genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.220.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71812115--71812184	28	2.5	28	86	4	97	27	11	27	34	1.91
71819905--71819974	28	2.5	28	88	4	97	28	12	25	32	1.93
71830316--71830364	25	2.0	25	91	0	80	22	24	20	32	1.98
71831816--71831930	29	4.0	29	82	6	128	29	30	13	26	1.94
71832149--71832179	8	3.9	8	91	0	53	12	25	22	38	1.90
71834603--71834818	40	5.4	40	91	2	305	25	27	22	24	2.00
71841637--71841808	6	27.8	6	69	16	75	47	12	19	20	1.82
71841639--71841709	37	1.9	37	88	0	106	52	11	15	21	1.74
71841682--71841745	25	2.6	25	71	0	74	43	12	21	21	1.86
71841729--71841808	25	3.2	25	84	5	101	47	15	18	18	1.83
71841721--71841780	19	3.2	19	81	13	88	46	16	20	16	1.84
71841643--71841807	62	2.7	62	84	0	222	47	13	19	20	1.82
71842314--71842752	27	16.3	27	84	0	536	24	20	18	36	1.95
71842314--71842745	81	5.3	81	90	1	596	24	20	18	36	1.95
71842736--71842888	27	5.7	27	73	11	100	30	6	22	39	1.80
71849455--71849492	16	2.4	16	86	0	58	44	21	23	10	1.83
71849441--71849500	24	2.5	24	86	5	77	48	16	23	11	1.79
71849711--71849825	29	4.0	28	78	4	113	26	16	30	26	1.97
71849724--71849834	58	1.9	57	83	5	143	26	17	31	25	1.97
71855287--71855336	16	3.2	16	80	2	57	48	20	20	12	1.80
71855561--71855660	29	3.5	29	84	1	130	27	15	29	29	1.96
71855559--71855669	57	1.9	58	88	1	170	27	14	28	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71862951--71863015	22	3.0	22	79	0	76	21	16	21	40	1.92
71866373--71866397	13	1.9	13	100	0	50	32	4	16	48	1.64
71870031--71870527	47	10.6	47	92	2	811	29	29	8	32	1.86
71870031--71870527	142	3.5	143	94	2	837	29	29	8	32	1.86
71870031--71870527	189	2.6	188	92	3	829	29	29	8	32	1.86
71873158--71873478	40	8.1	40	88	1	439	25	27	21	24	1.99
71875700--71876203	47	10.6	49	92	2	748	28	29	8	33	1.86
71875700--71876203	143	3.5	142	91	3	764	28	29	8	33	1.86
71885717--71885814	39	2.5	39	91	3	153	26	28	21	23	1.99
71887939--71887997	10	5.9	10	87	0	82	64	1	11	22	1.35
71887939--71887996	30	1.9	30	89	6	91	63	1	12	22	1.37
71893181--71893331	43	3.5	43	78	10	166	31	23	19	26	1.98
71894416--71894453	20	1.9	20	94	0	67	31	18	10	39	1.85
71894416--71894465	11	4.8	11	76	11	52	32	18	12	38	1.87
71901489--71901526	20	1.9	20	94	0	67	31	18	10	39	1.85
71901489--71901538	11	4.8	11	76	11	52	32	18	12	38	1.87
71902605--71902651	21	2.4	20	76	13	53	46	0	36	17	1.48
71916956--71917244	47	6.1	47	89	3	416	32	10	29	26	1.90
71917218--71917359	46	3.1	46	88	0	203	34	8	30	26	1.86
71918836--71919192	40	8.9	39	88	4	482	25	19	27	27	1.99
71918836--71919192	120	3.0	120	90	2	533	25	19	27	27	1.99
71919198--71919332	57	2.4	57	79	9	150	22	19	31	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71922848--71923129	47	5.9	47	88	4	377	33	11	28	26	1.91
71922972--71923046	22	3.3	22	64	29	57	30	13	30	25	1.94
71923110--71923245	46	3.0	47	85	4	188	35	8	29	27	1.85
71926021--71926138	46	2.6	44	82	10	132	29	20	27	22	1.98
71930328--71930653	47	6.9	47	93	0	544	27	10	14	47	1.77
71931167--71931344	45	4.0	45	93	0	302	24	21	25	28	1.99
71940286--71940377	27	3.6	27	71	15	77	31	7	2	58	1.38
71940572--71940659	26	3.4	26	82	4	106	31	2	5	60	1.33
71940692--71940776	41	2.1	40	80	12	93	30	3	3	62	1.29
71940891--71940937	25	1.9	24	86	4	67	21	17	6	55	1.64
71947480--71947656	45	4.0	45	84	6	211	24	29	22	24	1.99
71950551--71951102	131	4.2	131	88	2	788	29	21	22	26	1.99
71950915--71951278	176	2.1	176	85	0	487	28	21	23	26	1.99
71951056--71951145	45	2.0	45	93	4	155	30	20	25	24	1.99
71951092--71951409	131	2.4	131	86	0	447	27	21	23	27	1.99
71951223--71951585	176	2.1	176	85	1	485	28	20	23	27	1.99
71950784--71951716	307	3.0	307	91	0	1472	28	20	23	27	1.99
71951355--71951452	45	2.2	45	88	0	142	29	19	23	27	1.98
71951397--71951809	131	3.2	131	87	0	583	26	21	24	27	1.99
71958660--71958797	39	3.5	38	85	5	159	24	26	22	26	2.00
71958670--71958814	40	3.7	39	87	4	166	25	24	22	27	2.00
71964608--71964850	125	1.9	126	92	0	407	38	16	16	28	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71964949--71964998	13	4.1	12	80	14	57	66	0	4	30	1.10
71965062--71965112	21	2.4	21	83	0	57	54	5	11	27	1.59
71965304--71965334	14	2.2	14	94	0	53	67	0	0	32	0.91
71965306--71965342	19	2.0	18	94	5	65	67	0	0	32	0.91
71965317--71965450	60	2.2	63	82	9	161	63	5	4	26	1.37
71965765--71965836	18	3.9	18	77	10	83	16	2	54	26	1.56
71965773--71965849	37	2.1	37	92	0	127	18	2	50	28	1.60
71965819--71965881	29	2.2	29	85	5	83	17	1	49	31	1.56
71969262--71969620	47	7.6	47	88	3	522	32	8	29	29	1.86
71969262--71969620	96	3.8	96	89	2	539	32	8	29	29	1.86
71974119--71974420	9	34.7	9	83	7	374	33	0	21	44	1.55
71974284--71974329	22	2.1	22	100	0	92	30	0	28	41	1.56
71974694--71974750	29	2.0	29	89	0	87	49	0	1	49	1.11
71974755--71974879	19	6.3	19	74	16	112	52	7	0	40	1.29
71974728--71974845	61	1.9	62	92	1	202	50	5	0	44	1.26
71974796--71974860	20	3.3	19	72	20	53	56	4	0	38	1.20
71974777--71974880	39	2.7	39	96	0	190	53	6	0	39	1.27
71974699--71974880	15	13.0	14	66	17	76	51	4	0	43	1.27
71975095--71975141	24	2.0	24	86	0	67	40	8	21	29	1.83
71977968--71978335	188	2.0	187	81	7	433	28	16	19	35	1.93
71978437--71978468	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
71978813--71978866	21	2.6	21	87	0	81	20	0	25	53	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71978959--71979020	21	2.9	21	69	11	54	24	1	24	50	1.59
71979667--71979965	153	2.0	153	85	4	406	26	22	21	30	1.98
71979918--71979996	39	2.0	39	82	0	95	25	27	17	29	1.98
71980332--71980388	26	2.2	26	87	0	78	31	3	3	61	1.30
71980393--71980471	26	3.0	26	86	1	104	29	2	8	59	1.41
71980397--71980483	27	3.3	26	82	4	93	31	1	6	60	1.30
71990112--71990337	92	2.4	94	79	11	241	23	30	19	26	1.98
71990112--71990335	46	4.8	46	82	9	217	23	30	19	26	1.98
72010716--72010830	44	2.5	48	78	7	130	26	26	20	26	1.99
72010807--72010974	46	3.6	46	81	10	139	25	25	18	30	1.98
72010852--72010974	46	2.7	47	83	8	155	24	26	19	30	1.98
72018021--72018149	49	2.7	49	89	3	181	20	27	23	28	1.99
72021233--72021334	44	2.4	42	79	10	116	27	14	24	33	1.94
72021233--72021355	42	2.9	40	76	14	113	25	16	26	32	1.96
72022182--72022489	158	1.9	158	95	0	553	22	11	26	39	1.88
72033728--72033764	18	2.0	19	89	5	58	48	0	16	35	1.46
72036192--72036266	27	2.8	27	88	6	107	36	22	24	17	1.95
72036934--72037407	27	17.6	27	89	1	673	25	21	19	34	1.96
72037443--72037732	27	10.7	27	85	0	337	31	9	18	39	1.84
72043837--72044012	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
72043834--72044005	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
72047761--72047799	18	2.2	18	100	0	78	25	51	12	10	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72047786--72047946	43	3.8	42	81	6	198	27	30	18	24	1.97
72047786--72047946	86	1.9	87	86	1	234	27	30	18	24	1.97
72048079--72048147	35	2.0	35	82	5	86	56	4	2	36	1.34
72049019--72049124	40	2.7	41	80	10	114	26	23	22	27	2.00
72048920--72049304	141	2.7	142	85	5	485	26	21	20	31	1.98
72049311--72049439	40	3.2	40	87	0	168	24	21	21	32	1.98
72049311--72049458	40	3.7	39	83	3	152	23	20	21	34	1.97
72050547--72050712	43	3.9	43	86	1	235	28	30	16	24	1.97
72050547--72050712	85	1.9	86	88	1	253	28	30	16	24	1.97
72050845--72050913	35	2.0	35	82	5	86	56	4	2	36	1.34

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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