genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.187.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60762354--60762406	27	2.0	27	96	0	97	39	16	15	28	1.89
60764160--60764337	27	6.6	27	85	3	205	29	29	14	26	1.95
60764160--60764337	54	3.3	54	85	3	232	29	29	14	26	1.95
60764181--60764336	81	1.9	82	88	3	235	29	29	14	26	1.95
60768957--60768995	21	1.9	20	94	5	69	46	25	0	28	1.53
60772431--60772482	20	2.6	20	78	0	50	38	5	11	44	1.65
60774310--60774619	47	6.5	48	75	12	232	28	19	28	24	1.98
60774303--60774619	94	3.3	93	77	10	286	27	18	28	24	1.98
60777473--60777526	20	2.7	19	77	8	54	35	9	7	48	1.63
60777519--60777569	25	2.0	25	100	0	102	29	11	15	43	1.82
60782918--60783046	50	2.6	49	82	10	147	25	29	19	25	1.98
60782869--60783227	46	7.6	48	75	11	246	24	29	18	27	1.98
60785953--60786185	102	2.3	102	94	1	405	24	14	26	33	1.94
60785953--60786183	50	4.5	50	77	9	227	25	14	26	33	1.94
60786752--60787080	180	1.8	180	92	0	559	38	8	18	34	1.81
60788624--60788892	46	5.8	46	70	14	171	30	28	18	21	1.97
60788678--60788836	47	3.4	46	72	14	155	30	30	16	21	1.96
60788632--60788893	93	2.8	93	87	2	384	29	29	19	22	1.98
60791285--60791353	30	2.3	30	82	7	88	60	14	13	11	1.58
60791285--60791353	15	4.7	15	71	8	52	60	14	13	11	1.58
60794338--60794505	46	3.6	46	74	13	164	29	29	19	21	1.97
60794291--60794453	47	3.5	45	71	15	136	31	31	17	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60794244--60794499	93	2.8	93	89	1	379	30	30	18	20	1.97
60796292--60796420	47	2.7	47	87	4	179	24	27	19	28	1.98
60796299--60796518	96	2.3	95	80	12	222	25	27	18	29	1.98
60796386--60796658	140	1.9	141	81	5	329	23	28	19	29	1.98
60805364--60805609	49	4.9	50	81	2	280	27	19	26	27	1.99
60805367--60805608	99	2.4	101	83	2	283	26	19	25	28	1.99
60809306--60809435	47	2.8	45	82	11	147	22	29	18	30	1.97
60822390--60822762	48	7.7	49	77	9	338	25	28	17	28	1.98
60822390--60822767	96	3.9	96	90	1	569	25	28	17	28	1.98
60822385--60822757	144	2.6	144	82	3	419	25	27	17	28	1.98
60825761--60825797	18	2.0	19	89	5	58	37	10	8	43	1.69
60825859--60825910	20	2.6	20	81	0	59	36	7	11	44	1.70
60827467--60827537	33	2.2	33	94	0	124	32	22	5	39	1.77
60831592--60832009	143	2.9	143	87	1	597	27	21	19	31	1.98
60831935--60832177	44	5.5	44	66	6	150	25	23	20	30	1.99
60831932--60832188	89	2.9	88	85	4	320	27	22	20	29	1.98
60831770--60832425	320	2.0	320	85	2	868	27	22	19	30	1.98
60832214--60832425	88	2.4	89	82	2	257	28	25	18	26	1.98
60831597--60832792	231	5.2	232	79	7	1194	27	22	19	30	1.98
60831629--60832792	463	2.5	458	81	5	1273	27	22	19	30	1.98
60832446--60832652	89	2.3	88	81	8	224	28	24	18	28	1.98
60832679--60832772	44	2.1	44	84	2	116	24	21	23	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60832523--60832804	142	2.0	142	82	6	349	28	23	17	30	1.97
60834408--60834468	22	2.8	22	75	9	61	32	22	24	19	1.97
60834610--60834728	41	2.9	41	91	5	204	26	28	22	22	1.99
60834982--60835040	27	2.2	27	81	6	66	33	15	16	33	1.91
60834992--60835044	27	2.0	27	88	7	81	30	15	15	39	1.87
60835036--60835168	27	4.9	27	79	7	108	30	6	18	44	1.74
60834998--60835293	54	5.5	53	76	11	212	30	7	18	42	1.78
60835054--60835288	27	8.7	26	80	8	181	31	6	18	43	1.76
60835003--60835293	81	3.6	79	76	14	245	30	7	18	43	1.78
60835297--60835374	27	2.9	27	86	1	104	30	23	16	29	1.96
60838340--60838404	22	3.0	22	77	8	69	30	23	24	21	1.99
60838440--60838506	32	2.1	33	88	2	100	34	19	23	22	1.97
60838576--60838655	41	2.0	41	92	5	135	26	28	22	22	1.99
60838957--60839135	27	6.6	27	80	2	162	27	8	20	43	1.80
60838897--60839151	27	9.4	27	75	7	160	29	9	19	41	1.83
60839146--60839224	27	3.0	27	84	1	106	30	22	17	29	1.97
60839420--60839452	8	4.1	8	92	0	57	12	27	24	36	1.91
60848568--60848599	12	2.7	12	95	0	55	31	12	0	56	1.37
60849951--60849980	16	1.9	15	93	6	51	6	20	0	73	1.05
60850834--60850889	19	3.1	19	85	15	82	35	12	5	46	1.65
60851184--60851539	46	7.7	46	88	2	466	21	23	14	40	1.90
60857372--60857401	15	2.0	15	93	0	51	60	36	0	3	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60861564--60861788	40	5.7	40	85	5	287	24	21	28	25	1.99
60861564--60861821	80	3.2	80	82	7	233	25	21	27	25	1.99
60861564--60861821	119	2.2	119	80	6	274	25	21	27	25	1.99
60870082--60870128	23	2.0	23	84	8	60	48	21	2	27	1.61
60874520--60874569	19	2.7	19	78	6	59	54	0	4	42	1.19
60891183--60891248	30	2.1	32	83	10	84	45	1	3	50	1.26
60898214--60898292	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
60901213--60901269	30	1.9	30	88	0	87	43	8	19	28	1.80
60906019--60906073	29	1.9	29	85	3	76	21	43	20	14	1.87
60909651--60909835	79	2.3	82	81	7	220	25	27	22	24	2.00
60909633--60909835	40	5.1	40	80	8	218	25	27	22	25	2.00
60917579--60917763	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
60917560--60917763	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
60920368--60920430	31	2.0	32	81	9	76	44	0	4	50	1.23
60921987--60922035	20	2.4	21	76	10	66	61	0	6	32	1.21
60922202--60922297	47	2.0	47	91	0	156	18	17	21	41	1.90
60922196--60922311	47	2.3	51	78	15	141	18	17	20	43	1.88
60922457--60922521	18	3.6	18	82	0	67	40	9	10	40	1.72
60922433--60922521	36	2.4	37	79	1	117	38	8	12	40	1.74
60926411--60926447	20	1.9	18	89	10	56	43	0	21	35	1.53
60930667--60930833	43	3.9	43	80	8	180	28	16	24	31	1.96
60933977--60934058	26	3.0	26	81	16	112	23	18	23	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60933977--60934065	29	3.2	29	86	10	123	25	16	22	34	1.95
60938236--60938426	93	2.1	93	90	0	301	35	21	9	33	1.87
60939068--60939104	5	7.4	5	100	0	74	78	0	0	21	0.75
60944044--60944149	22	4.7	22	77	10	115	34	19	19	25	1.96
60944024--60944150	44	2.7	45	82	10	150	33	20	20	25	1.97
60965718--60965793	33	2.4	33	95	4	138	34	30	5	30	1.80
60965895--60965988	48	2.0	48	85	8	129	40	25	13	20	1.89
60968411--60968504	48	2.0	48	87	8	138	40	24	13	21	1.89
60969698--60969735	19	2.0	19	100	0	76	42	0	10	47	1.38
60970548--60970603	22	2.6	22	85	2	69	44	0	16	39	1.47
60970947--60971105	42	3.7	41	72	12	129	24	21	28	25	1.99
60975532--60975651	38	3.1	37	80	7	132	30	23	21	25	1.99
60975486--60975651	78	2.1	78	82	6	194	33	25	19	22	1.97
60978792--60978874	33	2.5	33	90	0	130	26	12	9	51	1.69
60978778--60978906	33	4.1	33	80	8	128	28	10	11	48	1.73
60985020--60985058	14	2.8	14	84	0	51	41	10	17	30	1.83
60985604--60985640	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
60985626--60985661	18	1.9	18	88	5	54	58	0	0	41	0.98
60985650--60985708	19	3.2	19	77	17	70	49	0	0	50	1.00
60987358--60987396	17	2.3	17	95	0	69	43	15	38	2	1.60
60995173--60995224	26	2.0	26	92	0	86	28	34	21	15	1.94
60995185--60995335	72	2.1	71	91	2	241	30	29	16	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60995348--60995398	26	2.0	26	96	0	93	29	35	23	11	1.90
60995254--60995476	103	2.2	104	92	2	369	31	31	18	17	1.95
60995805--60995868	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
60995812--60995868	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
61003731--61003800	30	2.5	28	84	9	90	32	20	5	41	1.75
61004659--61004688	5	6.0	5	92	0	51	23	16	0	60	1.36
61006109--61006145	17	2.1	19	85	10	51	51	5	21	21	1.68
61006201--61006263	29	2.2	29	100	0	126	57	12	15	14	1.66
61007108--61007142	17	2.0	18	88	5	54	28	8	5	57	1.52
61022177--61022337	46	3.5	44	81	9	171	22	29	20	27	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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