genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.256.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83466722--83466792	10	6.9	10	78	12	81	66	1	11	21	1.31
83470274--83470465	94	2.1	94	90	1	305	38	22	11	27	1.89
83471989--83472204	108	2.0	108	90	0	342	37	27	15	19	1.92
83476500--83476542	21	2.0	21	100	0	86	20	13	13	51	1.76
83479158--83479190	6	5.8	6	96	3	52	90	9	0	0	0.44
83482870--83482902	15	2.1	16	88	5	50	27	0	0	72	0.85
83482864--83482919	24	2.3	25	84	9	71	33	0	0	66	0.92
83486476--83486506	16	1.9	16	93	0	53	9	9	9	70	1.33
83493629--83493658	13	2.3	13	100	0	60	66	0	0	33	0.92
83493934--83494275	115	3.0	114	88	3	487	35	11	7	45	1.70
83494648--83494704	20	2.7	20	83	8	60	10	5	3	80	0.98
83494639--83494704	22	3.1	21	75	16	64	13	6	3	77	1.08
83495082--83495132	23	2.2	23	89	0	75	37	0	11	50	1.39
83495091--83495132	13	3.5	13	78	18	54	38	0	11	50	1.40
83503943--83503982	21	1.9	21	84	0	53	52	2	15	30	1.55
83504453--83504488	18	1.9	19	88	5	56	47	5	5	41	1.50
83504591--83504627	12	2.8	14	88	12	60	75	0	24	0	0.80
83504591--83504625	6	5.5	6	87	12	52	77	0	22	0	0.78
83505264--83505306	5	8.6	5	94	0	77	37	0	18	44	1.50
83506319--83506381	27	2.4	27	86	7	85	76	7	6	9	1.16
83509973--83510013	21	2.0	21	90	0	64	17	34	24	24	1.96
83511222--83511280	21	2.9	21	90	5	95	38	18	27	15	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83516349--83516631	18	15.3	18	67	12	117	36	14	12	36	1.84
83516349--83516631	36	7.6	36	68	13	144	36	14	12	36	1.84
83516799--83516993	45	4.3	45	90	0	273	41	21	18	19	1.91
83517389--83517449	15	3.9	16	75	12	56	37	22	0	39	1.55
83517402--83517449	5	9.2	5	86	8	51	37	25	0	37	1.56
83517413--83517449	11	3.5	11	92	3	58	40	21	0	37	1.54
83518826--83518860	9	4.0	9	88	7	54	17	11	0	71	1.14
83518826--83518872	17	2.7	18	86	6	69	17	10	0	72	1.12
83518826--83518868	13	3.3	13	83	9	52	16	11	0	72	1.13
83526233--83526267	17	2.0	18	88	5	54	65	0	0	34	0.93
83532882--83532934	16	3.3	16	89	0	79	39	7	24	28	1.82
83533115--83533238	58	2.1	58	86	2	169	53	4	0	42	1.20
83535717--83535802	42	2.1	42	89	6	131	61	1	3	33	1.20
83539150--83539217	35	1.9	35	96	0	127	25	0	27	47	1.53
83543107--83543211	55	1.9	55	92	0	174	37	12	17	33	1.87
83553340--83553414	28	2.6	28	80	16	82	61	2	2	33	1.24
83553594--83553636	18	2.3	19	84	4	61	58	0	0	41	0.98
83553716--83553755	21	2.0	21	90	5	64	32	0	0	67	0.91
83553716--83553777	20	3.0	20	79	11	63	35	0	3	61	1.12
83555744--83555803	27	2.3	27	80	11	63	53	1	5	40	1.33
83557072--83557112	19	2.2	19	90	0	64	21	0	4	73	1.02
83557627--83557663	15	2.4	16	82	17	51	40	0	2	56	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83561085--83561118	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
83563917--83563957	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
83565863--83565896	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
83566833--83566857	7	3.6	7	100	0	50	28	0	48	24	1.52
83579080--83579149	36	1.9	37	88	2	106	45	4	1	48	1.30
83580188--83580278	3	32.0	3	72	14	77	67	1	29	2	1.10
83580191--83580273	37	2.3	37	87	10	118	67	1	30	1	1.06
83580392--83580422	16	1.9	16	93	0	53	41	12	16	29	1.85
83583213--83583253	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
83586885--83586927	21	2.0	21	90	0	68	27	25	20	25	1.99
83592999--83593033	5	7.0	5	100	0	70	40	0	0	60	0.97
83593668--83593774	45	2.4	45	87	3	153	21	18	18	41	1.91
83593757--83593799	18	2.3	18	88	4	59	23	20	16	39	1.92
83594524--83594564	15	2.6	16	79	20	50	78	0	2	19	0.87
83599869--83599896	5	5.6	5	100	0	56	39	0	0	60	0.97
83600528--83600552	12	2.1	12	100	0	50	16	24	20	40	1.91
83600530--83600636	45	2.4	45	84	3	144	20	19	17	42	1.90
83602329--83602374	13	3.5	13	80	14	51	54	2	0	43	1.12
83605084--83605113	15	2.0	15	93	0	51	13	23	40	23	1.90
83611710--83611985	97	2.9	97	80	0	329	27	24	18	30	1.98
83613309--83613362	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
83613616--83613852	50	4.8	49	78	5	253	27	17	25	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83613616--83613852	99	2.4	99	82	4	273	27	17	25	29	1.97
83615587--83615872	89	3.2	89	75	9	276	28	20	18	31	1.97
83615587--83615919	179	1.9	178	88	0	504	28	20	18	32	1.96
83615613--83615919	89	3.4	85	74	7	247	28	21	16	33	1.95
83615771--83616267	261	1.9	262	81	4	608	26	23	19	30	1.98
83615771--83616267	132	3.8	130	78	4	471	26	23	19	30	1.98
83623065--83623193	53	2.5	53	83	6	156	26	19	26	27	1.99
83624584--83624728	38	3.8	38	82	3	157	31	23	21	24	1.99
83624584--83624728	76	1.9	76	82	0	182	31	23	21	24	1.99
83630117--83630245	46	3.0	43	84	7	145	26	29	20	24	1.99
83630243--83630400	38	4.1	38	85	1	190	29	22	22	25	1.99
83633147--83633183	18	2.1	18	90	5	58	32	18	5	43	1.73
83646972--83647102	57	2.3	57	84	3	167	53	3	0	43	1.16
83654600--83654728	41	3.2	40	84	3	159	34	19	22	23	1.96
83655339--83655387	24	2.0	24	96	0	89	53	2	4	40	1.32
83656191--83656242	14	3.8	13	77	12	52	59	3	1	34	1.27
83660807--83660853	19	2.5	19	76	10	51	21	2	4	72	1.12
83660933--83660973	21	1.9	22	90	5	66	24	0	0	75	0.80
83661968--83662057	27	3.3	26	84	6	126	35	24	23	16	1.95
83661944--83662057	54	2.1	54	88	3	167	35	22	21	19	1.96
83663661--83663768	26	4.2	26	91	0	180	36	23	7	33	1.83
83668958--83669286	27	11.9	27	70	15	176	34	22	22	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83668976--83669286	54	5.6	54	73	12	290	34	22	22	20	1.97
83668988--83669331	170	2.0	170	93	0	589	33	23	21	21	1.97
83670894--83671001	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
83673733--83673801	6	11.3	6	73	14	61	49	13	17	20	1.79
83673919--83674026	27	4.0	26	86	5	144	37	22	22	17	1.94
83673919--83674052	54	2.5	55	79	8	134	38	22	21	17	1.93
83674185--83674249	22	3.0	22	82	8	87	30	23	24	21	1.99
83674625--83674687	27	2.3	27	88	0	90	23	6	22	47	1.74
83676684--83676744	25	2.4	25	83	0	68	52	9	18	19	1.72
83676704--83676775	25	2.9	25	85	0	99	45	8	20	25	1.79
83676894--83677000	27	4.0	26	85	6	142	38	21	22	17	1.93
83676909--83677026	54	2.2	55	77	7	125	38	22	22	16	1.92
83677161--83677223	22	2.9	22	77	13	76	34	23	23	17	1.96
83677598--83677741	27	5.3	27	80	3	146	26	18	16	38	1.92
83677600--83677741	54	2.6	54	86	0	185	26	19	15	38	1.91
83677725--83678009	27	10.6	27	73	11	79	29	8	21	40	1.83
83677762--83677988	54	4.2	53	75	8	190	29	7	21	41	1.81
83677784--83678009	81	2.8	80	78	6	215	29	8	20	41	1.82
83677966--83678016	27	1.9	27	92	4	86	33	9	21	35	1.86
83677972--83678025	27	2.0	27	85	3	74	35	9	16	38	1.81
83685959--83686021	24	2.6	24	84	0	72	26	20	6	46	1.75
83686440--83686474	17	2.1	17	100	0	70	34	11	11	42	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83689730--83689821	37	2.5	37	82	1	123	44	28	10	16	1.81
83692783--83692955	46	3.8	46	90	4	269	26	31	7	34	1.84
83692783--83692959	91	1.9	92	90	1	284	25	31	7	35	1.85
83692983--83693269	47	6.1	47	96	0	522	25	28	12	33	1.92
83699538--83699565	7	4.0	7	100	0	56	57	0	0	42	0.99
83699946--83700034	17	5.1	17	70	20	58	58	2	4	34	1.31
83699915--83700034	36	3.4	35	75	14	104	57	1	5	35	1.33
83700067--83700116	19	2.7	19	81	6	59	66	2	6	26	1.26
83701778--83702221	119	3.7	119	90	0	627	31	17	15	34	1.92
83714061--83714088	7	4.0	7	100	0	56	57	0	0	42	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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