genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.113.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36580575--36580667	37	2.5	37	85	5	116	45	11	19	23	1.83
36580611--36580676	25	2.6	25	79	9	71	45	10	19	24	1.82
36580794--36580901	27	4.0	26	80	5	108	39	21	20	18	1.92
36581512--36581590	27	3.0	26	84	3	95	25	22	18	32	1.97
36581511--36581617	54	2.0	54	81	3	126	25	20	18	35	1.95
36581540--36581626	27	3.2	27	81	0	102	26	17	17	39	1.91
36581622--36581696	27	2.8	27	76	8	71	32	10	24	33	1.89
36585029--36585066	15	2.6	15	95	4	69	34	34	15	15	1.90
36587790--36587922	53	2.5	55	81	2	153	19	21	18	39	1.92
36590569--36590744	46	3.8	46	76	5	185	22	19	28	29	1.98
36590565--36590736	93	1.8	93	90	2	274	22	20	29	28	1.98
36592651--36592703	17	3.0	17	77	5	61	45	13	20	20	1.84
36592649--36592697	17	2.8	18	81	3	64	44	12	20	22	1.84
36593025--36593268	27	9.0	27	86	1	303	41	20	13	24	1.88
36593258--36593364	54	2.0	54	92	3	180	20	14	19	44	1.86
36593259--36593363	27	3.9	27	82	2	131	20	14	20	45	1.85
36601101--36601234	54	2.5	54	87	0	205	25	18	24	31	1.98
36602797--36602827	15	2.1	15	100	0	62	67	0	6	25	1.14
36606095--36606501	47	8.6	47	92	2	636	29	29	8	32	1.86
36606095--36606502	191	2.2	190	91	2	669	29	29	8	32	1.86
36617258--36617377	46	2.6	44	83	7	143	30	16	28	25	1.97
36617791--36617916	49	2.6	49	81	6	148	24	19	32	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36628069--36628176	26	4.2	26	95	0	198	36	26	5	31	1.80
36635138--36635194	26	2.3	23	83	16	87	33	31	7	28	1.84
36635141--36635191	26	2.0	26	100	0	102	35	27	7	29	1.85
36648519--36648653	27	5.0	27	88	1	173	30	11	22	35	1.89
36655249--36655338	32	2.8	32	75	13	85	28	27	20	23	1.99
36655652--36655704	26	2.0	26	82	7	63	20	13	22	43	1.86
36656573--36656665	24	3.9	24	86	0	132	22	37	3	36	1.71
36662821--36662887	34	2.0	34	82	5	84	37	26	11	23	1.90
36663197--36663249	26	2.0	26	85	7	72	20	16	22	39	1.92
36664134--36664210	24	3.2	23	84	15	111	19	36	5	38	1.74
36668720--36668779	28	2.1	29	84	6	79	45	11	5	38	1.63
36672885--36673569	47	14.4	47	91	3	1093	33	8	29	29	1.86
36672885--36673569	143	4.8	141	93	2	1102	33	8	29	29	1.86
36672889--36673569	335	2.0	333	96	1	1240	33	8	28	29	1.86
36673688--36673766	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
36679014--36679128	29	4.0	29	81	6	128	27	29	15	26	1.96
36679005--36679115	58	1.9	57	85	1	150	27	29	15	27	1.96
36685003--36685039	6	6.2	6	90	0	56	81	0	16	2	0.81
36685003--36685054	18	2.9	18	82	0	59	76	1	15	5	1.05
36686627--36686661	16	2.2	16	90	10	54	77	2	2	17	1.02
36686623--36686661	12	3.2	12	82	10	53	76	5	2	15	1.06
36690156--36690215	27	2.2	27	87	0	84	25	13	25	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36693194--36693244	24	2.1	24	88	0	75	33	23	17	25	1.96
36693385--36693476	42	2.2	42	92	0	148	27	11	23	36	1.90
36693500--36693582	31	2.7	31	92	3	143	28	15	26	28	1.96
36694902--36694931	14	2.1	14	93	0	51	33	6	13	46	1.69
36700953--36701004	27	2.0	26	84	3	68	21	26	17	34	1.95
36702612--36702675	24	2.7	24	97	0	119	25	35	20	18	1.95
36717646--36717760	55	2.1	56	80	8	128	34	21	24	19	1.96
36717671--36717760	27	3.2	27	79	7	92	32	23	24	20	1.98
36717866--36717929	28	2.3	28	91	5	103	29	7	29	32	1.86
36719201--36719247	24	2.0	24	95	0	85	21	38	4	36	1.73
36725503--36725617	55	2.1	56	82	8	137	34	22	24	18	1.96
36725528--36725617	27	3.2	27	81	7	101	32	24	24	18	1.97
36727029--36727075	24	2.0	24	95	0	85	21	38	4	36	1.73
36727653--36727698	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
36727660--36727704	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
36734274--36734327	27	2.0	27	100	0	108	33	3	22	40	1.71
36734315--36734365	20	2.5	20	93	0	84	35	11	21	31	1.90
36734410--36734539	24	5.4	24	93	2	199	30	23	20	26	1.98
36734410--36734539	47	2.7	48	89	3	199	30	23	20	26	1.98
36734746--36734809	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
36736113--36736159	20	2.3	20	96	0	85	61	8	10	19	1.53
36737018--36737224	53	3.8	54	78	1	227	37	18	24	19	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36743168--36743374	53	3.8	54	77	1	209	37	18	23	20	1.94
36743168--36743392	54	4.2	53	72	6	130	38	18	23	20	1.93
36750874--36751111	49	4.8	49	79	4	235	28	26	18	25	1.98
36750875--36751062	99	1.9	99	85	2	259	29	26	18	25	1.98
36751979--36752083	23	4.6	22	75	12	86	25	20	20	33	1.97
36751970--36752107	46	3.0	45	81	9	136	26	21	20	31	1.98
36751979--36752106	24	5.5	24	77	10	115	26	21	20	31	1.98
36755655--36755706	27	1.9	27	84	7	70	30	25	23	21	1.99
36755746--36755802	21	2.7	21	89	5	89	42	47	3	7	1.47
36759689--36759990	27	11.2	27	83	3	358	34	15	21	28	1.94
36759695--36759991	81	3.7	81	88	0	416	34	15	22	27	1.95
36760502--36760555	22	2.5	22	76	11	65	22	24	20	33	1.97
36760654--36760706	27	2.0	27	84	0	70	22	22	18	35	1.95
36760828--36760952	6	20.3	6	70	16	78	20	19	13	46	1.83
36760828--36760927	31	3.2	31	72	10	96	21	20	14	45	1.85
36760830--36760894	25	2.6	24	80	7	67	21	20	12	46	1.83
36760856--36760944	37	2.4	37	84	3	117	21	21	12	44	1.84
36760856--36760926	19	3.8	19	74	10	74	19	22	14	43	1.87
36762136--36762246	6	18.2	6	78	10	109	50	15	17	17	1.78
36762136--36762250	61	1.9	61	88	0	176	51	14	16	17	1.77
36762873--36763006	27	5.0	27	87	3	171	26	22	17	33	1.96
36762873--36763006	54	2.5	54	91	0	205	26	22	17	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36764207--36764288	42	1.9	43	90	2	130	21	19	25	32	1.97
36772889--36772966	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
36772919--36773245	173	1.9	174	93	0	566	29	14	24	31	1.94
36780164--36780379	40	5.5	40	92	2	339	27	28	19	24	1.99
36780164--36780379	79	2.7	80	90	2	339	27	28	19	24	1.99
36780321--36780440	61	1.9	64	88	5	183	26	25	20	27	1.99
36780281--36780479	101	1.9	104	83	7	255	27	25	20	27	1.99
36788177--36788360	40	4.7	40	91	2	268	27	28	19	24	1.99
36788337--36788386	26	2.0	25	88	11	77	22	28	20	30	1.98
36792260--36792316	24	2.4	24	85	5	71	36	29	14	19	1.91
36795908--36796100	50	3.7	50	83	4	161	24	17	26	31	1.97
36795957--36796139	54	3.5	51	86	5	206	22	19	28	28	1.98
36795967--36796127	54	3.1	54	89	3	222	23	19	27	29	1.98
36797532--36797733	44	4.7	44	78	9	184	21	18	27	32	1.97
36797568--36797738	85	2.0	86	82	8	206	22	18	25	33	1.96
36802884--36803058	46	3.8	45	76	7	163	29	27	20	23	1.99
36802889--36803078	46	4.1	46	71	16	126	29	27	20	23	1.98
36805085--36805130	23	2.0	23	100	0	92	26	8	21	43	1.81
36806687--36806814	52	2.5	50	80	2	139	27	12	26	33	1.92
36815233--36815436	53	3.8	54	76	7	191	19	25	16	38	1.92
36821922--36822019	24	4.3	23	76	8	101	30	21	14	33	1.93
36821921--36822019	46	2.1	47	85	3	139	31	21	14	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36824625--36824714	27	3.2	27	78	7	92	32	23	24	20	1.98
36824820--36824883	28	2.3	28	89	5	94	31	6	29	32	1.82
36831977--36832397	47	9.0	47	89	0	626	31	11	29	27	1.91
36832004--36832079	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
36832560--36832711	37	4.1	37	92	0	232	21	19	32	25	1.97
36833973--36834523	40	13.8	40	92	0	834	25	21	27	25	1.99
36838523--36838755	47	5.0	47	89	0	349	31	11	30	26	1.92
36838523--36838755	94	2.5	94	94	0	403	31	11	30	26	1.92
36838918--36839063	37	3.9	37	90	0	211	23	18	30	26	1.98
36848848--36849016	49	3.4	49	78	5	178	29	27	18	24	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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