--74906235	20	2.1	20	90	0	66	30	14	14	40	1.85
74906134--74906313	96	1.9	96	95	0	324	29	13	22	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74915923--74916005	43	1.9	43	95	0	148	25	24	20	30	1.99
74917345--74917396	21	2.5	21	83	0	68	23	38	23	15	1.92
74925135--74925273	47	2.9	48	79	6	176	23	31	19	25	1.98
74925140--74925308	47	3.6	46	77	13	159	23	30	20	26	1.98
74925135--74925313	94	1.9	94	87	2	261	24	29	20	26	1.99
74933736--74933775	21	2.0	21	90	5	64	12	40	27	20	1.88
74945707--74945741	17	2.0	18	88	5	54	60	0	8	31	1.27
74946210--74946239	10	3.0	10	90	0	51	43	0	0	56	0.99
74950147--74950297	48	3.3	46	83	9	141	29	22	23	25	1.99
74950172--74950318	48	3.1	48	87	1	206	28	23	22	25	1.99
74953487--74953719	49	4.7	50	82	2	281	26	18	27	28	1.98
74953490--74953719	100	2.3	98	84	2	289	26	18	26	28	1.98
74961423--74961464	20	2.0	21	86	13	61	23	0	19	57	1.41
74974062--74974146	44	1.9	44	87	0	125	31	29	17	21	1.96
74975480--74975549	34	2.1	34	97	0	131	24	11	14	50	1.75
74981081--74981150	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
74981081--74981178	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
74989155--74989224	27	2.6	26	95	2	95	31	28	12	27	1.93
74989155--74989252	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
75003366--75003581	40	5.7	40	78	14	206	25	28	22	23	1.99
75003439--75003501	31	2.0	31	90	6	101	22	34	23	19	1.96
75003368--75003582	110	1.9	111	84	6	285	24	28	22	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75004710--75004798	44	2.0	44	97	0	169	22	23	6	47	1.75
75010584--75010848	40	6.7	40	85	6	324	26	26	21	25	2.00
75010551--75010848	80	3.7	79	82	8	329	25	26	21	26	1.99
75010584--75010841	119	2.2	120	83	6	310	26	25	21	26	1.99
75012610--75012670	7	8.9	7	73	10	54	18	1	37	42	1.60
75012699--75012728	15	2.0	15	93	0	51	63	0	6	30	1.20
75013547--75013631	44	1.9	44	87	2	125	25	41	2	30	1.68
75013563--75013658	45	2.2	44	88	1	138	21	40	2	35	1.65
75016620--75017390	106	7.3	106	90	3	1202	35	6	3	54	1.43
75016620--75017390	210	3.7	210	90	3	1178	35	6	3	54	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325