genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.40.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11925340--11925374	18	2.0	17	94	5	61	48	0	0	51	1.00
11925530--11925624	45	2.1	45	88	1	138	32	27	5	34	1.79
11925605--11925672	16	4.2	16	92	0	109	35	35	0	29	1.58
11928078--11928103	13	2.0	13	100	0	52	23	46	23	7	1.78
11928787--11928864	25	3.1	25	86	0	102	41	10	12	35	1.77
11933475--11933552	25	3.1	25	83	0	102	39	11	14	34	1.82
11937179--11937231	19	2.7	21	83	16	62	66	0	0	33	0.92
11937345--11937409	29	2.2	28	79	17	69	53	0	1	44	1.09
11937354--11937410	29	1.9	30	86	10	82	57	0	0	42	0.98
11937355--11937425	29	2.3	30	79	16	74	57	1	0	40	1.07
11937532--11937580	23	2.1	22	82	10	62	42	0	2	55	1.11
11939245--11939403	27	5.9	27	83	11	193	34	22	24	18	1.96
11939263--11939403	54	2.6	54	94	2	248	34	24	24	17	1.95
11939509--11939584	28	2.7	28	93	0	125	32	9	21	36	1.85
11941027--11941134	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
11943157--11943195	14	2.8	14	100	0	78	53	5	12	28	1.60
11947682--11947884	93	2.2	92	83	4	257	36	19	8	35	1.82
11948003--11948087	28	3.0	29	77	10	93	62	2	3	31	1.25
11947984--11948129	57	2.5	58	80	6	152	62	3	6	27	1.37
11948355--11948406	19	2.8	18	72	18	52	32	1	1	63	1.16
11948378--11948433	24	2.3	25	79	14	64	25	3	0	71	1.02
11972528--11972569	21	2.0	21	85	0	57	26	21	19	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11972842--11972888	22	2.1	22	96	0	85	36	31	8	23	1.85
11972876--11972924	12	4.1	12	100	0	98	40	26	8	24	1.83
11973888--11973916	12	2.4	12	100	0	58	10	27	41	20	1.85
11974817--11974869	25	2.2	24	78	15	56	47	18	3	30	1.67
11975040--11975064	7	3.6	7	100	0	50	44	12	0	44	1.41
11987508--11987545	19	2.0	19	90	10	60	21	7	0	71	1.11
11993473--11993499	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
12001172--12001445	46	6.0	46	90	0	388	21	24	14	39	1.91
12019985--12020071	24	3.6	24	92	0	138	36	29	12	20	1.90
12019936--12020068	48	2.8	47	82	2	140	35	27	12	24	1.92
12022204--12022246	20	2.2	20	86	0	59	46	2	20	30	1.63
12023094--12023175	36	2.3	36	89	4	121	40	37	9	12	1.76
12025009--12025091	42	2.0	43	87	2	123	21	27	37	13	1.91
12024853--12025090	105	2.3	104	80	3	246	24	23	30	21	1.99
12034511--12034545	2	18.0	2	88	5	54	45	0	2	51	1.16
12034638--12034720	36	2.3	36	89	0	130	40	38	8	12	1.73
12036764--12036794	11	2.8	11	100	0	62	35	25	0	38	1.56
12039052--12039130	33	2.4	32	79	10	88	25	25	13	35	1.93
12039072--12039267	105	1.9	102	82	5	241	27	23	15	34	1.94
12040904--12041071	46	3.6	46	81	8	157	26	16	30	26	1.97
12040998--12041103	45	2.4	45	91	1	169	28	16	27	28	1.97
12043234--12043316	41	2.0	41	95	0	148	36	15	15	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12048544--12048606	33	1.9	33	83	0	81	30	30	11	28	1.91
12048560--12048671	33	3.4	32	73	15	86	27	25	14	32	1.95
12048592--12048780	105	1.8	105	82	4	247	28	23	14	33	1.94
12059127--12059183	26	2.1	28	90	6	91	19	19	1	59	1.46
12063457--12063514	27	2.1	27	93	0	98	50	1	24	24	1.59
12066454--12066518	27	2.4	27	80	14	64	40	4	0	55	1.21
12066554--12066595	13	2.9	14	80	13	50	52	0	2	45	1.13
12066613--12066683	15	4.6	15	72	16	56	49	0	1	49	1.09
12066629--12066665	19	1.9	19	88	0	56	48	0	0	51	1.00
12067842--12067889	22	2.2	22	81	7	53	35	2	14	47	1.56
12079326--12079433	34	3.2	34	88	2	157	31	24	18	25	1.97
12085056--12085429	186	2.0	186	91	2	608	30	18	13	37	1.89
12088422--12088706	67	4.2	68	79	10	248	24	19	16	39	1.91
12088422--12088706	134	2.1	134	80	5	308	24	19	16	39	1.91
12090863--12090891	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
12091096--12091158	24	2.5	24	82	7	72	60	4	0	34	1.18
12096130--12096282	76	2.0	76	94	0	270	32	22	16	28	1.96
12098684--12098747	3	22.3	3	74	15	55	62	4	0	32	1.16
12098682--12098745	33	1.9	34	87	3	94	60	4	0	34	1.17
12105888--12105996	20	5.4	20	74	4	85	29	21	34	14	1.93
12105888--12106010	40	3.1	40	84	4	151	30	20	33	16	1.94
12110638--12110677	13	3.1	13	88	0	62	20	32	32	15	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12111233--12111267	17	2.1	17	100	0	70	28	22	25	22	1.99
12122293--12122319	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
12130280--12130323	20	2.2	20	100	0	88	22	25	22	29	1.99
12132408--12132582	46	3.8	46	76	13	178	30	29	19	21	1.97
12132416--12132586	93	1.8	93	91	0	279	29	29	19	21	1.98
12137032--12137065	17	2.0	17	100	0	68	52	23	11	11	1.70
12137381--12137422	22	1.9	22	100	0	84	45	11	23	19	1.83
12138616--12138725	30	3.7	30	96	1	195	38	5	22	33	1.77
12139028--12139081	27	2.0	27	85	0	72	40	5	14	38	1.70
12139330--12139573	49	4.9	50	83	2	267	26	18	25	29	1.98
12143313--12143432	46	2.6	48	84	9	151	30	21	24	23	1.99
12143544--12143721	48	3.7	47	75	13	157	28	19	26	25	1.99
12143445--12143721	141	1.9	145	82	9	347	27	19	27	25	1.99
12150419--12150452	16	2.1	16	89	10	52	29	5	32	32	1.81
12152730--12152809	40	2.0	40	100	0	160	35	12	12	40	1.81
12166512--12166552	12	3.4	12	96	0	73	19	26	31	21	1.97
12170931--12170968	13	2.9	13	85	11	51	55	21	0	23	1.44
12172664--12172798	51	2.7	50	85	4	184	27	26	20	25	1.99
12172663--12172791	49	2.6	49	86	4	179	27	25	20	26	1.99
12174678--12174779	42	2.4	43	81	4	118	30	23	18	27	1.98
12181984--12182038	27	2.1	27	82	3	67	32	16	23	27	1.96
12184149--12184266	39	3.0	39	95	2	202	22	24	28	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12187491--12187552	27	2.3	27	94	0	115	20	20	19	38	1.93
12187505--12187581	27	2.9	27	82	5	77	20	20	18	40	1.92
12187544--12187598	26	2.1	26	82	0	65	21	18	21	38	1.94
12189100--12189142	19	2.2	20	88	8	63	53	4	6	34	1.49
12189227--12189272	22	2.1	22	100	0	92	69	4	8	17	1.31
12189287--12189318	17	1.9	16	93	6	55	78	0	21	0	0.76
12189270--12189326	26	2.2	25	78	9	60	73	1	22	1	1.02
12194217--12194344	49	2.6	49	85	6	161	26	17	31	25	1.97
12197283--12197316	16	2.1	16	94	0	59	17	11	23	47	1.81
12200638--12200763	55	2.3	53	81	8	128	26	31	24	16	1.96
12209988--12210138	71	2.1	72	91	2	243	30	29	16	23	1.96
12210058--12210279	104	2.2	103	92	3	367	31	31	18	18	1.95
12210608--12210671	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
12210615--12210671	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
12210652--12210714	26	2.4	27	94	2	110	31	23	12	31	1.92
12217740--12217790	26	2.0	26	96	0	93	29	35	23	11	1.90
12217646--12217867	103	2.2	103	92	3	367	31	31	18	18	1.95
12218196--12218259	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
12218203--12218259	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
12221049--12221097	20	2.5	19	76	3	53	40	18	6	34	1.75
12226531--12226591	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
12227587--12227665	24	3.2	24	78	5	70	22	24	18	34	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12229613--12229658	20	2.3	20	92	0	74	41	8	8	41	1.67
12229615--12229663	20	2.6	19	83	6	55	36	8	10	44	1.68
12229902--12230053	56	2.7	55	88	4	223	36	25	13	25	1.93
12231650--12231723	19	3.9	19	75	10	71	37	6	14	40	1.73
12231649--12231723	38	1.9	39	83	2	98	37	6	16	40	1.74
12234152--12234225	23	3.2	25	78	16	79	60	0	6	32	1.23
12234187--12234219	16	2.0	17	88	5	50	60	0	6	33	1.21
12236624--12236648	12	2.1	12	100	0	50	24	16	32	28	1.96
12238822--12238848	11	2.5	11	100	0	54	48	7	14	29	1.71
12239293--12239335	18	2.4	18	84	0	50	65	2	0	32	1.06

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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