genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23237259--23237446	54	3.5	54	82	5	247	26	14	20	38	1.92
23237770--23237806	18	2.1	18	89	0	56	21	21	16	40	1.91
23239489--23239696	47	4.4	48	79	8	112	34	17	24	24	1.96
23239665--23240091	54	8.0	54	75	13	339	36	16	24	23	1.94
23239612--23240058	209	2.1	209	95	0	804	35	16	24	24	1.95
23240184--23240217	16	2.1	16	88	5	50	41	2	20	35	1.68
23246416--23246469	25	2.2	25	93	0	90	35	20	18	25	1.95
23246427--23246481	25	2.2	25	86	0	74	38	18	20	23	1.93
23255631--23255680	22	2.3	20	78	18	55	28	30	26	16	1.96
23257488--23257805	46	6.8	45	74	13	202	27	19	30	22	1.98
23257671--23257804	49	2.7	49	81	7	164	26	20	30	21	1.98
23259202--23259344	71	2.0	71	97	0	268	37	16	15	30	1.90
23264484--23264548	24	2.7	24	95	2	112	10	29	33	26	1.90
23269390--23269416	6	4.5	6	100	0	54	0	14	0	85	0.61
23270175--23270232	26	2.2	26	78	0	62	31	17	20	31	1.96
23270494--23270558	33	1.9	34	87	9	98	26	21	26	26	2.00
23270495--23270566	33	2.1	34	85	7	94	29	19	25	26	1.99
23273390--23273618	83	2.7	82	87	2	296	26	28	17	27	1.98
23273445--23273578	42	3.2	42	71	10	121	29	29	15	25	1.96
23275496--23275526	14	2.1	15	94	5	55	35	19	6	38	1.77
23278973--23279145	46	3.7	46	80	13	219	21	21	28	28	1.98
23278970--23279140	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23293327--23293366	20	2.0	20	100	0	80	30	25	15	30	1.95
23293522--23293612	30	3.0	30	93	0	146	39	9	21	28	1.86
23317783--23317960	27	6.6	27	85	3	205	29	29	14	26	1.95
23317783--23317960	54	3.3	54	85	3	232	29	29	14	26	1.95
23317804--23317959	81	1.9	82	88	3	235	29	29	14	26	1.95
23321599--23321792	47	4.1	47	89	0	280	26	29	10	33	1.89
23321692--23321763	22	3.1	22	66	24	58	23	29	12	34	1.92
23326351--23326563	111	1.9	111	80	6	246	51	11	5	31	1.61
23326541--23326621	43	2.0	42	83	11	105	58	11	2	28	1.46
23326989--23327030	14	3.1	14	76	13	52	61	4	0	33	1.17
23328621--23328854	90	2.6	91	86	4	334	25	26	14	32	1.95
23328621--23328893	45	6.1	45	69	12	159	26	26	14	32	1.95
23332244--23332300	30	1.9	30	85	0	78	40	8	24	26	1.84
23339723--23339781	29	2.0	30	83	3	75	40	6	25	27	1.80
23350784--23350818	18	1.9	18	88	0	52	74	8	0	17	1.06
23351014--23351059	17	2.7	18	74	19	53	52	6	2	39	1.40
23351173--23351250	26	3.0	26	83	9	88	67	2	0	29	1.03
23351184--23351249	31	2.1	31	81	15	75	69	1	0	28	0.97
23351184--23351250	5	13.0	5	80	12	55	70	1	0	28	0.96
23351272--23351328	29	2.0	26	83	12	69	61	1	3	33	1.23
23355135--23355432	45	6.6	45	75	2	240	18	19	16	45	1.86
23355224--23355432	89	2.3	89	80	7	228	17	17	16	48	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23355279--23355450	90	1.9	91	80	3	204	16	18	16	48	1.82
23362562--23362640	34	2.3	33	82	8	88	25	26	21	26	1.99
23376454--23376616	44	3.8	43	84	7	197	26	20	26	26	1.99
23376445--23376616	45	3.9	44	83	7	192	27	20	25	26	1.99
23395737--23395836	35	2.9	35	90	4	157	40	30	11	19	1.86
23395738--23395850	35	3.2	34	86	7	147	38	31	10	19	1.86
23398183--23398403	40	5.5	39	80	6	241	27	25	22	23	2.00
23398183--23398403	120	1.8	119	87	4	329	27	25	22	23	2.00
23405302--23405476	96	1.8	96	85	2	244	31	25	16	26	1.96
23408110--23408159	24	2.1	24	100	0	100	26	12	32	30	1.92
23408234--23408265	16	2.0	16	93	0	55	43	15	25	15	1.86
23408844--23408948	27	3.9	27	73	9	90	42	20	6	29	1.78
23408898--23409039	27	5.3	27	78	4	144	38	23	9	28	1.86
23408899--23409053	54	2.9	54	74	6	163	38	25	9	27	1.86
23425563--23425666	34	3.1	34	80	6	97	26	24	22	26	2.00
23436950--23436983	16	2.1	16	94	0	59	47	17	17	17	1.84
23437220--23437288	28	2.4	29	87	2	95	24	13	36	26	1.92
23437588--23437712	27	4.7	27	78	2	99	40	20	8	30	1.82
23437588--23437660	27	2.7	27	87	2	103	41	19	8	31	1.81
23437696--23437762	27	2.5	27	78	9	82	38	22	10	28	1.87
23437642--23437762	54	2.3	54	79	1	127	38	21	9	29	1.86
23438229--23438260	16	2.0	16	100	0	64	25	12	12	50	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23443865--23443902	20	1.9	20	88	0	58	10	36	31	21	1.87
23452330--23452441	37	3.0	37	89	0	161	27	30	17	24	1.97
23452651--23452844	47	4.1	47	87	1	246	26	28	11	34	1.91
23452766--23452845	25	3.3	24	66	16	58	31	27	6	35	1.82
23456607--23456821	46	4.6	46	74	11	161	25	26	17	30	1.97
23464286--23464501	40	5.4	40	79	9	230	24	22	26	27	2.00
23464286--23464501	80	2.7	80	81	8	255	24	22	26	27	2.00
23464734--23464775	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
23472530--23472750	40	5.6	40	80	7	247	25	22	25	26	2.00
23472530--23472750	80	2.8	80	85	4	279	25	22	25	26	2.00
23472978--23473019	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
23474820--23475008	40	4.7	40	81	6	240	25	22	25	26	2.00
23474820--23475040	40	5.6	40	80	8	238	25	22	25	26	2.00
23474820--23475040	80	2.8	80	84	4	270	25	22	25	26	2.00
23475268--23475309	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
23496367--23496485	40	3.0	40	80	7	118	31	26	21	21	1.98
23496404--23496485	38	2.1	40	84	8	107	28	24	23	24	2.00
23509635--23509659	12	2.1	12	100	0	50	60	16	8	16	1.58
23511097--23511129	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
23514005--23514056	6	8.5	6	85	4	68	80	0	3	15	0.85
23513985--23514056	12	5.9	11	78	14	63	77	0	4	18	0.92
23522886--23523007	46	2.6	47	83	7	140	27	22	14	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23528392--23528452	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
23534893--23534987	25	3.8	25	91	0	145	24	21	26	28	1.99
23535190--23535432	27	9.0	27	82	4	249	25	20	17	36	1.94
23535192--23535433	54	4.5	54	84	1	297	26	20	16	36	1.94
23535193--23535433	81	3.0	80	81	2	293	26	20	16	36	1.94
23535421--23535484	27	2.4	27	77	12	69	32	10	18	37	1.86
23535436--23535629	27	7.2	27	84	0	208	29	8	20	40	1.83
23535477--23535696	27	8.2	27	80	7	155	30	7	24	37	1.83
23535436--23535629	81	2.4	81	84	3	239	29	8	20	40	1.83
23535622--23535910	27	10.7	27	87	0	364	39	8	22	29	1.83
23535622--23535910	81	3.6	81	88	0	409	39	8	22	29	1.83
23537795--23537990	50	3.9	49	77	3	212	29	26	18	26	1.98
23548624--23548693	27	2.6	26	90	2	86	31	27	12	28	1.93
23548624--23548721	28	3.5	28	87	2	126	31	27	13	27	1.94
23555398--23555425	13	2.2	13	100	0	56	42	28	14	14	1.84
23556948--23557017	27	2.6	27	90	2	104	31	27	12	28	1.93
23556948--23557045	28	3.5	28	87	2	126	31	27	13	27	1.94
23559595--23559752	43	3.7	42	76	4	138	25	16	25	32	1.96
23563616--23563649	17	2.0	17	100	0	68	29	17	11	41	1.85
23564511--23564548	20	1.9	20	94	0	67	42	18	13	26	1.87
23571451--23571633	40	4.6	40	95	1	305	25	28	24	21	1.99
23581098--23581749	324	2.0	325	93	0	1117	30	25	20	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23590020--23590184	40	4.1	40	82	6	208	27	24	22	25	2.00
23598296--23598515	40	5.6	40	80	6	234	26	26	22	25	2.00
23605006--23605051	23	2.0	23	100	0	92	39	13	13	34	1.83
23613088--23613256	93	1.8	92	92	3	286	30	28	19	21	1.98
23613082--23613253	46	3.7	46	75	17	178	30	27	19	22	1.98
23613676--23613735	30	2.0	30	86	0	84	30	25	6	38	1.81
23620644--23620813	92	1.8	92	96	0	313	28	28	21	21	1.99
23620639--23620810	46	3.7	46	80	11	217	29	27	21	21	1.99
23620641--23620829	46	4.1	46	73	17	151	28	28	21	21	1.99
23621231--23621290	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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