genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.225.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73575843--73576028	46	4.0	45	74	17	141	28	29	20	22	1.98
73586055--73586130	25	3.1	25	94	1	127	38	19	22	19	1.94
73593476--73593541	25	2.6	26	82	2	89	28	18	27	25	1.98
73602244--73602303	28	2.1	28	93	6	104	23	33	23	20	1.97
73607509--73607680	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
73607502--73607677	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
73615059--73615230	93	1.8	93	91	2	283	29	28	20	21	1.98
73615052--73615225	46	3.7	47	75	13	180	29	28	20	21	1.98
73616894--73616963	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
73616894--73616991	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
73621980--73622018	20	2.0	20	89	0	60	48	0	12	38	1.42
73622921--73623021	47	2.1	47	81	3	114	31	19	21	26	1.98
73624176--73624209	11	2.8	12	86	13	52	0	23	0	76	0.79
73624293--73624347	3	18.7	3	81	10	69	60	1	0	38	1.08
73624313--73624347	13	2.7	13	90	0	52	60	2	0	37	1.12
73624461--73624513	21	2.3	23	75	21	58	52	3	0	43	1.19
73628167--73628238	36	2.0	36	97	0	135	48	8	9	33	1.66
73628613--73628678	28	2.4	28	87	5	100	34	22	21	21	1.96
73640317--73640348	17	1.9	17	93	6	57	28	9	0	62	1.26
73645438--73645463	13	2.0	13	100	0	52	53	15	7	23	1.67
73649944--73650182	50	4.9	50	81	8	258	27	19	30	22	1.98
73649945--73650231	50	5.9	48	77	10	237	27	19	29	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73649958--73650182	95	2.3	97	83	5	276	26	20	30	22	1.98
73661485--73661667	79	2.3	81	84	7	232	23	23	27	25	2.00
73661485--73661688	40	5.1	40	83	8	238	24	23	27	25	2.00
73661538--73661692	79	2.0	79	84	7	208	24	21	27	25	1.99
73677029--73677147	43	2.8	43	84	2	150	26	16	24	31	1.96
73677029--73677171	43	3.3	43	81	3	101	28	17	22	31	1.96
73680959--73681164	53	3.8	54	79	1	234	36	18	24	19	1.94
73693777--73693833	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
73693775--73693837	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
73693891--73694020	24	5.4	24	90	7	210	31	19	21	27	1.97
73694227--73694290	31	2.1	31	90	0	101	39	15	23	21	1.92
73707313--73707581	46	5.8	46	74	15	259	23	19	28	28	1.98
73707359--73707528	47	3.7	46	76	11	193	22	20	28	28	1.98
73707309--73707566	93	2.8	93	95	1	455	22	20	29	28	1.98
73712898--73713167	46	5.9	44	72	14	222	24	18	28	29	1.98
73712895--73713159	93	2.8	93	90	5	410	23	18	29	28	1.98
73712954--73713113	47	3.4	46	75	8	173	23	16	30	28	1.97
73724270--73724310	17	2.4	17	100	0	82	21	26	36	14	1.93
73726785--73727053	48	5.7	48	85	6	352	29	25	18	26	1.98
73734634--73734713	40	2.0	40	95	0	142	42	17	11	28	1.84
73735013--73735220	77	2.7	77	87	1	310	31	27	20	19	1.97
73741191--73741262	24	2.9	24	85	8	83	22	23	19	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73752380--73752545	40	4.2	40	94	0	280	23	21	27	27	1.99
73760464--73760629	40	4.2	40	93	0	280	23	21	27	27	1.99
73764967--73765023	28	2.0	28	100	0	114	38	10	8	42	1.71
73773147--73773300	42	3.6	43	77	11	149	20	18	30	30	1.96
73773229--73773313	43	2.0	43	95	0	152	18	20	31	29	1.96
73775734--73775761	13	2.2	13	100	0	56	60	0	0	39	0.97
73782324--73782391	31	2.2	31	86	0	91	29	8	5	55	1.54
73783809--73783865	26	2.1	27	83	3	71	33	22	14	29	1.93
73786736--73786964	38	6.0	38	92	1	350	30	25	22	21	1.99
73793004--73793131	28	4.5	28	88	2	175	28	12	25	32	1.92
73793004--73793131	57	2.2	57	88	2	186	28	12	25	32	1.92
73812175--73812216	21	2.0	21	81	9	50	40	14	21	23	1.90
73813122--73813158	9	4.1	9	85	0	56	32	10	10	45	1.74
73813598--73813697	41	2.4	41	96	0	182	32	27	20	21	1.97
73821310--73821527	40	5.5	40	89	5	309	28	26	20	24	1.99
73829394--73829559	40	4.2	40	94	0	280	27	27	21	23	1.99
73840715--73840890	46	3.8	46	79	14	209	20	20	29	29	1.98
73840712--73840883	93	1.8	93	95	2	310	20	20	29	28	1.98
73846862--73847018	43	3.6	44	76	13	148	26	17	27	29	1.97
73850174--73850358	79	2.3	80	83	8	234	26	28	22	23	1.99
73850155--73850358	40	5.1	40	81	8	229	25	27	22	24	1.99
73857779--73857972	47	4.1	47	91	0	298	33	10	28	26	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73857808--73857926	22	5.1	22	62	28	59	31	13	30	24	1.93
73858179--73858287	37	2.9	37	95	0	191	22	19	31	26	1.98
73865765--73865900	56	2.4	56	95	0	245	28	15	25	30	1.96
73869276--73869333	19	3.2	19	68	22	61	36	1	10	51	1.46
73869279--73869345	35	1.9	35	93	0	116	34	1	13	50	1.51
73869666--73869912	49	5.0	50	77	2	237	26	17	25	29	1.98
73869669--73869912	100	2.5	100	82	2	276	26	18	25	30	1.98
73872654--73872685	15	2.1	15	94	5	55	12	12	15	59	1.61
73874982--73875039	19	3.2	19	68	22	61	36	1	10	51	1.46
73874985--73875051	35	1.9	35	93	0	116	34	1	13	50	1.51
73888214--73888251	18	2.2	17	90	4	58	26	0	2	71	1.00
73889958--73890004	8	6.0	8	80	5	60	17	12	8	61	1.55
73889954--73889988	16	2.2	16	100	0	70	17	11	5	65	1.43
73889958--73890004	23	2.0	24	91	4	78	17	12	8	61	1.55
73890666--73890890	47	4.8	48	76	13	157	25	18	31	24	1.97
73896396--73896421	13	2.0	13	100	0	52	46	7	30	15	1.74
73901160--73901328	46	3.6	48	75	15	131	24	17	30	26	1.97
73903667--73903717	24	2.1	24	82	10	59	68	5	23	1	1.22
73906577--73906650	28	2.6	29	82	2	96	28	27	14	29	1.95
73906577--73906667	29	3.2	29	80	6	98	27	27	15	29	1.96
73906890--73906920	16	1.9	16	93	0	53	16	16	16	51	1.77
73915764--73915835	35	2.1	35	92	5	119	40	9	23	26	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73920993--73921064	35	2.1	35	89	5	110	38	11	23	26	1.88
73922716--73922907	25	7.7	25	75	4	145	39	26	15	19	1.91
73922717--73922878	50	3.2	50	87	6	215	39	26	16	17	1.91
73922716--73922907	75	2.6	75	78	1	170	39	26	15	19	1.91
73922717--73922907	50	3.8	49	85	6	176	39	26	15	19	1.91
73923127--73923199	26	2.8	25	85	6	94	28	20	19	31	1.97
73923183--73923265	26	3.2	26	92	0	139	25	14	19	40	1.89
73923157--73923265	52	2.1	52	82	3	130	26	17	18	37	1.93
73923183--73923316	26	5.1	26	84	3	126	27	13	20	38	1.90
73923183--73923292	52	2.1	53	84	1	141	27	14	19	39	1.90
73926933--73927178	27	9.2	27	76	8	209	39	20	8	30	1.84
73926954--73927169	80	2.7	80	82	5	240	38	21	8	31	1.84
73927208--73927485	27	10.4	27	84	1	335	36	19	20	23	1.95
73927197--73927484	80	3.6	81	85	5	343	37	19	20	23	1.94
73927201--73927619	81	5.1	80	79	10	441	36	18	20	24	1.94
73927495--73927619	27	4.6	27	79	9	112	37	16	20	26	1.93
73927514--73927616	54	1.9	53	88	2	152	37	16	20	25	1.93
73927533--73927620	27	3.3	27	82	4	115	35	18	20	26	1.95
73927762--73927792	16	1.9	16	93	0	53	29	19	16	35	1.93
73928270--73928349	26	3.0	26	81	3	97	16	21	22	40	1.91
73928277--73928349	27	2.8	26	81	4	92	17	21	20	39	1.92
73934466--73934635	42	4.0	42	77	4	164	31	25	12	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73934466--73934626	84	1.9	84	80	7	184	30	26	13	29	1.94
73941417--73941582	48	3.5	47	80	4	183	28	18	27	25	1.98
73943878--73943919	19	2.3	19	83	4	50	21	7	35	35	1.81
73944288--73944354	20	3.3	20	68	19	59	35	1	14	47	1.54
73975555--73975628	23	3.4	23	63	24	61	32	24	8	35	1.85
73975542--73975623	41	2.0	41	100	0	164	34	21	9	34	1.87
73977149--73977489	170	2.0	171	95	0	621	36	20	19	23	1.95
73977976--73978063	45	2.0	45	86	0	122	35	25	15	23	1.95
73981623--73981715	45	2.1	45	93	0	159	36	25	9	27	1.88
73987607--73987685	37	2.1	37	88	0	113	25	30	18	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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