genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.230.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75388915--75388954	21	2.0	21	90	5	64	25	27	35	12	1.92
75392969--75393521	47	11.6	47	92	1	865	34	8	28	28	1.86
75392969--75393521	143	3.9	142	93	1	887	34	8	28	28	1.86
75394523--75394737	46	4.6	46	79	4	198	23	26	19	31	1.98
75394523--75394693	94	1.8	94	88	0	261	23	26	17	31	1.97
75394523--75394737	94	2.3	94	83	3	254	23	26	19	31	1.98
75395752--75395809	25	2.3	25	93	0	98	17	18	8	55	1.67
75404632--75404842	46	4.5	46	79	11	209	29	18	27	25	1.98
75404865--75405033	49	3.5	49	76	4	155	28	19	26	25	1.99
75413021--75413179	27	5.9	27	80	14	159	34	20	23	20	1.96
75413021--75413179	54	3.0	53	86	5	214	34	20	23	20	1.96
75415611--75415969	49	7.6	46	73	13	225	29	20	25	24	1.99
75415746--75415969	98	2.3	97	81	6	265	27	21	26	24	1.99
75417339--75417511	46	3.7	46	74	11	165	21	19	27	31	1.97
75417336--75417506	93	1.8	93	92	2	290	21	19	28	30	1.97
75425000--75425098	26	3.7	27	86	9	141	38	17	23	21	1.93
75425184--75425268	27	3.1	27	79	0	98	35	14	27	23	1.93
75427358--75427383	9	2.9	9	100	0	52	11	0	23	65	1.25
75427796--75427951	43	3.6	43	79	7	174	24	19	26	30	1.98
75435181--75435214	17	2.0	17	94	0	59	26	11	29	32	1.92
75438952--75439084	46	2.9	46	85	3	169	33	24	21	21	1.97
75438952--75439129	47	3.8	47	81	5	173	32	24	21	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75446000--75446132	46	2.9	47	85	3	171	33	25	20	20	1.97
75454727--75454830	30	3.3	30	71	21	104	25	3	24	47	1.69
75454712--75454843	65	2.0	65	94	0	228	25	5	24	44	1.74
75455419--75455584	43	3.9	43	78	8	151	25	15	24	34	1.94
75473545--75473627	43	1.9	43	90	0	130	22	16	30	30	1.96
75475501--75475591	45	2.0	45	91	0	146	24	14	25	36	1.93
75480507--75480611	43	2.4	44	84	3	142	25	15	24	34	1.95
75481420--75481468	22	2.2	20	77	19	53	18	4	26	51	1.64
75483002--75483168	43	4.0	42	69	9	115	29	23	16	30	1.96
75486959--75487008	19	2.6	19	96	0	91	18	34	32	16	1.92
75487955--75488169	46	4.7	46	82	5	213	25	20	31	22	1.98
75490201--75490230	8	3.8	8	90	0	51	53	13	13	20	1.72
75490194--75490233	16	2.5	16	91	0	71	52	12	17	17	1.74
75490916--75491091	50	3.5	49	83	7	212	25	18	28	28	1.98
75504052--75504112	30	2.1	29	93	3	104	36	22	14	26	1.93
75505433--75505467	12	2.9	12	86	0	52	65	5	2	25	1.28
75507717--75507865	46	3.2	46	89	2	201	27	21	14	36	1.93
75507731--75507901	46	3.7	46	87	1	200	27	25	13	33	1.93
75515333--75515501	40	4.2	40	72	18	143	28	27	21	22	1.99
75515333--75515481	42	3.7	40	75	11	133	28	28	20	22	1.99
75521532--75521582	25	2.0	25	100	0	102	23	19	23	33	1.97
75523698--75523867	41	4.2	40	72	18	143	28	26	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75532123--75532274	53	2.8	54	82	1	198	36	19	25	19	1.94
75538749--75538778	15	2.0	15	100	0	60	26	26	6	40	1.81
75544789--75544835	24	2.0	23	84	12	60	14	25	0	59	1.36
75547032--75547140	46	2.4	44	81	7	121	29	21	25	23	1.99
75559439--75559463	13	1.9	13	100	0	50	40	8	8	44	1.63
75560110--75560257	73	2.0	75	90	2	237	50	6	10	32	1.64
75569167--75569555	47	8.1	47	86	5	526	31	12	29	26	1.93
75569365--75569439	23	3.2	23	62	23	57	29	10	32	28	1.90
75569167--75569555	94	4.0	98	89	4	587	31	12	29	26	1.93
75569529--75569619	46	2.0	46	84	0	119	32	9	31	25	1.89
75569764--75569872	37	2.9	37	93	0	173	23	18	30	27	1.98
75571138--75571462	40	8.1	40	91	2	483	23	21	28	25	1.99
75571138--75571462	119	2.7	120	90	1	492	23	21	28	25	1.99
75571624--75571674	25	2.0	25	81	7	59	33	13	31	21	1.92
75575232--75575577	47	7.1	47	88	5	395	31	12	29	26	1.92
75575387--75575461	23	3.2	23	62	23	57	29	10	32	28	1.90
75575551--75575641	46	2.0	46	82	0	110	32	8	31	26	1.87
75575309--75575626	141	2.2	140	82	8	347	32	11	30	25	1.92
75575786--75575893	37	2.9	37	91	0	171	24	18	30	26	1.98
75579957--75580000	17	2.6	17	89	7	63	15	4	4	75	1.14
75584550--75584581	15	2.1	15	100	0	64	31	6	28	34	1.82
75592303--75592344	23	1.9	23	85	9	61	35	23	9	30	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75596771--75596818	25	1.9	25	86	0	69	33	25	14	27	1.94
75596857--75596913	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
75596855--75596917	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
75596971--75597089	24	5.0	24	89	9	181	29	21	21	27	1.98
75596972--75597068	47	2.1	47	96	3	178	29	20	20	28	1.98
75609740--75609894	76	2.0	76	96	0	283	30	18	3	47	1.67
75624663--75624781	6	19.3	6	69	17	75	47	13	19	19	1.81
75624684--75624753	25	2.8	25	93	0	122	45	12	22	18	1.83
75624684--75624781	31	3.4	30	78	16	116	46	13	20	19	1.83
75624684--75624778	25	3.8	25	83	6	104	46	13	21	18	1.83
75625284--75625612	27	12.2	27	86	1	419	41	5	22	30	1.77
75625284--75625612	81	4.1	81	89	2	491	41	5	22	30	1.77
75625608--75625704	27	3.6	26	79	5	104	26	8	24	40	1.83
75625693--75625768	27	2.8	27	85	0	89	27	19	15	36	1.93
75627639--75627705	25	2.7	25	88	0	107	49	14	17	17	1.80
75627851--75627992	67	2.1	67	84	5	176	30	21	27	19	1.98
75628210--75628565	27	13.2	27	85	0	370	38	6	22	32	1.79
75628210--75628565	54	6.6	54	85	0	415	38	6	22	32	1.79
75628503--75628657	27	5.7	27	80	6	125	29	8	21	40	1.83
75628500--75628649	81	1.9	81	83	5	196	31	8	21	38	1.84
75628652--75628721	27	2.6	27	88	0	95	28	25	17	28	1.97
75629865--75630025	42	3.8	43	77	8	168	29	24	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75632671--75632732	30	2.1	30	93	6	108	35	20	14	29	1.93
75642085--75642171	40	2.2	40	87	0	129	34	16	19	29	1.93
75642223--75642332	40	2.8	40	87	0	148	27	20	22	29	1.99
75642789--75642849	7	8.6	7	78	3	50	21	0	32	45	1.52
75642767--75642850	21	4.0	22	72	9	59	22	0	34	42	1.54
75645269--75645390	58	2.1	58	83	4	147	22	9	23	44	1.82
75646281--75646584	160	1.9	159	87	4	441	34	5	22	37	1.78
75646487--75646926	91	4.8	90	76	12	346	34	4	22	38	1.75
75646326--75646816	229	2.1	228	90	3	765	34	4	22	38	1.76
75646523--75646952	182	2.4	182	92	2	702	34	4	22	38	1.74
75646326--75646958	68	9.2	69	71	13	371	34	4	22	38	1.75
75646326--75646958	46	13.8	46	74	9	494	34	4	22	38	1.75
75646304--75646992	23	30.2	23	74	10	387	34	5	22	38	1.77
75647609--75647957	43	8.2	42	79	5	317	24	15	28	30	1.96
75647621--75647964	85	4.0	85	80	2	352	25	15	27	31	1.96
75651412--75651497	20	4.3	20	77	2	75	12	30	18	38	1.88
75654566--75654651	45	1.9	45	95	0	154	25	12	24	37	1.91
75655365--75655446	43	1.9	43	100	0	164	26	9	18	45	1.80
75656536--75656569	16	2.2	16	94	5	61	32	17	14	35	1.91
75656703--75656857	42	3.7	42	85	1	202	29	25	15	29	1.96
75660977--75661051	37	2.0	37	100	0	150	38	24	8	29	1.83
75667639--75667801	42	3.9	41	79	4	164	29	26	15	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75667643--75667799	84	1.9	84	85	2	217	28	26	16	28	1.97
75670824--75670986	78	2.1	78	98	0	317	37	6	5	50	1.50
75671614--75671677	31	2.2	28	78	13	69	34	0	3	62	1.11
75672355--75672452	51	1.9	50	82	10	119	57	2	7	33	1.38
75673135--75673181	18	2.5	19	80	16	53	57	0	2	40	1.11
75673244--75673326	10	8.3	9	73	15	58	28	6	1	63	1.25
75673244--75673327	19	4.3	19	79	11	80	29	5	1	63	1.26
75673577--75673626	25	2.0	25	96	0	91	36	18	8	38	1.80
75674067--75674121	23	2.4	24	85	11	71	45	1	0	52	1.11
75674389--75674432	3	14.3	3	85	4	61	72	0	27	0	0.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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