genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.21.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6613307--6613351	17	2.6	17	89	6	65	66	0	11	22	1.22
6613312--6613366	18	3.1	18	86	5	67	61	0	12	25	1.31
6613432--6613825	3	131.0	3	70	12	211	62	2	7	27	1.35
6613639--6613716	19	4.3	19	70	20	58	67	3	5	23	1.27
6613635--6613701	34	1.9	35	88	8	102	70	1	5	22	1.18
6613630--6613734	32	3.2	31	77	16	88	66	3	5	23	1.30
6613797--6613850	20	2.8	20	82	2	65	64	0	11	24	1.25
6618858--6618912	24	2.4	22	82	11	83	16	3	14	65	1.41
6625043--6625090	20	2.3	20	82	3	69	27	14	10	47	1.76
6632598--6632628	15	2.1	15	93	0	53	41	6	22	29	1.78
6636433--6636561	44	2.9	45	86	6	181	27	19	7	44	1.78
6639801--6640007	47	4.2	48	81	7	181	25	14	28	31	1.95
6652101--6652144	19	2.3	19	80	0	52	50	0	0	50	1.00
6667169--6667210	17	2.4	18	80	7	52	38	0	4	57	1.20
6677170--6677206	19	2.1	19	85	10	51	45	2	0	51	1.15
6677386--6677438	26	2.0	26	100	0	106	43	15	3	37	1.64
6677715--6677777	32	2.0	32	84	6	83	30	11	19	39	1.86
6679653--6679711	5	11.0	5	80	20	66	22	3	0	74	0.96
6679653--6679711	16	3.7	15	80	19	66	22	3	0	74	0.96
6679714--6679778	21	3.0	21	82	8	76	41	0	4	53	1.21
6679753--6679852	35	2.9	35	94	2	168	38	0	3	59	1.13
6679738--6679893	56	2.8	55	79	12	153	42	0	1	55	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6679817--6679885	21	3.1	21	83	8	84	44	0	0	55	0.99
6679817--6679901	22	3.7	23	77	14	70	45	0	0	54	1.00
6679935--6679976	18	2.2	19	87	8	59	38	0	2	59	1.10
6679954--6680014	21	2.6	22	71	23	54	37	0	1	60	1.07
6679980--6680012	14	2.3	15	94	5	59	42	0	0	57	0.98
6679978--6680033	24	2.3	24	84	9	69	42	0	0	57	0.99
6679831--6680091	135	1.9	135	86	6	368	40	2	2	54	1.27
6680068--6680093	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
6680070--6680134	28	2.3	29	81	7	80	44	0	0	55	0.99
6679894--6680153	135	1.9	133	82	9	303	40	2	3	53	1.29
6683550--6683627	30	2.6	30	80	11	79	39	17	16	25	1.91
6685753--6685814	27	2.3	27	83	5	81	43	0	1	54	1.09
6685856--6685891	16	2.2	16	95	0	63	38	2	0	58	1.13
6686138--6686167	15	1.9	16	93	6	53	43	3	0	53	1.17
6689559--6689589	12	2.6	12	94	0	53	74	0	25	0	0.82
6690549--6690622	38	2.0	37	84	7	96	24	21	27	27	1.99
6691255--6691292	20	1.9	20	84	10	51	47	0	10	42	1.38
6700987--6701079	39	2.4	39	84	8	111	23	23	26	25	2.00
6701184--6701222	18	2.2	18	86	9	53	48	0	20	30	1.50
6701710--6701747	20	1.9	20	84	10	51	47	0	10	42	1.38
6703067--6703139	25	2.9	24	79	16	78	35	6	2	54	1.41
6703054--6703099	20	2.3	20	79	17	51	34	4	4	56	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6703055--6703103	22	2.3	21	86	13	66	36	4	4	55	1.38
6717086--6717158	36	2.0	36	89	10	114	36	19	23	20	1.95
6718878--6718935	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
6719147--6719178	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
6719273--6719514	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
6719273--6719522	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
6726459--6726516	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
6726728--6726759	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
6726860--6726994	53	2.5	53	84	7	168	26	24	28	20	1.99
6728784--6728817	16	2.1	16	100	0	68	50	5	11	32	1.63
6737756--6737804	18	2.7	18	93	3	80	40	14	24	20	1.89
6737774--6737808	6	5.8	6	86	0	52	42	17	22	17	1.88
6737794--6737934	39	3.6	39	86	0	183	38	17	21	22	1.93
6743853--6743886	12	2.7	13	90	4	52	47	0	0	52	1.00
6746971--6746999	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
6753934--6753984	25	2.0	25	100	0	102	49	7	3	39	1.51
6758445--6758513	23	3.3	20	71	13	59	36	1	13	49	1.51
6766345--6766391	22	2.1	23	84	4	60	36	6	21	36	1.79
6767777--6768172	68	5.8	68	77	5	320	21	20	18	38	1.94
6767777--6768180	135	3.0	136	79	5	397	22	21	18	37	1.94
6769055--6769107	16	3.3	16	73	17	56	54	3	3	37	1.36
6770605--6770659	8	7.0	8	82	12	69	27	0	0	72	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6770603--6770709	11	9.8	11	75	9	85	26	1	4	67	1.20
6770603--6770659	3	20.3	3	84	13	77	28	0	0	71	0.86
6773142--6773187	20	2.3	20	84	0	56	56	10	0	32	1.34
6774673--6774725	21	2.5	21	90	6	81	30	35	9	24	1.87
6781737--6781780	21	2.1	21	95	0	79	29	29	11	29	1.92
6783598--6783651	23	2.3	24	81	9	58	35	0	9	55	1.32
6783742--6783905	42	3.9	42	80	1	193	27	16	26	29	1.97
6783749--6783905	85	1.9	84	83	1	206	28	17	26	28	1.97
6787722--6787872	67	2.3	68	83	6	188	30	15	32	21	1.94
6789915--6789955	6	6.5	6	83	10	55	17	0	4	78	0.93
6790528--6790573	15	3.0	15	83	3	56	50	36	6	6	1.54
6790548--6790594	17	2.9	16	84	12	60	46	44	2	6	1.40
6790652--6790713	22	2.8	22	87	4	90	33	51	0	14	1.43
6791082--6791123	19	2.3	18	87	4	57	26	2	2	69	1.13
6791135--6791219	23	3.6	23	67	9	55	30	9	2	57	1.43
6801767--6802803	206	5.0	206	94	0	1808	29	19	22	28	1.98
6801763--6802803	411	2.5	412	93	0	1816	29	19	22	28	1.98
6802743--6802864	61	2.0	61	100	0	244	31	19	24	24	1.98
6802998--6803094	45	2.2	45	87	7	151	30	13	29	25	1.94
6803401--6803447	13	3.9	13	78	18	57	36	53	0	10	1.36
6803865--6803949	23	3.6	23	67	9	55	30	9	2	57	1.43
6807449--6807529	38	2.1	38	97	0	153	28	23	14	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6808624--6808708	6	14.2	6	94	0	143	47	0	52	0	1.00
6808624--6808708	8	10.6	8	96	0	143	47	0	52	0	1.00
6808624--6808708	14	6.1	14	97	0	143	47	0	52	0	1.00
6808940--6808986	3	15.7	3	100	0	94	34	0	34	31	1.58
6808970--6809223	63	4.1	63	91	2	388	29	12	34	24	1.92
6809219--6809266	18	2.7	18	87	3	71	33	18	35	12	1.89
6809218--6809261	15	2.9	15	82	0	61	36	15	34	13	1.87
6812184--6812228	11	3.9	11	80	11	54	35	0	2	62	1.08
6813980--6814101	45	2.7	45	77	7	124	38	14	22	23	1.92
6814073--6814231	46	3.5	45	89	1	228	45	13	20	19	1.84
6814203--6814258	29	1.9	29	88	0	85	50	7	23	19	1.72
6816250--6816304	25	2.2	25	86	0	74	30	29	12	27	1.93
6819663--6819877	46	4.7	44	73	15	150	25	30	18	26	1.98
6821845--6821869	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
6822129--6822212	42	2.0	42	100	0	168	52	2	26	19	1.58
6822317--6822476	80	2.0	80	100	0	320	41	1	15	42	1.54
6822655--6822769	40	2.9	39	88	2	149	39	10	14	35	1.81
6825865--6825897	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
6826183--6826359	92	1.9	92	91	0	291	18	23	14	42	1.87
6826178--6826357	46	3.9	46	89	0	261	18	23	15	42	1.88
6826333--6826384	23	2.4	22	87	6	70	25	19	9	46	1.80
6826296--6826433	69	2.0	69	85	0	186	21	21	14	42	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6826365--6826479	46	2.5	46	98	0	221	24	22	14	38	1.92
6826820--6826873	26	2.1	26	89	6	83	42	16	1	38	1.59
6827824--6827851	14	2.0	14	100	0	56	42	7	14	35	1.73
6831407--6831439	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
6831724--6831854	46	2.8	46	90	2	192	19	23	14	42	1.88
6831768--6831974	115	1.8	115	92	0	351	22	23	14	39	1.91
6831860--6831974	46	2.5	46	98	0	221	24	22	14	38	1.92
6832316--6832369	26	2.1	26	89	6	83	42	16	1	38	1.59
6838794--6838878	43	2.0	42	86	2	116	25	10	22	41	1.86
6838988--6839036	22	2.2	22	85	7	64	40	0	2	57	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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