genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.105.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33683712--33683888	27	6.6	27	79	5	115	28	28	16	25	1.97
33683712--33683888	54	3.3	55	80	8	202	28	28	16	25	1.97
33683733--33683887	81	1.9	81	86	2	222	28	28	16	26	1.97
33687531--33687747	42	5.1	42	75	9	170	27	27	17	28	1.98
33687657--33687927	48	5.8	48	79	6	252	26	29	15	27	1.96
33694259--33694617	47	7.6	47	89	2	529	32	8	29	29	1.87
33694268--33694617	192	1.8	190	93	1	601	32	8	29	29	1.87
33700199--33700281	39	2.2	39	93	2	141	30	18	24	27	1.98
33700468--33700516	6	8.2	6	100	0	98	83	0	0	16	0.64
33708204--33708239	17	2.1	17	89	0	54	50	19	0	30	1.48
33725374--33725630	40	6.5	40	87	2	342	23	23	28	24	2.00
33729731--33729760	15	2.0	15	100	0	60	40	20	6	33	1.78
33730286--33730324	21	1.9	20	94	5	69	46	23	0	30	1.53
33732620--33732657	16	2.4	16	100	0	76	23	10	0	65	1.23
33744086--33744127	21	2.0	20	82	13	50	38	23	16	21	1.93
33751306--33751630	131	2.5	130	81	6	329	34	16	18	30	1.93
33751340--33751652	131	2.4	131	83	5	391	32	16	18	32	1.93
33754036--33754090	17	3.2	17	77	15	51	23	1	0	74	0.91
33754354--33755202	44	19.3	44	83	3	940	27	29	14	28	1.95
33754369--33755202	352	2.4	352	93	0	1438	27	29	14	28	1.95
33764960--33765105	40	3.7	40	80	9	156	24	21	26	27	2.00
33764960--33765138	80	2.2	80	78	6	177	26	21	25	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33768201--33768325	40	3.2	39	82	10	146	26	21	27	24	1.99
33773079--33773336	40	6.5	39	87	2	277	22	23	28	25	1.99
33773079--33773297	120	1.8	120	88	3	334	21	23	29	25	1.99
33773079--33773336	120	2.2	120	83	4	317	22	23	28	25	1.99
33778353--33778686	131	2.5	131	81	6	340	35	18	17	28	1.94
33778426--33778707	131	2.1	131	86	4	397	32	16	18	31	1.93
33791542--33791598	28	2.0	28	96	0	105	28	14	12	45	1.80
33795139--33795468	43	7.7	43	89	3	459	22	25	20	31	1.98
33795139--33795475	129	2.6	129	88	0	505	22	25	21	30	1.98
33800559--33800678	43	2.8	42	77	2	123	28	25	18	28	1.98
33800557--33800678	42	2.9	42	76	2	136	28	24	18	28	1.98
33810870--33810991	43	2.9	42	83	11	160	31	25	14	28	1.95
33814850--33815024	46	3.8	45	75	10	183	28	29	21	21	1.98
33814857--33815029	93	1.9	93	93	0	301	27	29	21	21	1.98
33814902--33815044	46	3.1	46	68	22	111	30	27	19	23	1.98
33819230--33819794	294	1.9	291	88	2	855	29	20	16	33	1.94
33822066--33822124	29	2.0	31	80	12	70	37	1	20	40	1.63
33829479--33829621	31	4.6	31	82	4	144	48	14	16	20	1.81
33829991--33830062	27	2.6	27	93	2	117	40	4	25	30	1.74
33830076--33830225	27	5.6	27	78	9	171	31	10	19	39	1.84
33830077--33830225	81	1.8	81	86	2	219	31	10	18	39	1.84
33832190--33832246	6	9.3	6	80	3	60	50	12	15	21	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33832190--33832269	31	2.5	31	81	2	97	53	11	15	20	1.71
33832676--33833060	27	14.3	27	85	1	439	25	19	18	37	1.94
33833045--33833177	27	4.9	27	80	3	124	30	6	21	40	1.79
33833043--33833157	54	2.1	54	81	0	140	29	6	23	40	1.78
33833136--33833199	27	2.4	27	89	0	92	40	6	18	34	1.76
33833210--33833331	27	4.5	27	82	4	147	29	8	20	41	1.81
33833209--33833331	54	2.3	54	87	2	167	30	8	20	41	1.81
33838490--33838515	11	2.4	11	100	0	52	46	11	15	26	1.80
33854840--33854987	39	3.8	39	81	5	158	29	27	19	23	1.98
33856858--33856927	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
33856858--33856955	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
33893403--33893544	40	3.6	40	93	0	241	22	21	28	26	1.99
33894911--33895257	40	8.7	40	90	2	547	21	26	20	31	1.98
33894911--33895258	79	4.4	80	94	3	558	21	26	20	31	1.98
33903811--33904158	40	8.7	40	93	0	588	22	27	20	30	1.98
33911833--33912002	43	4.0	42	76	9	130	22	17	25	34	1.95
33917961--33918043	40	2.1	39	81	2	94	28	26	16	27	1.97
33927968--33928060	19	5.1	19	69	12	68	48	12	9	29	1.73
33927958--33928086	54	2.4	54	90	0	195	44	13	9	32	1.76
33930290--33930327	18	2.1	18	95	0	67	57	18	7	15	1.62
33930781--33930859	37	2.1	37	88	0	113	26	31	17	24	1.97
33930977--33931436	47	9.7	47	97	0	821	30	29	8	31	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33931204--33931282	25	3.3	25	68	10	83	35	27	3	32	1.75
33934968--33935198	40	5.8	39	79	5	205	36	29	18	16	1.92
33937065--33937231	46	3.6	45	77	11	133	22	28	19	28	1.98
33950663--33950766	53	2.0	53	94	0	181	27	21	12	38	1.89
33952255--33952333	31	2.5	31	93	0	131	25	25	18	30	1.98
33952361--33952448	42	2.1	42	89	0	131	36	18	13	31	1.90
33952593--33952688	25	3.8	25	86	8	133	26	26	25	22	2.00
33952581--33952685	26	4.2	25	80	8	108	26	26	23	22	2.00
33952593--33952689	51	1.9	51	91	8	162	25	25	24	23	2.00
33953492--33953575	27	3.1	27	87	3	116	21	26	21	30	1.98
33953614--33953919	27	11.3	27	79	3	195	30	9	20	39	1.84
33953871--33954026	27	5.8	27	90	1	170	39	7	21	31	1.81
33953615--33953999	107	3.6	106	73	9	278	32	8	20	37	1.83
33953871--33954026	53	2.9	54	85	1	188	39	7	21	31	1.81
33956036--33956224	44	4.3	43	73	15	122	34	12	24	28	1.92
33968385--33968422	20	1.9	20	84	10	51	18	5	2	73	1.14
33977812--33977876	16	4.4	16	66	25	52	23	23	1	52	1.56
33977816--33977854	15	2.6	14	80	11	51	23	23	0	53	1.46
33977800--33977882	43	1.9	43	90	0	130	27	20	1	50	1.56
33979086--33979121	15	2.5	15	90	4	56	33	5	0	61	1.19
33982673--33982902	39	5.9	38	89	6	336	26	27	22	23	1.99
33982673--33982902	78	2.9	79	94	3	394	26	27	22	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33986625--33986841	40	5.5	40	93	3	354	26	26	23	23	2.00
33986625--33986841	117	1.8	118	91	4	359	26	26	23	23	2.00
33988962--33989055	44	2.2	42	88	9	145	31	26	19	22	1.97
33996790--33996834	23	1.9	24	95	4	83	20	8	15	55	1.66
33996896--33996944	22	2.2	22	85	0	62	30	20	14	34	1.92
33997577--33997618	15	2.6	17	77	14	52	50	0	0	50	1.00
34000224--34000280	28	2.0	28	96	0	105	31	14	15	38	1.87
34016784--34016999	71	3.1	71	64	22	182	43	4	9	42	1.57
34016495--34017191	140	5.1	141	83	6	736	45	5	8	40	1.58
34024631--34025058	40	10.7	40	94	0	739	30	20	26	22	1.98
34033684--34033973	40	7.3	40	91	0	465	30	20	27	22	1.98
34041156--34041583	40	10.7	40	94	0	739	30	20	26	22	1.98
34055444--34055694	125	2.0	125	87	2	362	45	4	7	43	1.52
34055325--34056011	263	2.5	264	83	6	871	45	5	7	41	1.54
34055568--34056011	140	3.2	138	89	1	636	45	4	7	41	1.54
34057868--34058617	49	15.6	49	93	2	1222	29	28	8	33	1.86
34057868--34058617	96	7.8	97	93	2	1223	29	28	8	33	1.86
34057868--34058617	145	5.2	145	95	1	1269	29	28	8	33	1.86
34065090--34065211	46	2.7	46	92	0	190	28	27	22	21	1.99
34065634--34065693	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
34066041--34066114	33	2.2	33	100	0	148	32	20	25	21	1.97
34073236--34073294	6	9.5	6	92	7	100	81	1	0	16	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34073314--34073372	9	6.6	9	90	0	91	27	8	16	47	1.76
34106461--34106564	50	2.1	50	94	1	183	38	25	2	32	1.71
34112589--34112703	29	4.0	29	85	2	144	28	29	15	26	1.96
34117108--34117222	29	4.0	29	82	2	135	28	28	15	26	1.96
34117099--34117209	58	1.9	57	85	1	150	27	29	16	26	1.97
34119703--34119875	93	1.9	94	85	3	242	26	26	18	29	1.98
34140581--34140608	14	2.0	14	100	0	56	50	7	7	35	1.57
34143194--34143221	4	7.0	4	100	0	56	25	0	0	75	0.81
34144337--34144382	22	2.1	21	84	4	56	54	4	0	41	1.20
34146721--34146782	25	2.5	25	86	0	88	19	22	22	35	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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