genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.197.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63791579--63791652	31	2.4	32	77	11	82	24	5	5	64	1.36
63791983--63792040	24	2.5	22	81	10	71	37	0	6	55	1.27
63791983--63792047	22	2.8	23	78	17	71	38	1	7	52	1.40
63804256--63804498	76	3.3	72	83	8	290	26	15	21	36	1.93
63804478--63804505	14	2.0	14	100	0	56	14	14	7	64	1.48
63804428--63804640	91	2.4	89	89	4	313	29	17	20	33	1.95
63804693--63804838	73	2.0	73	86	2	204	28	17	23	30	1.97
63804818--63804848	14	2.2	14	94	0	53	16	9	6	67	1.39
63804907--63804941	18	1.9	18	88	0	52	17	8	5	68	1.35
63806712--63806754	3	14.3	3	100	0	86	32	0	0	67	0.91
63807327--63807428	22	4.4	22	74	18	75	37	0	6	54	1.34
63809116--63809177	30	2.1	30	96	0	115	25	11	12	50	1.74
63819635--63819674	19	2.2	18	86	13	55	60	0	0	40	0.97
63819963--63819993	9	3.4	9	100	0	62	61	0	0	38	0.96
63820603--63820673	28	2.6	27	74	14	72	64	4	1	29	1.20
63821801--63821860	17	3.2	19	81	15	72	25	5	0	70	1.08
63826879--63826968	45	2.0	45	95	0	162	43	5	2	48	1.38
63827501--63827600	28	3.4	28	67	21	71	33	0	6	61	1.21
63840728--63840905	27	6.6	27	79	3	115	28	28	16	26	1.97
63840728--63840905	54	3.3	55	80	10	204	28	28	16	26	1.97
63840749--63840904	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	26	1.97
63848608--63848784	27	6.6	27	79	5	115	28	28	16	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63848608--63848784	54	3.3	54	77	15	186	28	28	16	26	1.97
63848629--63848783	81	1.9	81	86	2	222	28	27	16	27	1.97
63883358--63883525	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
63883381--63883525	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
63898430--63898474	11	4.4	11	78	13	51	35	13	17	33	1.89
63898424--63898474	9	5.1	10	77	13	52	35	11	17	35	1.87
63898524--63898619	26	3.8	26	83	2	99	28	22	20	28	1.99
63898524--63898626	25	4.1	25	73	10	77	31	21	19	28	1.97
63898839--63898922	31	2.7	31	88	1	125	35	16	22	25	1.95
63900755--63900795	20	2.0	21	86	13	59	56	7	4	31	1.48
63903439--63903471	14	2.4	14	94	0	57	51	6	9	33	1.58
63906041--63906211	41	4.2	41	79	7	168	36	22	18	22	1.95
63906032--63906218	82	2.3	82	80	9	211	38	20	17	22	1.93
63907833--63907886	27	2.0	27	100	0	108	29	11	18	40	1.85
63922133--63922211	40	2.0	40	97	0	149	32	11	22	32	1.90
63934022--63934065	20	2.2	20	91	0	70	36	31	2	29	1.70
63934182--63934272	42	2.1	43	89	2	139	30	27	13	28	1.94
63943296--63943400	40	2.6	40	83	8	126	26	21	26	24	2.00
63943310--63943402	40	2.3	40	88	3	134	24	21	27	25	1.99
63948846--63949057	40	5.3	39	83	5	264	27	28	20	23	1.99
63948846--63949057	80	2.7	80	91	0	345	27	28	20	23	1.99
63953682--63953769	28	3.2	28	82	3	99	36	21	26	15	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63955002--63955053	15	3.4	15	70	2	50	65	0	30	3	1.10
63960203--63960256	27	2.0	28	82	7	67	29	16	20	33	1.95
63963993--63964127	56	2.4	56	91	0	207	34	23	12	29	1.92
63969866--63969940	30	2.5	30	80	0	87	12	13	14	60	1.60
63985918--63985973	28	2.0	28	96	0	103	50	19	14	16	1.79
63986169--63986215	23	2.0	23	100	0	94	40	8	25	25	1.84
63993235--63993345	27	4.1	27	77	12	111	16	22	23	37	1.93
63993235--63993345	54	2.1	54	84	6	145	16	22	23	37	1.93
64003905--64003981	38	2.0	38	100	0	118	54	7	5	32	1.51
64007559--64007602	23	1.9	23	81	9	54	61	9	2	27	1.38
64007740--64008081	36	9.6	36	73	9	175	31	14	19	33	1.93
64007744--64008106	73	5.1	72	73	8	267	31	14	19	34	1.93
64007871--64008106	37	6.4	37	79	1	233	31	15	18	34	1.92
64012713--64012746	17	2.0	17	100	0	68	35	5	11	47	1.65
64013080--64013114	16	2.1	17	89	5	54	45	0	11	42	1.40
64016636--64016666	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
64016633--64016672	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
64016905--64017105	108	1.8	110	86	4	291	23	23	17	35	1.95
64016905--64017112	55	3.8	53	78	8	197	23	24	16	36	1.95
64023782--64023959	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
64023783--64023938	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
64023779--64023959	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64027021--64027051	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
64027018--64027057	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
64027290--64027497	55	3.8	53	78	8	206	22	25	16	35	1.95
64032016--64032202	93	2.0	93	100	0	374	35	16	18	29	1.92
64035816--64035972	50	3.1	51	75	7	160	29	10	20	39	1.86
64039066--64039116	25	2.0	25	96	0	93	23	15	7	52	1.68
64042066--64042281	46	4.6	46	81	11	233	27	19	30	22	1.98
64042063--64042281	94	2.3	94	83	9	261	27	19	30	22	1.98
64043312--64043358	22	2.2	21	81	7	51	55	19	4	21	1.60
64043381--64043458	35	2.2	36	93	4	140	57	8	10	23	1.60
64044396--64044457	29	2.2	29	85	2	81	29	29	16	25	1.96
64044692--64044726	8	4.4	8	92	0	61	0	22	25	51	1.48
64044692--64044735	16	2.8	16	89	0	52	2	22	25	50	1.61
64044692--64044742	24	2.1	24	85	0	66	3	21	21	52	1.62
64045842--64045874	16	2.1	16	94	0	57	15	6	27	51	1.66
64051229--64051307	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
64051426--64051988	47	12.1	47	94	1	915	28	29	9	32	1.88
64055691--64055829	40	3.5	40	78	7	124	22	28	24	25	2.00
64056137--64056215	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
64056197--64056299	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
64058164--64058242	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
64058363--64058493	45	2.8	46	86	3	174	27	32	9	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64058361--64058934	47	12.1	47	86	9	765	28	30	9	31	1.88
64058435--64058551	60	2.0	60	98	0	225	28	30	10	30	1.90
64063641--64063742	29	3.6	29	80	11	113	28	29	14	27	1.95
64065511--64065655	40	3.6	40	81	4	166	26	24	26	22	2.00
64073457--64073601	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
64074613--64074645	16	2.1	16	100	0	66	15	24	12	48	1.78
64086008--64086046	21	1.9	20	89	5	60	12	38	28	20	1.89
64089188--64089552	46	7.9	46	85	3	457	21	23	14	41	1.89
64089188--64089538	92	3.8	92	94	0	594	20	22	14	41	1.89
64089188--64089552	138	2.6	138	88	0	516	21	23	14	41	1.89
64092759--64092836	27	2.9	28	82	3	97	15	23	21	39	1.91
64095181--64095212	5	6.4	5	100	0	64	78	0	0	21	0.76
64100647--64100675	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
64106074--64106104	14	2.2	14	94	0	53	3	9	0	87	0.66
64106072--64106109	20	1.9	20	88	0	58	5	10	0	84	0.77
64109006--64109034	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
64111728--64111754	14	1.9	14	100	0	54	22	7	11	59	1.56
64121364--64121510	67	2.2	67	81	8	165	32	17	28	21	1.96
64121388--64121571	67	2.8	64	76	8	185	29	16	29	23	1.96
64125607--64125638	14	2.3	14	94	0	55	31	6	28	34	1.82
64133538--64133663	48	2.6	47	85	8	157	23	17	30	28	1.97
64138549--64138700	40	3.8	40	89	2	207	25	28	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64146698--64146889	40	4.8	40	92	1	226	27	27	21	23	1.99
64146669--64146888	80	2.8	80	81	4	248	28	27	20	23	1.99
64151781--64151895	48	2.4	49	82	7	128	25	17	29	27	1.97
64153260--64153299	19	2.1	19	100	0	80	45	0	20	35	1.51
64163817--64164011	46	4.2	45	77	8	169	22	26	19	31	1.98
64167083--64167238	29	5.4	29	84	6	185	26	33	14	25	1.94
64167086--64167245	58	2.8	57	85	6	207	26	33	12	27	1.92
64168130--64168172	19	2.4	19	88	7	63	37	13	11	37	1.82
64168138--64168174	19	1.9	19	100	0	74	37	10	16	35	1.83
64168138--64168183	19	2.2	22	88	11	71	39	8	17	34	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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