genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.240.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   

This is table  240  of  325  ( 38900 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78476525--78476568	15	2.9	15	89	3	70	31	2	20	45	1.64
78478055--78478108	22	2.5	22	81	3	65	16	29	33	20	1.95
78478548--78478618	8	9.2	8	74	22	64	23	0	0	76	0.79
78478553--78478603	5	10.4	5	83	12	70	23	0	0	76	0.79
78479418--78479462	24	1.9	23	82	13	56	8	8	8	73	1.26
78482253--78482484	49	4.7	49	85	3	320	28	27	18	25	1.98
78482253--78482483	100	2.3	98	88	2	327	29	26	18	25	1.98
78483132--78483191	30	2.0	30	83	6	77	28	26	6	38	1.81
78487622--78487726	47	2.2	47	96	0	192	27	30	7	34	1.85
78492381--78492437	17	3.2	17	77	5	60	52	0	5	42	1.24
78493751--78493867	24	4.9	24	81	4	128	20	13	32	33	1.92
78494476--78494512	5	7.6	5	93	6	67	18	0	0	81	0.70
78494476--78494512	14	2.5	15	95	4	67	18	0	0	81	0.70
78498924--78498955	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
78498924--78498954	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
78499722--78499797	23	3.0	24	74	18	82	28	18	14	38	1.90
78503036--78503299	45	5.9	45	89	4	358	26	28	21	23	1.99
78507579--78508417	324	2.6	329	94	2	1472	41	10	12	35	1.76
78508390--78508445	28	2.0	28	100	0	112	39	10	7	42	1.67
78522938--78523292	31	11.7	31	89	2	322	29	15	27	27	1.96
78522938--78523205	93	2.9	93	88	3	373	28	16	27	28	1.97
78523154--78523307	29	5.3	29	94	0	254	32	12	29	25	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78523300--78523458	32	4.9	32	88	3	176	32	10	22	33	1.89
78526202--78526260	17	3.3	17	71	13	55	32	1	13	52	1.50
78526214--78526268	17	3.0	18	70	15	58	32	3	14	49	1.61
78526195--78526306	37	3.0	37	88	0	170	33	6	14	45	1.70
78526305--78526379	9	8.4	9	86	2	89	25	10	24	40	1.87
78526305--78526379	26	2.8	27	88	8	109	25	10	24	40	1.87
78537007--78537133	42	3.0	42	80	6	157	31	14	24	29	1.95
78546074--78546127	26	2.1	26	86	6	74	40	20	24	14	1.90
78557285--78557435	28	5.4	28	95	0	268	27	10	27	35	1.89
78564641--78564819	28	6.4	28	92	1	279	26	11	27	34	1.90
78566651--78566698	24	2.0	24	88	8	71	43	10	29	16	1.81
78569707--78569815	43	2.6	42	74	10	105	30	22	22	24	1.99
78575518--78575689	93	1.8	93	95	2	310	28	29	20	20	1.98
78575511--78575686	46	3.8	47	80	12	220	29	29	20	20	1.98
78585946--78586177	40	5.8	40	93	1	324	26	28	21	24	1.99
78592475--78592528	15	3.7	15	76	11	58	9	14	16	59	1.60
78592470--78592527	30	2.0	29	93	3	98	10	15	15	58	1.62
78599744--78599795	25	2.1	25	96	0	95	30	19	3	46	1.68
78600503--78600583	41	2.0	41	92	0	135	43	13	19	23	1.87
78606129--78606473	173	2.0	173	98	0	663	29	20	24	25	1.99
78610142--78610308	46	3.6	46	71	16	155	31	29	17	20	1.96
78613493--78613649	43	3.7	43	81	3	183	32	24	15	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78621307--78621391	43	2.0	43	82	13	104	25	17	28	28	1.98
78629769--78629864	5	18.8	5	78	16	92	76	0	5	18	0.98
78629769--78629865	27	3.7	26	79	16	94	76	0	5	18	0.97
78629769--78629864	32	3.0	33	82	14	96	76	0	5	18	0.98
78635211--78635243	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
78636441--78636519	39	2.0	39	95	0	140	34	1	18	45	1.58
78639548--78639744	97	2.0	97	100	0	394	49	28	4	17	1.65
78640886--78641148	137	1.9	138	83	5	345	34	24	19	21	1.97
78641704--78641728	13	1.9	13	100	0	50	52	16	0	32	1.44
78654701--78654845	40	3.6	40	81	4	166	23	25	24	26	2.00
78656034--78656109	38	2.0	38	97	0	143	31	23	11	32	1.91
78661918--78662178	130	2.0	131	98	0	506	41	5	5	46	1.51
78662165--78662220	24	2.5	21	81	15	76	28	7	5	58	1.46
78662170--78662218	24	2.0	24	100	0	98	30	8	4	57	1.47
78668579--78668794	81	2.7	81	85	1	254	40	22	7	29	1.82
78668580--78668767	27	7.0	27	85	0	205	40	21	7	30	1.80
78668589--78668742	54	2.9	54	92	0	254	41	22	7	29	1.80
78668589--78668811	54	4.1	55	84	3	213	41	21	7	29	1.81
78668641--78668837	27	7.3	27	79	4	114	40	21	6	31	1.79
78668840--78669162	27	12.0	27	89	0	412	36	18	18	25	1.94
78669275--78669324	21	2.4	21	86	0	64	40	12	20	28	1.87
78669275--78669349	11	7.1	11	72	13	59	38	14	17	29	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78669287--78669326	21	1.9	21	94	0	71	37	10	20	32	1.85
78669289--78669348	21	2.9	21	85	5	68	36	15	16	31	1.90
78671448--78671552	27	3.9	27	68	5	86	38	24	6	30	1.81
78671537--78671660	27	4.6	27	88	0	185	34	18	20	26	1.95
78671537--78671677	27	5.2	27	86	0	174	34	17	20	27	1.95
78672293--78672408	6	18.8	6	72	15	76	19	18	12	48	1.81
78672296--78672357	25	2.5	25	89	5	90	19	20	16	43	1.88
78672302--78672409	37	2.9	37	81	9	121	20	19	12	47	1.82
78672321--78672391	19	3.8	19	70	17	67	19	19	14	46	1.84
78672434--78672499	34	1.9	34	100	0	132	19	21	27	31	1.97
78672501--78672531	16	1.9	16	100	0	62	16	25	32	25	1.96
78678494--78678560	33	2.0	33	91	0	107	34	16	26	22	1.95
78689217--78689312	42	2.3	42	92	5	160	17	27	35	19	1.95
78694841--78694994	40	3.9	40	92	0	247	22	28	22	27	1.99
78702917--78703070	40	3.9	40	94	0	265	20	28	23	27	1.99
78717307--78717371	31	2.0	31	82	8	76	26	29	15	29	1.96
78722657--78722699	22	2.0	22	86	9	61	34	27	16	20	1.94
78725227--78725457	48	4.9	48	72	12	199	29	25	19	26	1.98
78733631--78733850	40	5.6	40	77	3	194	26	26	22	24	2.00
78733640--78733850	80	2.7	79	84	4	255	27	26	21	24	1.99
78741158--78741353	40	4.9	40	83	3	243	25	27	22	25	2.00
78741134--78741353	80	2.8	79	84	4	257	25	26	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78750597--78750621	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
78751336--78751655	47	6.8	46	74	11	222	26	20	29	24	1.99
78751336--78751655	94	3.4	93	74	13	251	26	20	29	24	1.99
78753404--78753607	40	5.1	40	89	4	281	25	29	23	21	1.99
78759869--78759902	13	2.4	14	90	9	52	73	0	5	20	1.04
78760851--78760915	28	2.3	28	83	0	85	40	7	23	29	1.82
78760988--78761146	39	4.1	39	92	1	257	17	22	32	28	1.96
78760993--78761279	39	7.3	38	85	4	238	20	21	29	28	1.98
78765078--78765188	37	3.0	37	91	0	177	27	31	18	22	1.97
78765078--78765216	37	3.8	37	85	1	136	26	30	17	25	1.98
78765078--78765216	74	1.9	74	83	0	179	26	30	17	25	1.98
78765371--78765507	46	3.0	46	86	0	193	26	31	8	34	1.85
78765481--78765816	47	7.1	47	89	2	447	25	30	11	32	1.91
78770874--78770907	13	2.4	14	90	9	52	73	0	5	20	1.04
78771856--78771920	28	2.3	28	81	0	76	41	7	21	29	1.81
78771993--78772190	39	5.1	39	84	6	224	18	23	29	27	1.98
78772118--78772301	39	4.7	40	85	4	205	21	22	27	27	1.99
78776140--78776191	16	3.2	16	91	0	59	48	3	23	25	1.68
78778696--78778753	30	2.0	29	96	3	107	31	25	17	25	1.97
78779130--78779209	39	2.1	39	100	0	160	28	25	2	43	1.67
78782760--78782784	11	2.3	11	100	0	50	72	0	0	28	0.86
78785137--78785198	18	3.4	19	75	20	53	64	9	8	17	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78795518--78795556	20	1.9	21	89	5	62	48	2	0	48	1.15
78795947--78796002	28	2.0	28	100	0	112	46	3	17	32	1.66
78796136--78796189	24	2.3	22	81	12	63	62	0	3	33	1.12
78798594--78798674	39	2.1	39	97	0	153	40	2	13	43	1.57
78801497--78802093	47	12.6	47	92	2	844	27	29	9	33	1.88
78803364--78803534	85	2.0	85	98	0	333	27	26	7	38	1.83
78805530--78805627	49	2.0	49	97	0	187	34	7	16	41	1.75
78808216--78808431	40	5.5	40	82	5	228	22	26	25	25	2.00
78808248--78808435	79	2.4	80	83	2	236	23	26	23	25	2.00
78818881--78818927	23	2.0	23	84	8	60	70	6	4	19	1.26

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325