genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   

This is table  77  of  325  ( 38900 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24406774--24406866	29	3.1	29	77	13	75	58	2	0	39	1.10
24407125--24407158	16	2.1	16	88	0	50	32	26	0	41	1.56
24408534--24408566	3	11.0	3	100	0	66	66	0	33	0	0.92
24410878--24411035	71	2.2	71	87	2	219	32	22	17	27	1.96
24411080--24411134	22	2.5	22	96	0	101	21	23	14	40	1.90
24414264--24414346	37	2.2	37	86	0	112	31	22	15	30	1.95
24422376--24422400	12	2.1	12	100	0	50	56	16	0	28	1.41
24424784--24424851	34	2.0	34	100	0	136	26	11	29	32	1.92
24425139--24425184	23	2.0	23	100	0	92	26	8	26	39	1.85
24432906--24433012	43	2.5	42	82	8	119	29	25	18	26	1.98
24442679--24442793	57	2.0	57	100	0	230	20	13	27	37	1.91
24450118--24450190	18	4.1	18	80	0	83	41	16	20	21	1.90
24452732--24453182	47	9.6	47	93	0	740	33	8	29	29	1.87
24452732--24453182	190	2.4	190	93	1	748	33	8	29	29	1.87
24455038--24455225	27	7.0	27	79	2	191	39	22	16	21	1.92
24455217--24455463	27	9.1	27	86	1	316	19	16	21	42	1.89
24455242--24455463	81	2.7	81	91	0	354	18	15	22	42	1.88
24459962--24460026	23	2.7	23	95	4	112	44	15	4	35	1.67
24462290--24462314	11	2.3	11	100	0	50	56	8	8	28	1.57
24465204--24465586	44	8.7	44	75	10	309	28	20	18	31	1.97
24465411--24465584	93	1.9	92	85	7	244	29	21	17	31	1.96
24465377--24465586	49	4.5	46	76	13	189	29	20	17	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24472260--24472305	18	2.6	18	96	0	83	4	17	39	39	1.69
24478947--24479331	50	7.6	50	78	4	389	30	25	17	26	1.98
24478945--24479129	101	1.8	100	94	1	325	28	25	20	25	1.99
24478947--24479327	151	2.5	151	90	1	584	30	25	17	26	1.97
24479047--24479280	101	2.3	101	83	2	283	29	25	17	27	1.98
24479244--24479328	26	3.3	26	67	18	77	37	25	11	24	1.90
24485712--24486085	50	7.5	50	76	6	310	32	25	16	25	1.96
24485801--24486085	151	1.9	152	88	2	439	31	24	17	25	1.97
24485712--24486043	101	3.3	100	80	2	346	31	25	17	25	1.97
24487678--24487735	29	2.0	28	93	3	98	50	12	8	29	1.69
24492531--24492597	28	2.4	28	80	7	75	25	23	31	19	1.98
24499366--24499392	10	2.7	10	100	0	54	44	7	7	40	1.60
24505684--24505746	26	2.5	23	75	22	56	30	3	4	61	1.32
24505886--24505939	8	6.1	9	76	23	53	66	0	3	29	1.09
24513948--24513991	4	11.0	4	90	9	72	50	0	0	50	1.00
24513938--24513992	24	2.3	24	93	6	94	47	0	1	50	1.11
24517803--24517843	20	2.0	20	85	9	55	26	4	17	51	1.65
24518468--24518635	43	4.0	42	77	4	158	27	14	24	33	1.94
24522561--24522605	22	2.0	22	100	0	90	22	8	35	33	1.85
24525005--24525077	34	2.2	34	87	7	105	26	23	21	28	1.99
24537336--24537569	40	5.9	40	88	0	335	27	21	26	23	1.99
24542873--24543093	40	5.6	40	82	2	232	24	26	23	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24548657--24548890	40	5.9	40	93	0	380	26	22	27	23	1.99
24564794--24565002	101	2.1	101	79	8	221	28	21	17	33	1.96
24568680--24568910	115	2.0	115	96	0	426	25	22	18	33	1.96
24572326--24572579	55	4.8	53	77	6	221	37	16	23	22	1.94
24572333--24572535	108	1.9	110	83	2	266	34	17	23	24	1.96
24579556--24579629	29	2.6	29	86	4	96	27	16	31	25	1.96
24582364--24582405	13	3.3	13	86	6	59	23	2	0	73	0.94
24582364--24582407	6	7.0	6	82	7	52	22	2	0	75	0.92
24584362--24584496	28	4.8	28	83	6	166	29	30	14	25	1.95
24584369--24584502	56	2.4	56	92	2	216	29	29	14	26	1.95
24585947--24585978	16	2.0	16	93	0	55	9	6	34	50	1.60
24592199--24592310	28	4.0	28	84	4	154	26	29	15	28	1.96
24597628--24598073	47	8.9	49	75	16	371	31	9	30	29	1.89
24597628--24597792	49	3.4	48	94	4	289	31	9	29	29	1.89
24597766--24597815	25	2.1	23	85	14	66	30	16	24	30	1.96
24597717--24597864	71	2.0	74	94	5	266	31	10	27	30	1.91
24597907--24597985	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79
24597791--24598083	47	6.3	47	88	6	411	31	8	30	29	1.88
24601775--24601949	94	1.9	92	94	4	307	30	14	15	39	1.87
24601970--24602395	47	9.1	47	93	3	711	31	9	30	29	1.88
24601970--24602395	96	4.6	96	93	4	691	31	9	30	29	1.88
24601970--24602395	143	3.0	143	92	4	710	31	9	30	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24602514--24602591	36	2.1	37	88	2	113	25	17	29	26	1.98
24604165--24604189	8	3.1	8	100	0	50	24	24	12	40	1.88
24608366--24608493	42	3.0	42	80	6	150	30	12	25	31	1.93
24608366--24608471	43	2.5	42	84	7	142	31	13	25	30	1.93
24610419--24610465	17	2.7	19	75	18	50	42	19	17	21	1.89
24612287--24612324	20	1.9	20	94	0	67	52	7	10	28	1.64
24623500--24623549	22	2.3	22	82	6	57	24	12	28	36	1.91
24634345--24634399	29	2.0	28	82	13	69	32	9	25	32	1.87
24645567--24645695	46	2.8	46	82	4	154	22	20	28	28	1.98
24654296--24654511	40	5.4	40	92	2	314	25	27	22	24	2.00
24662352--24662563	40	5.3	40	89	3	279	26	26	21	25	2.00
24664778--24664939	46	3.5	47	80	7	154	27	19	30	22	1.98
24664780--24664939	47	3.4	47	79	9	143	27	19	30	22	1.98
24664969--24665110	71	2.0	71	91	0	230	28	13	24	33	1.93
24666142--24666196	22	2.5	22	93	0	92	10	41	27	20	1.85
24672405--24672619	47	4.6	46	77	9	145	30	17	27	24	1.97
24679185--24679219	16	2.1	17	89	5	54	54	5	20	20	1.64
24680717--24680840	35	3.5	35	78	4	126	23	23	13	39	1.90
24680964--24681017	28	1.9	28	96	0	99	29	18	9	42	1.81
24682238--24682262	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
24682959--24682998	6	6.7	6	97	0	62	35	0	37	27	1.57
24686624--24686671	5	9.6	5	100	0	96	60	0	0	39	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24687763--24687799	17	2.2	17	90	9	58	43	0	32	24	1.55
24687938--24688029	34	2.7	35	81	3	116	20	11	21	45	1.83
24687938--24688046	34	3.2	33	73	10	94	20	11	22	44	1.84
24694254--24694306	24	2.2	24	83	6	72	43	16	20	18	1.88
24696723--24696836	43	2.7	43	86	5	142	35	26	14	23	1.94
24697323--24697370	21	2.3	21	75	3	53	35	16	0	47	1.47
24700010--24700180	93	1.8	93	92	0	288	28	29	21	21	1.98
24700003--24700226	46	4.8	46	80	5	263	28	28	20	21	1.99
24703132--24703446	47	6.7	47	92	2	483	33	8	29	28	1.87
24703226--24703298	23	3.2	23	63	18	62	36	5	26	31	1.79
24703135--24703392	139	1.9	139	95	1	464	33	8	28	29	1.87
24703565--24703643	37	2.1	37	88	0	113	25	18	30	25	1.98
24717778--24717811	16	2.1	17	88	5	52	20	11	8	58	1.59
24732472--24732506	17	2.1	17	100	0	70	34	0	22	42	1.54
24733960--24734197	130	1.8	129	97	0	449	43	5	10	40	1.62
24734178--24734325	75	1.9	77	90	2	237	29	16	9	44	1.79
24737309--24737623	47	6.7	47	92	2	483	33	8	29	28	1.87
24737403--24737475	23	3.2	23	63	18	62	36	5	26	31	1.79
24737312--24737569	139	1.9	139	95	1	464	33	8	28	29	1.87
24751935--24751968	16	2.1	17	88	5	52	20	11	8	58	1.59
24759085--24759118	18	1.9	18	88	5	52	17	20	41	20	1.91
24769302--24769380	32	2.5	32	82	0	104	24	26	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24776534--24776595	24	2.6	25	89	5	92	41	22	17	17	1.90
24776553--24776604	24	2.2	24	85	0	68	44	19	19	17	1.87
24790568--24790646	6	12.8	6	73	15	63	46	15	17	20	1.83
24790579--24790643	25	2.6	25	92	0	103	44	16	18	20	1.87
24791166--24791403	81	3.0	80	86	4	309	24	19	18	36	1.94
24791162--24791411	27	9.3	27	84	0	275	25	19	18	36	1.94
24791407--24791519	54	2.1	54	88	0	163	39	7	22	30	1.80
24791415--24791533	27	4.4	27	85	0	148	40	9	23	26	1.85
24793503--24793581	6	12.8	6	73	15	63	48	13	20	17	1.81
24793503--24793581	31	2.5	31	91	0	122	48	13	20	17	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325