genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.157.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50380008--50380200	100	1.9	100	89	2	298	25	19	26	27	1.99
50387126--50387208	40	2.1	40	97	0	157	22	3	25	48	1.67
50387674--50387723	15	3.3	15	80	0	64	14	18	10	58	1.63
50429854--50429899	21	2.2	21	92	0	74	69	6	8	15	1.34
50439379--50439478	46	2.2	44	85	7	130	28	20	29	23	1.98
50439468--50439644	48	3.7	48	78	3	176	28	17	29	23	1.97
50439379--50439652	145	1.9	137	81	7	325	28	18	29	24	1.98
50477655--50477830	46	3.8	46	78	10	205	21	19	29	30	1.97
50477652--50477822	93	1.8	93	93	0	297	21	19	29	29	1.98
50483142--50483317	46	3.8	46	79	4	210	22	20	27	28	1.99
50483139--50483309	93	1.8	93	92	0	288	22	21	28	28	1.99
50497310--50497460	27	5.6	27	84	1	169	40	23	7	28	1.82
50497310--50497514	27	7.6	27	77	4	137	39	22	7	30	1.83
50497308--50497478	81	2.1	81	80	2	191	39	22	8	28	1.84
50497507--50497774	27	9.9	27	81	6	274	35	16	20	27	1.94
50498163--50498227	22	3.0	22	77	8	78	21	26	20	32	1.97
50498569--50498617	25	2.0	25	83	0	62	24	22	8	44	1.79
50498579--50498657	37	2.1	37	85	0	104	22	18	12	45	1.84
50498585--50498655	19	3.8	19	72	10	65	21	19	12	46	1.83
50498594--50498672	37	2.1	37	88	0	113	20	17	12	49	1.79
50504110--50504250	40	3.5	40	86	0	194	26	24	24	24	2.00
50511366--50511399	14	2.4	14	90	5	50	50	5	8	35	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50512407--50512491	27	3.2	26	86	6	107	34	22	25	17	1.96
50513910--50514010	24	4.2	24	94	0	166	19	42	4	32	1.73
50516590--50516662	33	2.2	32	88	7	110	39	5	19	35	1.75
50517679--50517980	27	11.2	27	85	0	399	39	20	7	31	1.81
50517679--50518102	54	7.9	54	83	2	426	38	20	8	32	1.84
50517679--50518062	27	14.3	27	83	4	368	38	20	8	31	1.83
50518084--50518313	27	8.5	26	82	6	246	33	19	20	26	1.97
50518084--50518313	54	4.3	54	85	4	286	33	19	20	26	1.97
50518082--50518331	80	3.1	79	83	2	304	34	18	20	26	1.96
50519988--50520254	104	2.6	104	94	1	464	18	20	30	30	1.96
50527463--50527727	102	2.6	103	93	2	444	18	20	30	30	1.97
50529131--50529232	27	3.8	27	80	5	98	20	22	20	36	1.95
50529392--50529479	6	14.3	6	73	13	72	19	20	14	45	1.85
50529382--50529479	31	3.2	31	91	0	151	19	20	14	45	1.84
50531421--50531734	27	11.6	27	86	1	414	39	21	7	31	1.81
50531421--50531806	54	7.1	54	80	4	368	39	21	8	31	1.82
50531421--50531787	81	4.5	79	78	8	310	39	21	7	30	1.82
50531421--50531787	27	13.6	27	78	8	153	39	21	7	30	1.82
50531827--50531949	27	4.6	27	85	2	158	35	20	18	25	1.95
50532709--50532787	37	2.1	37	88	0	113	25	30	18	25	1.98
50532954--50533029	25	3.2	25	64	17	70	31	28	5	34	1.80
50532905--50533251	47	7.4	47	93	1	561	28	29	8	33	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50532905--50533251	142	2.5	141	95	1	615	28	29	8	33	1.86
50532905--50533251	189	1.8	187	93	1	604	28	29	8	33	1.86
50537931--50538198	40	6.8	40	88	2	391	26	28	21	23	1.99
50539396--50539472	34	2.2	35	86	6	102	25	31	19	23	1.98
50539588--50539895	44	6.7	47	84	9	388	29	30	7	32	1.85
50539588--50539895	92	3.4	93	84	11	413	29	30	7	32	1.85
50540617--50540696	38	2.1	37	88	2	115	25	31	18	25	1.98
50540815--50541154	46	7.5	47	87	8	483	30	30	7	31	1.85
50540817--50541154	84	3.7	90	85	9	433	30	30	7	31	1.85
50540815--50541154	130	2.5	136	88	8	498	30	30	7	31	1.85
50544900--50545171	40	6.8	40	90	0	418	25	28	22	23	1.99
50546382--50546459	36	2.1	37	88	2	113	25	30	19	24	1.98
50546577--50547196	47	13.2	47	93	3	1018	29	29	8	32	1.87
50549646--50549776	27	4.9	27	81	2	140	32	20	22	25	1.98
50549646--50549775	53	2.4	53	83	3	154	32	20	22	25	1.98
50550203--50550267	22	3.0	22	80	8	78	21	23	21	33	1.97
50550448--50550527	27	3.0	26	85	3	88	21	22	21	35	1.96
50550664--50550777	6	18.3	6	68	20	56	20	16	13	50	1.78
50550664--50550768	31	3.4	31	87	1	138	20	17	13	49	1.79
50552122--50552186	30	2.2	30	97	0	121	38	6	13	41	1.70
50553702--50553822	44	2.8	43	82	8	165	27	18	25	28	1.98
50555310--50555437	47	2.7	46	82	9	152	21	29	18	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50555266--50555437	94	1.8	92	86	2	245	23	27	18	29	1.98
50569470--50569602	47	2.8	47	84	7	153	23	30	18	27	1.98
50576236--50576276	17	2.4	17	95	0	73	46	14	7	31	1.72
50582687--50582721	15	2.3	15	90	0	52	31	25	17	25	1.97
50585737--50585815	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
50585934--50586236	47	6.4	47	93	1	480	28	30	8	32	1.86
50585984--50586062	25	3.3	25	66	16	76	31	29	5	34	1.79
50585934--50586232	96	3.2	96	91	2	489	28	30	8	32	1.87
50585934--50586236	143	2.1	141	93	1	516	28	30	8	32	1.86
50589809--50589911	37	2.8	37	95	0	179	26	31	19	23	1.98
50590052--50590572	48	11.0	48	89	3	808	31	25	6	36	1.81
50590052--50590572	188	2.8	189	91	3	825	31	25	6	36	1.81
50594247--50594918	40	16.8	39	86	4	833	26	27	20	25	1.99
50596122--50596224	37	2.8	37	95	0	179	26	31	19	23	1.98
50596365--50596558	48	4.0	48	91	0	307	30	26	6	36	1.82
50600842--50600958	42	2.7	43	81	3	139	29	24	16	29	1.96
50601262--50601293	16	2.0	16	100	0	64	43	6	6	43	1.54
50603806--50603848	16	2.7	16	100	0	86	16	25	25	32	1.96
50603923--50604240	107	2.9	110	80	5	358	27	15	24	31	1.96
50605365--50605413	24	1.9	26	88	12	75	36	4	10	48	1.56
50607090--50607202	27	4.2	26	86	8	145	36	23	23	16	1.94
50607090--50607202	55	2.1	54	88	5	165	36	23	23	16	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50613474--50613506	12	2.8	12	100	0	66	15	51	24	9	1.72
50614861--50614973	27	4.2	26	81	8	118	36	22	23	18	1.95
50614861--50614973	55	2.1	53	83	8	138	36	22	23	18	1.95
50616167--50616201	15	2.3	15	100	0	70	34	0	40	25	1.56
50616455--50616497	10	4.1	10	82	11	50	58	4	0	37	1.19
50616455--50616499	22	2.0	22	91	0	72	57	4	0	37	1.19
50621866--50621932	33	2.0	33	100	0	134	35	28	0	35	1.58
50623285--50623499	46	4.6	48	76	3	204	30	17	27	25	1.97
50623285--50623499	94	2.3	94	85	0	304	30	17	27	25	1.97
50623428--50623645	49	4.6	49	76	10	166	28	18	26	26	1.98
50629182--50629353	93	1.8	93	91	2	283	29	30	19	20	1.97
50629175--50629350	46	3.8	46	77	14	191	30	30	18	20	1.97
50635132--50635343	46	4.5	47	77	7	207	31	17	25	25	1.97
50635134--50635343	94	2.2	94	87	0	312	30	18	25	25	1.98
50635272--50635535	49	5.5	48	72	9	184	28	20	26	25	1.99
50638771--50638867	26	3.8	26	86	4	126	38	20	6	35	1.78
50638881--50638913	15	2.1	16	88	5	50	39	21	6	33	1.78
50640140--50640231	48	1.9	48	84	4	123	27	22	23	26	2.00
50640175--50640388	90	2.4	89	79	4	207	28	20	22	28	1.98
50643140--50643202	31	2.0	31	100	0	126	22	15	0	61	1.33
50660479--50660594	31	3.7	31	87	0	160	29	18	25	26	1.98
50660476--50660623	62	2.4	60	82	5	190	30	16	26	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50660582--50660654	29	2.5	29	95	0	137	28	15	28	27	1.96
50660657--50660855	33	6.0	33	87	0	272	34	7	21	36	1.82
50675590--50675673	41	2.0	41	84	8	109	22	19	26	32	1.97
50688490--50688580	39	2.3	38	94	1	155	32	4	5	57	1.42
50688700--50688745	22	2.2	20	88	7	65	76	0	2	21	0.90
50699314--50699363	21	2.4	20	81	15	57	62	4	2	32	1.25
50699324--50699375	23	2.3	22	83	12	61	65	1	0	32	1.04
50699357--50699416	19	3.0	19	71	21	59	71	0	3	25	1.01
50699392--50699440	16	3.2	15	77	11	55	69	0	0	30	0.89
50699357--50699440	35	2.3	35	82	9	98	69	0	2	28	1.01

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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