genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.246.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80424916--80425332	47	8.7	47	93	2	672	32	8	29	29	1.88
80424916--80425332	96	4.4	96	93	2	700	32	8	29	29	1.88
80424916--80425332	143	2.9	143	91	4	671	32	8	29	29	1.88
80425451--80425529	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
80429244--80429839	206	2.9	206	95	0	1086	28	23	18	29	1.98
80431213--80431418	40	5.2	40	85	1	254	28	27	21	23	1.99
80437283--80437548	46	6.0	46	85	7	334	21	23	15	39	1.92
80437462--80437537	38	2.0	38	97	0	143	23	25	18	32	1.97
80447063--80447204	40	3.6	41	86	4	211	27	26	22	23	1.99
80448691--80448816	46	2.7	46	95	0	216	19	22	28	29	1.98
80456980--80457161	40	4.6	40	89	2	278	28	26	21	23	1.99
80461534--80461615	33	2.3	38	81	12	93	51	0	13	35	1.41
80461600--80461641	19	2.3	18	87	4	57	69	2	2	26	1.13
80462117--80462161	15	2.9	15	86	3	54	6	4	37	51	1.49
80462227--80462274	19	2.6	19	86	3	71	39	2	12	45	1.54
80462482--80462734	54	4.7	54	77	1	211	24	22	15	37	1.93
80462482--80462774	54	5.4	52	75	4	190	24	22	15	38	1.92
80462891--80462945	27	2.0	27	100	0	110	38	7	25	29	1.83
80463164--80463316	54	2.9	54	77	8	150	30	22	12	34	1.91
80463070--80463282	108	2.0	108	81	1	248	27	20	15	37	1.92
80465817--80466075	54	4.8	54	76	7	186	27	20	15	37	1.93
80466378--80466580	54	3.8	54	80	3	176	27	20	14	37	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80465676--80466869	505	2.4	503	77	5	1139	31	16	16	34	1.92
80466539--80467474	452	2.1	443	83	3	1126	30	16	17	35	1.92
80468133--80468286	54	2.9	54	77	1	130	32	24	9	34	1.87
80468989--80469137	53	2.8	53	80	2	145	31	22	9	36	1.86
80469456--80469521	33	2.0	33	90	0	105	27	25	12	34	1.91
80469758--80469879	54	2.3	54	84	2	147	27	19	13	40	1.88
80470160--80470369	54	3.9	54	74	2	161	30	20	12	36	1.90
80469838--80471742	508	3.8	503	75	6	1677	32	16	16	34	1.92
80471698--80471832	54	2.5	54	77	0	135	27	19	12	40	1.87
80471837--80471986	54	2.8	54	80	4	158	32	18	12	37	1.88
80472363--80472629	108	2.5	107	77	9	263	25	20	16	36	1.94
80472315--80472629	54	5.8	54	70	10	180	26	20	16	37	1.93
80472936--80473062	54	2.4	53	80	7	125	31	19	14	34	1.92
80472935--80473062	52	2.4	53	79	8	127	32	19	14	34	1.91
80473391--80473521	54	2.4	54	79	6	131	27	16	13	42	1.85
80473287--80473775	243	2.0	243	79	5	533	31	16	14	37	1.89
80473818--80473881	24	2.6	24	87	5	83	28	12	14	45	1.81
80473884--80474016	54	2.5	54	74	0	122	29	18	12	39	1.87
80474351--80474460	55	2.0	54	82	1	130	24	17	16	41	1.89
80474448--80474583	54	2.5	54	75	9	134	28	19	12	38	1.88
80478470--80478897	214	2.0	213	91	2	698	36	10	24	28	1.88
80481574--80481796	119	1.9	120	83	6	292	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80481553--80481796	40	6.1	40	83	6	282	25	27	22	25	2.00
80484653--80484784	53	2.5	54	75	3	133	38	14	20	26	1.91
80484887--80485145	54	4.8	54	76	2	207	27	16	14	40	1.88
80484887--80485152	108	2.5	108	81	3	295	27	16	15	40	1.88
80485428--80485586	54	2.9	54	87	1	221	25	20	14	38	1.91
80485001--80486207	451	2.7	449	77	7	1080	32	15	18	33	1.92
80485864--80486054	54	3.5	54	83	1	195	27	20	12	39	1.89
80489206--80489380	54	3.2	53	76	4	154	28	18	13	40	1.88
80489246--80489522	54	5.1	54	78	0	241	23	19	16	39	1.92
80490183--80490388	54	3.8	53	74	14	156	27	17	14	40	1.88
80490183--80490443	108	2.4	108	76	9	246	27	19	13	38	1.90
80490383--80490495	54	2.1	53	81	1	127	29	23	11	35	1.90
80490747--80491167	54	7.8	54	74	6	235	28	20	13	37	1.91
80490963--80491159	108	1.8	108	83	6	265	27	21	12	38	1.90
80491439--80491571	54	2.5	54	77	0	140	24	21	15	39	1.91
80490907--80492532	510	3.2	506	80	3	1705	31	18	16	33	1.93
80492011--80492187	54	3.3	54	80	5	180	27	19	14	38	1.91
80492119--80492826	347	2.0	346	83	2	875	33	16	19	31	1.94
80493259--80493383	54	2.3	54	77	2	135	29	17	16	36	1.91
80493457--80493584	54	2.4	54	82	5	143	28	18	15	36	1.92
80494205--80494494	54	5.4	54	81	4	316	26	22	13	37	1.92
80494941--80495185	54	4.6	52	75	10	187	24	20	15	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80493942--80495044	563	2.0	564	78	4	1188	30	18	16	34	1.93
80495037--80495132	50	1.9	50	89	4	149	26	17	13	42	1.86
80494983--80495178	104	1.9	104	81	2	241	25	20	14	39	1.90
80498536--80498600	33	2.0	33	87	6	96	38	13	20	27	1.90
80500351--80500471	54	2.2	54	82	0	152	26	20	14	38	1.92
80501300--80501754	54	8.4	54	79	2	394	25	20	15	38	1.92
80501300--80501754	108	4.2	107	80	1	435	25	20	15	38	1.92
80507784--80507828	22	2.0	22	91	0	72	48	15	2	33	1.57
80512387--80512431	22	2.0	22	91	0	72	48	15	2	33	1.57
80514921--80514947	8	3.4	8	100	0	54	55	0	0	44	0.99
80515453--80515481	14	2.0	15	93	6	51	17	0	0	82	0.66
80516002--80516040	19	2.1	19	90	4	62	61	7	2	28	1.37
80516756--80516804	14	3.3	14	76	15	53	30	2	0	67	1.02
80516763--80516807	17	2.9	16	81	12	58	31	4	0	64	1.13
80521902--80522063	47	3.2	48	70	17	148	30	4	4	59	1.38
80521925--80522109	58	3.4	56	73	15	199	32	3	4	58	1.37
80521888--80522155	105	2.5	105	93	3	441	31	3	5	59	1.37
80528319--80528344	13	2.0	13	100	0	52	69	0	15	15	1.20
80530838--80531443	207	3.0	197	82	6	633	28	17	18	35	1.93
80531693--80531727	18	1.9	18	94	0	61	11	22	5	60	1.52
80537028--80537055	6	4.7	6	100	0	56	0	50	0	50	1.00
80537812--80537849	18	2.1	18	85	9	51	52	5	26	15	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80543879--80543924	23	2.0	22	84	12	58	52	2	0	45	1.13
80545364--80545429	23	2.9	22	93	0	105	37	1	10	50	1.47
80545365--80545429	13	5.5	13	70	20	61	38	1	10	49	1.47
80548339--80548698	47	7.7	45	75	10	251	26	20	30	22	1.98
80548342--80548698	94	3.8	93	78	10	345	26	20	29	22	1.98
80548339--80548698	141	2.6	141	79	9	387	26	20	30	22	1.98
80553130--80553302	46	3.7	46	79	10	208	21	20	27	29	1.98
80553127--80553297	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.98
80553526--80553563	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
80560650--80560822	46	3.7	46	79	10	199	21	20	27	30	1.98
80560647--80560817	93	1.8	93	92	0	288	21	20	28	29	1.98
80561046--80561083	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
80565862--80565924	30	2.1	30	84	0	81	34	11	23	30	1.90
80566264--80566625	47	7.7	46	74	13	242	26	20	30	22	1.98
80566262--80566627	93	3.9	93	76	11	347	26	20	30	23	1.98
80568795--80568835	21	2.0	21	95	0	73	51	26	9	12	1.70
80574125--80574230	50	2.1	50	96	0	194	31	17	15	35	1.91
80584912--80585068	66	2.4	66	84	2	208	26	26	25	21	1.99
80589002--80589027	7	3.7	7	100	0	52	15	53	0	30	1.42
80590023--80590064	22	1.9	22	85	0	57	50	0	9	40	1.35
80590161--80590185	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
80596732--80596780	23	2.2	22	92	3	80	38	2	10	48	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80596976--80597008	6	5.3	6	96	3	57	3	51	0	45	1.16
80597694--80597757	28	2.4	28	92	5	105	18	12	1	67	1.31
80603479--80603513	16	2.2	16	100	0	70	48	20	5	25	1.71
80604446--80605285	418	2.0	418	85	3	1127	38	19	11	30	1.88
80609522--80609595	22	3.3	21	73	17	60	22	5	5	66	1.34
80609725--80609786	31	2.0	31	87	9	90	41	6	0	51	1.27
80610586--80610641	20	2.6	22	78	13	64	28	7	3	60	1.40
80611714--80611768	25	2.2	25	87	12	78	54	0	1	43	1.10
80612488--80612547	11	5.2	11	72	23	52	61	1	1	35	1.16
80621464--80621489	2	13.0	2	100	0	52	50	50	0	0	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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