genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.56.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16966150--16966200	17	3.0	17	88	5	68	15	19	29	35	1.93
16966639--16966679	20	2.0	20	90	0	64	41	17	4	36	1.71
16972534--16972604	18	3.9	18	79	0	79	38	16	9	35	1.82
16972525--16972607	36	2.3	36	82	0	94	39	15	8	36	1.78
16972803--16972923	53	2.3	53	81	5	147	43	21	16	18	1.87
16974014--16974051	16	2.4	17	82	8	53	2	28	0	68	1.03
16982459--16982515	28	2.0	28	100	0	114	42	7	10	40	1.66
16987155--16987196	21	2.0	21	100	0	84	33	4	28	33	1.78
17001651--17001708	24	2.4	24	82	2	71	15	20	20	43	1.88
17002884--17003144	126	2.1	126	94	0	468	30	19	28	21	1.98
17004112--17004144	17	1.9	17	100	0	66	48	0	12	39	1.40
17016105--17016147	17	2.6	17	81	3	52	32	4	20	41	1.73
17026393--17026447	21	2.6	21	77	13	58	32	5	0	61	1.19
17026414--17026486	27	2.9	25	79	16	80	34	1	1	63	1.12
17026459--17026500	17	2.4	18	80	15	52	33	2	0	64	1.07
17034866--17034904	17	2.3	17	100	0	78	20	5	12	61	1.50
17036694--17036720	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
17054138--17054261	24	5.0	24	84	7	158	39	14	19	26	1.90
17054137--17054272	52	2.7	52	86	4	181	38	14	20	26	1.91
17054296--17054545	51	4.9	51	92	1	385	30	15	26	28	1.96
17055013--17055046	17	2.0	17	100	0	68	29	5	17	47	1.71
17057065--17057176	27	4.2	26	83	7	134	37	22	23	16	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17057065--17057176	54	2.1	54	86	3	154	37	22	23	16	1.94
17057282--17057344	26	2.3	26	83	5	72	30	11	25	33	1.90
17057597--17057627	16	1.9	16	93	0	53	12	25	19	41	1.87
17064948--17065059	27	4.2	26	84	7	134	36	22	24	16	1.94
17064948--17065059	54	2.1	54	86	3	154	36	22	24	16	1.94
17072423--17072573	75	2.0	75	86	0	212	24	33	17	25	1.96
17075232--17075281	20	2.5	20	83	9	57	50	0	18	32	1.47
17087306--17087356	20	2.7	20	81	6	61	17	3	7	70	1.27
17088189--17088246	29	2.0	29	82	0	71	29	5	5	60	1.40
17088286--17088324	18	2.3	17	86	8	53	30	0	0	69	0.89
17098490--17098622	40	3.3	40	84	2	160	30	23	18	27	1.97
17099542--17099580	19	2.1	19	90	0	60	33	20	15	30	1.94
17103381--17103477	43	2.3	41	79	8	106	32	26	16	23	1.96
17109923--17109961	20	1.9	20	84	5	51	35	17	2	43	1.63
17110668--17110732	31	2.1	31	100	0	130	29	27	18	24	1.98
17112395--17112455	28	2.2	28	87	0	86	31	29	8	31	1.86
17112561--17112650	28	3.2	27	76	7	74	21	22	23	33	1.97
17113114--17113152	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
17120206--17120270	28	2.3	28	91	0	103	32	27	9	30	1.88
17120376--17120465	27	3.2	28	81	7	112	18	24	24	32	1.97
17120386--17120476	27	3.2	28	81	4	94	20	26	20	31	1.98
17120376--17120490	55	2.1	56	82	8	137	18	24	22	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17120927--17120965	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
17123011--17123204	52	3.8	51	81	7	200	30	27	17	24	1.97
17123528--17123577	23	2.3	22	86	10	68	32	20	4	44	1.70
17127482--17127512	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
17127479--17127518	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
17127709--17127963	55	4.8	54	80	7	265	21	24	17	36	1.94
17127756--17127956	108	1.8	110	88	4	309	22	24	17	34	1.96
17133324--17133445	53	2.5	48	77	13	115	28	29	15	26	1.96
17133359--17133518	52	3.1	52	84	4	196	31	27	15	25	1.96
17135150--17135262	41	2.7	43	80	14	121	28	28	19	23	1.98
17141698--17141935	49	4.8	49	79	7	282	26	17	26	30	1.97
17141693--17141935	99	2.4	98	84	4	292	25	17	25	30	1.97
17144664--17144702	15	2.5	15	91	4	60	15	12	15	56	1.68
17147451--17147683	49	4.7	50	83	2	290	25	17	27	29	1.97
17147968--17148032	30	2.2	30	100	0	130	44	6	12	36	1.67
17147968--17148042	30	2.5	30	91	4	98	48	6	10	34	1.64
17150742--17150819	30	2.5	31	89	4	122	30	24	19	25	1.98
17150843--17150934	42	2.2	42	92	0	148	40	20	10	28	1.86
17151079--17151227	26	5.8	26	88	0	212	27	21	22	28	1.99
17151277--17151332	11	5.5	11	71	16	57	32	19	10	37	1.86
17151277--17151352	40	1.9	38	84	10	100	34	18	9	38	1.83
17151277--17151333	20	2.8	20	97	0	105	33	19	10	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17152046--17152124	27	2.9	26	74	10	77	21	18	20	39	1.93
17152214--17152466	27	9.4	27	78	6	178	29	7	20	41	1.80
17152227--17152432	81	2.6	79	82	6	227	28	7	21	42	1.79
17152252--17152459	80	2.6	81	83	2	249	28	7	21	41	1.81
17152452--17152743	27	10.8	27	88	1	388	40	10	21	27	1.86
17157400--17157488	44	2.0	44	93	0	151	33	16	11	38	1.85
17163340--17163392	16	3.2	16	86	2	70	43	15	3	37	1.64
17171741--17171809	16	4.2	16	96	3	129	24	0	37	37	1.56
17171741--17171809	33	2.1	32	97	2	129	24	0	37	37	1.56
17171790--17171880	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
17172044--17172078	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
17172022--17172288	120	2.2	120	93	0	444	49	4	1	43	1.33
17172162--17172198	16	2.2	17	86	13	51	54	0	2	43	1.14
17172053--17172249	61	3.3	61	72	11	188	49	5	1	43	1.35
17175213--17175248	18	2.0	18	100	0	72	61	0	27	11	1.30
17186958--17186999	21	2.0	21	100	0	84	42	19	14	23	1.87
17187321--17187364	16	2.6	17	85	7	54	22	6	0	70	1.11
17187549--17187640	48	1.9	48	95	0	166	31	7	23	36	1.83
17187544--17187648	48	2.2	48	87	1	165	32	8	24	34	1.86
17188387--17188441	18	3.2	18	77	10	53	76	5	3	14	1.10
17198330--17198370	17	2.4	17	91	0	64	43	12	4	39	1.63
17200709--17200763	21	2.6	21	77	5	58	16	29	30	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17204099--17204153	21	2.6	21	85	0	74	14	23	34	27	1.94
17206092--17206162	36	2.0	36	91	0	115	35	11	25	28	1.90
17209424--17209461	13	2.9	13	92	0	58	26	28	2	42	1.69
17227178--17227244	20	3.3	20	91	4	109	37	10	17	34	1.85
17227189--17227244	11	5.5	11	71	16	57	37	10	17	33	1.85
17227294--17227388	27	3.6	27	97	2	176	28	20	23	28	1.98
17235410--17235476	20	3.3	20	95	4	118	35	10	19	34	1.86
17235421--17235476	11	5.5	11	75	16	66	35	10	19	33	1.87
17235526--17235649	26	4.8	26	90	2	180	28	20	21	29	1.98
17242828--17242929	27	3.8	27	74	10	82	37	20	19	22	1.95
17242854--17242929	27	2.8	29	78	15	90	35	19	21	23	1.96
17244523--17244551	14	2.0	15	93	6	51	10	48	0	41	1.37
17244600--17244632	16	2.1	16	88	5	50	6	45	0	48	1.27
17247296--17247562	54	4.9	53	75	9	220	28	14	25	31	1.94
17247296--17247562	27	9.9	26	81	6	198	28	14	25	31	1.94
17249614--17249839	47	4.9	46	82	4	197	23	20	27	28	1.99
17249663--17249785	47	2.6	47	94	0	210	24	20	27	27	1.99
17252971--17253007	15	2.5	15	91	8	58	45	0	0	54	1.00
17254925--17254970	21	2.2	21	92	0	74	15	19	32	32	1.93
17259260--17259402	47	3.0	47	97	0	268	32	28	11	27	1.92
17259831--17259892	28	2.2	28	85	0	88	25	14	17	41	1.88
17268905--17268978	20	3.7	20	94	0	121	20	22	31	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17271113--17271137	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
17274783--17274837	22	2.4	21	82	14	65	65	0	5	29	1.15
17275858--17276114	95	2.7	95	84	0	318	24	17	23	34	1.96
17277337--17277378	20	2.2	19	83	12	50	23	0	26	50	1.50
17277497--17277531	17	2.0	18	88	5	54	28	0	5	65	1.15
17278551--17278586	17	2.1	17	94	0	63	41	2	19	36	1.66
17285611--17285901	144	2.0	145	87	2	424	42	17	6	32	1.74
17286094--17286166	14	4.9	16	66	23	52	46	0	35	17	1.49
17286080--17286172	29	3.2	29	75	13	109	49	0	34	16	1.46
17286525--17286571	16	2.9	16	81	6	51	36	0	2	61	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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