genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.176.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57167167--57167194	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
57169955--57170129	94	1.9	93	83	4	228	28	18	29	24	1.98
57170277--57170358	27	3.0	27	100	0	164	32	7	23	36	1.82
57173197--57173252	23	2.4	24	84	3	78	28	19	16	35	1.93
57176527--57176584	28	2.1	28	96	0	107	37	8	24	29	1.85
57180615--57180726	24	4.8	24	77	18	103	29	20	16	33	1.95
57187606--57187711	43	2.5	43	82	3	124	29	29	13	28	1.94
57190430--57190489	30	2.0	30	83	0	75	35	8	28	28	1.86
57192123--57192300	27	6.6	27	81	3	169	30	27	14	27	1.95
57192123--57192300	54	3.3	55	80	3	191	30	27	14	27	1.95
57196096--57196325	50	4.7	50	78	5	222	26	19	30	24	1.98
57196096--57196325	100	2.3	98	82	7	272	26	19	30	24	1.98
57196096--57196368	100	2.8	99	78	7	265	26	17	29	25	1.98
57201894--57201934	20	2.1	20	86	4	57	17	34	29	19	1.94
57204137--57204220	40	2.1	40	84	0	105	30	17	25	26	1.97
57205101--57205168	21	3.2	21	79	6	66	50	22	1	26	1.58
57205262--57205318	21	2.7	21	83	2	69	49	26	1	22	1.60
57209612--57209987	48	7.8	48	96	0	653	35	6	27	30	1.81
57210128--57210233	37	2.9	37	97	0	194	24	19	32	23	1.98
57213524--57213639	19	5.9	18	70	21	65	43	0	4	52	1.21
57213523--57213577	24	2.3	24	81	6	67	40	0	3	56	1.17
57213558--57213609	22	2.3	23	86	3	70	42	0	5	51	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57213524--57213639	61	1.9	62	92	1	198	43	0	4	52	1.21
57213544--57213671	29	4.3	28	75	12	114	43	0	2	53	1.13
57213546--57213661	15	7.7	15	65	21	55	44	0	2	52	1.14
57213942--57214243	9	34.7	9	78	10	306	44	21	1	32	1.61
57214033--57214078	22	2.1	22	100	0	92	41	28	0	30	1.56
57222076--57222244	92	1.8	92	93	2	295	27	28	21	21	1.99
57222071--57222241	45	3.7	46	79	14	201	28	28	21	21	1.99
57222663--57222722	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
57224749--57224808	30	2.0	30	90	6	95	58	16	15	10	1.63
57224749--57224808	15	4.0	15	80	8	77	58	16	15	10	1.63
57229506--57229552	21	2.4	19	82	10	58	46	23	2	27	1.63
57230921--57231100	27	6.6	28	77	5	129	37	23	8	30	1.84
57231087--57231221	27	5.0	27	87	0	173	36	19	20	23	1.95
57231493--57231552	27	2.3	27	79	2	68	21	21	20	36	1.95
57231675--57231758	6	13.7	6	70	18	57	19	15	15	50	1.79
57231675--57231774	31	3.3	30	76	6	94	19	15	15	51	1.77
57233699--57233757	27	2.2	27	87	3	84	37	23	6	32	1.81
57233708--57233886	27	6.6	27	76	5	139	37	22	8	30	1.84
57233869--57234012	27	5.3	27	80	5	139	36	18	19	25	1.94
57234279--57234338	27	2.3	26	82	2	66	21	21	20	36	1.95
57234457--57234535	31	2.5	31	85	4	106	18	16	13	50	1.78
57234486--57234544	6	9.7	6	77	17	59	16	16	16	49	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57236372--57236450	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
57236568--57237111	47	11.7	47	96	2	1001	30	29	8	31	1.87
57236568--57237110	231	2.3	232	95	3	993	30	28	8	32	1.87
57240523--57240861	40	8.5	40	83	4	366	24	28	22	24	1.99
57241169--57241247	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
57243152--57243230	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
57243348--57243851	47	10.7	47	98	1	956	29	29	8	31	1.87
57247686--57247738	26	2.0	26	96	0	97	50	7	5	35	1.54
57248482--57248649	46	3.6	45	76	17	157	31	29	19	19	1.96
57248481--57248653	93	1.9	93	90	2	276	30	30	19	19	1.96
57252040--57252072	16	2.1	16	100	0	66	39	24	12	24	1.89
57256507--57256572	34	1.9	34	100	0	132	21	19	12	46	1.82
57267199--57267244	18	2.7	18	86	6	60	84	0	6	8	0.77
57268405--57268442	19	2.0	19	100	0	76	31	26	10	31	1.90
57268518--57268543	7	3.7	7	100	0	52	84	0	0	15	0.62
57269743--57269900	65	2.4	65	100	0	316	15	26	26	31	1.96
57270606--57270659	24	2.2	24	83	6	65	20	24	16	38	1.92
57270626--57270669	19	2.3	19	96	0	79	20	20	18	40	1.91
57274654--57274877	88	2.6	87	89	3	324	28	17	26	27	1.98
57274839--57275473	44	14.4	44	86	3	857	28	16	31	22	1.96
57275764--57275806	15	2.6	17	89	7	63	83	0	6	9	0.80
57277911--57277953	21	2.0	21	82	8	52	41	16	6	34	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57282863--57282984	48	2.5	48	81	6	140	31	18	22	27	1.97
57283010--57283244	42	5.5	42	75	9	183	26	17	24	31	1.97
57283050--57283245	43	4.6	43	75	9	170	27	16	24	31	1.97
57283050--57283244	85	2.3	85	87	1	275	27	16	24	31	1.97
57286420--57286547	46	2.7	47	84	8	147	21	23	28	26	1.99
57289119--57289273	47	3.3	47	77	13	165	30	18	29	21	1.97
57299766--57299874	22	4.9	22	89	2	137	27	24	17	30	1.97
57299747--57299881	45	3.0	45	79	6	148	26	23	17	31	1.97
57299747--57299874	67	1.9	68	83	6	170	27	24	17	30	1.97
57304395--57304434	19	2.0	20	85	4	55	27	17	12	42	1.85
57311082--57311143	25	2.4	27	78	10	67	37	1	6	54	1.36
57311957--57312014	25	2.7	19	71	26	53	48	12	18	20	1.80
57311950--57312007	25	2.3	25	84	0	71	46	13	18	20	1.83
57311982--57312041	31	1.9	31	93	0	102	48	13	15	23	1.79
57312186--57312287	27	3.8	26	79	10	89	36	19	22	21	1.95
57312937--57313399	27	17.2	27	87	2	556	24	21	20	33	1.97
57314392--57314624	27	8.6	27	76	11	136	38	23	7	30	1.83
57314413--57314651	54	4.4	54	79	7	209	38	23	8	30	1.85
57314497--57314653	27	5.8	27	85	3	190	40	24	8	26	1.84
57314493--57314626	55	2.5	54	88	3	198	41	23	6	28	1.80
57316950--57317080	46	2.8	48	78	14	157	21	19	29	29	1.98
57319193--57319285	27	3.4	27	79	4	107	32	10	19	37	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57319284--57319448	54	3.1	54	84	0	213	41	6	21	31	1.77
57319284--57319481	81	2.4	81	88	0	279	41	6	21	29	1.78
57319289--57319481	54	3.6	54	82	1	208	41	6	22	30	1.78
57319284--57319481	27	7.3	27	82	2	182	41	6	21	29	1.78
57319355--57319501	54	2.7	53	75	12	145	41	6	19	32	1.77
57319316--57319510	81	2.4	81	85	0	237	41	7	20	30	1.79
57319463--57319686	54	4.1	54	79	4	209	30	8	18	41	1.81
57319535--57319686	27	5.6	27	84	4	191	28	8	21	42	1.82
57319536--57319686	81	1.9	81	87	5	225	28	8	20	42	1.81
57321583--57321634	18	2.9	18	81	13	54	51	15	11	21	1.74
57321604--57321694	6	14.8	6	68	17	53	46	14	17	21	1.84
57321613--57321708	31	3.3	30	76	18	103	48	12	17	20	1.79
57321621--57321685	25	2.6	25	90	0	103	47	12	18	21	1.81
57321646--57321709	31	2.1	31	93	0	110	51	12	15	20	1.75
57321854--57321910	27	2.2	26	90	3	87	36	21	24	17	1.94
57322620--57323059	27	16.3	27	88	2	573	25	19	20	34	1.96
57323064--57323238	27	6.5	27	87	0	199	42	5	22	29	1.76
57323064--57323238	54	3.3	54	85	0	226	42	5	22	29	1.76
57323064--57323260	81	2.4	81	86	0	261	42	6	22	29	1.77
57323248--57323597	27	13.0	28	71	17	119	32	9	18	40	1.82
57323330--57323597	27	10.1	27	76	11	232	31	9	19	40	1.83
57325221--57325252	5	6.2	5	92	7	55	0	21	0	78	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57325221--57325276	15	3.6	16	80	7	62	3	26	0	69	1.04
57328868--57329025	45	3.5	44	82	2	190	34	30	14	20	1.93
57332707--57332795	27	3.2	28	88	3	137	19	23	21	35	1.95
57332707--57332819	27	4.2	27	86	3	131	19	22	20	38	1.94
57332709--57332815	55	2.0	54	85	5	144	20	21	19	38	1.94
57340387--57340450	26	2.4	27	89	2	94	34	25	10	29	1.90
57340554--57340647	27	3.4	28	82	2	120	20	23	21	35	1.96
57340554--57340666	27	4.2	28	80	5	117	21	22	20	36	1.95
57340556--57340662	55	2.0	55	85	5	146	22	21	19	36	1.95
57342381--57342453	30	2.4	31	86	4	96	57	16	13	12	1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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