genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.237.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77584654--77584715	21	3.0	20	85	4	79	35	9	17	37	1.83
77584654--77584706	11	5.0	11	84	9	74	35	9	18	35	1.84
77584657--77584715	5	11.4	5	75	7	55	35	8	18	37	1.81
77584649--77584715	10	6.6	10	81	11	75	35	8	17	37	1.82
77593391--77593419	8	3.6	8	100	0	58	24	13	24	37	1.91
77606453--77606709	47	5.4	47	88	3	356	33	9	30	26	1.88
77606560--77606681	22	5.3	22	62	21	61	34	11	29	24	1.91
77620166--77621070	48	18.9	48	95	0	1612	35	6	27	31	1.83
77621214--77621350	37	3.7	37	97	0	247	24	18	32	24	1.97
77626988--77627044	30	1.9	30	92	0	96	26	22	7	43	1.78
77631662--77631772	42	2.6	42	88	0	168	25	25	19	29	1.99
77631662--77631813	42	3.6	41	80	3	151	27	25	17	29	1.97
77631806--77631913	48	2.2	48	83	0	126	26	29	17	25	1.98
77636738--77637230	47	10.4	47	94	2	810	31	8	29	30	1.87
77637349--77637486	37	3.7	37	95	2	242	25	18	31	24	1.98
77638777--77639184	40	10.2	40	90	1	622	26	21	25	26	1.99
77642788--77643518	47	15.4	47	94	2	1248	31	8	29	29	1.87
77643635--77643772	37	3.7	37	95	0	240	24	18	31	26	1.97
77653851--77654029	83	2.2	84	81	6	204	37	22	17	22	1.93
77653853--77654029	42	4.3	41	84	5	196	37	22	17	22	1.94
77668183--77668359	42	4.3	41	85	5	223	36	23	19	20	1.95
77668183--77668359	83	2.1	83	83	6	225	36	23	19	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77674394--77674437	21	2.2	19	84	8	52	11	31	0	56	1.35
77681053--77681090	20	2.0	20	89	5	60	18	7	2	71	1.23
77683803--77683831	14	2.1	14	93	6	51	41	3	55	0	1.17
77688780--77688931	40	3.9	40	74	20	169	30	26	21	22	1.99
77688836--77688896	31	2.0	31	93	0	104	29	21	21	27	1.98
77696829--77696985	40	3.9	40	90	0	233	30	26	20	22	1.98
77712810--77712853	17	2.6	17	82	17	56	43	0	2	54	1.12
77712896--77712931	17	2.1	18	89	5	56	47	5	5	41	1.50
77715262--77715449	100	1.9	100	93	0	322	26	19	24	29	1.98
77715269--77715438	49	3.4	49	80	3	214	27	18	25	28	1.98
77721566--77721648	32	2.6	32	78	0	94	32	18	20	28	1.96
77721984--77722049	34	1.9	34	84	0	87	39	25	12	22	1.89
77731408--77731485	25	3.2	25	63	23	67	28	10	32	29	1.90
77731407--77731934	47	11.1	47	89	3	786	30	12	30	26	1.93
77731407--77731934	145	3.7	144	94	1	855	30	12	30	26	1.93
77731552--77731626	23	3.2	23	62	23	57	29	10	32	28	1.90
77731908--77732044	46	3.0	46	85	0	184	35	8	29	26	1.87
77733188--77733253	33	2.0	33	96	0	123	28	15	16	39	1.89
77738305--77739087	48	15.9	50	90	4	1146	36	6	25	31	1.81
77738305--77739090	150	5.3	146	90	4	1204	36	6	25	31	1.81
77739237--77739308	37	1.9	37	91	0	117	23	19	29	27	1.98
77741489--77741524	17	2.1	17	100	0	72	72	0	11	16	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77742043--77742166	26	4.8	26	88	3	153	31	20	20	28	1.97
77742216--77742263	20	2.4	21	83	16	66	39	18	8	33	1.81
77742298--77742345	25	1.9	25	86	0	69	27	18	22	31	1.97
77749774--77749809	17	2.2	16	95	5	63	75	0	8	16	1.04
77750329--77750425	25	3.8	26	83	6	119	27	23	22	25	2.00
77750352--77750425	27	2.9	27	84	8	100	29	24	18	27	1.98
77750475--77750521	20	2.3	20	85	7	69	36	19	10	34	1.86
77752989--77753100	43	2.6	44	81	5	140	33	21	15	30	1.94
77757505--77757629	46	2.7	46	83	6	153	27	18	29	24	1.98
77757624--77757666	22	2.0	22	95	0	77	20	20	25	32	1.97
77757506--77757806	163	1.9	161	81	5	365	28	18	27	26	1.98
77757667--77757843	48	3.7	47	80	11	155	30	19	25	24	1.98
77764938--77764971	16	2.1	17	88	5	52	35	23	2	38	1.70
77770920--77771250	27	12.3	27	84	4	355	21	18	20	39	1.92
77776424--77776532	42	2.5	44	79	2	123	22	20	25	31	1.98
77779019--77779110	42	2.2	42	86	0	130	18	23	34	22	1.96
77780593--77780651	28	2.2	27	81	6	66	25	16	18	38	1.92
77780605--77780665	28	2.2	28	80	8	72	24	11	26	37	1.89
77780885--77780918	17	1.9	18	94	5	61	11	35	38	14	1.83
77789438--77789526	43	2.1	43	95	0	160	23	20	24	31	1.98
77800220--77800259	17	2.4	17	91	4	64	50	25	0	25	1.50
77811890--77812064	46	3.8	45	75	13	176	22	20	28	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77811887--77812057	93	1.8	93	89	0	270	22	21	28	28	1.99
77817679--77817807	67	1.9	67	84	1	170	32	16	29	21	1.95
77822010--77822066	29	2.0	28	80	12	64	35	5	24	35	1.78
77827354--77827442	33	2.7	32	78	13	90	28	20	22	29	1.98
77827363--77827448	33	2.6	33	78	9	93	27	22	23	26	1.99
77827808--77827883	38	2.0	38	94	0	134	35	5	19	39	1.75
77834249--77834282	6	5.8	6	93	6	61	70	0	0	29	0.87
77834247--77834282	11	3.2	11	92	7	63	72	0	0	27	0.85
77834247--77834284	12	3.2	12	85	7	60	71	0	0	28	0.87
77834249--77834282	17	1.9	18	94	5	61	70	0	0	29	0.87
77836171--77836315	55	2.6	55	82	0	155	14	24	31	29	1.94
77845709--77846355	49	13.6	49	94	3	1069	32	8	29	29	1.87
77845709--77846355	145	4.5	143	94	2	1081	32	8	29	29	1.87
77845709--77846355	238	2.7	239	94	2	1122	32	8	29	29	1.87
77848578--77848942	40	9.1	40	87	1	500	25	22	26	25	2.00
77852262--77852718	47	9.6	47	93	1	689	32	8	29	29	1.87
77852262--77852718	49	9.6	49	93	2	740	32	8	29	29	1.87
77852262--77852718	145	3.2	145	94	1	769	32	8	29	29	1.87
77856159--77856271	47	2.4	46	77	10	113	30	15	29	23	1.96
77863143--77863167	13	1.9	13	100	0	50	16	4	16	64	1.44
77864005--77864133	49	2.6	49	84	8	147	27	17	27	27	1.97
77878825--77878896	28	2.6	28	78	8	74	29	29	13	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77892279--77892330	25	2.1	25	85	3	70	28	17	19	34	1.94
77892286--77892355	25	2.8	25	82	0	77	30	20	21	28	1.98
77892502--77892633	27	4.9	27	80	3	104	23	21	21	33	1.97
77892506--77892633	54	2.4	53	82	3	157	23	21	21	33	1.97
77892625--77892992	27	13.7	27	75	4	273	30	9	20	38	1.85
77892625--77892891	54	5.0	54	86	3	319	31	9	20	38	1.84
77904093--77904267	27	6.5	27	85	1	199	26	14	28	30	1.95
77904092--77904267	54	3.3	54	84	4	232	26	14	28	30	1.95
77917897--77918433	50	11.1	47	74	19	316	28	28	11	32	1.91
77917897--77918112	95	2.3	95	80	13	239	25	31	12	31	1.92
77917901--77918284	143	2.7	141	76	17	371	26	29	11	32	1.91
77921026--77921119	37	2.4	38	83	10	113	30	27	18	23	1.97
77921018--77921266	40	6.4	39	74	21	204	27	27	20	23	1.99
77921299--77921374	39	1.9	39	81	5	91	31	28	14	25	1.95
77924797--77924906	54	2.0	54	89	3	168	16	23	21	38	1.93
77924797--77924903	27	3.9	27	84	9	137	16	23	22	37	1.94
77926328--77926442	43	2.7	42	80	1	131	29	18	26	25	1.98
77936537--77936660	43	2.9	42	83	4	144	29	13	27	29	1.94
77952076--77952157	42	2.0	42	85	9	114	23	31	28	17	1.96
77953108--77953199	48	1.9	48	88	0	139	28	25	21	25	1.99
77955250--77955318	34	2.0	34	85	0	93	23	23	21	31	1.98
77965503--77965714	46	4.5	44	73	15	171	23	28	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77968994--77969102	44	2.5	42	79	7	121	20	15	25	38	1.92
77968994--77969132	43	3.2	43	78	8	113	23	14	24	38	1.92
77980162--77980362	53	3.7	54	79	2	197	21	22	17	37	1.94
77988025--77988110	43	2.0	43	100	0	172	30	20	13	34	1.92
77991403--77991508	44	2.4	45	82	7	128	31	26	16	25	1.97
77991960--77991999	21	1.9	21	94	0	71	40	25	5	30	1.77
77993776--77993819	22	2.0	22	86	0	61	52	0	2	45	1.13
77993903--77993958	15	3.5	15	71	19	51	50	1	0	48	1.11
77993891--77993954	34	1.9	32	87	6	92	50	3	0	46	1.17
77999978--78000150	46	3.8	46	75	15	187	20	19	30	29	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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