genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.271.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88933161--88933223	23	2.9	22	77	15	67	31	7	6	53	1.55
88933283--88933337	24	2.3	24	79	17	62	36	16	3	43	1.65
88934802--88934867	24	2.8	24	85	0	78	39	21	24	15	1.91
88935722--88935761	20	2.0	21	90	5	64	75	17	7	0	1.03
88937284--88937333	22	2.2	23	92	3	84	22	8	24	46	1.78
88937994--88938170	43	4.1	43	81	4	178	35	22	19	23	1.96
88938013--88938170	86	1.8	86	83	2	210	36	22	19	22	1.96
88938467--88938507	21	2.0	21	85	0	55	0	48	21	29	1.50
88944022--88944097	9	8.1	9	80	8	80	32	0	18	48	1.48
88944022--88944062	21	2.0	21	90	0	64	29	0	21	48	1.50
88945320--88945386	33	2.0	33	91	0	107	46	16	22	14	1.84
88949356--88949429	26	2.8	26	95	0	130	36	24	6	32	1.82
88950860--88950893	17	1.9	17	88	5	50	73	2	0	23	0.97
88951107--88951273	50	3.3	50	63	9	122	45	8	3	42	1.51
88951072--88951278	102	2.0	102	99	0	405	47	10	3	38	1.55
88951306--88951345	15	2.7	15	84	3	55	37	30	0	32	1.58
88951277--88951555	86	3.3	85	87	4	356	39	35	0	24	1.61
88951294--88951437	43	3.3	43	71	12	143	39	34	0	25	1.61
88951321--88951458	43	3.2	43	71	8	145	43	30	0	25	1.60
88951474--88951536	28	2.2	28	83	8	74	42	36	0	20	1.52
88951492--88951579	21	4.1	21	67	4	59	39	35	0	25	1.56
88951407--88951556	79	1.9	80	87	1	221	40	36	0	23	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88951441--88951539	7	13.9	7	72	4	54	42	36	0	21	1.53
88951407--88951590	79	2.3	80	83	3	210	39	36	0	23	1.59
88952141--88952179	21	1.9	20	89	5	60	23	5	43	28	1.75
88952646--88952746	41	2.4	42	83	8	134	31	20	14	32	1.93
88953419--88953817	132	3.0	131	85	2	523	27	18	18	35	1.95
88953419--88953807	131	3.0	131	85	2	503	27	18	19	34	1.95
88959339--88959446	26	4.2	26	92	0	189	32	6	25	36	1.81
88961040--88961183	54	2.7	54	94	2	245	17	24	23	34	1.96
88961043--88961201	27	5.9	27	82	11	184	18	24	22	34	1.96
88961043--88961201	81	2.0	80	84	10	209	18	24	22	34	1.96
88966457--88966564	26	4.2	26	91	0	180	33	6	24	36	1.81
88968159--88968299	27	5.2	27	78	11	164	17	23	23	35	1.95
88968156--88968299	54	2.7	54	93	2	236	17	23	23	35	1.95
88971614--88971664	19	2.7	20	81	6	52	21	7	1	68	1.25
88971907--88971951	21	2.1	22	87	4	65	20	4	4	71	1.21
88972785--88972823	16	2.4	16	95	0	69	28	41	12	17	1.87
88973304--88973365	25	2.6	23	77	10	70	29	19	32	19	1.96
88975506--88975636	65	2.0	65	100	0	262	22	25	24	26	2.00
88979741--88979842	44	2.3	44	84	3	125	34	20	16	28	1.95
88979877--88980095	93	2.3	93	85	3	271	34	19	19	26	1.95
88980037--88980175	44	3.2	44	83	0	161	35	20	20	24	1.96
88980844--88980889	17	2.6	17	83	13	58	78	2	17	2	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88986628--88986664	13	2.7	14	84	15	51	29	0	0	70	0.88
88986617--88986668	19	2.5	21	79	20	65	34	0	0	65	0.93
88999922--88999956	18	1.9	18	94	0	61	28	14	25	31	1.95
89007293--89007323	14	2.2	14	100	0	62	16	32	12	38	1.86
89008270--89008366	40	2.4	42	81	6	119	43	18	17	20	1.88
89009192--89009243	14	3.7	14	76	0	50	25	1	26	46	1.63
89009263--89009296	7	4.7	7	85	7	50	23	0	29	47	1.52
89009256--89009307	22	2.4	22	84	9	72	25	0	30	44	1.54
89009709--89009760	22	2.4	22	77	6	61	65	3	0	30	1.10
89009963--89009998	18	2.0	18	88	0	54	8	41	2	47	1.48
89009881--89010029	72	2.1	71	86	7	203	11	38	4	44	1.61
89013395--89013462	25	2.7	25	90	0	109	10	41	19	29	1.84
89013866--89013906	10	4.1	10	87	0	55	41	2	0	56	1.13
89014372--89014521	23	6.5	23	84	6	139	34	6	22	36	1.79
89014389--89014522	69	1.9	69	89	3	198	33	6	22	37	1.80
89014382--89014522	46	3.0	47	86	2	187	34	6	21	37	1.79
89016193--89016463	43	6.3	42	75	6	159	32	21	16	29	1.95
89016193--89016357	86	1.9	86	81	4	199	31	19	18	30	1.95
89019027--89019089	32	2.0	32	96	0	117	34	23	6	34	1.81
89021710--89021755	22	2.1	22	100	0	92	32	4	17	45	1.68
89023782--89023876	42	2.3	42	79	13	106	61	6	1	31	1.28
89024082--89024164	3	27.3	3	73	20	59	65	1	3	30	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89024082--89024161	12	6.8	12	75	12	76	65	1	3	30	1.18
89024502--89024549	23	2.2	23	85	7	64	56	29	2	12	1.48
89024706--89024732	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
89025078--89025535	44	10.4	44	77	7	403	27	23	18	30	1.98
89025016--89025594	132	4.4	131	79	6	494	26	23	18	31	1.97
89025078--89025505	176	2.4	176	94	0	750	27	23	18	30	1.97
89025650--89025837	68	2.8	68	90	1	297	25	22	23	28	1.99
89025915--89026802	43	20.4	43	72	9	457	20	21	22	36	1.95
89025948--89026807	132	6.6	130	84	7	1084	19	21	22	36	1.95
89025864--89026192	175	1.9	175	85	3	455	21	20	21	36	1.95
89026338--89026762	42	9.9	43	74	10	226	18	22	22	36	1.95
89025948--89026807	257	3.3	260	91	3	1304	19	21	22	36	1.95
89026866--89026992	66	1.9	66	96	0	236	35	11	19	33	1.88
89028171--89028200	6	5.0	6	100	0	60	0	33	16	50	1.46
89030990--89031036	19	2.5	19	82	6	60	44	8	19	27	1.79
89033577--89033623	16	2.7	17	80	9	51	63	4	0	31	1.13
89033580--89033628	17	2.7	19	78	15	59	61	8	0	30	1.25
89033842--89033924	3	27.3	3	73	20	59	65	1	3	30	1.17
89033842--89033921	12	6.8	12	75	12	76	65	1	3	30	1.18
89034252--89034353	22	4.6	22	75	13	84	56	32	1	8	1.41
89034428--89034452	13	1.9	13	100	0	50	16	16	44	24	1.86
89035168--89035500	114	2.9	113	82	4	355	30	18	17	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89035616--89035659	3	14.7	3	100	0	88	31	0	0	68	0.90
89036044--89036096	7	7.4	7	81	12	63	24	0	26	49	1.51
89035971--89036170	51	4.0	50	77	15	191	23	1	25	50	1.56
89036028--89036176	14	10.4	14	74	11	79	21	0	27	51	1.48
89036028--89036176	29	5.2	29	71	17	89	21	0	27	51	1.48
89036381--89036503	42	2.9	42	86	2	167	28	22	20	28	1.99
89036371--89036716	40	8.7	40	75	10	208	26	23	20	29	1.99
89036465--89036761	155	1.9	155	90	0	468	27	22	20	29	1.98
89042121--89042167	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
89048982--89049022	19	2.2	19	86	4	57	70	4	2	21	1.18
89048948--89049021	31	2.4	31	78	13	82	66	4	2	27	1.23
89052795--89052896	30	3.4	30	72	6	109	19	3	0	75	1.02
89052803--89052896	28	3.2	29	74	4	109	20	4	1	74	1.05
89052803--89052897	29	3.3	29	71	11	95	20	5	1	73	1.08
89052971--89053079	8	14.1	8	91	5	127	33	0	3	63	1.12
89052976--89053087	23	4.9	23	84	5	129	30	0	3	66	1.09
89053673--89053722	7	7.0	7	79	4	55	46	30	2	22	1.63
89053670--89053720	15	3.5	15	78	5	59	47	29	1	21	1.62
89053986--89054128	40	3.5	41	82	2	155	19	18	22	39	1.92
89059453--89059560	26	4.2	26	92	0	180	32	6	24	37	1.81
89063307--89063394	14	6.3	14	71	5	52	46	29	0	23	1.53
89063307--89063360	21	2.6	20	82	8	72	48	29	0	22	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89063312--89063388	28	2.7	29	78	4	86	45	29	0	24	1.54
89063285--89063395	35	3.2	35	79	7	109	47	28	0	23	1.52
89063392--89063416	7	3.6	7	100	0	50	32	32	12	24	1.91
89063371--89063421	14	3.6	14	81	0	57	41	31	5	21	1.77
89064103--89064632	261	2.0	263	84	2	701	31	12	19	36	1.89
89067796--89067824	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
89068266--89068305	21	1.9	21	84	0	53	37	10	45	7	1.66
89068616--89068803	43	4.5	42	76	9	154	32	22	23	21	1.98
89068621--89068781	86	1.9	86	82	2	207	33	22	21	22	1.97
89070271--89070682	205	2.0	205	99	0	815	37	10	15	37	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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