genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.241.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78827877--78827951	34	2.2	34	90	2	116	30	22	20	26	1.98
78828371--78828407	17	2.1	19	85	10	51	18	43	27	10	1.83
78831068--78831314	40	6.2	40	78	12	235	23	22	28	25	1.99
78831068--78831291	119	1.9	120	84	2	308	22	22	28	25	1.99
78831108--78831314	79	2.6	78	83	5	254	23	22	28	26	1.99
78838372--78838455	28	3.0	28	87	3	123	29	29	13	27	1.94
78841555--78841644	29	3.1	29	82	4	103	25	27	17	28	1.98
78843109--78843157	16	3.1	16	87	0	71	18	4	26	51	1.64
78846035--78846149	29	4.0	29	84	4	119	29	28	13	28	1.94
78846208--78846241	18	1.9	18	88	5	52	20	38	23	17	1.93
78847616--78847647	16	2.0	16	93	0	55	15	0	28	56	1.40
78852997--78853216	46	4.7	45	74	11	156	29	19	27	23	1.98
78853039--78853351	48	6.6	46	72	13	201	27	19	27	25	1.99
78853034--78853212	94	1.9	95	88	1	270	28	18	28	24	1.98
78860814--78860983	48	3.7	45	75	6	153	31	18	27	22	1.97
78860814--78861010	94	2.1	93	82	2	243	31	18	26	22	1.97
78864654--78864706	24	2.2	24	100	0	106	32	3	20	43	1.70
78868126--78868326	23	8.7	22	84	8	242	21	23	24	29	1.99
78868138--78868326	46	4.1	46	92	4	301	22	23	25	29	1.99
78869651--78869686	18	2.0	18	94	0	63	30	11	13	44	1.79
78880935--78881140	40	5.2	40	86	2	272	29	26	20	23	1.99
78880935--78881152	80	2.7	79	90	6	325	28	26	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78884384--78884456	38	1.9	38	94	0	128	32	8	23	35	1.84
78889197--78889260	20	3.2	20	68	12	58	14	32	18	34	1.91
78889180--78889298	40	2.9	41	87	2	168	20	27	19	32	1.96
78896220--78896258	20	2.0	19	85	5	51	41	10	7	41	1.68
78912025--78912223	43	4.6	43	79	3	177	33	25	15	26	1.95
78919030--78919063	17	2.1	16	88	5	50	76	14	0	8	1.01
78923181--78923206	7	3.7	7	100	0	52	0	11	46	42	1.40
78924175--78924218	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
78926470--78926536	20	3.3	20	89	0	98	31	11	20	35	1.89
78926586--78926728	24	5.9	24	91	2	225	29	22	20	27	1.99
78928347--78928459	29	4.0	28	77	4	100	27	14	30	28	1.95
78931563--78931646	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
78933968--78934023	28	2.0	28	100	0	112	39	14	3	42	1.63
78956253--78956300	21	2.3	21	89	7	71	68	10	0	20	1.18
78957631--78957655	12	2.1	12	100	0	50	36	8	0	56	1.29
78961903--78961932	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
78962144--78962255	49	2.3	49	84	1	143	32	28	16	23	1.96
78962224--78962286	32	2.0	32	96	0	117	31	31	12	23	1.92
78962339--78962555	50	4.3	50	88	1	290	32	26	14	26	1.95
78962324--78962555	100	2.3	101	89	3	351	32	25	15	26	1.95
78962370--78962503	26	5.3	26	62	22	70	30	26	15	27	1.96
78962470--78962554	26	3.3	26	64	18	68	37	27	10	24	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78962860--78962885	13	2.0	13	100	0	52	38	15	7	38	1.76
78966719--78966761	21	2.0	21	82	8	52	60	11	9	18	1.57
78968240--78968325	45	1.9	45	92	0	145	26	13	20	38	1.91
78972957--78973132	68	2.6	68	79	12	175	33	15	28	22	1.94
78977615--78977852	68	3.5	68	79	6	238	27	21	15	35	1.94
78985639--78986733	555	2.0	555	86	1	1541	33	18	13	34	1.90
78990187--78990331	40	3.6	41	91	5	233	25	26	23	24	2.00
78996828--78996879	26	2.0	26	100	0	104	23	15	19	42	1.89
78998150--78998362	40	5.4	40	89	5	287	25	28	21	24	1.99
79000944--79000999	24	2.3	23	80	17	60	37	21	21	19	1.94
79000953--79001023	24	2.9	25	76	17	69	36	18	22	22	1.95
79006306--79006509	40	5.1	40	92	3	331	22	23	27	26	1.99
79010104--79010582	47	10.1	47	92	4	795	31	8	30	29	1.87
79010104--79010580	95	5.1	95	95	2	813	31	8	30	29	1.88
79010701--79010779	37	2.1	37	88	0	113	24	17	31	26	1.97
79016329--79016591	68	3.9	67	83	6	325	26	20	16	35	1.94
79017736--79017781	22	2.0	23	95	4	85	15	8	17	58	1.61
79018208--79018243	18	2.1	18	89	5	56	22	0	11	66	1.22
79022126--79022153	11	2.5	11	100	0	56	21	10	32	35	1.88
79023068--79023096	3	9.7	3	100	0	58	0	34	0	65	0.93
79023098--79023129	10	3.0	11	90	9	57	0	9	0	90	0.45
79035930--79036062	49	2.7	49	80	9	135	21	26	23	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79037248--79037384	46	3.0	46	87	0	193	26	31	8	33	1.87
79037358--79037646	47	6.1	47	88	3	380	25	30	11	32	1.91
79037573--79037647	25	3.1	25	65	18	59	30	26	8	34	1.85
79041127--79041258	57	2.3	57	81	8	153	28	31	18	21	1.97
79041290--79041615	39	8.3	40	95	2	581	28	26	19	25	1.98
79041290--79041619	79	4.2	80	95	2	589	28	26	18	25	1.98
79043047--79043183	46	3.0	46	89	0	202	25	31	8	34	1.86
79043111--79043490	94	4.0	95	84	8	399	26	30	10	33	1.90
79043157--79043490	47	7.1	47	89	4	447	26	30	10	32	1.90
79046976--79047107	57	2.3	57	81	8	153	28	31	18	21	1.97
79047153--79047219	23	3.2	23	60	24	56	26	26	20	25	1.99
79047139--79047469	40	8.3	40	95	0	599	29	26	19	25	1.98
79047233--79047339	23	5.2	23	60	25	67	28	27	19	25	1.99
79048905--79049041	46	3.0	46	88	2	195	26	30	8	34	1.87
79049015--79049350	47	7.1	47	89	2	411	26	29	11	32	1.91
79056735--79057327	106	5.6	105	82	2	643	35	14	16	33	1.90
79056735--79057327	212	2.8	212	85	0	749	35	14	16	33	1.90
79072047--79072273	40	5.7	40	86	2	271	26	27	19	25	1.99
79080427--79080560	54	2.5	54	93	0	223	28	23	20	26	1.99
79102936--79102976	22	1.9	22	90	5	66	24	29	36	9	1.87
79107644--79107887	55	4.6	53	78	7	219	34	17	25	22	1.96
79107651--79107900	108	2.4	109	80	9	293	34	16	26	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79108090--79108120	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
79124301--79124491	40	4.8	40	85	2	224	23	25	29	22	1.99
79128206--79128471	48	5.6	48	75	10	171	24	29	18	27	1.98
79128349--79128471	46	2.7	45	77	9	126	24	27	21	26	1.99
79135107--79135152	24	1.9	24	100	0	92	26	15	26	32	1.95
79142042--79142224	40	4.6	40	79	8	187	24	21	27	26	1.99
79142093--79142257	79	2.1	79	82	6	192	26	20	27	26	1.99
79144898--79144931	7	4.9	7	100	0	68	14	11	0	73	1.10
79149661--79149759	28	3.5	29	81	12	107	29	28	15	27	1.96
79159313--79159337	4	6.2	4	100	0	50	76	0	24	0	0.80
79160444--79160601	73	2.1	73	83	11	189	22	31	5	40	1.76
79160657--79160718	25	2.7	22	74	13	70	11	38	22	27	1.88
79160657--79160727	25	3.0	25	74	13	69	9	39	21	29	1.85
79163782--79163815	16	2.1	16	89	10	52	14	5	8	70	1.31
79163842--79163890	22	2.2	22	96	0	89	16	4	18	61	1.50
79164260--79164343	43	2.0	43	85	0	114	29	20	27	22	1.98
79170959--79171070	56	2.0	57	85	5	156	46	7	18	27	1.75
79173719--79173794	19	4.0	20	75	16	81	42	5	6	46	1.52
79173709--79173786	38	2.1	38	100	0	156	42	5	7	44	1.55
79173877--79173925	18	2.4	19	80	19	55	44	2	4	48	1.33
79177207--79177263	27	2.1	27	100	0	114	42	21	14	22	1.88
79177575--79177612	6	6.2	6	96	3	67	15	34	18	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79179130--79179177	3	16.0	3	100	0	96	66	0	0	33	0.92
79180855--79181039	42	4.3	43	80	4	178	33	28	14	23	1.94
79180855--79181037	85	2.2	85	81	2	224	32	28	14	24	1.94
79181072--79181114	22	1.9	23	85	4	61	37	0	4	58	1.19
79182411--79182441	15	2.0	16	93	6	55	38	6	3	51	1.44
79185214--79185240	9	3.0	9	100	0	54	11	11	0	77	0.99
79185413--79185456	21	2.1	21	86	0	61	52	0	2	45	1.13
79185978--79186044	14	4.7	14	83	3	89	38	16	4	40	1.69
79186216--79186261	21	2.1	22	84	11	60	43	41	0	15	1.46
79186165--79186310	7	20.6	7	73	8	53	44	33	0	21	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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