genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.201.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65116741--65117013	130	2.1	130	81	4	282	31	20	16	31	1.94
65123687--65123719	16	2.1	16	94	0	57	24	30	36	9	1.86
65128819--65129200	132	2.9	131	89	1	550	29	19	24	27	1.98
65137310--65137346	18	2.1	18	100	0	74	29	16	10	43	1.82
65138814--65138841	11	2.5	11	100	0	56	39	0	25	35	1.56
65139248--65139410	76	2.1	76	90	2	256	35	12	26	24	1.92
65139590--65140056	193	2.4	193	84	3	566	29	19	19	31	1.96
65140302--65140346	22	2.1	21	87	4	63	26	0	26	46	1.53
65140305--65140368	15	4.5	14	77	9	58	25	0	31	43	1.55
65140305--65140367	29	2.2	28	85	2	81	23	0	31	44	1.54
65140305--65140349	7	6.3	7	79	5	54	22	0	31	46	1.52
65140334--65140468	7	19.0	7	73	6	74	20	0	37	41	1.58
65156271--65156308	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
65156533--65156702	46	3.7	46	78	13	195	27	28	21	21	1.99
65156538--65156708	93	1.8	93	92	0	288	27	29	22	21	1.99
65158364--65158529	67	2.5	67	85	2	208	25	22	16	35	1.95
65158381--65158529	67	2.2	68	85	3	212	26	23	15	34	1.94
65163869--65163901	10	3.4	10	87	4	50	54	0	24	21	1.45
65177052--65177244	106	1.8	105	84	1	260	43	1	10	44	1.46
65182047--65182096	16	3.2	16	70	18	52	52	0	0	48	1.00
65182028--65182093	29	2.2	27	84	15	78	56	0	0	43	0.99
65182037--65182114	29	2.9	26	77	17	70	55	0	1	43	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65185801--65185879	41	1.9	41	92	0	131	26	17	17	37	1.92
65230386--65230428	11	3.8	11	80	17	52	30	2	2	65	1.18
65235545--65236285	247	3.0	247	92	0	1218	37	14	11	35	1.83
65236708--65236752	24	1.9	23	86	4	63	46	2	0	51	1.13
65237806--65237839	17	1.9	18	88	5	52	41	0	8	50	1.34
65243718--65243747	3	9.7	3	92	7	51	36	0	0	63	0.95
65247755--65247797	9	4.8	9	85	0	59	62	0	9	27	1.25
65247764--65247800	18	2.1	18	100	0	74	67	0	5	27	1.12
65261613--65261650	17	2.2	17	95	0	67	57	13	0	28	1.36
65261612--65261686	17	4.6	16	74	8	53	53	10	1	34	1.44
65261986--65262031	24	1.9	24	86	0	65	17	26	8	47	1.76
65268002--65268167	84	2.0	84	96	0	305	31	12	19	36	1.89
65271851--65271896	18	2.6	18	82	3	58	13	17	32	36	1.88
65276830--65276858	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
65277949--65278071	45	2.7	45	87	0	174	23	15	27	33	1.95
65279098--65279151	24	2.2	24	96	3	99	40	0	22	37	1.54
65284360--65284410	23	2.2	24	80	16	63	62	1	29	5	1.29
65296942--65296983	17	2.5	17	80	7	50	14	14	35	35	1.86
65297015--65297057	17	2.6	15	80	20	50	16	20	32	30	1.95
65296988--65297135	61	2.5	60	85	3	190	18	18	29	33	1.95
65297076--65297118	17	2.5	17	80	3	50	13	20	27	37	1.91
65311516--65311701	29	6.5	27	72	14	108	27	22	18	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65311655--65311730	32	2.4	32	84	0	89	30	27	11	30	1.92
65316063--65316121	14	4.6	13	72	18	52	66	0	3	30	1.08
65316161--65316222	30	2.1	30	85	11	83	67	1	4	25	1.19
65319331--65319371	17	2.5	17	84	4	57	4	21	0	73	1.02
65332796--65332880	44	1.9	44	97	0	161	31	16	22	29	1.96
65337605--65337668	29	2.2	29	94	2	112	60	6	6	26	1.44
65341469--65341580	44	2.5	44	79	12	122	41	16	20	20	1.90
65341455--65341570	44	2.6	44	80	10	121	46	15	18	18	1.84
65341550--65341672	45	2.7	45	84	0	165	39	16	20	24	1.92
65348359--65348395	17	2.2	17	100	0	74	35	18	16	29	1.93
65348440--65348531	46	2.0	46	93	0	157	26	21	7	44	1.79
65348486--65348622	54	2.5	56	85	5	181	23	24	13	38	1.90
65349875--65349912	20	1.9	20	94	0	67	34	28	10	26	1.90
65351267--65351319	27	2.0	27	100	0	106	49	15	15	20	1.80
65351894--65351932	20	1.9	21	89	5	62	74	12	5	7	1.20
65351947--65352159	105	2.0	105	96	1	392	30	19	16	33	1.94
65357763--65357838	36	2.1	36	90	0	116	28	30	18	22	1.97
65366236--65366280	24	1.9	24	86	4	65	37	15	20	26	1.92
65370611--65370738	46	2.7	46	82	7	143	22	30	18	28	1.98
65376729--65376758	15	2.0	15	93	0	51	3	13	33	50	1.58
65378947--65379526	290	2.0	290	96	0	1061	28	27	14	28	1.96
65384107--65384143	11	3.5	11	78	14	51	10	32	29	27	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65384099--65384144	20	2.3	20	100	0	92	10	32	28	28	1.91
65384099--65384158	20	3.0	20	90	2	66	10	33	26	30	1.89
65402151--65402200	21	2.4	19	78	18	55	12	32	8	48	1.69
65403966--65404029	25	2.6	25	92	2	103	20	23	20	35	1.96
65404149--65404197	25	2.0	25	83	0	62	32	22	12	32	1.91
65414041--65414073	10	3.4	10	87	4	50	15	9	0	75	1.03
65422959--65423123	46	3.6	45	78	12	174	28	28	20	23	1.98
65422960--65423130	93	1.8	93	89	0	270	28	28	20	22	1.99
65422955--65423138	46	4.0	45	74	8	131	29	27	19	23	1.98
65425781--65425898	26	4.8	24	73	14	71	23	20	22	33	1.97
65426042--65426127	20	4.4	20	77	5	95	31	4	19	44	1.71
65428031--65428094	25	2.6	25	84	0	74	45	18	14	21	1.85
65429554--65429613	12	4.8	12	75	17	52	56	3	1	38	1.26
65429719--65429755	18	1.9	18	89	10	56	40	5	0	54	1.24
65430888--65431002	43	2.7	42	78	2	131	31	18	20	29	1.96
65432457--65432525	22	3.3	22	61	19	56	47	17	8	26	1.76
65441081--65441151	27	2.6	27	70	16	74	43	16	16	22	1.87
65441156--65441214	22	2.7	22	83	0	73	35	23	23	16	1.95
65445179--65445316	42	3.2	42	77	5	98	31	22	16	29	1.96
65447340--65447400	30	2.0	30	96	0	113	42	6	13	37	1.70
65483664--65483837	46	3.8	46	79	13	205	27	29	21	20	1.98
65483671--65483841	93	1.8	92	94	1	306	26	29	22	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65486881--65487378	47	10.5	47	94	1	825	31	8	30	29	1.87
65486964--65487042	25	3.3	25	64	10	74	30	5	31	32	1.79
65486881--65487378	143	3.5	143	94	1	842	31	8	30	29	1.87
65487132--65487207	22	3.3	22	64	10	62	30	11	30	27	1.92
65486883--65487378	190	2.6	189	92	1	823	31	8	30	29	1.87
65492152--65492932	47	16.6	47	95	0	1355	29	29	8	33	1.86
65492202--65492280	25	3.3	25	66	16	76	31	29	5	34	1.79
65497091--65497260	23	8.2	23	64	21	106	25	28	22	23	1.99
65496933--65497157	40	5.7	39	89	6	319	27	27	20	24	1.99
65497091--65497220	63	2.1	63	97	0	242	25	28	22	23	1.99
65497051--65497260	103	2.0	103	95	0	375	25	28	21	24	1.99
65497154--65497274	40	3.0	40	100	0	242	24	29	22	23	1.99
65497011--65497274	143	1.8	143	95	0	474	26	29	20	23	1.99
65498687--65499325	47	13.6	47	94	1	1100	28	30	8	33	1.86
65503155--65503183	14	2.1	14	100	0	58	27	0	20	51	1.47
65511402--65511450	24	2.0	24	81	14	57	42	10	14	32	1.79
65523694--65523870	85	2.1	85	96	0	327	25	9	23	41	1.84
65524842--65524892	25	2.0	25	100	0	102	35	3	11	49	1.58
65529884--65530144	44	5.9	44	77	2	218	39	17	24	18	1.92
65530102--65530196	28	3.4	27	91	2	136	35	13	27	23	1.92
65530056--65530241	101	1.8	101	83	4	250	37	16	27	18	1.92
65534156--65534292	49	2.8	50	91	4	217	24	16	34	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65546160--65546198	17	2.3	18	82	13	55	20	5	10	64	1.44
65547565--65547616	27	2.0	26	82	10	63	34	1	17	46	1.59
65560609--65560724	53	2.2	52	90	1	178	29	10	12	48	1.73
65561510--65561544	16	2.2	16	94	0	61	34	25	22	17	1.96
65561510--65561553	16	2.8	16	85	0	52	36	22	25	15	1.94
65561615--65561737	28	4.4	28	83	2	129	42	18	22	16	1.89
65561813--65561856	16	2.8	16	89	0	61	34	18	22	25	1.96
65562440--65562471	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
65563997--65564109	37	3.1	36	78	8	113	42	1	2	53	1.25
65563997--65564072	11	6.8	11	72	26	54	43	1	1	53	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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