genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24794096--24794334	27	9.0	26	82	9	214	24	19	18	37	1.94
24794095--24794333	53	4.5	54	84	5	254	24	19	18	37	1.94
24794334--24794460	27	4.8	27	81	4	134	38	9	22	29	1.86
24794337--24794446	52	2.1	53	86	5	152	39	7	21	31	1.81
24796431--24796509	6	12.8	6	73	15	63	48	13	20	17	1.81
24796431--24796509	31	2.5	31	91	0	122	48	13	20	17	1.81
24797025--24797275	27	9.3	27	83	2	252	25	18	19	37	1.94
24797053--24797267	109	2.0	108	86	0	304	24	18	19	37	1.94
24797268--24797397	27	4.8	27	85	0	161	39	9	23	28	1.85
24797054--24797272	82	2.7	81	83	4	219	25	18	19	37	1.94
24797271--24797397	54	2.4	54	87	0	182	39	8	22	29	1.84
24797268--24797417	81	1.9	81	81	0	183	38	9	22	30	1.85
24805168--24805324	42	3.7	42	81	4	181	31	25	12	29	1.93
24811951--24812065	55	2.1	56	82	8	137	34	22	24	18	1.96
24811976--24812065	27	3.2	27	81	7	101	32	24	24	18	1.97
24812172--24812234	28	2.2	28	88	0	90	30	7	28	33	1.86
24813292--24813324	12	2.6	13	85	9	50	45	0	45	9	1.35
24819779--24819893	55	2.1	56	82	8	137	34	22	24	18	1.96
24819804--24819893	27	3.2	27	81	7	101	32	24	24	18	1.97
24819998--24820062	28	2.3	28	91	0	103	30	9	27	32	1.88
24821129--24821161	12	2.6	13	85	9	50	45	0	45	9	1.35
24826524--24826553	16	1.9	16	93	6	53	80	0	0	20	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24827889--24827930	15	2.7	15	79	17	50	59	0	14	26	1.35
24829906--24829945	19	2.2	18	95	4	71	42	15	2	40	1.60
24831960--24832078	59	2.0	59	100	0	238	39	18	10	31	1.84
24835846--24836132	47	6.1	47	90	0	450	33	12	27	26	1.93
24835871--24835946	22	3.3	22	66	28	59	30	11	31	26	1.92
24835858--24836128	140	1.9	140	95	0	488	33	13	27	25	1.94
24836102--24836236	48	2.8	48	91	0	216	33	8	28	29	1.86
24836383--24836491	37	2.9	37	91	0	173	22	18	30	28	1.97
24837770--24838274	40	12.6	40	90	0	769	24	21	28	25	1.99
24838450--24838500	25	2.0	25	81	7	59	33	13	31	21	1.92
24841826--24842113	47	6.1	47	92	0	486	33	13	27	25	1.93
24841851--24841926	22	3.3	22	67	22	66	32	13	28	25	1.93
24842083--24842217	48	2.8	48	90	0	207	33	8	28	29	1.87
24842364--24842472	37	2.9	37	93	0	173	23	18	30	27	1.98
24846665--24846698	17	1.9	18	94	5	61	11	20	47	20	1.81
24847312--24847455	71	2.0	71	100	0	288	26	18	25	29	1.98
24854053--24854242	94	2.0	94	93	0	326	33	23	11	32	1.90
24865097--24865317	27	8.2	27	84	1	214	29	10	20	38	1.87
24865094--24865317	81	2.8	80	85	5	265	29	11	20	38	1.87
24866824--24867642	48	17.6	47	87	9	1105	32	7	29	29	1.85
24866824--24867592	46	16.4	47	87	9	1040	33	7	28	30	1.85
24874541--24875379	47	17.6	48	94	2	1412	32	8	29	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24874541--24875379	96	8.8	96	94	3	1444	32	8	29	29	1.87
24880756--24880812	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
24880754--24880824	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
24880765--24880819	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
24880869--24881021	24	6.4	24	90	3	229	28	21	21	28	1.99
24880869--24881021	47	3.2	47	87	5	227	28	21	21	28	1.99
24880869--24881021	71	2.1	71	93	1	261	28	21	21	28	1.99
24881228--24881291	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
24887128--24887182	26	2.1	26	96	0	101	43	3	20	32	1.69
24892239--24892286	24	2.1	22	84	7	60	22	8	2	66	1.29
24895239--24895354	42	2.7	43	75	10	114	31	25	17	26	1.97
24897765--24897795	6	5.2	6	100	0	62	0	67	0	32	0.91
24905630--24905774	29	5.1	29	79	3	143	25	31	14	28	1.95
24909049--24909084	18	2.1	18	89	5	56	27	19	13	38	1.90
24910129--24910257	58	2.3	57	82	8	147	25	32	14	27	1.95
24910157--24910257	29	3.5	29	88	0	148	26	31	13	27	1.94
24910129--24910238	29	4.0	26	85	5	87	25	32	15	26	1.95
24910162--24910280	29	4.1	28	86	3	103	28	30	13	27	1.94
24913849--24913888	20	2.0	20	95	0	71	27	0	0	72	0.85
24916793--24916817	13	1.9	13	100	0	50	32	48	8	12	1.69
24924722--24924777	15	3.7	15	80	2	67	50	10	3	35	1.55
24925460--24925509	19	2.7	20	81	9	52	0	34	2	64	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24925698--24925761	32	2.0	32	85	8	87	46	7	0	45	1.32
24929868--24930155	50	5.8	50	88	2	343	30	19	27	22	1.98
24933688--24933721	17	1.9	18	88	5	52	50	5	5	38	1.51
24941124--24941289	48	3.6	47	74	9	162	29	21	23	25	1.99
24942297--24942330	13	2.6	13	90	0	50	5	20	50	23	1.70
24948731--24948893	48	3.5	47	73	9	156	25	17	26	30	1.97
24952540--24952612	33	2.2	33	97	0	137	38	8	24	28	1.84
24954151--24954198	20	2.4	20	92	0	87	20	33	31	14	1.93
24956282--24956499	6	35.3	6	70	17	135	49	14	17	19	1.80
24956345--24956410	25	2.6	25	92	0	114	46	15	19	18	1.83
24956309--24956477	62	2.7	61	88	3	239	48	14	17	18	1.81
24956429--24956496	25	2.7	25	95	0	118	48	16	16	19	1.81
24956314--24956496	19	9.8	19	69	21	111	48	15	18	18	1.82
24956889--24957112	27	8.3	27	83	4	204	26	20	16	36	1.94
24956893--24957104	81	2.6	81	84	3	268	26	21	16	35	1.94
24956890--24957104	54	4.0	54	87	1	270	26	21	16	35	1.94
24957095--24957274	27	6.7	26	70	14	82	33	9	19	37	1.84
24957119--24957278	81	2.0	81	80	7	182	33	10	18	36	1.86
24957151--24957544	81	4.9	80	79	6	382	30	9	19	40	1.83
24957204--24957544	27	12.6	27	85	1	387	31	9	19	40	1.83
24957228--24957560	54	6.2	54	87	0	434	31	8	19	40	1.82
24959525--24959671	6	23.8	6	74	15	104	50	12	17	19	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24959531--24959671	31	4.5	31	81	10	162	50	13	17	19	1.78
24959573--24959668	25	3.8	25	84	6	115	46	14	18	19	1.83
24959525--24959668	37	3.9	37	75	11	125	50	13	17	19	1.78
24960117--24960331	27	8.0	27	86	0	268	24	20	18	36	1.94
24960377--24960874	27	18.4	27	83	1	550	31	8	18	40	1.81
24965443--24965479	18	2.1	18	100	0	74	32	10	13	43	1.79
24980797--24980822	13	2.0	13	100	0	52	30	15	7	46	1.74
24984161--24984228	27	2.5	27	75	17	70	52	1	2	42	1.25
24984157--24984226	16	4.8	16	68	19	55	52	1	2	42	1.24
24986710--24986735	13	2.0	13	100	0	52	30	7	23	38	1.83
24986852--24986899	25	1.9	25	100	0	96	43	12	4	39	1.62
24989545--24989582	18	2.1	18	85	9	51	57	0	5	36	1.21
24990605--24990684	42	1.9	41	82	12	101	60	6	3	30	1.39
24993593--24993678	41	2.1	41	100	0	172	25	16	15	43	1.87
24998719--24998810	42	2.2	42	88	0	130	35	20	13	30	1.91
24998958--24999027	25	2.8	25	91	4	106	22	24	28	24	1.99
24999831--24999931	27	3.7	26	72	12	78	23	19	17	38	1.93
24999948--25000046	27	3.6	27	72	12	83	35	8	16	40	1.78
25000012--25000108	27	3.6	26	79	10	90	25	7	22	44	1.78
25002789--25002963	27	6.6	27	81	5	178	27	15	28	29	1.96
25005588--25005761	27	6.6	27	82	5	194	27	14	28	29	1.95
25005588--25005761	53	3.3	52	83	8	192	27	14	28	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25008352--25008538	45	4.2	45	87	1	223	36	24	14	24	1.93
25008372--25008538	90	1.9	90	92	0	280	35	25	15	23	1.94
25015383--25015444	15	4.0	15	83	8	70	14	16	17	51	1.76
25021224--25021308	43	2.0	43	84	9	111	29	30	16	23	1.96
25025208--25025441	39	5.9	39	85	3	146	31	28	21	18	1.97
25025249--25025439	39	4.9	39	88	3	276	29	29	22	18	1.98
25025249--25025441	79	2.5	79	86	3	284	29	29	22	19	1.98
25026084--25026166	24	3.5	24	84	0	94	36	30	10	22	1.89
25026056--25026166	48	2.3	48	82	0	123	35	28	11	24	1.91
25027342--25027375	17	2.0	17	94	0	59	38	5	0	55	1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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