genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.116.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37482002--37482110	47	2.3	47	82	7	139	30	10	12	46	1.75
37483937--37484057	42	2.9	41	79	7	109	42	16	23	17	1.89
37486635--37486841	100	2.1	100	95	0	378	36	4	18	41	1.70
37496913--37496972	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
37504183--37504242	27	2.3	26	82	2	66	21	20	20	38	1.94
37508327--37508620	147	2.0	147	99	0	579	38	24	6	30	1.80
37528205--37528323	27	4.4	27	82	7	134	23	20	19	36	1.95
37528209--37528323	54	2.1	54	91	1	187	23	20	18	37	1.94
37529352--37529711	27	13.3	27	84	0	414	38	18	17	25	1.92
37529352--37529708	81	4.4	81	86	1	482	38	18	17	26	1.92
37529963--37530010	25	2.0	24	84	8	62	29	20	22	27	1.99
37534004--37534067	31	2.1	31	93	0	110	34	12	17	35	1.87
37535189--37535236	23	2.1	23	96	0	87	20	4	20	54	1.61
37535873--37535963	45	2.0	45	100	0	182	53	6	13	26	1.63
37537665--37538533	432	2.0	432	97	0	1630	31	23	21	23	1.99
37539825--37539876	26	2.0	26	92	0	86	28	34	21	15	1.94
37539837--37539987	72	2.1	71	91	2	241	30	29	16	23	1.96
37540000--37540050	26	2.0	26	96	0	93	29	35	23	11	1.90
37539906--37540128	103	2.2	104	92	2	369	31	31	18	17	1.95
37540457--37540520	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
37540464--37540520	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
37550127--37550289	46	3.7	45	73	11	131	31	31	15	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37554207--37554328	45	2.7	46	88	5	180	20	20	27	31	1.97
37554552--37554589	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
37561714--37561839	46	2.7	46	91	0	198	22	21	26	30	1.99
37562063--37562100	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
37566873--37566943	28	2.6	27	82	4	88	26	29	15	28	1.96
37567158--37567192	16	2.2	16	89	0	52	11	17	17	54	1.71
37567162--37567201	16	2.5	16	83	0	53	10	22	20	47	1.79
37571424--37571528	55	1.9	55	88	3	158	26	28	14	30	1.95
37571424--37571528	28	3.8	27	85	6	131	26	28	14	30	1.95
37571600--37571636	19	2.0	19	89	5	58	16	37	18	27	1.92
37571748--37571786	16	2.4	16	86	0	60	15	23	12	48	1.79
37584976--37585135	40	4.0	40	80	6	173	26	26	21	25	1.99
37592839--37592984	40	3.7	40	84	7	181	26	27	22	23	2.00
37597312--37597455	40	3.6	40	83	5	139	25	17	21	35	1.95
37597327--37597459	40	3.3	40	85	6	144	28	18	20	33	1.96
37599387--37599435	24	1.9	26	88	12	75	36	8	10	44	1.68
37603929--37604025	30	3.2	30	75	2	97	27	17	27	26	1.98
37604195--37604359	48	3.5	45	80	6	159	30	19	25	24	1.98
37604379--37604507	49	2.6	49	82	3	143	27	22	27	22	1.99
37605700--37605739	21	2.0	21	85	5	55	12	37	27	22	1.90
37607933--37608094	43	3.8	43	74	6	141	32	24	17	25	1.97
37608457--37608498	22	1.9	23	85	9	61	30	26	4	38	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37610904--37610943	21	2.0	20	85	5	53	60	5	30	5	1.40
37612837--37613019	39	4.7	40	80	10	200	24	22	27	25	2.00
37612890--37613052	78	2.1	77	82	8	188	26	21	26	25	1.99
37625380--37625448	34	2.0	34	100	0	138	47	20	0	31	1.50
37625385--37625458	34	2.2	34	90	4	114	51	20	0	28	1.48
37625696--37625756	30	2.0	30	87	0	86	29	24	6	39	1.80
37626777--37626806	14	2.1	14	93	0	51	43	0	10	46	1.37
37627916--37627965	25	2.0	26	84	7	68	24	36	4	36	1.74
37634622--37634712	45	2.0	45	100	0	182	34	28	13	24	1.93
37648069--37648094	12	2.2	12	100	0	52	7	30	38	23	1.83
37651776--37651812	19	1.9	19	88	0	56	45	8	13	32	1.73
37652750--37652870	6	19.8	6	74	13	104	47	14	19	19	1.83
37652750--37652870	49	2.5	49	86	2	163	47	14	19	19	1.83
37652761--37652892	37	3.4	37	74	14	106	48	12	17	21	1.80
37653805--37653976	27	6.4	27	79	4	152	26	18	18	36	1.94
37653805--37653973	54	3.1	54	82	3	180	26	18	18	36	1.94
37653809--37653965	81	2.0	80	85	3	217	26	20	17	35	1.94
37653931--37654001	27	2.6	27	90	0	106	30	9	19	39	1.84
37653818--37654000	81	2.3	80	81	6	199	27	16	18	36	1.93
37653951--37654008	27	2.1	27	93	0	98	34	8	20	36	1.84
37657320--37657385	20	3.2	20	69	12	62	15	34	16	33	1.90
37657264--37657446	80	2.3	80	85	2	233	21	27	15	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37657266--37657446	41	4.5	41	82	4	215	22	28	14	34	1.94
37657422--37657465	21	2.1	21	86	0	61	31	34	11	22	1.90
37659635--37659757	48	2.6	48	75	7	133	29	18	22	29	1.98
37660817--37660874	27	2.2	26	84	3	71	34	20	24	20	1.97
37661631--37661684	27	2.0	27	88	0	81	25	20	18	35	1.95
37661668--37661954	27	10.7	27	81	6	264	29	7	22	39	1.82
37661723--37661928	54	3.8	54	92	1	315	29	8	22	39	1.83
37667781--37667833	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
37672738--37672792	28	1.9	29	85	3	76	23	45	18	12	1.83
37688285--37688344	30	2.0	30	86	0	84	28	23	8	40	1.83
37691791--37691853	20	3.2	20	65	13	58	33	11	20	34	1.88
37691791--37691868	39	2.0	39	94	0	138	35	12	20	30	1.90
37709877--37710059	49	3.7	49	78	6	197	31	26	17	25	1.97
37715735--37715968	51	4.7	51	82	4	253	29	26	17	26	1.97
37715722--37715968	100	2.5	99	82	5	311	29	26	17	26	1.98
37721976--37722006	12	2.6	12	94	0	53	29	16	9	45	1.79
37723581--37723677	30	3.2	30	71	8	90	27	15	28	27	1.96
37726541--37726602	10	5.9	10	74	10	52	33	32	3	30	1.74
37726541--37726603	21	3.0	21	88	2	90	33	33	3	30	1.74
37729242--37729266	13	1.9	13	100	0	50	56	8	8	28	1.57
37737044--37737083	19	2.1	19	85	0	53	25	35	17	22	1.95
37741593--37741630	17	2.2	18	85	4	51	63	2	23	10	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37741612--37741665	12	4.6	12	77	11	58	64	0	22	12	1.27
37741622--37741665	23	1.9	23	86	9	63	63	0	25	11	1.27
37741630--37741671	22	1.9	22	85	9	59	64	2	21	11	1.38
37752259--37752313	20	2.8	20	88	0	83	25	29	16	29	1.97
37755707--37755736	16	1.9	15	93	6	51	20	3	33	43	1.68
37756623--37756677	20	2.8	20	88	0	83	25	29	16	29	1.97
37760417--37760519	38	2.7	38	87	0	143	23	23	26	27	2.00
37760517--37760843	43	7.6	43	94	0	546	11	25	32	30	1.91
37763908--37763951	18	2.4	19	84	3	54	70	0	20	9	1.14
37765583--37765708	39	3.2	39	88	2	180	30	10	15	43	1.80
37765592--37765703	40	2.8	39	93	1	179	32	11	14	41	1.81
37765729--37765847	50	2.3	52	86	2	170	33	15	12	37	1.86
37770448--37770494	20	2.3	20	77	0	58	23	25	17	34	1.96
37772942--37773009	21	3.2	21	65	8	57	58	7	22	11	1.57
37772920--37773008	42	2.1	42	93	0	151	56	5	23	14	1.60
37773020--37773067	18	2.8	17	84	6	62	58	0	29	12	1.35
37773085--37773123	18	2.1	19	85	4	53	66	2	23	7	1.30
37774709--37774756	20	2.4	20	71	0	51	22	29	16	31	1.96
37779561--37779603	22	2.0	22	86	9	61	32	11	18	37	1.87
37782042--37782077	10	3.6	10	84	0	54	19	25	19	36	1.95
37782032--37782079	20	2.4	20	78	0	69	22	29	16	31	1.96
37782032--37782085	20	2.7	19	72	11	54	22	29	18	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37783895--37783921	10	2.7	10	100	0	54	40	29	11	18	1.85
37784368--37784473	42	2.5	42	96	1	194	33	12	13	40	1.81
37784456--37784500	14	3.3	14	84	6	65	37	0	13	48	1.42
37785140--37785199	29	2.1	29	93	0	102	41	30	0	28	1.56
37785146--37785193	15	3.3	15	73	5	53	43	27	0	29	1.55
37792374--37792417	22	2.0	22	90	0	70	27	36	2	34	1.70
37794549--37794645	30	3.2	30	71	8	72	28	16	26	27	1.97
37797021--37797048	4	7.0	4	100	0	56	25	0	0	75	0.81
37801925--37801964	19	2.1	19	85	0	53	25	35	17	22	1.95
37803205--37803252	14	3.4	14	85	0	60	18	31	6	43	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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