genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27360782--27360953	93	1.8	93	92	0	290	28	28	20	22	1.99
27362242--27362296	27	2.0	27	96	0	101	38	0	12	49	1.41
27362620--27362666	14	3.3	14	87	3	67	48	0	0	51	1.00
27362458--27363104	177	3.7	175	82	10	813	50	5	9	34	1.58
27362797--27362857	15	4.3	13	76	15	50	52	0	1	45	1.10
27362798--27362849	14	3.4	16	76	15	65	48	0	1	50	1.12
27362800--27362859	29	2.1	29	96	0	111	50	0	1	48	1.11
27362809--27362857	15	3.3	15	82	5	73	55	0	0	44	0.99
27367935--27368090	7	21.7	7	67	12	84	45	35	3	16	1.63
27368006--27368090	37	2.3	36	86	9	118	50	32	2	14	1.55
27368530--27368645	41	2.8	41	86	2	153	19	18	20	40	1.92
27371899--27371936	18	2.1	18	90	9	60	57	2	5	34	1.35
27375125--27375158	17	2.0	17	100	0	68	29	5	23	41	1.78
27378556--27378658	41	2.5	42	85	6	138	31	28	15	25	1.96
27380024--27380295	96	2.8	95	85	4	332	28	30	16	25	1.96
27380027--27380296	48	5.6	48	84	1	301	28	30	16	25	1.96
27390711--27390866	27	5.7	27	78	6	145	27	28	16	28	1.97
27390716--27390867	54	2.8	55	80	4	182	26	27	16	28	1.97
27398774--27398929	27	5.7	27	78	6	145	27	28	16	28	1.97
27398779--27398930	54	2.8	55	80	4	182	26	27	16	28	1.97
27402932--27403220	50	5.7	50	77	6	235	25	15	27	31	1.96
27402979--27403223	50	4.9	50	78	3	267	26	16	26	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27402983--27403164	101	1.8	101	89	2	285	25	18	26	30	1.98
27403782--27404134	180	2.0	181	86	1	501	38	9	18	33	1.84
27407143--27407508	48	7.6	48	85	3	468	28	30	15	25	1.96
27409529--27409650	45	2.8	43	84	8	142	31	28	15	23	1.95
27410240--27410270	15	2.1	15	93	0	53	54	25	0	19	1.44
27413253--27413300	13	3.7	13	94	0	78	29	37	22	10	1.88
27414317--27414470	42	3.6	42	84	5	211	27	24	15	31	1.96
27414320--27414478	85	1.9	84	89	1	246	27	25	15	32	1.96
27421943--27422080	41	3.4	40	81	7	154	34	26	14	24	1.94
27425917--27426126	46	4.5	46	77	8	176	27	17	30	24	1.97
27433067--27433125	30	2.0	30	82	0	73	35	13	20	30	1.91
27433156--27433188	13	2.6	13	95	4	59	42	0	18	39	1.50
27433486--27433601	46	2.5	47	83	8	139	29	20	27	22	1.99
27433484--27433644	47	3.4	47	78	8	150	28	19	28	22	1.98
27440040--27440091	13	4.2	12	80	14	61	48	0	9	42	1.36
27443270--27443398	49	2.7	49	82	8	140	25	27	20	26	1.99
27443382--27443534	46	3.3	46	79	12	161	26	29	17	26	1.98
27451369--27451394	5	5.2	5	100	0	52	61	0	38	0	0.96
27452467--27452653	49	3.9	48	78	10	202	25	33	17	23	1.96
27453846--27453932	3	29.3	3	69	19	58	32	2	3	62	1.25
27453840--27453925	27	3.1	28	77	12	72	32	2	3	61	1.25
27453839--27453932	40	2.3	39	81	13	102	34	2	3	60	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27465216--27465359	46	3.1	44	67	21	98	29	27	19	22	1.98
27467526--27467782	40	6.4	40	91	2	378	26	27	22	23	2.00
27470898--27471070	46	3.7	46	77	13	192	21	20	28	29	1.98
27470895--27471065	93	1.8	93	93	0	297	21	21	29	28	1.98
27476744--27476887	46	3.1	44	71	21	116	29	28	20	22	1.98
27495680--27496166	47	10.3	47	92	1	722	32	9	29	28	1.88
27495672--27496166	192	2.6	192	89	1	750	32	9	29	28	1.88
27496285--27496364	37	2.2	37	83	0	106	22	17	32	27	1.96
27506191--27506250	19	3.1	19	72	13	50	56	26	0	16	1.40
27512350--27512388	21	1.9	20	85	15	53	51	2	10	35	1.50
27534736--27534885	43	3.5	43	73	13	112	24	16	23	36	1.94
27536954--27537109	43	3.6	42	78	11	165	22	18	30	28	1.97
27536950--27537109	86	1.9	86	84	5	216	21	18	30	29	1.97
27541947--27542007	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
27547788--27547937	43	3.5	43	80	5	153	30	13	21	34	1.92
27557876--27557984	40	2.7	40	88	5	175	24	22	27	24	2.00
27558243--27558286	22	2.0	21	83	16	54	31	18	13	36	1.90
27560277--27560319	22	1.9	23	81	13	54	46	9	30	13	1.75
27565790--27565898	40	2.7	41	88	5	170	24	22	27	25	2.00
27566157--27566200	22	2.0	21	83	16	54	31	18	13	36	1.90
27580791--27580940	43	3.5	43	75	8	144	26	13	26	34	1.93
27581202--27581234	17	2.0	17	88	5	50	21	6	18	54	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27587196--27587230	6	5.8	6	100	0	70	85	0	0	14	0.59
27589073--27589155	25	3.4	25	88	5	125	32	21	18	27	1.96
27589073--27589180	25	4.4	24	84	5	119	30	21	19	28	1.97
27589050--27589180	50	2.6	48	82	10	149	29	21	19	29	1.97
27589228--27589274	20	2.3	20	92	7	78	34	19	10	36	1.86
27596082--27596141	31	1.9	31	89	0	93	26	21	15	36	1.93
27596363--27596447	25	3.4	25	83	3	100	30	20	21	28	1.98
27596502--27596556	11	5.4	11	70	16	55	32	21	10	34	1.89
27596502--27596567	20	3.3	20	91	4	107	33	21	10	34	1.88
27602702--27602878	27	6.6	27	84	2	203	27	15	28	29	1.96
27602702--27602878	54	3.3	55	84	4	225	27	15	28	29	1.96
27602703--27602857	81	1.9	81	88	2	231	27	15	28	29	1.96
27602699--27602878	81	2.2	81	83	2	227	27	15	27	29	1.96
27610772--27610949	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
27610773--27610928	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
27610769--27610949	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
27634790--27635035	49	4.9	50	82	2	298	26	17	26	29	1.98
27639843--27639902	30	2.0	30	87	6	86	36	8	26	28	1.85
27640549--27640793	49	4.9	50	80	4	289	27	18	25	28	1.98
27644351--27644426	36	2.1	36	100	0	152	32	17	14	35	1.90
27647599--27647638	21	1.9	21	94	0	71	27	10	0	62	1.27
27654834--27654882	21	2.3	21	89	3	71	46	14	6	32	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27658297--27658490	47	4.1	47	90	0	289	33	11	28	26	1.91
27658697--27658841	37	3.9	37	94	0	245	24	18	31	26	1.98
27660229--27660314	27	3.2	27	83	4	86	26	19	10	43	1.84
27660272--27660329	26	2.2	26	93	0	98	27	17	13	41	1.87
27660283--27660475	27	7.2	26	69	17	69	37	21	10	30	1.88
27660351--27660474	27	4.6	27	75	7	110	41	22	8	28	1.82
27660318--27660473	81	1.9	80	82	10	192	40	20	10	28	1.85
27660374--27660531	54	2.9	55	81	3	176	42	18	8	30	1.80
27660578--27660655	27	2.9	27	75	11	79	37	20	20	21	1.95
27661464--27661533	25	2.8	25	93	0	113	28	24	21	25	1.99
27661463--27661560	25	4.0	23	82	7	88	29	22	21	26	1.99
27661464--27661558	50	1.9	50	80	8	113	29	23	22	25	1.99
27661753--27661835	31	2.7	31	90	3	134	28	16	25	28	1.97
27665289--27665412	43	2.8	45	82	10	143	33	25	13	28	1.94
27683908--27684183	47	5.8	47	93	1	435	32	8	30	28	1.87
27683908--27684183	96	2.9	94	91	3	435	32	8	30	28	1.87
27684302--27684380	37	2.1	37	83	0	104	24	17	30	27	1.97
27685593--27685982	40	9.8	40	93	1	631	23	20	28	26	1.99
27689826--27690189	47	7.8	47	90	6	578	31	7	30	29	1.85
27690308--27690386	37	2.1	37	85	0	113	24	17	31	26	1.97
27697751--27698012	40	6.6	40	86	3	307	24	20	28	26	1.99
27697790--27698010	79	2.8	79	86	4	302	25	20	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27697790--27698047	79	3.3	79	83	4	218	25	20	28	25	1.99
27705684--27705946	40	6.6	40	87	3	316	24	20	28	26	1.99
27705723--27705981	80	3.3	80	84	3	238	25	20	28	25	1.99
27713112--27713161	26	1.9	26	87	0	73	38	28	20	14	1.91
27728411--27728567	46	3.4	46	90	1	244	28	24	22	24	1.99
27728411--27728576	69	2.4	70	89	7	250	28	23	22	24	1.99
27728411--27728567	23	6.8	23	84	5	219	28	24	22	24	1.99
27733856--27733967	6	18.0	6	67	17	50	50	14	16	18	1.79
27733855--27733967	31	3.6	31	89	3	156	50	14	16	18	1.78
27734104--27734205	27	3.8	26	87	5	123	36	20	23	19	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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