genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.281.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91768639--91768793	45	3.3	45	75	10	132	64	1	3	30	1.17
91768605--91768798	9	20.9	9	69	21	82	63	1	4	30	1.19
91768658--91768795	17	7.4	17	70	20	73	66	0	3	28	1.13
91768704--91768795	22	4.7	21	73	15	72	66	1	4	28	1.18
91768665--91768755	10	9.6	10	70	17	54	67	0	3	29	1.07
91768666--91768795	39	3.4	40	80	11	132	66	0	3	28	1.14
91768951--91769034	29	2.9	29	82	7	89	34	4	1	59	1.26
91768952--91769033	39	2.1	40	83	2	103	32	4	1	60	1.25
91768952--91769082	38	3.4	38	76	12	106	34	3	0	61	1.17
91768987--91769082	29	3.2	30	77	11	81	34	3	0	62	1.11
91768952--91769082	10	13.4	10	70	10	83	34	3	0	61	1.17
91786057--91786492	47	9.3	47	92	0	710	33	8	29	27	1.87
91793096--91793138	18	2.4	17	82	17	52	65	0	4	30	1.13
91797649--91797678	9	3.3	9	100	0	60	46	20	10	23	1.80
91809212--91809419	99	2.1	100	90	3	321	38	18	7	35	1.78
91814118--91814159	19	2.2	20	87	12	61	16	7	0	76	1.00
91815689--91815723	18	2.0	18	94	5	63	45	0	0	54	0.99
91816705--91816734	13	2.3	13	94	0	51	0	33	0	66	0.92
91817528--91817567	8	5.0	8	87	0	62	52	22	22	2	1.59
91819422--91819493	34	2.1	35	84	7	94	41	11	26	20	1.86
91830191--91830288	44	2.2	44	92	0	160	41	13	24	20	1.88
91830191--91830321	44	3.0	44	86	2	147	39	12	25	22	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91830511--91830707	54	3.6	54	82	4	245	36	17	24	21	1.95
91841386--91841415	14	2.1	14	93	0	51	20	46	0	33	1.51
91842208--91842246	20	1.9	21	85	15	55	28	5	15	51	1.64
91849308--91849378	16	4.4	16	82	7	81	28	23	8	39	1.84
91849308--91849378	32	2.2	32	82	7	90	28	23	8	39	1.84
91855701--91855743	6	7.3	6	81	2	52	16	2	4	76	1.05
91855701--91855743	12	3.7	11	85	11	59	16	2	4	76	1.05
91860084--91860144	30	2.0	30	93	0	104	29	14	24	31	1.95
91864857--91864912	27	2.0	28	83	10	71	58	7	12	21	1.57
91883334--91883551	46	4.6	47	79	8	221	29	19	28	22	1.98
91883334--91883551	94	2.3	92	87	7	305	29	19	28	22	1.98
91891393--91891432	3	14.0	3	89	10	66	32	0	0	67	0.91
91891391--91891463	29	2.6	28	79	12	80	36	1	4	57	1.26
91891845--91891886	20	2.0	20	82	13	50	47	0	4	47	1.23
91893027--91893074	23	2.3	20	78	21	62	31	16	6	45	1.72
91893033--91893077	23	2.0	23	100	0	90	31	13	6	48	1.68
91893523--91893580	18	3.4	18	63	18	52	32	8	15	43	1.77
91898767--91898974	44	4.8	44	80	6	205	25	29	19	25	1.98
91898809--91898974	88	1.9	87	87	6	246	25	30	21	23	1.99
91901040--91901140	29	3.5	29	89	1	150	26	14	28	29	1.95
91908824--91908925	29	3.6	29	87	1	143	26	15	28	29	1.96
91911503--91911673	85	2.0	85	100	0	342	38	8	26	26	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91912947--91913351	47	8.6	47	93	2	634	33	8	29	28	1.87
91912947--91913351	190	2.2	190	90	3	633	33	8	29	28	1.87
91917788--91917864	38	2.0	38	97	0	145	24	28	6	40	1.80
91918866--91919206	50	6.8	50	79	1	349	29	25	19	25	1.98
91918918--91919202	101	2.8	101	92	0	471	30	26	18	24	1.98
91918867--91919206	151	2.3	151	83	1	403	29	25	19	25	1.98
91921183--91921284	27	3.8	27	85	0	141	34	12	25	27	1.92
91928604--91928682	42	1.9	42	92	2	133	35	21	12	30	1.91
91928604--91928761	41	3.9	42	78	11	132	32	24	16	26	1.96
91928653--91928792	40	3.5	40	82	8	167	31	25	17	25	1.97
91932502--91932684	40	4.6	40	81	10	214	25	27	22	24	2.00
91932502--91932684	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
91937905--91938026	43	2.8	43	85	3	165	25	13	27	33	1.94
91939610--91939932	162	2.0	162	96	0	601	24	21	20	33	1.97
91944061--91944109	24	2.0	25	88	4	73	59	6	2	32	1.34
91951983--91952015	11	3.1	11	82	8	50	33	18	21	27	1.96
91952089--91952261	48	3.6	48	79	10	167	20	16	28	34	1.94
91952130--91952260	47	2.8	47	85	3	165	22	15	28	33	1.94
91959564--91959658	44	2.2	44	79	7	106	34	25	12	27	1.92
91962786--91962815	16	1.9	16	93	6	53	10	13	3	73	1.21
91972277--91972315	19	2.1	19	100	0	78	20	25	10	43	1.83
91973198--91973244	24	2.0	23	91	4	76	70	2	21	6	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91973212--91973250	17	2.2	18	86	4	53	74	0	15	10	1.07
91976420--91976445	5	5.2	5	100	0	52	61	0	0	38	0.96
91976580--91976611	17	1.9	16	93	6	55	53	3	0	43	1.16
91976562--91976665	44	2.3	43	77	4	109	50	1	10	37	1.48
91984231--91984369	43	3.3	43	74	13	126	27	25	20	27	1.99
91984840--91984902	27	2.3	28	78	10	78	39	23	3	33	1.71
92002383--92002485	42	2.4	43	80	7	113	26	25	21	27	1.99
92010764--92010849	44	2.0	44	97	0	163	36	13	23	26	1.93
92040736--92040777	20	2.2	19	83	12	50	59	4	19	16	1.54
92042270--92042378	37	2.9	37	93	0	164	27	29	19	23	1.98
92042525--92042709	48	3.8	48	91	4	300	31	26	6	35	1.82
92042525--92042708	98	1.9	97	92	4	309	30	26	6	35	1.82
92042680--92042826	47	3.1	47	89	0	204	27	28	11	32	1.91
92051291--92051422	50	2.6	50	79	8	149	33	14	14	37	1.86
92053474--92053678	35	5.9	35	77	6	200	28	9	20	40	1.85
92054568--92054614	23	2.0	23	95	0	85	27	21	8	42	1.81
92069329--92069391	31	2.0	31	96	0	117	26	6	23	42	1.78
92070310--92070515	35	5.9	35	74	13	174	29	9	20	40	1.83
92071274--92071313	19	2.1	19	95	0	71	20	25	45	10	1.81
92071574--92071614	18	2.3	18	100	0	82	34	4	17	43	1.70
92073515--92073595	29	2.8	29	86	0	108	32	25	13	28	1.94
92084344--92084567	50	4.5	48	81	6	243	30	27	16	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92084344--92084567	99	2.3	99	83	3	272	30	27	16	24	1.97
92087262--92087307	14	2.9	17	81	15	55	54	0	0	45	0.99
92097033--92097072	21	1.9	21	89	0	62	35	0	25	40	1.56
92097547--92097602	24	2.3	24	78	3	58	16	25	23	35	1.94
92097558--92097605	24	2.0	24	83	0	60	16	20	25	37	1.93
92117419--92117443	3	8.3	3	100	0	50	36	32	0	32	1.58
92129788--92129866	37	2.1	37	88	0	113	26	30	18	24	1.98
92129985--92130536	47	11.7	47	94	0	926	28	29	9	32	1.88
92140895--92140957	30	2.1	30	96	0	117	28	20	17	33	1.95
92154137--92154204	34	2.0	34	97	0	127	29	17	16	36	1.92
92157522--92157595	27	2.7	27	78	0	76	32	22	10	33	1.89
92157549--92157934	27	14.3	27	83	4	375	28	21	8	41	1.82
92157570--92157944	108	3.5	107	87	2	495	29	21	8	41	1.82
92157939--92158088	27	5.6	26	82	6	174	37	18	18	26	1.93
92157939--92158088	54	2.8	54	86	4	214	37	18	18	26	1.93
92158023--92158138	62	1.9	61	89	1	178	35	17	21	25	1.95
92158338--92158419	27	3.0	27	87	3	112	19	23	19	37	1.94
92158507--92158565	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
92158722--92158803	27	3.1	27	84	5	87	15	24	24	35	1.94
92158920--92159070	6	24.8	6	73	17	116	19	18	12	49	1.79
92158923--92159041	49	2.3	51	87	11	163	19	19	14	47	1.83
92158923--92159048	55	2.3	55	93	2	209	19	19	14	47	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92161046--92161120	27	2.8	27	79	0	87	34	25	5	34	1.79
92161071--92161532	27	17.4	27	82	6	480	27	21	8	41	1.82
92161071--92161527	54	8.6	54	83	7	535	27	21	8	41	1.82
92161537--92161728	26	7.3	27	82	2	212	35	17	19	26	1.94
92161537--92161728	53	3.6	54	82	6	232	35	17	19	26	1.94
92161927--92162009	27	3.1	26	89	5	121	19	22	21	36	1.95
92162098--92162156	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
92162318--92162391	27	2.8	27	83	6	80	18	24	20	36	1.95
92162507--92162638	6	21.8	6	78	16	139	18	16	14	50	1.79
92164988--92165059	37	1.9	37	97	0	135	29	18	19	33	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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