genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.31.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9272551--9272587	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
9275855--9275891	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
9276254--9276297	19	2.4	19	88	7	65	36	0	2	61	1.09
9276254--9276297	18	2.4	18	88	7	63	36	0	2	61	1.09
9276391--9276475	13	6.6	13	69	20	54	34	2	9	54	1.46
9276716--9276886	18	9.6	18	89	5	258	38	11	14	36	1.81
9276708--9276886	35	5.0	36	91	6	258	38	10	13	36	1.80
9276716--9276886	53	3.2	53	93	5	274	38	11	14	36	1.81
9277367--9277432	16	3.9	16	79	20	73	36	1	0	62	1.05
9279952--9279999	3	15.7	3	79	12	53	62	2	0	35	1.07
9280166--9280218	21	2.6	20	77	19	56	54	0	7	37	1.29
9280311--9280443	3	43.3	3	76	11	119	60	2	5	32	1.31
9280468--9280500	16	2.1	16	88	5	50	66	0	0	33	0.92
9282312--9282340	14	2.0	15	93	6	51	48	6	31	13	1.69
9282648--9284209	72	20.8	72	77	10	1287	32	20	16	30	1.94
9282327--9284856	307	8.3	289	78	13	2021	33	19	16	30	1.94
9282335--9284856	457	5.5	455	86	6	3117	33	19	16	30	1.94
9282327--9284856	385	6.6	368	78	12	2074	33	19	16	30	1.94
9284236--9284849	74	7.9	74	70	15	273	33	18	16	32	1.93
9284233--9284848	159	4.0	153	80	12	623	32	18	16	31	1.93
9284464--9284856	73	5.2	73	84	11	454	33	18	16	31	1.94
9284310--9284630	163	2.0	160	88	4	482	33	19	15	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9285641--9285710	30	2.3	32	90	7	110	22	21	15	40	1.91
9297900--9297951	3	16.7	3	81	15	61	63	0	0	36	0.95
9298111--9298385	3	90.3	3	66	20	112	58	3	5	32	1.38
9298108--9298433	176	1.9	176	94	3	577	60	3	4	31	1.35
9298409--9298441	16	2.1	16	88	5	50	66	0	0	33	0.92
9304418--9304503	6	14.7	6	77	10	65	82	0	15	2	0.77
9304421--9304503	22	3.9	21	83	9	105	81	0	15	2	0.78
9304421--9304503	7	11.7	7	76	21	84	81	0	15	2	0.78
9304418--9304503	43	2.0	43	93	4	145	82	0	15	2	0.77
9304418--9304497	30	2.8	29	87	9	103	82	0	15	2	0.77
9305535--9306522	119	8.3	119	94	1	1647	33	15	18	32	1.93
9307128--9307271	18	7.9	18	89	4	202	37	11	14	36	1.82
9307128--9307271	35	4.0	37	86	8	206	37	11	14	36	1.82
9307128--9307271	53	2.7	54	93	3	245	37	11	14	36	1.82
9307752--9307817	17	3.9	17	71	23	59	37	1	0	60	1.06
9307794--9307842	26	1.9	25	83	4	62	36	4	0	59	1.17
9313182--9313214	9	3.7	9	95	0	57	45	0	36	18	1.49
9313184--9313223	18	2.2	18	86	0	53	50	2	30	17	1.59
9320034--9320072	18	2.4	16	84	16	53	61	0	5	33	1.18
9320152--9320193	20	2.2	20	82	4	50	66	0	2	30	1.04
9320181--9320236	25	2.2	25	81	6	69	48	1	14	35	1.54
9321003--9321167	89	1.8	90	86	1	242	36	15	10	36	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9321003--9321193	89	2.1	90	82	2	233	37	16	10	35	1.83
9321343--9321454	19	5.8	19	68	15	52	61	1	5	31	1.28
9321290--9321401	46	2.4	45	73	7	100	66	0	5	27	1.19
9321323--9321411	28	3.2	27	73	6	79	62	1	4	31	1.22
9321297--9321453	10	16.4	10	66	16	57	63	1	6	28	1.26
9321587--9321635	19	2.6	19	75	12	55	38	2	2	57	1.22
9328891--9328944	14	3.9	15	80	11	53	70	0	29	0	0.88
9328891--9328942	27	1.9	27	84	7	70	69	0	30	0	0.89
9329107--9329232	60	2.1	60	91	2	209	34	0	11	54	1.36
9330029--9330062	3	11.3	3	100	0	68	64	0	0	35	0.94
9331774--9331856	33	2.5	33	76	3	87	15	43	13	27	1.84
9331794--9331863	33	2.1	33	86	0	95	14	41	14	30	1.85
9331861--9331910	20	2.6	19	78	6	64	30	8	12	50	1.68
9334991--9335031	19	2.1	20	90	4	66	39	2	9	48	1.49
9335216--9335259	24	1.9	22	82	17	54	34	4	4	56	1.40
9339119--9339150	4	8.0	4	92	0	55	25	25	3	46	1.67
9342931--9342984	24	2.2	24	84	12	67	29	37	16	16	1.91
9350536--9350567	15	2.2	15	94	5	57	15	12	6	65	1.44
9350480--9350820	87	3.9	89	84	5	433	27	14	20	36	1.92
9350623--9350649	14	1.9	14	100	0	54	22	11	7	59	1.56
9350480--9350983	89	5.9	87	82	8	606	28	15	20	35	1.93
9350731--9350894	75	2.2	75	88	1	258	32	15	17	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9350888--9351144	74	3.3	75	78	13	291	28	15	20	35	1.93
9351124--9351159	14	2.6	14	86	0	54	25	11	5	58	1.54
9350814--9351356	250	2.2	250	92	0	897	29	15	19	34	1.93
9350963--9351233	89	3.1	89	89	2	413	28	14	20	36	1.92
9351138--9351296	74	2.1	75	90	3	250	29	15	19	35	1.93
9351295--9351681	54	7.1	54	93	1	648	29	13	17	39	1.88
9352581--9352605	13	1.9	13	100	0	50	8	0	8	84	0.79
9353965--9354021	23	2.4	24	73	5	62	33	7	8	50	1.60
9354070--9354108	16	2.5	15	84	8	51	41	5	5	48	1.47
9354075--9354117	16	2.8	16	86	6	54	41	2	4	51	1.35
9354309--9354352	24	1.9	22	82	17	54	34	4	4	56	1.40
9360635--9360711	27	2.9	27	88	0	100	22	32	25	19	1.97
9360764--9360817	22	2.3	23	79	17	58	66	1	0	31	1.02
9361990--9362073	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
9374999--9375056	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
9375268--9375299	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
9375397--9375584	50	3.8	50	89	1	279	25	24	29	20	1.99
9382489--9382546	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
9382757--9382788	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
9382886--9383074	50	3.8	50	89	0	288	25	23	29	20	1.99
9385762--9385943	46	4.0	46	88	1	240	21	24	13	40	1.90
9389852--9389884	17	1.9	17	88	11	50	21	6	0	72	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9401353--9401509	43	3.7	43	74	10	142	26	17	25	30	1.97
9404821--9404929	42	2.6	42	89	0	173	34	14	14	35	1.87
9407750--9407793	22	2.0	23	95	4	81	40	13	2	43	1.57
9407979--9408078	45	2.2	44	82	5	121	39	8	22	31	1.83
9417856--9417897	17	2.4	18	76	11	52	19	9	35	35	1.84
9420297--9420380	42	2.0	43	90	2	134	22	21	11	44	1.85
9420588--9420743	75	2.1	75	98	0	303	22	16	18	42	1.89
9421630--9421701	17	4.2	17	70	16	51	19	13	29	37	1.90
9422079--9422118	21	1.9	21	84	0	53	45	15	10	30	1.78
9423253--9423990	246	2.9	247	84	5	910	21	18	20	38	1.93
9423502--9423989	261	1.9	261	90	0	780	22	18	20	38	1.93
9433761--9433859	2	49.5	2	83	0	81	38	48	12	1	1.47
9435772--9435838	33	2.0	33	97	0	125	44	2	19	32	1.66
9439512--9439634	26	4.8	26	82	1	142	29	20	21	28	1.98
9439505--9439634	52	2.6	51	88	3	192	29	20	20	30	1.98
9439684--9439758	20	3.8	20	84	6	84	34	17	9	38	1.82
9439786--9439833	25	1.9	25	86	0	69	29	16	20	33	1.95
9446734--9446768	18	1.9	18	88	0	52	31	8	25	34	1.86
9447384--9447480	25	3.8	26	86	1	135	26	20	24	27	1.99
9447377--9447480	51	2.1	50	89	5	156	26	20	23	29	1.98
9447530--9447604	20	3.8	20	82	6	84	32	17	12	38	1.86
9466675--9466723	22	2.2	22	78	7	55	51	0	2	46	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9473248--9473283	18	2.0	18	100	0	72	61	5	22	11	1.50
9473877--9474014	14	9.9	13	67	25	54	27	7	0	64	1.25
9473933--9473978	15	2.9	15	90	6	65	26	6	0	67	1.15
9474059--9474103	24	1.9	23	86	4	63	24	4	2	68	1.19
9474074--9474175	25	4.2	23	69	24	68	29	9	2	57	1.45
9474185--9474238	23	2.5	22	82	8	58	33	0	5	61	1.19
9480754--9481058	132	2.3	131	83	3	371	33	20	21	24	1.97
9481020--9481595	88	6.5	88	81	4	577	33	21	23	21	1.97
9481157--9481487	44	7.5	44	65	15	144	30	21	25	22	1.99
9481020--9481558	179	3.0	178	86	2	676	32	21	23	22	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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