genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.244.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   

This is table  244  of  325  ( 38900 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79828609--79828773	55	3.1	56	83	9	213	30	1	0	66	1.06
79829152--79829186	18	1.9	18	94	0	61	20	0	5	74	1.02
79832437--79832841	47	8.6	47	95	1	684	33	8	29	28	1.86
79834085--79834390	46	6.5	46	71	10	142	28	19	28	23	1.98
79834268--79834393	49	2.6	49	84	3	164	29	21	26	22	1.99
79837832--79837858	12	2.2	12	100	0	54	18	25	7	48	1.74
79838494--79838527	17	2.0	17	88	0	50	35	0	20	44	1.52
79838634--79838673	21	1.9	21	100	0	80	45	0	15	40	1.46
79838719--79838829	47	2.4	47	89	0	159	27	8	24	39	1.83
79841419--79841461	21	2.0	21	90	0	68	34	16	11	37	1.85
79845445--79845470	7	3.7	7	100	0	52	11	0	26	61	1.30
79856448--79856489	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
79856452--79856488	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
79857018--79857060	14	3.1	14	86	0	59	44	11	2	41	1.53
79857132--79857202	19	3.8	19	69	9	56	23	1	8	66	1.28
79859390--79859424	15	2.3	15	90	0	52	22	2	5	68	1.24
79860970--79861009	17	2.3	18	86	8	64	15	5	47	32	1.66
79861976--79862004	3	9.7	3	100	0	58	0	31	0	68	0.89
79863743--79863779	17	2.1	18	95	5	67	72	0	0	27	0.84
79863904--79863929	12	2.2	12	100	0	52	50	7	15	26	1.71
79880457--79880517	30	2.0	30	84	6	79	31	24	3	40	1.71
79881806--79881856	11	4.3	12	76	18	54	76	0	23	0	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79881802--79881847	22	2.0	23	91	4	76	76	0	23	0	0.79
79881800--79881856	17	3.2	17	76	14	62	77	0	22	0	0.77
79884300--79884348	24	2.1	24	85	7	66	77	0	22	0	0.77
79885885--79885939	19	2.9	19	71	12	51	69	7	1	21	1.23
79885885--79885979	37	2.6	38	78	11	99	67	6	1	25	1.21
79889240--79889279	3	13.3	3	94	0	71	32	0	2	65	1.06
79889431--79889677	3	83.0	3	66	13	66	28	8	4	58	1.47
79889492--79889557	23	3.0	21	78	12	69	28	6	6	59	1.46
79894006--79894058	25	2.1	25	92	0	88	32	26	16	24	1.97
79894110--79894254	72	2.0	72	86	2	202	22	35	22	20	1.96
79894333--79894501	82	2.1	82	86	0	230	23	41	17	17	1.90
79896317--79896588	49	5.7	49	73	15	187	29	19	28	22	1.98
79898113--79898191	28	2.9	27	84	5	104	53	18	17	10	1.72
79898245--79898352	54	2.0	54	80	3	119	50	28	0	21	1.49
79899641--79899753	8	13.9	8	86	10	122	64	5	0	30	1.15
79905099--79905183	23	3.7	23	87	4	118	35	3	21	40	1.70
79905087--79905183	23	4.1	23	85	5	115	34	5	21	39	1.76
79905605--79905651	19	2.5	19	76	10	51	21	2	4	72	1.12
79914355--79914415	30	2.0	30	87	0	86	31	22	6	39	1.80
79915433--79915457	13	1.9	13	100	0	50	40	20	40	0	1.52
79922769--79922793	11	2.3	11	100	0	50	72	20	8	0	1.10
79928369--79928510	49	2.9	49	87	0	185	29	32	15	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79951142--79951184	22	1.9	23	85	4	61	37	16	37	9	1.81
79953192--79953266	6	12.3	6	78	16	75	18	1	0	80	0.79
79953183--79953266	5	16.8	5	82	17	88	17	1	0	80	0.77
79953183--79953265	36	2.4	37	90	8	129	18	1	0	80	0.77
79953271--79953318	24	2.0	24	100	0	96	37	8	8	45	1.64
79956122--79956154	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
79959611--79959777	47	3.5	47	87	4	228	28	31	8	31	1.87
79967976--79968031	23	2.5	22	77	8	67	69	1	25	3	1.14
79967975--79968029	8	7.1	8	74	15	53	69	1	25	3	1.15
79967975--79968029	15	3.6	16	76	11	53	69	1	25	3	1.15
79972405--79972499	28	3.4	28	88	2	138	26	22	10	41	1.86
79973720--79973754	15	2.3	15	90	0	52	77	0	0	22	0.78
79973716--79973761	19	2.5	19	75	13	51	78	0	4	17	0.91
79974449--79974487	19	2.1	19	100	0	78	33	20	15	30	1.94
79977126--79977179	25	2.2	25	82	0	63	22	5	9	62	1.45
79978809--79978835	13	2.1	13	100	0	54	66	0	14	18	1.25
79986152--79986184	11	3.1	11	91	8	59	54	0	0	45	0.99
79997371--79997407	19	2.0	20	89	10	60	29	0	13	56	1.37
80004322--80004373	4	13.0	4	87	0	50	44	26	7	21	1.79
80005543--80005591	20	2.7	18	77	22	57	51	2	2	44	1.24
80014185--80014291	56	1.9	56	92	0	178	28	28	15	28	1.96
80016377--80016418	20	2.2	20	91	4	68	9	19	23	47	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80017604--80017675	36	2.0	36	91	0	117	30	18	16	34	1.93
80018289--80018347	22	2.8	21	71	2	55	22	1	8	67	1.26
80021047--80021097	17	2.9	17	82	8	59	37	7	0	54	1.29
80030461--80030493	17	1.9	17	93	0	57	48	3	18	30	1.63
80030813--80031011	98	2.0	98	85	6	271	44	2	3	49	1.33
80036558--80036588	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
80036768--80036834	22	3.2	22	62	30	56	38	0	19	41	1.51
80036769--80036849	40	2.0	40	97	0	153	38	0	22	39	1.54
80040322--80040373	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
80041324--80041367	22	2.0	23	86	4	63	54	4	0	40	1.21
80041406--80041465	29	2.1	28	81	3	66	60	8	0	31	1.27
80041414--80041466	19	2.8	19	80	8	63	60	3	0	35	1.15
80041455--80041506	12	3.9	12	73	22	50	69	1	0	28	0.99
80041414--80041542	10	13.1	10	73	16	74	61	3	0	34	1.17
80043024--80043064	21	2.0	20	90	4	64	56	0	9	34	1.32
80050777--80050805	8	3.6	8	100	0	58	13	0	51	34	1.42
80060848--80060882	18	1.9	18	94	0	61	25	40	28	5	1.78
80067542--80067753	114	1.9	114	81	8	261	50	11	6	31	1.63
80067823--80067857	18	1.9	18	88	0	52	74	8	0	17	1.06
80068213--80068254	14	3.1	14	76	13	52	61	4	0	33	1.17
80068207--80068261	26	2.1	27	86	3	76	61	3	1	32	1.24
80068298--80068347	25	2.0	26	88	11	77	66	2	0	32	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80069835--80070318	90	5.4	90	92	1	783	27	27	15	29	1.96
80082750--80082821	31	2.4	27	77	18	72	37	15	12	34	1.85
80082940--80083002	30	2.1	30	93	0	108	42	14	3	39	1.61
80083460--80083489	10	2.8	11	95	5	53	3	6	0	90	0.56
80083626--80083662	18	2.1	18	100	0	74	24	27	37	10	1.88
80084346--80084474	3	44.0	3	75	10	99	28	5	2	63	1.29
80084342--80084470	19	6.9	19	72	13	72	27	6	2	64	1.29
80084347--80084484	73	1.9	72	85	4	188	27	5	2	63	1.31
80098574--80098656	18	4.8	17	85	5	121	38	10	13	37	1.79
80098567--80098655	17	5.1	17	85	5	124	38	12	13	35	1.82
80098568--80098656	35	2.5	35	96	0	160	38	12	13	35	1.82
80105063--80105138	6	13.8	6	74	22	69	81	0	18	0	0.69
80105054--80105138	15	5.7	15	81	13	113	82	0	17	0	0.67
80105053--80105138	22	4.0	21	85	7	100	82	0	17	0	0.67
80106051--80106230	44	4.1	44	75	8	195	30	16	25	27	1.96
80106341--80106849	83	6.1	83	94	0	858	32	19	20	27	1.97
80107617--80107706	18	4.9	18	87	5	128	37	10	14	37	1.80
80107617--80107706	35	2.5	36	90	7	146	37	10	14	37	1.80
80113763--80113822	28	2.1	28	100	0	120	40	6	13	40	1.71
80116155--80116372	118	1.8	118	86	1	312	39	6	5	47	1.54
80116384--80116420	17	2.2	17	90	9	58	37	5	0	56	1.22
80116153--80116409	118	2.2	116	80	8	286	40	6	5	47	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80118246--80118326	32	2.5	32	97	0	153	41	22	11	24	1.86
80118751--80118917	43	3.9	42	79	6	167	31	23	16	29	1.96
80124870--80124902	17	1.9	17	93	0	57	39	0	18	42	1.50
80131428--80131539	56	2.0	56	100	0	224	39	8	1	50	1.44
80133796--80133877	26	3.2	26	92	0	146	32	7	24	35	1.83
80136645--80136829	79	2.3	82	83	7	229	25	27	23	23	2.00
80136626--80136829	40	5.1	40	81	8	229	25	27	23	24	2.00
80144184--80144291	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
80147373--80147408	16	2.2	16	100	0	72	36	25	13	25	1.93
80151798--80151849	22	2.4	22	100	0	104	15	40	19	25	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325