genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.91.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29021141--29021186	22	2.1	22	100	0	92	32	8	26	32	1.87
29026924--29027164	48	5.0	48	94	1	412	35	5	27	31	1.81
29026924--29027199	143	1.9	142	88	2	410	34	6	27	30	1.82
29027305--29027441	36	3.8	36	94	1	238	24	17	32	25	1.97
29027307--29027441	73	1.9	72	95	1	243	24	17	33	25	1.96
29035045--29035229	40	4.7	40	81	6	207	25	26	22	25	2.00
29035045--29035229	79	2.3	81	80	10	202	25	26	22	25	2.00
29036468--29036524	25	2.5	23	81	15	66	8	19	1	70	1.23
29043037--29043216	40	4.5	40	78	10	172	26	26	22	25	2.00
29043037--29043182	40	3.7	40	84	5	190	26	26	22	24	2.00
29044462--29044506	23	1.9	24	86	4	65	6	17	2	73	1.15
29045729--29045842	39	2.9	39	92	0	174	18	24	32	24	1.97
29048373--29048425	25	2.1	25	82	6	63	35	13	30	20	1.91
29051253--29051366	39	2.9	39	92	0	183	17	24	33	24	1.96
29053877--29053929	25	2.1	25	82	6	63	35	13	30	20	1.91
29056752--29056902	39	3.9	39	93	2	252	18	24	33	23	1.97
29063692--29063876	79	2.3	81	83	7	218	25	27	22	24	2.00
29063692--29063876	40	4.7	40	84	6	225	25	27	22	24	2.00
29068729--29068879	71	2.1	71	88	2	223	30	29	17	23	1.97
29072998--29073148	27	5.5	28	78	9	107	27	29	17	26	1.97
29078262--29078434	43	4.0	43	78	6	181	30	26	15	27	1.96
29082374--29082545	46	3.7	46	92	1	247	19	16	29	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29084094--29084161	20	3.2	20	76	12	64	23	13	26	36	1.92
29084091--29084186	44	2.2	44	88	3	142	27	13	22	36	1.92
29088134--29088269	44	2.8	48	81	13	172	33	30	16	19	1.95
29088241--29088362	45	2.7	45	79	2	138	36	27	10	24	1.89
29090613--29090673	23	2.5	24	81	7	70	29	21	24	24	1.99
29098011--29098078	20	3.2	20	70	12	55	25	13	25	36	1.92
29098008--29098103	44	2.2	44	92	3	160	28	12	22	36	1.91
29100098--29100165	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
29108204--29108271	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
29108373--29108451	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
29115606--29115634	15	1.9	15	100	0	58	27	13	6	51	1.66
29120588--29120749	41	3.9	40	74	18	152	28	27	22	22	1.99
29123644--29123701	25	2.3	25	85	11	75	67	1	10	20	1.29
29132520--29133875	47	28.8	47	94	2	2343	32	8	29	29	1.87
29132520--29133875	139	9.6	140	94	2	2269	32	8	29	29	1.87
29132520--29133875	186	7.2	187	94	2	2312	32	8	29	29	1.87
29133041--29133119	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79
29135282--29135670	40	9.8	40	94	1	642	23	20	29	26	1.99
29138667--29139008	47	6.8	49	76	15	299	32	8	30	28	1.86
29138718--29138751	17	2.0	17	100	0	68	41	0	29	29	1.57
29138669--29138800	66	2.0	66	100	0	264	34	6	28	30	1.81
29138735--29139008	47	5.7	47	92	2	431	32	8	30	28	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29138735--29139008	96	2.9	96	93	1	453	32	8	30	28	1.87
29139127--29139205	37	2.1	37	88	0	113	24	18	30	26	1.98
29146057--29146140	27	3.0	27	76	13	71	38	19	20	22	1.94
29151741--29151892	28	5.4	28	76	3	151	16	16	35	31	1.91
29151741--29151923	57	3.2	57	92	1	294	16	15	36	31	1.90
29154987--29155142	39	4.0	39	88	0	231	20	25	29	25	1.99
29160334--29160452	57	2.1	57	88	3	177	30	31	12	25	1.93
29160340--29160435	28	3.4	28	84	2	129	28	30	14	27	1.95
29160340--29160453	28	4.0	28	82	7	124	28	31	13	26	1.93
29163224--29163777	47	11.6	47	92	2	892	32	8	29	29	1.87
29163224--29163777	96	5.8	94	94	2	892	32	8	29	29	1.87
29163224--29163777	143	3.9	143	93	1	941	32	8	29	29	1.87
29174744--29174876	27	4.9	27	87	1	178	23	21	19	35	1.96
29176292--29176419	31	4.2	31	94	1	213	29	23	15	31	1.95
29176438--29176529	42	2.2	42	98	0	175	33	20	15	30	1.93
29176677--29176746	25	2.8	25	89	4	97	25	24	25	24	2.00
29177552--29177616	27	2.4	27	79	5	69	23	24	16	35	1.95
29177650--29177883	27	8.6	27	76	7	170	29	8	20	41	1.83
29177734--29177916	81	2.3	81	83	7	212	29	10	19	40	1.85
29177915--29178111	27	7.3	27	85	3	254	38	7	24	28	1.83
29177915--29178111	80	2.4	81	88	0	288	38	7	24	28	1.83
29183930--29183961	16	2.0	16	100	0	64	56	31	0	12	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29185320--29185356	19	2.0	19	89	5	58	24	18	40	16	1.90
29185437--29185541	28	3.7	27	81	9	129	28	15	32	23	1.95
29190260--29190302	16	2.7	16	92	0	68	51	13	20	13	1.76
29190526--29190629	28	3.7	28	79	12	115	26	13	33	25	1.93
29190517--29190629	56	2.0	56	87	3	165	27	12	32	27	1.92
29191684--29191717	18	1.9	18	94	5	61	41	11	14	32	1.82
29195831--29195951	44	2.8	42	75	13	113	23	19	26	30	1.98
29202338--29202498	43	3.8	43	70	16	120	32	23	15	28	1.95
29205652--29205730	39	2.0	40	87	2	115	11	13	16	58	1.64
29207172--29207268	34	2.9	34	79	10	101	26	21	25	25	2.00
29211331--29211486	43	3.7	43	78	11	178	30	25	18	25	1.98
29217606--29217783	49	3.6	49	80	6	223	29	23	18	28	1.98
29217589--29217785	100	2.0	100	91	0	322	29	22	19	27	1.98
29227760--29227997	49	4.8	50	82	4	284	28	25	18	27	1.98
29227773--29228002	100	2.3	98	86	5	302	29	25	18	27	1.98
29235829--29235920	47	1.9	48	93	4	159	36	10	17	34	1.85
29238684--29239005	162	2.0	162	96	0	590	29	21	31	17	1.96
29240768--29240801	17	2.0	17	94	0	59	26	17	23	32	1.97
29243179--29243238	30	2.0	30	86	0	84	28	25	6	40	1.80
29250162--29250339	27	6.6	27	74	6	119	28	16	26	29	1.97
29250159--29250339	82	2.2	81	81	4	204	28	16	25	29	1.97
29258172--29258349	27	6.6	27	74	6	119	28	16	26	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29258169--29258349	82	2.2	81	81	4	204	28	16	25	29	1.97
29259818--29260855	518	2.0	518	98	0	1997	28	14	21	35	1.92
29263056--29263229	77	2.3	77	91	2	278	19	17	28	35	1.94
29264134--29264174	17	2.4	17	88	8	57	48	7	9	34	1.64
29265118--29265161	14	3.1	14	100	0	88	50	20	0	29	1.49
29265597--29265766	43	4.0	42	78	11	186	29	28	19	22	1.98
29267163--29267332	43	4.0	42	77	11	177	30	28	19	22	1.98
29268265--29268300	14	2.6	14	100	0	72	52	19	0	27	1.46
29275034--29275216	40	4.6	40	82	9	212	26	27	22	23	1.99
29275067--29275217	80	1.9	81	91	4	252	25	28	22	23	1.99
29281447--29281478	11	2.9	11	100	0	64	37	15	0	46	1.46
29282801--29282825	13	1.9	13	100	0	50	0	40	28	32	1.57
29286023--29286147	48	2.6	48	88	2	171	25	18	28	27	1.98
29286054--29286160	48	2.2	48	85	3	144	26	16	28	28	1.97
29303076--29303256	39	4.6	39	90	2	283	21	20	28	29	1.98
29307074--29307124	20	2.7	19	82	14	54	41	0	21	37	1.54
29307876--29308048	49	3.5	50	87	3	226	30	20	26	22	1.98
29311375--29311547	48	3.6	48	89	0	247	26	18	27	27	1.98
29314575--29314605	15	2.1	15	93	0	53	25	6	16	51	1.68
29328886--29329033	43	3.5	42	81	10	126	29	14	24	31	1.95
29334390--29334437	25	1.9	25	82	0	60	33	22	16	27	1.96
29334474--29334540	20	3.3	20	87	0	98	32	11	23	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29334590--29334661	24	3.0	24	82	13	85	29	20	23	26	1.99
29334855--29334915	31	2.0	31	90	0	95	31	16	27	24	1.96
29339386--29339564	85	2.1	85	98	0	349	37	8	27	26	1.85
29340831--29341425	47	12.6	47	93	2	876	33	9	29	27	1.88
29341276--29341397	22	5.3	22	62	21	61	33	11	29	25	1.91
29343852--29343926	38	2.0	38	86	5	107	30	18	26	24	1.98
29343980--29344298	40	8.1	40	92	1	491	24	21	28	25	1.99
29343980--29344298	119	2.7	119	92	0	496	24	21	28	25	1.99
29345552--29345729	84	2.1	85	97	1	340	37	8	28	26	1.85
29346994--29347587	47	12.6	47	93	2	867	33	9	29	27	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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