genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.293.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   

This is table  293  of  325  ( 38900 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95733468--95733958	261	1.9	256	86	3	689	32	17	22	27	1.96
95734273--95734306	17	2.0	17	94	0	59	41	5	8	44	1.60
95741992--95742047	26	2.2	26	96	0	103	28	17	17	35	1.93
95742639--95742859	116	1.9	113	91	2	361	27	11	13	47	1.78
95742767--95742868	52	2.0	52	88	3	152	28	11	15	44	1.82
95743821--95743869	26	2.0	23	88	11	71	57	6	8	28	1.52
95744049--95744089	19	2.2	19	86	4	57	70	4	2	21	1.18
95744015--95744088	31	2.4	31	78	13	82	66	4	2	27	1.23
95749281--95749319	19	2.1	19	90	4	62	48	2	2	46	1.29
95749900--95749948	24	2.0	24	100	0	98	42	4	0	53	1.20
95749907--95749947	12	3.4	12	79	0	55	39	4	0	56	1.21
95750563--95750787	122	1.9	121	88	2	344	23	22	20	34	1.97
95750563--95750787	81	2.8	81	86	4	303	23	22	20	34	1.97
95750563--95750811	41	6.1	41	86	3	317	22	22	20	35	1.96
95750574--95750811	81	2.9	81	83	6	302	23	22	19	34	1.96
95751673--95751726	26	2.1	26	82	6	65	59	7	5	27	1.47
95754184--95754301	58	2.0	58	93	0	200	32	27	16	22	1.96
95755274--95755315	2	22.5	2	83	13	54	57	0	0	42	0.99
95755274--95755337	8	7.8	8	82	10	60	57	0	1	40	1.08
95757825--95757858	17	1.9	18	88	5	52	70	0	26	2	1.01
95758099--95758206	40	2.7	39	81	9	112	34	8	17	39	1.80
95758628--95758662	17	2.0	18	88	5	54	60	8	2	28	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95764049--95764233	92	2.0	92	100	0	370	38	16	25	19	1.92
95764628--95764707	12	6.5	13	67	25	50	37	0	5	57	1.21
95764636--95764677	20	2.2	19	87	12	59	38	0	4	57	1.20
95765160--95765196	16	2.2	18	90	9	60	75	0	24	0	0.80
95773301--95773466	35	4.6	35	82	8	172	31	10	24	33	1.90
95773301--95773471	75	2.4	75	85	7	221	31	11	23	33	1.90
95779983--95780134	78	2.0	74	84	7	198	33	12	21	32	1.91
95779965--95780132	35	4.6	35	78	15	153	32	11	22	32	1.91
95787504--95787561	18	3.3	18	65	4	55	34	13	25	25	1.93
95787477--95787625	35	4.3	34	81	5	165	33	13	26	26	1.93
95787477--95787625	70	2.2	68	84	4	183	33	13	26	26	1.93
95788913--95789095	58	3.1	59	75	12	192	31	10	13	44	1.78
95789103--95789170	27	2.4	28	78	11	68	20	11	10	57	1.63
95800082--95800210	41	3.1	41	92	0	213	29	11	28	30	1.92
95800562--95800592	16	1.9	16	93	0	53	48	25	3	22	1.66
95801823--95802407	24	25.9	22	65	25	180	33	5	5	56	1.44
95802161--95802227	27	2.6	27	76	11	68	31	5	5	56	1.47
95802161--95802407	110	2.2	111	81	7	281	31	4	4	58	1.40
95802226--95802363	70	2.0	65	82	9	161	31	4	4	59	1.37
95802264--95802334	27	2.7	26	80	14	83	30	4	4	60	1.35
95802291--95802407	41	2.7	43	82	12	125	31	2	4	61	1.29
95802321--95802349	15	1.9	15	100	0	58	31	0	0	68	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95802240--95802407	22	7.5	22	69	19	82	32	4	4	58	1.38
95802564--95802607	20	2.2	20	88	12	63	34	11	6	47	1.66
95805544--95805694	53	2.8	53	88	4	205	29	27	16	26	1.97
95812975--95813125	53	2.8	53	89	4	214	29	27	16	25	1.97
95816683--95816726	22	2.0	22	95	0	79	22	15	4	56	1.57
95822703--95822747	22	2.0	22	91	0	72	48	4	17	28	1.66
95830745--95830914	75	2.3	75	81	4	218	28	17	18	35	1.94
95830819--95831181	90	4.1	88	80	5	408	27	16	19	36	1.93
95831073--95831106	14	2.4	14	90	0	50	20	14	11	52	1.73
95833060--95833769	24	31.0	22	65	24	148	33	5	5	55	1.47
95833018--95833448	24	18.4	23	67	21	152	34	4	6	54	1.47
95833382--95833435	28	1.9	28	85	14	76	38	1	5	53	1.35
95833572--95833601	15	2.0	15	93	0	51	30	0	0	70	0.88
95833478--95833656	22	8.0	22	68	19	86	31	3	3	60	1.33
95833815--95833858	20	2.1	21	88	12	65	34	9	6	50	1.61
95834904--95834939	18	2.1	17	89	5	54	0	47	0	52	1.00
95835410--95835441	3	10.3	3	93	6	55	34	0	0	65	0.93
95841393--95841435	21	2.2	21	84	15	58	30	4	20	44	1.72
95841393--95841437	18	2.3	20	78	17	51	31	4	20	44	1.71
95841668--95841717	20	2.5	20	87	9	75	22	36	32	10	1.87
95842571--95842621	18	2.8	18	96	0	93	23	21	27	27	1.99
95844456--95844484	14	2.1	14	100	0	58	79	6	13	0	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95850164--95850403	130	1.9	129	88	0	363	22	14	25	36	1.93
95856260--95856292	14	2.4	14	90	10	50	60	0	0	39	0.97
95857392--95857435	22	2.0	21	83	12	54	36	4	18	40	1.71
95861184--95861247	30	2.2	29	91	2	101	28	17	20	34	1.95
95870019--95870290	136	2.0	136	92	1	456	27	15	16	40	1.89
95876895--95876925	15	2.1	15	93	0	53	70	0	29	0	0.87
95879294--95879531	106	2.3	106	87	0	343	21	26	27	24	1.99
95885836--95885965	44	3.0	44	79	10	117	23	20	25	30	1.98
95886987--95887106	55	2.2	55	79	5	136	22	25	30	22	1.99
95887842--95887874	16	2.0	17	88	5	50	36	0	27	36	1.57
95893529--95893614	39	2.2	39	91	0	136	30	9	15	45	1.77
95893897--95893945	24	2.0	24	96	0	89	22	6	24	46	1.74
95903020--95903112	45	2.1	45	100	0	186	19	15	10	54	1.69
95904237--95904283	24	2.0	24	83	8	60	40	2	0	57	1.11
95907718--95907781	27	2.8	21	71	24	56	62	3	6	28	1.34
95907726--95907774	15	3.5	15	72	16	59	61	4	8	26	1.42
95907726--95907781	27	2.1	27	100	0	112	60	3	7	28	1.40
95914321--95914378	31	2.0	29	83	10	73	58	3	0	37	1.15
95915532--95915625	29	3.2	29	69	19	77	29	25	20	24	1.99
95915707--95915798	42	2.2	42	96	0	166	34	20	14	30	1.92
95915945--95916014	25	2.8	25	84	4	97	28	24	22	24	1.99
95916747--95916813	27	2.5	26	79	11	73	22	22	19	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95916843--95917069	27	8.4	27	75	6	147	33	9	17	40	1.81
95916953--95917110	54	2.9	54	80	3	176	31	10	18	39	1.85
95916953--95917077	27	4.7	27	84	2	171	31	8	20	40	1.81
95916955--95917119	80	2.1	80	81	6	192	30	10	20	38	1.87
95916953--95917110	27	5.9	27	78	9	135	31	10	18	39	1.85
95916955--95917119	53	3.1	52	79	6	152	30	10	20	38	1.87
95917113--95917258	27	5.4	26	85	2	166	39	5	25	29	1.78
95916939--95917165	107	2.1	106	78	5	242	32	9	19	38	1.84
95917109--95917259	54	2.8	53	85	3	203	39	5	24	29	1.79
95917216--95917298	40	2.1	39	86	2	112	38	8	27	25	1.85
95917243--95917270	13	2.2	13	100	0	56	42	7	35	14	1.73
95917189--95917319	67	2.0	67	87	0	190	38	7	26	27	1.83
95917256--95917319	27	2.4	27	83	0	83	37	9	28	25	1.87
95917162--95917339	94	1.9	94	80	0	212	39	7	24	28	1.83
95919714--95919805	42	2.2	42	96	0	166	32	19	15	32	1.93
95919952--95920021	25	2.8	25	93	4	115	25	24	25	24	2.00
95920791--95920876	27	3.1	27	80	8	93	36	8	13	41	1.75
95920826--95920969	27	5.3	26	73	11	92	29	7	20	42	1.79
95921009--95921125	27	4.3	27	82	0	126	37	8	26	27	1.85
95923232--95923278	19	2.3	20	76	20	53	38	4	17	40	1.69
95923587--95923654	28	2.3	28	85	7	82	41	0	4	54	1.20
95923881--95923942	31	1.9	33	93	6	110	54	9	19	16	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95926657--95926768	18	6.2	18	73	8	84	33	13	16	36	1.88
95926657--95926768	36	3.1	36	79	2	109	33	13	16	36	1.88
95937865--95937950	30	2.9	30	78	11	88	29	19	17	33	1.95
95939532--95939577	13	3.7	12	80	8	56	73	4	4	17	1.15
95939877--95939919	20	2.0	20	82	8	50	69	0	27	2	1.00
95949080--95949156	40	1.9	40	86	5	111	19	16	28	35	1.94
95950453--95950980	258	2.0	258	94	0	912	26	17	28	27	1.97
95957650--95957731	32	2.6	30	84	11	94	41	3	6	48	1.45
95957862--95957886	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
95963518--95963544	14	1.9	14	100	0	54	66	7	14	11	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325