genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.223.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72763836--72763869	18	1.9	18	88	5	52	35	8	5	50	1.58
72766492--72766544	22	2.4	22	75	6	54	39	1	3	54	1.29
72789799--72789831	15	2.1	17	88	11	52	6	9	15	69	1.34
72797575--72797599	13	1.9	13	100	0	50	8	28	32	32	1.86
72799251--72799280	14	2.1	15	93	6	53	13	10	13	63	1.52
72801726--72801770	21	2.1	21	95	0	81	8	11	26	53	1.65
72803484--72803563	39	2.1	39	92	0	133	33	22	7	36	1.82
72815631--72815668	17	2.3	16	90	4	58	36	2	5	55	1.37
72830874--72830898	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
72832003--72832096	44	2.2	42	82	5	116	22	18	25	34	1.96
72834110--72834155	20	2.5	18	80	19	51	36	6	8	47	1.60
72838902--72838931	3	10.0	3	92	0	51	36	0	0	63	0.95
72841508--72841567	27	2.3	26	82	2	66	36	18	23	21	1.95
72841608--72841659	27	2.0	26	84	3	68	38	21	23	17	1.93
72842316--72842423	27	4.0	27	82	0	135	28	18	16	36	1.93
72842290--72842425	54	2.5	54	84	0	173	27	19	18	34	1.95
72842408--72842592	27	6.9	27	76	8	128	33	10	18	36	1.86
72842491--72842605	27	4.2	28	81	10	132	33	10	14	41	1.80
72842491--72842620	54	2.4	53	81	6	136	32	10	16	40	1.82
72849375--72849516	67	2.1	67	86	5	194	30	22	28	19	1.98
72849446--72849497	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
72850157--72850255	27	3.7	27	81	0	117	28	17	18	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72850221--72850453	27	8.7	26	75	6	178	31	9	19	39	1.83
72852203--72852328	44	2.9	42	78	3	153	30	28	16	23	1.96
72860470--72860701	40	5.8	40	91	2	299	27	28	21	23	1.99
72871506--72871547	20	2.1	20	90	0	66	16	21	28	33	1.95
72888229--72888395	27	6.2	27	89	3	212	33	22	25	19	1.97
72888229--72888397	54	3.1	54	89	1	241	33	22	24	18	1.97
72890014--72890123	26	4.2	26	96	0	193	36	23	5	34	1.78
72892906--72892959	22	2.5	22	93	0	90	20	33	29	16	1.95
72894277--72894336	31	1.9	31	83	6	77	38	1	11	48	1.50
72899728--72899838	54	2.1	54	80	0	123	40	9	28	20	1.85
72902568--72902817	48	5.2	48	91	0	392	36	6	24	31	1.82
72902954--72903096	37	3.9	37	85	1	189	23	15	30	30	1.95
72903955--72904074	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
72905525--72906070	47	11.6	47	93	3	811	33	9	29	27	1.88
72908851--72908991	43	3.3	43	96	0	264	12	22	31	32	1.92
72911461--72912131	47	14.3	47	95	0	1162	32	8	29	29	1.87
72912003--72912081	25	3.3	25	62	16	67	35	5	27	31	1.79
72912997--72913078	43	1.9	43	92	0	137	14	23	31	30	1.94
72913235--72913334	29	3.4	29	69	10	78	24	20	26	30	1.98
72913264--72913365	29	3.5	29	68	10	82	23	15	30	30	1.95
72913326--72913418	28	3.3	28	68	7	71	20	15	33	31	1.93
72913232--72913400	58	2.9	58	89	2	252	23	17	28	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72915901--72916155	40	6.4	40	93	3	385	23	22	27	25	2.00
72915901--72916155	79	3.2	80	91	5	385	23	22	27	25	2.00
72915901--72916155	119	2.1	120	88	6	385	23	22	27	25	2.00
72920075--72920324	48	5.2	48	91	0	392	35	7	25	31	1.83
72920457--72920603	37	4.0	37	92	0	231	24	19	29	25	1.98
72922954--72923034	40	2.0	41	88	9	121	30	23	13	32	1.93
72922954--72923051	40	2.4	41	83	10	103	31	25	13	29	1.93
72929564--72929596	17	1.9	17	100	0	66	24	9	12	54	1.66
72935392--72935416	13	1.9	13	100	0	50	28	24	24	24	2.00
72936338--72936420	23	3.7	22	83	4	103	39	15	21	22	1.91
72936326--72936433	45	2.4	45	80	6	112	36	18	20	25	1.95
72943740--72943973	40	5.9	40	91	0	371	23	27	22	26	2.00
72944449--72944486	20	2.0	20	89	5	60	18	21	26	34	1.96
72951010--72951233	40	5.6	40	94	0	387	22	27	23	26	2.00
72955767--72955848	41	2.0	41	92	0	137	46	20	10	21	1.81
72960619--72960663	23	2.0	22	91	4	72	8	2	35	53	1.45
72963827--72963944	44	2.8	43	82	7	134	32	26	12	28	1.93
72977930--72978035	43	2.5	42	81	6	124	26	18	24	30	1.98
72980172--72980282	43	2.6	43	95	0	204	31	34	25	9	1.87
72980275--72980476	38	5.3	38	85	4	262	31	26	20	21	1.98
72980275--72980476	78	2.6	76	82	3	260	31	26	20	21	1.98
72984567--72984647	41	1.9	42	83	16	105	24	27	25	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72985003--72985113	43	2.6	43	88	0	168	33	32	23	10	1.89
72986897--72986939	21	2.2	20	84	12	54	34	6	16	41	1.75
72993999--72994118	59	2.0	59	91	0	195	20	15	32	30	1.94
72996755--72996868	56	2.0	57	94	5	205	32	7	33	26	1.85
73005750--73005802	26	2.1	25	89	3	79	43	20	20	15	1.88
73010971--73011049	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
73011168--73011734	47	12.1	47	95	0	974	28	29	8	32	1.88
73019773--73019816	14	3.0	16	78	21	60	27	22	25	25	2.00
73019759--73019816	28	2.1	28	93	0	98	27	20	24	27	1.99
73019788--73020029	50	4.8	50	77	5	229	26	17	25	30	1.98
73020226--73020255	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
73045033--73045108	40	1.9	40	94	0	134	27	9	14	48	1.74
73053810--73053978	46	3.7	45	78	13	182	28	28	20	22	1.99
73053814--73053985	93	1.8	93	92	0	290	27	28	21	22	1.99
73053858--73054001	46	3.1	44	75	15	132	29	27	20	22	1.98
73061395--73061567	93	1.9	94	95	1	312	28	29	21	20	1.98
73061388--73061564	47	3.8	46	79	13	209	29	29	20	20	1.98
73069799--73069834	19	1.9	18	88	5	54	22	0	2	75	0.94
73072794--73072860	19	3.6	18	76	13	57	4	5	10	79	1.05
73072795--73072860	6	10.8	6	77	7	62	4	6	10	78	1.06
73076499--73076670	93	1.8	93	88	2	265	29	29	19	22	1.98
73076492--73076663	46	3.7	45	72	11	143	30	29	18	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73076500--73076686	46	4.0	45	69	19	127	29	28	19	22	1.98
73079394--73079479	45	1.9	45	90	2	138	23	12	26	37	1.91
73087202--73087234	14	2.4	14	94	0	57	33	21	9	36	1.85
73087944--73087978	18	1.9	18	88	0	52	28	11	31	28	1.92
73096760--73096794	17	2.1	17	89	5	54	57	2	0	40	1.14
73100096--73100151	22	2.5	22	83	8	69	44	16	3	35	1.65
73108314--73108489	46	3.8	45	76	12	187	22	21	27	28	1.99
73108311--73108481	93	1.8	93	91	2	281	22	21	28	28	1.99
73115599--73115730	49	2.7	49	82	2	167	29	21	27	21	1.99
73119764--73120003	48	5.1	48	89	3	348	24	18	30	26	1.98
73122434--73122839	47	8.6	47	91	2	632	33	8	29	29	1.87
73122434--73122839	143	2.9	143	91	2	640	33	8	29	29	1.87
73122434--73122839	96	4.3	94	92	1	632	33	8	29	29	1.87
73129019--73129242	48	4.6	48	84	0	268	25	19	28	27	1.98
73129019--73129270	96	2.6	95	77	6	265	26	19	27	26	1.99
73135195--73135251	30	1.9	30	85	3	80	36	8	21	33	1.84
73135885--73136007	49	2.5	49	82	2	149	27	18	29	24	1.98
73140385--73140519	57	2.4	57	96	1	245	34	20	20	25	1.96
73140385--73140546	57	2.8	57	90	3	220	34	20	19	24	1.96
73142648--73142715	34	2.0	34	97	0	127	27	14	8	48	1.74
73142982--73143011	9	3.3	9	90	0	51	0	20	0	80	0.72
73142984--73143021	18	2.1	19	90	5	60	5	13	0	81	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73147304--73147350	23	2.0	23	100	0	94	21	34	17	27	1.95
73151279--73151336	29	2.0	29	93	0	98	32	10	13	43	1.78
73153790--73154218	48	8.6	48	80	10	427	26	32	17	24	1.96
73153793--73154218	96	4.3	96	82	9	489	26	31	17	24	1.97
73153963--73153990	14	2.0	14	100	0	56	35	28	14	21	1.92
73153917--73154038	62	2.0	62	95	0	217	27	33	17	22	1.96
73153867--73154086	110	2.0	110	92	0	368	27	32	16	23	1.96
73153793--73154182	206	1.9	205	88	4	588	27	31	16	24	1.97
73158284--73158354	26	2.8	25	85	4	97	26	22	21	29	1.99
73158578--73158657	31	2.6	31	92	2	135	35	18	21	25	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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