genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28108885--28109429	47	11.4	47	90	3	777	32	9	28	29	1.88
28109547--28109625	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
28115713--28116898	589	2.0	590	95	1	2110	40	19	6	33	1.77
28125197--28125224	7	4.0	7	100	0	56	28	28	0	42	1.56
28139514--28139596	43	1.9	43	90	0	130	18	18	32	31	1.94
28141223--28141527	47	6.5	47	95	0	511	28	30	8	32	1.86
28141273--28141351	25	3.3	25	69	16	85	32	29	3	34	1.75
28145054--28145245	40	4.8	40	88	0	276	26	28	21	23	1.99
28146660--28147166	47	10.7	47	93	0	834	29	30	7	32	1.86
28157040--28157262	49	4.7	47	74	12	179	23	27	20	28	1.99
28158097--28158137	19	2.1	20	86	4	57	29	14	4	51	1.63
28166474--28166604	55	2.4	55	86	0	181	26	32	19	22	1.97
28169692--28169738	17	2.7	18	83	6	60	36	12	10	40	1.78
28169692--28169805	18	6.4	18	77	8	99	35	14	11	38	1.82
28169950--28170036	44	2.0	44	82	8	106	40	20	19	19	1.92
28170141--28170180	20	2.0	20	90	9	64	40	12	5	42	1.64
28170148--28170197	15	3.0	15	83	16	55	40	14	2	44	1.56
28172085--28172191	27	4.0	27	82	8	121	39	18	23	18	1.92
28172088--28172191	54	1.9	53	84	9	140	38	19	24	18	1.93
28173600--28173646	24	2.0	24	91	0	76	25	36	4	34	1.76
28184324--28184361	19	2.0	19	100	0	76	47	21	21	10	1.80
28194086--28194115	11	2.7	11	89	0	51	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28194237--28194296	30	2.0	30	93	0	102	58	15	3	23	1.52
28196483--28196543	30	2.1	29	90	3	95	34	21	18	26	1.96
28198430--28198454	8	3.1	8	100	0	50	48	28	0	24	1.52
28203810--28203867	30	2.0	29	96	3	107	31	24	18	25	1.98
28209260--28209364	53	2.0	53	84	0	138	36	19	24	20	1.95
28212464--28212688	40	5.6	40	81	2	254	23	26	24	25	2.00
28218958--28219486	47	11.1	47	92	2	824	31	9	29	28	1.89
28218958--28219486	96	5.5	96	92	3	836	31	9	29	28	1.89
28218958--28219486	143	3.7	143	94	1	891	31	9	29	28	1.89
28219605--28219683	37	2.1	37	88	4	115	24	20	31	24	1.98
28225096--28225316	40	5.6	39	84	6	250	23	27	23	25	2.00
28225060--28225316	80	3.3	80	82	5	285	23	26	23	25	2.00
28225096--28225316	119	1.9	117	83	8	286	23	27	23	25	2.00
28227251--28227472	47	4.8	44	78	11	205	27	18	29	23	1.98
28227209--28227471	140	1.9	141	85	4	370	27	19	29	23	1.98
28230640--28230823	40	4.6	40	84	4	244	24	23	26	25	2.00
28230644--28230823	83	2.2	80	89	3	263	23	24	27	24	2.00
28236913--28236939	12	2.2	12	100	0	54	29	7	29	33	1.85
28238121--28238179	30	1.9	31	89	3	93	35	13	23	27	1.92
28242508--28242820	38	8.3	38	89	0	475	30	24	23	20	1.98
28248415--28248835	38	11.1	38	88	0	608	33	24	20	20	1.97
28248415--28248828	114	3.6	114	94	0	677	33	25	21	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28256497--28256710	46	4.6	44	75	12	171	28	19	28	23	1.98
28259004--28259185	49	3.7	49	82	2	238	26	20	25	26	1.99
28259006--28259198	100	1.9	100	92	2	325	26	20	24	27	1.99
28261960--28262006	19	2.5	20	86	6	62	29	0	8	61	1.25
28263401--28263593	100	1.9	100	90	0	305	25	20	24	29	1.99
28263399--28263593	49	3.9	48	78	5	210	25	20	25	28	1.99
28272723--28272783	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
28273882--28274101	46	4.8	45	77	8	201	22	28	18	30	1.98
28273880--28274106	92	2.5	92	78	9	230	23	28	18	29	1.97
28276539--28276599	24	2.5	24	86	5	79	19	16	29	34	1.94
28288511--28288678	46	3.7	46	70	23	149	22	20	27	29	1.98
28294768--28294815	11	4.4	11	100	0	96	39	0	25	35	1.56
28299534--28299579	17	2.7	18	83	10	60	78	0	8	13	0.97
28299547--28299578	8	3.9	8	92	8	55	84	0	3	12	0.74
28305877--28306208	47	7.1	47	89	0	468	33	10	28	26	1.90
28305949--28306024	22	3.3	22	65	28	59	32	13	28	25	1.93
28306182--28306318	46	3.0	46	91	0	220	35	8	30	25	1.86
28309704--28309875	67	2.7	63	76	11	177	29	17	29	23	1.97
28314129--28314400	40	6.8	40	85	2	289	27	27	20	23	1.99
28314129--28314399	80	3.4	80	84	2	339	28	27	20	23	1.99
28314128--28314396	120	2.2	120	91	1	423	27	27	20	23	1.99
28323476--28323617	40	3.6	40	94	0	232	25	21	25	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28331429--28331536	39	2.8	40	92	7	186	23	23	25	27	2.00
28335484--28335558	38	2.0	38	86	5	107	30	18	26	24	1.98
28335612--28336002	38	10.1	39	89	4	578	24	20	29	25	1.99
28335612--28336002	78	5.0	78	90	4	578	24	20	29	25	1.99
28335612--28336002	117	3.4	117	92	2	603	24	20	29	25	1.99
28338402--28338811	49	8.6	49	91	2	615	32	7	30	29	1.86
28359227--28359274	25	1.9	25	91	0	78	43	4	27	25	1.72
28360294--28360394	43	2.3	43	84	3	132	28	16	18	35	1.93
28363665--28363846	40	4.6	40	93	0	294	28	25	21	24	1.99
28369068--28369278	105	2.0	105	94	1	370	43	7	21	27	1.80
28370749--28371067	58	5.5	57	76	7	232	36	11	26	24	1.90
28370735--28371061	87	3.7	87	73	8	270	35	12	27	24	1.91
28370749--28371061	29	10.8	29	79	8	203	36	11	27	24	1.90
28371760--28371803	21	2.4	17	74	25	52	50	11	9	29	1.69
28371765--28371807	21	2.0	21	100	0	86	44	13	9	32	1.76
28374547--28374727	40	4.6	40	90	3	287	27	26	22	23	1.99
28382716--28382897	40	4.6	40	92	2	296	27	26	23	23	2.00
28384652--28384705	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
28384652--28384725	30	2.5	30	86	8	98	21	20	18	39	1.93
28384652--28384716	20	3.2	20	71	16	53	23	21	16	38	1.93
28386211--28386235	11	2.3	11	100	0	50	76	8	0	16	1.02
28386228--28386290	30	2.1	30	85	5	83	76	4	14	4	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28387310--28387430	6	20.2	6	68	11	61	71	0	18	9	1.16
28387301--28387430	18	7.2	18	71	9	104	70	0	18	10	1.19
28387391--28387428	13	2.8	13	82	17	51	73	0	18	7	1.06
28387329--28387442	21	5.1	21	68	21	54	72	1	17	7	1.17
28387445--28387507	33	1.9	33	84	12	85	53	6	26	12	1.62
28391601--28391743	41	3.5	41	87	0	189	25	21	25	26	2.00
28391585--28391784	81	2.5	78	79	8	213	23	21	27	27	1.99
28398524--28398708	41	4.6	41	85	5	234	24	21	27	27	1.99
28398510--28398715	81	2.5	81	80	6	238	25	20	27	26	1.99
28402330--28402504	46	3.8	44	78	14	174	27	19	29	24	1.98
28402336--28402554	94	2.3	94	79	7	221	28	18	29	24	1.98
28403545--28403712	27	6.3	27	78	8	148	39	17	10	32	1.83
28403556--28403724	53	3.2	53	81	5	153	39	19	10	31	1.85
28403556--28403724	54	3.2	53	83	4	189	39	19	10	31	1.85
28403621--28403725	27	3.9	27	85	0	147	39	17	8	35	1.80
28403708--28403956	27	9.2	27	86	0	300	36	17	19	26	1.93
28403635--28403956	54	6.0	53	80	7	265	37	17	17	27	1.92
28403574--28403912	81	4.2	81	79	8	205	38	17	14	28	1.90
28403681--28403958	81	3.4	81	84	1	351	37	17	17	27	1.92
28404185--28404263	27	3.0	26	81	5	77	20	20	22	36	1.95
28404392--28404432	20	2.0	20	85	0	55	14	17	29	39	1.89
28404314--28404552	98	2.4	98	90	1	363	18	19	26	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28404484--28404530	20	2.3	20	77	0	58	12	19	29	38	1.89
28407821--28407877	27	2.1	27	83	3	71	28	19	21	31	1.97
28407833--28407948	27	4.3	27	82	2	135	21	20	18	39	1.92
28407940--28408067	27	4.7	27	90	0	202	35	17	14	32	1.91
28413451--28413521	37	1.9	36	86	11	99	42	1	4	52	1.29
28413512--28413580	20	3.6	19	70	20	54	44	2	7	44	1.46
28414963--28414994	16	1.9	17	93	6	57	37	12	0	50	1.41
28432276--28432460	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
28432257--28432460	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
28440311--28440594	40	7.1	37	85	7	237	26	21	26	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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