genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.153.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48961106--48961502	198	2.0	198	97	0	749	25	28	17	28	1.97
48964058--48964088	14	2.2	14	94	0	53	45	12	22	19	1.84
48966747--48966779	7	4.7	7	100	0	66	42	45	12	0	1.41
48970685--48970728	21	2.0	22	86	4	63	40	0	27	31	1.56
48978411--48978461	27	1.9	27	84	4	68	37	21	19	21	1.95
48978489--48978631	27	5.3	27	88	1	207	25	18	18	36	1.94
48978490--48978620	53	2.5	53	93	1	217	25	19	19	36	1.94
48984721--48984818	26	3.8	25	79	5	88	26	19	17	36	1.94
48984747--48984833	26	3.3	26	82	7	97	25	16	18	40	1.90
48985952--48986078	44	2.9	43	83	5	157	23	16	26	33	1.96
48991792--48992002	38	5.5	40	85	9	255	24	29	23	22	1.99
48998732--48998776	13	3.6	12	88	8	63	17	42	17	22	1.89
49001217--49001292	35	2.2	36	90	7	129	28	19	14	36	1.91
49009755--49009830	38	2.0	38	92	0	125	27	26	15	30	1.96
49011476--49011545	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
49011476--49011573	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
49016342--49016565	40	5.7	40	86	6	296	24	22	27	25	2.00
49016342--49016565	78	2.8	80	84	8	296	24	22	27	25	2.00
49024285--49024508	40	5.7	40	86	6	296	24	22	27	25	2.00
49024285--49024508	78	2.8	80	84	8	296	24	22	27	25	2.00
49030647--49030716	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
49030647--49030744	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49038648--49038756	56	1.9	56	96	0	200	33	11	12	42	1.79
49041433--49041474	21	2.0	21	100	0	84	28	28	4	38	1.77
49051316--49051361	15	3.1	15	81	9	58	32	8	2	56	1.42
49051508--49051538	15	2.1	15	100	0	62	48	0	12	38	1.42
49056468--49056513	17	2.6	17	78	21	51	52	2	0	45	1.13
49056478--49056545	27	2.7	25	82	11	68	48	2	0	48	1.16
49056471--49056518	18	2.7	17	77	6	51	50	2	0	47	1.12
49056909--49056952	7	6.6	7	84	10	65	70	0	2	27	0.99
49056911--49056951	12	3.2	12	89	6	55	68	0	2	29	1.03
49057627--49057730	53	2.0	53	88	3	156	31	9	12	46	1.74
49057840--49057887	11	4.7	11	73	19	50	66	0	4	29	1.10
49057835--49057900	29	2.3	29	100	0	132	65	0	3	31	1.08
49058713--49058796	12	7.0	11	73	15	60	17	7	3	71	1.23
49058964--49058998	2	17.5	2	100	0	70	0	48	0	51	1.00
49060401--49060558	37	4.3	37	95	0	280	25	30	18	25	1.98
49060677--49061034	47	7.6	47	93	1	599	29	29	8	32	1.86
49060677--49061034	143	2.5	141	93	1	599	29	29	8	32	1.86
49077559--49077659	46	2.2	46	96	3	188	42	3	16	36	1.67
49079947--49080172	40	5.7	40	81	10	225	26	20	26	26	1.99
49079947--49080172	80	2.8	80	78	12	248	26	20	26	26	1.99
49087961--49088185	40	5.7	40	87	5	271	25	22	26	25	2.00
49090827--49090874	24	2.0	25	87	4	71	41	8	10	39	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49095271--49095330	18	3.3	18	73	17	61	46	10	11	31	1.73
49104109--49104147	18	2.2	18	100	0	78	41	15	12	30	1.85
49113385--49113435	27	2.0	26	84	7	68	60	1	3	33	1.26
49116090--49116162	36	2.0	36	94	0	128	28	34	17	19	1.95
49123530--49123703	45	3.8	45	79	6	190	20	21	29	28	1.98
49123526--49123696	92	1.9	92	92	2	290	21	21	30	26	1.98
49126615--49126664	15	3.4	15	86	2	66	10	18	12	60	1.59
49129047--49129222	46	3.8	46	78	12	189	22	21	28	27	1.99
49129043--49129214	93	1.8	93	91	0	281	22	21	29	26	1.99
49137457--49137486	13	2.3	13	94	0	51	13	33	33	20	1.91
49147266--49147472	53	3.8	54	78	1	209	19	24	17	38	1.93
49154509--49154704	53	3.6	54	74	7	173	22	25	17	35	1.95
49154561--49154704	55	2.6	57	75	7	154	23	23	18	34	1.97
49160001--49160142	27	5.3	27	88	3	178	28	22	8	40	1.83
49160174--49160378	27	7.6	27	84	3	252	40	21	7	29	1.80
49160148--49160379	54	4.3	52	79	9	207	40	21	8	29	1.83
49160148--49160461	81	3.9	81	78	5	292	40	20	9	30	1.83
49160344--49160437	27	3.4	27	77	8	82	43	18	7	30	1.77
49161369--49161438	25	2.8	24	91	4	104	24	27	24	24	2.00
49161568--49161701	42	3.2	42	98	0	259	31	14	20	33	1.93
49161725--49161803	31	2.5	31	91	0	140	29	17	25	27	1.98
49165430--49165496	32	2.1	32	100	0	134	55	17	5	20	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49170017--49170090	36	2.1	36	92	0	121	25	9	21	43	1.83
49177361--49177459	28	3.5	28	87	4	119	27	15	27	30	1.96
49185355--49185453	28	3.5	28	87	4	119	27	15	27	30	1.96
49196875--49196948	36	2.1	36	94	0	130	24	9	24	41	1.84
49217210--49217314	39	2.6	39	86	5	122	24	22	27	24	2.00
49217173--49217314	40	3.6	40	80	12	150	24	22	28	24	2.00
49217173--49217320	79	1.9	80	81	7	185	25	22	28	23	1.99
49217539--49217706	47	3.6	47	90	0	255	33	8	30	27	1.86
49221938--49221990	25	2.2	24	83	12	65	24	22	18	33	1.97
49223954--49224055	49	2.1	49	83	0	123	45	5	22	26	1.75
49230778--49230980	40	5.1	40	83	5	243	24	22	27	25	2.00
49234822--49234977	82	1.9	81	85	3	215	26	16	28	28	1.97
49234821--49234974	55	2.9	52	82	7	175	27	16	27	27	1.97
49234822--49234977	27	5.7	27	81	6	163	26	16	28	28	1.97
49234814--49234998	27	6.8	27	75	9	101	26	16	28	29	1.97
49234814--49234998	82	2.3	81	78	2	210	26	16	28	29	1.97
49242725--49242880	82	1.9	81	85	3	215	26	16	28	28	1.97
49242724--49242877	55	2.9	52	82	7	175	27	16	27	27	1.97
49242725--49242880	27	5.7	27	81	6	163	26	16	28	28	1.97
49242717--49242901	27	6.8	27	75	9	101	26	16	28	29	1.97
49242717--49242901	82	2.3	81	78	2	210	26	16	28	29	1.97
49245418--49245463	19	2.4	19	81	0	56	41	28	8	21	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49246063--49246154	41	2.2	41	83	7	107	32	23	13	30	1.93
49250082--49250158	23	3.4	23	76	7	68	23	22	20	33	1.97
49252680--49252894	40	5.4	40	86	5	251	25	27	22	24	2.00
49252680--49252896	80	2.7	79	87	3	294	24	27	22	24	2.00
49261010--49261071	28	2.2	28	85	2	81	30	24	22	22	1.99
49261236--49261298	27	2.3	27	80	0	72	34	14	25	25	1.94
49261253--49261305	27	2.0	27	85	7	72	35	13	22	28	1.92
49261454--49261599	27	5.4	27	84	4	179	26	20	15	36	1.93
49261454--49261601	54	2.8	54	84	7	203	27	20	15	37	1.92
49265230--49265333	33	3.3	33	76	15	94	30	25	22	22	1.99
49265268--49265328	28	2.2	28	87	0	86	31	22	22	22	1.99
49265479--49265565	27	3.2	27	80	0	75	40	21	18	19	1.92
49265703--49265901	27	7.4	27	79	4	168	25	17	21	36	1.95
49265705--49265901	81	2.4	81	81	1	207	25	17	20	36	1.95
49265706--49265889	54	3.4	54	83	0	215	25	17	21	35	1.95
49269602--49269673	27	2.7	26	72	8	63	38	15	23	22	1.92
49269610--49269679	27	2.6	27	81	0	86	38	15	24	21	1.92
49269830--49270178	27	13.0	27	80	0	358	24	18	20	36	1.95
49273915--49273987	27	2.7	26	81	8	83	36	20	23	19	1.95
49274155--49274364	27	7.8	27	82	2	260	23	21	20	34	1.96
49280284--49280333	23	2.2	23	89	3	75	24	18	22	36	1.95
49280292--49280361	23	2.9	24	85	10	90	25	20	21	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49295714--49295893	40	4.5	40	90	2	256	25	24	25	25	2.00
49299765--49300262	47	10.6	47	94	0	852	32	8	29	29	1.87
49301682--49301986	165	1.8	165	82	2	389	27	17	25	29	1.97
49303194--49303333	66	2.1	66	89	3	212	37	9	18	35	1.83
49303243--49303289	21	2.2	20	82	10	58	34	12	14	38	1.85
49306145--49306207	31	2.0	31	100	0	126	49	15	6	28	1.69
49311870--49311927	30	1.9	30	82	0	71	50	12	10	27	1.72
49315950--49316061	27	4.2	26	85	7	143	36	22	24	16	1.94
49315950--49316061	54	2.1	54	88	3	163	36	22	24	16	1.94
49317488--49317565	24	3.2	24	88	0	111	20	38	3	37	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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