genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.226.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73987803--73988295	47	10.4	47	94	1	810	29	29	8	32	1.87
73987842--73988293	239	1.9	237	95	1	825	29	28	8	32	1.87
73992490--73992656	48	3.5	48	82	0	210	27	25	17	29	1.98
73996200--73996252	28	1.9	27	88	3	79	28	26	16	28	1.97
73996213--73996348	60	2.3	59	82	8	150	25	26	21	26	1.99
74005006--74005197	40	4.8	40	91	1	296	23	23	28	23	1.99
74009095--74009189	38	2.4	39	82	5	111	24	24	24	27	2.00
74014352--74014504	38	4.0	39	83	8	172	23	20	23	32	1.98
74014360--74014520	76	2.1	78	84	2	209	21	19	24	34	1.97
74025179--74025303	46	2.7	46	93	0	205	22	20	27	29	1.99
74030300--74030415	9	12.7	9	74	12	94	40	1	13	43	1.54
74030318--74030429	56	2.0	56	92	0	188	39	1	13	45	1.54
74030597--74031154	91	6.0	91	88	4	809	53	5	6	34	1.50
74030595--74031147	182	3.0	181	93	3	901	53	5	6	33	1.51
74031061--74031090	5	6.0	5	100	0	60	80	0	0	20	0.72
74031111--74031493	99	3.9	97	94	2	574	42	5	7	44	1.56
74035465--74035664	81	2.5	78	80	9	231	27	27	21	24	1.99
74035466--74035650	41	4.6	41	82	4	216	27	27	21	24	1.99
74037917--74038251	158	2.1	157	81	6	401	30	23	12	34	1.91
74039005--74039044	14	2.8	14	88	3	53	40	42	0	17	1.49
74039173--74039202	14	2.1	14	93	0	51	50	26	0	23	1.50
74039667--74039759	41	2.3	40	83	5	116	25	25	20	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74039746--74039837	40	2.3	40	83	3	105	21	18	20	39	1.93
74048427--74048462	18	2.0	18	89	10	56	41	0	0	58	0.98
74053309--74053361	20	2.7	20	88	5	63	35	18	1	43	1.62
74053319--74053363	12	3.8	12	78	0	54	37	15	0	46	1.46
74053325--74053368	20	2.2	20	87	0	61	43	15	0	40	1.47
74053570--74053808	55	4.5	54	81	8	260	20	24	17	36	1.94
74054816--74054847	16	2.0	16	100	0	64	37	18	18	25	1.94
74060849--74060879	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
74060846--74060885	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
74060958--74061002	23	1.9	24	86	13	67	22	24	8	44	1.81
74061076--74061330	55	4.8	53	81	6	234	21	25	17	35	1.95
74061123--74061323	108	1.8	110	89	4	318	22	25	17	33	1.96
74071050--74071103	23	2.3	23	93	0	90	12	22	35	29	1.91
74073527--74073552	2	13.0	2	100	0	52	50	50	0	0	1.00
74073563--74073638	40	1.9	40	83	5	100	34	28	15	21	1.94
74080217--74080414	55	3.7	53	75	4	146	37	20	23	19	1.94
74080217--74080421	53	3.8	54	76	4	198	37	19	23	20	1.95
74080411--74080514	49	2.1	49	96	1	192	34	10	21	33	1.88
74088719--74088778	28	2.2	27	81	3	66	23	10	13	53	1.69
74094539--74094689	55	2.8	55	77	6	155	18	21	19	40	1.92
74094544--74094676	53	2.5	53	79	7	142	19	21	21	38	1.94
74101980--74102130	55	2.8	55	78	6	164	18	22	19	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74105242--74105410	77	2.2	75	77	4	169	25	21	18	34	1.96
74109039--74109167	48	2.7	49	79	3	154	30	23	25	20	1.99
74110447--74110488	22	2.0	22	95	4	77	14	45	23	16	1.84
74111540--74111685	28	5.2	29	78	10	151	39	11	22	26	1.88
74116723--74116754	9	3.6	9	100	0	64	68	0	0	31	0.90
74118031--74118077	19	2.5	19	96	0	85	25	8	27	38	1.85
74118821--74118851	16	1.9	16	93	0	53	12	6	9	70	1.31
74119534--74119559	13	2.0	13	100	0	52	76	0	23	0	0.78
74124406--74124709	47	6.4	47	91	3	425	32	9	30	26	1.88
74124560--74124681	22	5.3	22	62	21	61	33	11	29	25	1.91
74130894--74130978	31	2.7	31	88	0	125	28	10	18	42	1.84
74132524--74132581	27	2.1	27	84	6	73	50	13	0	36	1.42
74132553--74132582	15	2.0	15	100	0	60	40	13	0	46	1.43
74136080--74136177	17	6.1	16	77	13	85	73	1	4	21	1.06
74136075--74136178	11	9.8	10	75	14	77	72	0	3	23	1.07
74136075--74136178	5	19.6	5	75	14	77	72	0	3	23	1.07
74149792--74149886	40	2.4	40	82	3	113	38	35	12	12	1.81
74151728--74151788	31	2.0	30	87	3	86	26	3	11	59	1.48
74155796--74155869	35	2.1	35	95	5	132	28	17	8	45	1.77
74159559--74159613	15	3.9	14	79	9	60	36	5	3	54	1.41
74161438--74161473	12	3.0	12	91	0	54	25	22	5	47	1.73
74169718--74170582	72	11.7	74	86	5	1126	32	16	18	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74169718--74170582	147	5.8	146	87	6	1159	32	16	18	32	1.94
74170545--74170892	94	3.9	93	72	18	310	24	16	19	38	1.93
74170618--74170879	80	3.2	79	78	13	314	25	17	18	38	1.92
74172013--74172081	23	3.0	23	93	4	113	8	28	52	10	1.65
74172018--74172090	23	3.2	23	88	3	76	10	28	49	10	1.72
74172670--74172703	16	2.0	16	88	11	50	32	0	5	61	1.20
74183089--74183122	13	2.6	13	85	0	50	64	5	0	29	1.17
74183487--74183535	20	2.5	20	86	0	71	38	12	8	40	1.72
74186191--74186244	16	3.4	16	89	0	81	37	0	25	37	1.57
74186398--74186449	26	2.0	25	88	3	77	44	0	3	51	1.19
74186559--74186601	21	2.0	21	86	9	59	62	2	0	34	1.08
74196052--74196257	55	3.8	53	78	7	209	23	25	17	33	1.96
74196055--74196199	53	2.7	53	83	4	175	23	24	17	33	1.96
74198564--74198619	28	2.0	28	96	0	103	35	16	17	30	1.92
74199959--74200000	21	2.0	22	90	4	68	28	0	0	71	0.86
74199954--74200006	18	2.9	18	78	13	56	28	0	1	69	0.99
74201570--74201627	18	3.2	18	85	2	71	10	8	5	75	1.17
74207251--74207533	100	2.8	101	82	8	342	49	13	7	29	1.68
74207501--74207557	26	2.1	27	87	3	80	66	7	8	17	1.41
74211122--74212780	830	2.0	827	96	0	3079	35	9	20	34	1.85
74214653--74214686	17	2.0	17	100	0	68	41	17	17	23	1.90
74224708--74224764	27	2.1	27	100	0	114	22	10	24	42	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74225514--74225589	11	6.8	11	68	24	52	42	1	2	53	1.23
74225660--74225729	24	2.8	24	78	4	77	45	2	4	47	1.37
74228962--74228997	18	2.0	18	89	10	56	22	5	16	55	1.62
74230975--74231178	51	4.0	51	96	0	363	30	25	13	30	1.93
74233071--74233178	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
74243574--74243618	22	2.0	22	86	0	63	40	2	2	55	1.24
74244039--74244072	17	2.0	17	100	0	68	52	5	0	41	1.25
74250138--74250230	46	2.0	46	100	0	186	44	17	15	23	1.86
74253957--74254029	24	3.0	24	83	0	83	32	19	31	16	1.94
74263414--74263526	43	2.6	43	84	2	120	31	14	20	33	1.92
74264333--74264604	139	2.0	135	90	5	426	25	8	25	40	1.84
74266420--74266503	23	3.7	23	85	0	114	16	33	27	22	1.96
74275455--74275488	17	2.0	17	94	0	59	23	20	5	50	1.70
74278353--74278428	31	2.5	31	86	0	116	19	30	31	18	1.96
74293859--74293927	25	2.8	25	84	0	93	26	28	20	24	1.99
74293895--74293954	25	2.4	24	81	10	59	26	25	21	26	2.00
74294147--74294223	31	2.5	31	91	2	120	29	20	27	22	1.98
74296391--74296451	27	2.3	27	82	0	68	32	27	8	31	1.86
74296375--74296504	54	2.4	53	81	7	129	29	23	10	36	1.89
74296402--74296546	27	5.4	27	87	5	161	26	22	10	40	1.86
74296578--74296715	27	5.1	27	78	6	118	43	20	5	30	1.75
74296545--74296700	81	1.9	81	84	5	208	41	18	9	30	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74296601--74296758	54	2.9	55	82	5	178	44	18	6	31	1.75
74296631--74296759	27	4.7	27	75	11	118	44	18	4	31	1.70
74296586--74296764	27	6.6	27	75	10	103	41	18	7	32	1.78
74297694--74297762	25	2.8	24	80	8	75	24	26	23	26	2.00
74297989--74298064	31	2.5	31	87	4	111	31	18	22	27	1.97
74298078--74298132	29	1.9	28	88	3	83	21	23	27	27	1.99
74298070--74298160	33	2.8	33	73	19	93	24	20	26	28	1.99
74300222--74300282	27	2.3	27	82	0	68	32	27	8	31	1.86
74300233--74300377	27	5.4	27	85	2	177	26	23	10	40	1.86
74300206--74300377	54	3.2	54	80	2	177	27	23	10	37	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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