genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.219.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71482310--71482348	18	2.0	20	90	9	64	25	15	0	58	1.37
71486705--71486842	69	2.0	69	90	2	215	28	17	16	37	1.92
71489367--71489395	14	2.1	14	100	0	58	20	34	13	31	1.92
71495445--71495509	30	2.1	30	82	5	76	63	4	1	30	1.24
71495438--71495513	16	5.1	14	72	16	55	63	3	1	31	1.21
71496196--71496232	20	1.9	20	88	5	58	18	2	8	70	1.25
71496352--71496406	22	2.5	20	78	16	56	56	3	1	38	1.28
71497109--71497216	57	1.9	57	90	0	171	37	16	13	32	1.88
71503475--71503560	42	2.0	42	95	0	154	29	20	17	32	1.96
71504798--71504865	34	2.0	34	100	0	136	26	11	8	52	1.67
71506070--71506108	20	1.9	21	89	5	62	33	7	0	58	1.26
71508487--71508538	26	2.0	26	89	10	81	53	0	0	46	1.00
71508480--71508540	26	2.2	28	75	24	76	54	0	0	45	1.00
71516499--71516536	20	1.9	20	84	10	51	42	5	18	34	1.73
71526929--71526963	13	2.7	13	90	0	61	28	28	37	5	1.80
71530703--71530933	44	5.2	45	79	6	238	29	26	16	27	1.96
71530703--71530933	89	2.6	89	84	4	279	29	26	16	27	1.96
71530918--71530947	14	2.1	14	93	0	51	20	33	13	33	1.91
71531018--71531142	45	2.8	44	82	3	153	29	25	15	29	1.96
71531029--71531142	44	2.6	45	83	4	142	30	25	15	28	1.96
71532532--71532579	15	3.4	15	72	16	57	10	4	10	75	1.18
71532532--71532590	26	2.2	27	93	3	102	11	3	8	76	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71532530--71532591	27	2.3	28	88	8	101	12	3	8	75	1.14
71533450--71533481	13	2.5	13	100	0	64	40	12	21	25	1.88
71543517--71543556	19	2.0	20	86	13	57	62	0	0	37	0.95
71543510--71543558	25	2.0	24	96	4	89	61	0	0	38	0.96
71544023--71544144	43	2.9	43	82	1	120	29	11	24	34	1.91
71550065--71550090	12	2.2	12	100	0	52	73	7	0	19	1.07
71550766--71550935	77	2.2	76	85	8	231	40	2	35	21	1.68
71550766--71550975	79	2.7	78	83	7	252	39	2	36	20	1.68
71565241--71565268	13	2.2	13	100	0	56	7	28	32	32	1.84
71565483--71565526	20	2.2	20	84	8	54	18	18	2	61	1.45
71583199--71583268	27	2.5	28	86	4	88	37	21	22	18	1.94
71583397--71583485	28	3.2	28	91	3	144	31	8	24	34	1.87
71586462--71586920	232	2.0	232	96	0	855	29	28	14	27	1.95
71591318--71591432	55	2.1	56	83	8	146	34	21	24	19	1.96
71591343--71591432	27	3.2	27	85	7	119	32	23	24	20	1.98
71591538--71591601	28	2.4	27	89	5	94	31	6	28	34	1.82
71599719--71599833	55	2.1	55	83	8	144	36	20	22	20	1.95
71599744--71599833	28	3.2	28	86	10	123	34	23	22	20	1.97
71599939--71600003	28	2.3	28	92	5	105	29	9	27	33	1.88
71619870--71619963	40	2.4	39	84	5	118	37	38	11	12	1.80
71621194--71621267	36	2.1	36	100	0	148	51	14	5	28	1.65
71625205--71625281	27	2.7	29	82	11	90	27	14	31	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71637205--71637259	23	2.4	23	96	0	101	32	21	12	32	1.91
71637431--71637476	18	2.4	20	75	14	51	28	6	19	45	1.75
71649264--71649345	37	2.2	37	95	0	146	43	21	3	30	1.70
71649943--71650124	50	3.7	49	77	14	171	23	27	20	28	1.99
71649947--71650169	50	4.7	47	76	11	163	23	28	19	28	1.99
71649945--71650300	46	7.5	48	72	16	192	23	28	20	27	1.99
71649946--71650300	94	3.7	95	74	12	284	23	29	20	27	1.98
71651524--71651562	21	1.9	20	85	15	53	76	5	10	7	1.13
71652168--71652205	16	2.3	17	90	4	60	42	23	0	34	1.55
71652949--71653009	30	2.0	30	100	0	122	44	19	6	29	1.76
71656357--71656799	48	9.1	48	96	1	760	36	5	26	31	1.80
71656303--71656796	144	3.3	146	93	3	821	36	5	26	31	1.80
71656951--71657127	37	4.8	37	92	1	275	26	18	29	25	1.98
71657941--71657996	29	2.0	29	89	3	87	33	28	17	19	1.95
71658613--71658654	21	2.0	21	86	4	59	50	21	4	23	1.68
71677074--71677139	22	2.9	22	77	13	62	25	10	25	37	1.88
71677300--71677348	16	2.9	17	78	9	55	30	20	34	14	1.92
71677276--71677348	33	2.1	34	85	5	94	30	19	34	16	1.94
71677278--71677342	17	3.9	16	76	6	67	27	21	32	18	1.97
71677279--71677351	17	4.4	17	72	14	62	27	20	32	19	1.97
71678907--71678972	31	2.1	31	83	5	80	45	13	10	30	1.77
71687681--71687748	33	2.1	33	97	0	127	14	1	26	57	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71687993--71688029	18	2.1	18	89	0	56	27	8	13	51	1.69
71688021--71688071	23	2.2	24	82	3	59	52	15	3	27	1.60
71693632--71693699	22	2.9	23	85	14	95	16	0	26	57	1.39
71693633--71693699	23	2.9	22	91	8	107	16	0	26	56	1.40
71694387--71694828	126	3.5	126	86	2	613	33	18	20	26	1.96
71698038--71698109	34	2.1	35	82	7	85	38	4	11	45	1.59
71698239--71698278	21	1.9	21	84	0	53	5	22	45	27	1.73
71698523--71698560	18	2.1	18	95	0	67	39	10	26	23	1.87
71700154--71700287	48	2.8	47	88	5	182	52	5	9	32	1.57
71700426--71700483	11	5.4	11	72	4	55	37	1	17	43	1.59
71704144--71704350	42	4.8	42	78	10	175	29	14	24	30	1.95
71704136--71704350	90	2.5	85	79	6	234	28	14	25	32	1.95
71707288--71707419	50	2.6	51	79	13	141	25	26	21	27	1.99
71707335--71707561	46	4.8	48	80	12	213	22	30	18	28	1.97
71707540--71707596	28	2.0	28	100	0	114	28	21	15	35	1.94
71708293--71708330	17	2.3	17	95	4	69	44	13	18	23	1.85
71710577--71710754	27	6.6	27	82	5	198	26	15	28	29	1.96
71710578--71710733	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
71710574--71710754	82	2.2	81	83	2	229	27	15	28	29	1.96
71717180--71717299	60	2.0	60	98	0	231	32	30	17	20	1.95
71719262--71719399	42	3.2	42	80	7	127	28	23	18	28	1.98
71721439--71721561	46	2.7	43	82	12	131	23	30	19	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71738074--71738103	15	2.1	15	93	6	53	36	26	6	30	1.82
71741632--71741677	22	2.1	22	100	0	92	50	8	26	15	1.73
71746189--71746390	42	4.6	42	74	11	192	27	17	24	30	1.97
71746179--71746348	90	1.9	91	82	6	220	25	16	26	31	1.96
71756714--71757028	49	6.7	44	69	15	161	24	19	30	26	1.98
71756714--71757028	93	3.3	93	83	4	375	24	19	30	26	1.98
71756757--71757022	49	5.6	49	73	10	210	25	19	29	25	1.98
71757420--71757464	22	2.0	22	100	0	90	46	17	4	31	1.68
71760318--71760373	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
71760307--71760373	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
71760423--71760568	24	6.2	23	86	4	193	30	21	19	28	1.97
71760423--71760568	47	3.1	47	85	3	195	30	21	19	28	1.97
71760423--71760568	71	2.1	71	90	0	229	30	21	19	28	1.97
71760422--71760589	24	7.0	24	83	6	191	30	22	19	27	1.98
71760782--71760845	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
71763620--71763811	47	4.1	47	90	1	269	32	11	31	24	1.91
71763785--71763921	46	3.0	46	81	2	168	37	8	29	24	1.84
71765408--71765839	40	10.8	40	88	0	621	25	22	27	25	2.00
71769876--71770067	47	4.1	47	89	1	260	32	10	31	25	1.90
71770041--71770177	46	3.0	46	83	2	177	36	8	29	24	1.86
71778649--71778704	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
71778638--71778704	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71778754--71778905	24	6.4	23	83	4	178	30	20	21	27	1.98
71778754--71778905	47	3.2	47	83	3	180	30	20	21	27	1.98
71778753--71778905	71	2.1	72	89	2	236	31	20	20	27	1.98
71779113--71779176	31	2.1	31	84	0	83	37	14	21	26	1.92
71791417--71791500	25	3.4	25	69	9	66	17	21	23	36	1.94
71791581--71791628	25	1.9	25	86	0	69	22	25	18	33	1.97
71797607--71798032	48	8.9	47	77	3	384	27	27	18	26	1.98
71797607--71798032	96	4.4	95	90	2	645	27	27	18	26	1.98
71808922--71809190	48	5.6	47	74	5	207	27	26	18	27	1.98
71808910--71809240	96	3.4	96	85	0	419	26	26	18	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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