genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.164.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   

This is table  164  of  325  ( 38900 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53011564--53011596	17	1.9	17	93	0	57	39	21	18	21	1.93
53012787--53012983	48	4.1	48	97	0	358	30	26	6	36	1.81
53023356--53023459	27	3.9	27	65	5	75	38	22	7	31	1.82
53023444--53023584	27	5.2	27	77	5	142	34	17	21	26	1.95
53023444--53023586	54	2.6	54	85	2	180	34	18	20	25	1.95
53024077--53024206	27	4.8	26	83	4	143	21	23	20	34	1.97
53024077--53024192	54	2.1	54	87	3	162	19	22	21	36	1.95
53024077--53024206	53	2.4	54	83	7	165	21	23	20	34	1.97
53049527--53049569	19	2.1	21	87	8	63	13	27	4	53	1.60
53050177--53050227	24	2.1	24	88	0	75	50	17	23	7	1.72
53050197--53050227	16	1.9	16	93	0	53	45	19	29	6	1.75
53050438--53050522	28	3.0	28	84	6	118	25	14	29	30	1.95
53060730--53060773	19	2.3	19	88	0	61	20	11	0	68	1.20
53065490--53065705	43	5.0	43	78	7	224	23	16	26	33	1.96
53067517--53067579	33	1.9	33	90	0	99	20	14	26	38	1.91
53076527--53076576	5	10.0	5	100	0	100	60	0	0	40	0.97
53079529--53079759	48	4.8	48	85	2	268	26	18	28	26	1.98
53081151--53081190	21	2.0	19	85	9	53	30	7	5	57	1.48
53081709--53081870	38	4.0	38	79	14	198	28	24	16	30	1.97
53081749--53081840	48	1.9	48	93	0	157	28	20	17	33	1.95
53081711--53081870	86	1.9	86	93	0	275	28	24	16	30	1.97
53081967--53082030	26	2.6	24	76	11	58	50	10	3	35	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53088776--53088984	38	5.0	38	75	17	184	29	24	16	29	1.96
53088816--53088954	48	2.9	48	88	1	199	30	22	16	30	1.96
53093582--53093643	30	2.0	30	84	3	79	32	22	6	38	1.80
53096285--53096539	47	5.3	47	92	1	393	29	30	8	31	1.87
53096285--53096660	49	7.6	49	83	10	446	29	29	7	32	1.86
53096524--53096554	15	2.1	15	100	0	62	38	22	0	38	1.54
53096426--53096649	111	2.0	112	97	1	423	31	28	7	33	1.84
53096497--53096595	31	3.2	31	66	25	91	30	29	8	32	1.86
53096475--53096600	62	2.0	63	96	3	236	32	26	6	34	1.82
53104318--53104403	44	2.0	44	85	0	118	33	31	18	16	1.93
53111114--53111403	27	10.7	27	80	2	249	40	19	9	30	1.83
53111823--53111887	22	3.0	22	80	8	78	20	26	23	30	1.98
53112097--53112161	22	3.0	22	93	0	103	16	13	26	43	1.86
53115736--53116098	182	2.0	181	89	1	557	33	10	23	32	1.89
53119358--53119598	51	4.8	50	79	3	270	26	18	26	28	1.98
53119358--53119598	100	2.4	100	93	0	410	26	18	26	28	1.98
53119358--53119603	49	4.9	50	79	3	280	27	18	26	28	1.98
53124458--53124544	43	2.0	43	88	0	129	29	27	19	22	1.98
53124515--53124621	42	2.5	42	74	3	99	35	28	13	23	1.92
53126280--53126337	29	2.0	29	93	0	98	31	15	22	31	1.95
53129826--53130043	40	5.5	40	93	1	341	24	26	23	25	2.00
53137866--53138127	40	6.6	40	91	3	377	26	26	21	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53140024--53140248	40	5.6	40	84	10	280	26	27	22	23	2.00
53140024--53140248	83	2.8	80	86	8	330	26	27	22	23	2.00
53148923--53149002	37	2.2	37	86	0	115	27	31	17	23	1.97
53149121--53149439	47	6.7	47	91	2	487	28	30	9	32	1.88
53152970--53153152	40	4.6	40	89	2	226	25	28	22	22	1.99
53153458--53153536	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
53153518--53153620	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
53155485--53155598	37	3.1	36	91	5	176	26	32	18	22	1.97
53155717--53155988	47	5.7	47	90	2	402	27	30	9	32	1.88
53162005--53162065	31	2.0	32	93	6	108	29	13	14	42	1.84
53162307--53162373	31	2.2	31	88	0	98	35	7	8	47	1.63
53166334--53166358	13	1.9	13	100	0	50	60	0	0	40	0.97
53167735--53167793	16	3.7	16	79	0	64	40	18	23	16	1.91
53173035--53173106	36	2.0	36	91	0	117	51	8	27	12	1.68
53181140--53181289	23	6.3	24	73	12	91	34	16	22	27	1.95
53185157--53185389	50	4.6	50	76	8	231	27	17	24	30	1.97
53185158--53185339	101	1.8	101	88	0	283	28	18	24	29	1.98
53190545--53190588	20	2.2	20	95	0	79	22	43	27	6	1.78
53190555--53190594	20	2.0	20	90	0	62	22	42	25	10	1.84
53192812--53192860	23	2.1	24	85	11	66	26	0	16	57	1.40
53194102--53194146	22	2.0	22	100	0	90	26	28	17	26	1.98
53196641--53196682	15	2.7	15	82	10	50	38	0	26	35	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53217696--53217744	20	2.5	20	80	12	57	38	30	18	12	1.87
53223975--53224240	46	5.7	46	69	15	179	30	27	18	22	1.97
53223982--53224247	93	2.9	93	89	0	406	30	27	19	22	1.98
53224029--53224199	47	3.7	47	72	10	170	31	27	18	22	1.97
53226970--53227026	30	1.9	29	92	3	96	56	15	15	12	1.68
53229614--53229781	46	3.7	45	73	13	144	30	28	19	21	1.97
53229667--53229836	47	3.7	47	75	13	181	31	27	18	22	1.97
53229620--53229884	92	2.9	92	89	1	395	29	27	19	22	1.98
53232762--53232848	40	2.1	42	79	14	101	35	1	60	2	1.17
53232783--53232863	20	4.1	19	73	16	60	34	0	62	2	1.08
53236410--53236518	37	2.9	37	95	0	191	26	31	19	22	1.98
53236725--53236871	47	3.1	47	91	0	231	26	28	11	33	1.91
53244031--53244201	93	1.8	93	85	0	243	31	26	19	22	1.97
53244025--53244206	46	4.0	45	68	16	122	31	26	18	22	1.97
53246384--53246419	17	2.1	17	90	10	56	58	2	36	2	1.27
53257058--53257387	166	2.0	162	92	2	552	32	22	12	32	1.91
53263339--53263364	12	2.2	12	100	0	52	38	19	26	15	1.91
53270997--53272635	630	2.6	625	93	1	2741	38	10	17	33	1.84
53274546--53274670	47	2.7	43	79	11	124	29	20	27	22	1.99
53275500--53275737	49	4.8	50	82	2	273	26	18	26	28	1.98
53275499--53275737	100	2.4	98	82	2	280	26	17	26	28	1.98
53275492--53275775	150	1.9	150	86	2	401	27	17	26	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53279268--53279403	59	2.4	57	82	7	175	27	16	21	34	1.94
53281070--53281217	43	3.5	42	78	10	158	30	25	18	25	1.98
53281062--53281220	85	1.9	85	85	7	225	30	26	18	24	1.98
53281338--53281400	28	2.1	30	80	13	69	50	17	0	31	1.46
53289045--53289151	52	2.1	52	96	0	196	22	22	14	40	1.91
53292599--53292670	35	2.1	35	97	0	135	37	27	6	27	1.82
53293585--53293626	20	2.1	20	86	0	57	35	9	2	52	1.47
53318987--53319058	37	2.0	36	97	2	135	29	16	13	40	1.87
53322740--53322779	21	1.9	21	89	0	62	20	25	40	15	1.90
53325565--53325783	47	4.7	47	72	15	154	23	29	18	28	1.98
53325565--53325783	46	4.7	47	75	14	145	23	29	18	28	1.98
53338243--53338342	43	2.3	43	85	0	146	28	17	25	30	1.97
53338243--53338363	43	2.8	42	82	1	143	27	16	25	30	1.97
53345323--53345572	40	6.3	40	87	5	321	23	20	27	28	1.99
53352621--53352843	40	5.6	40	88	6	285	23	20	27	28	1.99
53370496--53370597	43	2.4	41	80	11	107	33	24	19	22	1.97
53377147--53377171	13	1.9	13	100	0	50	16	32	36	16	1.90
53385527--53385572	23	2.0	23	95	0	83	39	23	15	21	1.92
53387562--53387670	42	2.6	42	78	12	107	29	25	18	26	1.98
53387566--53387711	44	3.4	42	77	8	125	30	23	20	26	1.99
53390654--53390679	11	2.4	11	100	0	52	26	0	19	53	1.45
53396861--53396965	43	2.4	43	87	3	149	24	16	24	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53403347--53403468	38	3.2	38	86	2	154	20	20	25	33	1.97
53404740--53404778	18	2.0	20	90	9	64	41	0	12	46	1.42
53406649--53406797	43	3.5	43	77	9	135	25	19	27	27	1.99
53411018--53411191	46	3.8	45	79	10	199	20	21	28	29	1.98
53411015--53411185	93	1.8	93	93	0	297	20	21	29	28	1.98
53414130--53414213	29	2.9	29	82	10	100	10	16	15	57	1.65
53414139--53414217	15	5.4	15	80	10	92	10	17	12	59	1.60
53417083--53417304	118	1.9	119	84	6	299	25	27	22	24	2.00
53417081--53417304	40	5.7	40	85	7	287	25	27	22	24	2.00
53425012--53425196	40	4.6	40	81	8	189	28	27	20	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325