genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.260.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84832991--84833431	54	8.2	54	88	0	621	25	19	19	36	1.95
84833454--84833755	27	11.2	27	77	8	233	28	8	21	41	1.82
84833426--84833761	81	4.2	80	75	5	300	29	8	21	40	1.82
84833454--84833755	54	5.6	53	85	3	320	28	8	21	41	1.82
84833467--84833774	108	2.9	106	84	7	365	29	9	21	40	1.84
84836088--84836235	44	3.4	44	74	7	138	30	18	23	27	1.98
84837554--84837628	28	2.7	28	82	0	96	29	33	13	24	1.93
84840497--84840526	8	3.8	8	100	0	60	40	0	0	60	0.97
84840683--84840755	28	2.7	27	84	14	89	69	4	24	1	1.13
84841632--84841772	40	3.5	40	77	6	142	38	9	19	32	1.84
84858086--84858170	40	2.1	40	89	4	127	32	20	21	25	1.97
84867393--84867596	27	7.6	27	85	4	241	27	14	27	29	1.95
84875858--84876235	99	3.9	99	86	2	505	35	7	18	37	1.80
84877650--84877693	14	2.9	15	83	6	54	47	0	0	52	1.00
84880328--84880494	82	2.0	83	88	1	246	41	10	10	37	1.74
84884706--84884732	5	5.4	5	100	0	54	18	40	22	18	1.91
84890478--84890524	18	2.6	18	83	9	60	63	2	0	34	1.06
84890494--84890526	8	3.7	9	88	12	50	60	0	0	39	0.97
84897103--84897182	33	2.3	33	85	6	97	32	0	0	67	0.91
84905259--84905429	48	3.6	48	76	6	177	32	17	26	23	1.97
84905214--84905433	46	4.7	47	75	5	185	30	18	26	24	1.98
84905256--84905433	94	1.9	95	85	3	252	32	17	26	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84906629--84906689	28	2.2	28	93	0	104	18	21	42	18	1.89
84909659--84909739	30	2.5	31	82	9	83	50	6	3	39	1.45
84910442--84910554	56	2.0	57	94	1	201	50	7	11	30	1.67
84911872--84911921	20	2.5	20	86	0	73	30	8	10	52	1.64
84911939--84911990	20	2.5	20	79	14	61	50	7	13	28	1.69
84913111--84913151	21	2.0	21	85	0	55	26	2	19	51	1.59
84927984--84928030	16	2.9	16	75	9	51	34	12	12	40	1.82
84931478--84931726	68	3.8	64	74	11	193	24	30	16	28	1.96
84932066--84932108	22	2.0	21	81	4	50	41	11	0	46	1.40
84945413--84945458	24	2.0	23	87	12	67	54	10	2	32	1.47
84945432--84945528	39	2.5	39	83	1	115	47	9	6	37	1.61
84948851--84948912	26	2.3	26	83	2	79	38	25	6	29	1.81
84949018--84949104	27	3.2	28	90	6	135	19	22	21	35	1.96
84953395--84953442	20	2.4	20	89	0	78	25	29	29	16	1.97
84958978--84959081	49	2.1	49	96	0	190	29	3	45	21	1.69
84998684--84998957	46	6.0	46	92	0	422	22	25	14	37	1.93
85001116--85001152	20	1.9	20	88	5	58	51	8	0	40	1.32
85002561--85002896	172	2.0	172	87	1	494	23	12	16	47	1.80
85004073--85004123	20	2.5	20	87	0	66	47	17	21	13	1.82
85005903--85005958	25	2.2	25	84	6	69	35	23	19	21	1.96
85009793--85010014	93	2.4	93	82	8	245	28	29	17	24	1.97
85016212--85016247	18	2.0	18	88	0	54	25	22	13	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85019585--85019977	50	7.8	50	80	3	448	26	18	24	29	1.98
85019586--85019976	101	3.9	99	78	6	419	26	18	24	29	1.98
85019584--85019976	151	2.6	151	93	0	669	26	18	24	29	1.98
85020179--85020210	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
85026061--85026235	49	3.6	48	76	5	167	22	28	21	28	1.99
85041075--85041152	15	5.2	15	83	6	88	11	15	15	57	1.65
85043102--85043129	13	2.2	13	100	0	56	78	7	14	0	0.95
85045178--85045269	25	3.7	25	70	0	76	29	22	21	26	1.99
85047973--85048080	54	2.0	54	100	0	216	37	20	22	20	1.95
85048390--85048447	31	1.9	29	82	6	71	39	3	5	51	1.41
85048417--85048535	62	1.9	61	87	1	175	42	3	4	50	1.38
85056400--85056431	12	2.6	13	90	9	50	50	25	6	18	1.70
85064013--85064184	93	1.8	93	92	2	292	29	29	19	20	1.97
85064006--85064181	46	3.8	47	78	12	202	30	29	19	20	1.97
85070206--85070252	21	2.2	21	92	0	76	14	21	17	46	1.83
85079937--85079982	20	2.3	21	82	14	62	26	17	28	28	1.98
85082344--85082428	43	2.0	43	84	13	113	28	30	17	23	1.97
85084889--85084914	13	2.0	13	100	0	52	30	0	15	53	1.42
85090533--85090597	6	10.5	6	79	11	60	15	4	4	75	1.13
85090527--85090573	18	2.7	18	84	12	55	17	6	0	76	0.98
85097136--85097263	45	2.8	44	80	13	134	27	19	15	37	1.92
85097148--85097263	23	5.1	23	82	10	139	27	20	14	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85107332--85107516	40	4.7	39	87	4	246	24	28	23	23	2.00
85107325--85107519	79	2.5	80	86	2	268	24	27	23	24	2.00
85115381--85115583	40	5.1	40	84	3	232	24	28	23	24	2.00
85115393--85115587	79	2.5	80	84	2	250	24	27	22	25	2.00
85122208--85122303	49	2.0	49	95	0	174	26	23	4	45	1.71
85122218--85122297	27	3.1	27	63	23	73	23	23	3	48	1.67
85127075--85127148	29	2.5	28	81	12	78	27	31	16	25	1.96
85133331--85133468	41	3.4	41	87	1	179	50	6	23	19	1.71
85137161--85137200	21	1.9	21	89	0	62	57	10	10	22	1.61
85141004--85141108	35	3.0	35	91	1	165	18	14	29	38	1.90
85142912--85142948	18	2.1	18	89	0	56	51	13	8	27	1.69
85143162--85143201	20	2.0	20	90	0	62	25	27	0	47	1.52
85144229--85144261	15	2.1	17	88	11	52	27	3	0	69	1.03
85144383--85144422	7	5.7	7	87	0	62	12	5	0	82	0.82
85151205--85151282	37	2.1	37	100	0	156	48	2	29	19	1.62
85157294--85157330	19	1.9	19	88	0	56	67	16	2	13	1.34
85161882--85161952	37	1.9	37	88	0	106	32	29	8	29	1.87
85162362--85162399	20	1.9	20	88	0	58	55	15	5	23	1.61
85164815--85165028	53	4.0	52	81	6	241	24	26	15	33	1.95
85164815--85165008	107	1.8	105	87	2	289	25	25	17	31	1.97
85172441--85172603	86	1.9	86	90	0	263	33	25	6	34	1.81
85173894--85173947	23	2.2	24	80	6	65	59	7	5	27	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85174053--85174108	12	4.6	12	80	4	67	60	8	0	30	1.27
85174070--85174107	13	3.0	13	88	3	60	60	10	0	28	1.30
85174168--85174205	19	2.0	20	89	5	60	65	13	0	21	1.26
85174924--85174973	21	2.4	21	82	0	55	34	26	2	38	1.68
85175138--85175240	54	1.9	54	95	0	188	31	4	4	59	1.40
85176781--85176823	18	2.4	18	92	0	68	20	27	9	41	1.83
85179187--85179223	14	2.6	15	83	12	51	37	5	0	56	1.22
85179189--85179251	21	3.1	21	77	8	60	39	4	0	55	1.21
85185791--85185846	26	2.2	26	100	0	112	30	7	26	35	1.83
85187466--85187571	27	3.9	26	86	8	124	19	24	21	33	1.97
85189924--85189958	10	3.3	10	85	14	52	0	22	0	77	0.78
85189924--85189971	20	2.2	20	89	10	69	0	25	2	72	0.95
85190440--85190513	21	3.5	21	84	0	85	29	45	17	6	1.74
85195101--85195139	13	3.1	13	86	13	55	28	0	0	71	0.86
85202703--85202804	51	2.0	51	96	0	186	33	9	13	43	1.77
85203021--85203054	16	2.1	16	94	0	59	55	0	0	44	0.99
85212059--85212136	4	19.5	4	76	7	52	24	6	2	66	1.28
85212059--85212104	20	2.3	20	85	7	58	26	4	2	67	1.21
85212304--85212335	3	10.7	3	100	0	64	34	31	0	34	1.58
85212331--85212366	18	2.1	17	94	5	63	36	11	0	52	1.37
85213056--85213114	28	2.1	28	81	9	68	35	6	1	55	1.36
85213068--85213131	28	2.4	26	82	10	76	31	4	3	60	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85216017--85216417	46	8.7	46	93	1	606	37	16	24	21	1.93
85218293--85218351	30	1.9	31	86	3	84	30	22	6	40	1.79
85220971--85221027	30	1.9	30	82	13	73	47	3	0	49	1.18
85222545--85222611	35	1.9	35	100	0	134	23	16	23	35	1.95
85224682--85224731	25	2.0	25	100	0	100	40	12	24	24	1.88
85227500--85227534	17	2.0	18	88	5	54	77	2	14	5	1.07
85229933--85230046	60	1.9	60	83	5	151	24	11	8	55	1.64
85229933--85230047	59	1.9	59	82	6	144	24	11	9	54	1.65
85245884--85245965	42	2.0	42	87	4	121	24	36	24	14	1.93
85246823--85247006	46	3.9	47	79	8	153	23	30	19	26	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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